241 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5580 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5580  ABC transporter/Periplasmic pectin oligomer binding protein  100 
 
 		 427 aa  882    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3329  extracellular solute-binding protein  50.47 
 
 		 428 aa  449  1e-125  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.955635  normal  0.757839 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4344  extracellular solute-binding protein family 1  51.04 
 
 		 428 aa  417  9.999999999999999e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0302279  hitchhiker  0.00000351134 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4015  extracellular solute-binding protein family 1  51.4 
 
 		 428 aa  418  9.999999999999999e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.946152  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4006  extracellular solute-binding protein family 1  37.94 
 
 		 428 aa  295  9e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4335  extracellular solute-binding protein family 1  36.52 
 
 		 428 aa  287  2e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000444207 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3578  extracellular solute-binding protein  36.57 
 
 		 428 aa  279  9e-74  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.608798  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3326  extracellular solute-binding protein  35.45 
 
 		 453 aa  236  8e-61  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00000398294  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0919  extracellular solute-binding protein family 1  34.83 
 
 		 441 aa  235  1.0000000000000001e-60  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3128  extracellular solute-binding protein family 1  34.85 
 
 		 450 aa  230  3e-59  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0477771 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1702  sugar-binding protein  34.24 
 
 		 442 aa  226  4e-58  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.981171  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0895  extracellular solute-binding protein family 1  33.51 
 
 		 436 aa  219  5e-56  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.441999 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0437  extracellular solute-binding protein family 1  30.32 
 
 		 424 aa  217  2.9999999999999998e-55  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00000010114  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2036  extracellular solute-binding protein family 1  31.19 
 
 		 439 aa  214  2.9999999999999995e-54  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.182591  normal  0.899466 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3119  extracellular solute-binding protein family 1  33.83 
 
 		 428 aa  213  7e-54  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2081  extracellular solute-binding protein family 1  34.99 
 
 		 434 aa  212  1e-53  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.159947  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0589  extracellular solute-binding protein family 1  34.34 
 
 		 452 aa  210  5e-53  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.289831  normal  0.0417818 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05230  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  31.21 
 
 		 450 aa  209  5e-53  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.808581  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0780  extracellular solute-binding protein  30.88 
 
 		 436 aa  209  7e-53  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29730  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  31.1 
 
 		 434 aa  204  2e-51  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3329  extracellular solute-binding protein  33.17 
 
 		 431 aa  205  2e-51  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0332045  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2537  extracellular solute-binding protein family 1  32.27 
 
 		 450 aa  204  3e-51  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.272028  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0806  extracellular solute-binding protein family 1  30 
 
 		 437 aa  203  4e-51  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0510551 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3131  extracellular solute-binding protein family 1  32.2 
 
 		 422 aa  196  8.000000000000001e-49  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00803878 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1126  extracellular solute-binding protein  31.22 
 
 		 432 aa  194  2e-48  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.190587  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0970  extracellular solute-binding protein family 1  32.09 
 
 		 428 aa  195  2e-48  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.153801  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1049  extracellular solute-binding protein family 1  30 
 
 		 437 aa  193  6e-48  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.340866 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1199  extracellular solute-binding protein family 1  31.19 
 
 		 432 aa  191  2e-47  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000829014 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0499  extracellular solute-binding protein family 1  30.41 
 
 		 434 aa  176  6e-43  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000057577 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3899  extracellular solute-binding protein family 1  28.8 
 
 		 435 aa  174  2.9999999999999996e-42  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2460  extracellular solute-binding protein family 1  28.19 
 
 		 441 aa  171  2e-41  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.372805  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03450  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  25.98 
 
 		 416 aa  171  3e-41  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.355174 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3324  extracellular solute-binding protein  28.04 
 
 		 427 aa  167  4e-40  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.000420771  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3124  extracellular solute-binding protein family 1  28.65 
 
 		 429 aa  167  4e-40  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0621948 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05420  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  25.46 
 
 		 438 aa  162  9e-39  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0143899  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3557  extracellular solute-binding protein family 1  28.72 
 
 		 458 aa  162  1e-38  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1534  extracellular solute-binding protein family 1  28.13 
 
 		 436 aa  160  4e-38  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.191711  decreased coverage  0.00957964 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0793  extracellular solute-binding protein family 1  31.14 
 
 		 442 aa  159  1e-37  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0145438 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29740  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  28.72 
 
 		 437 aa  151  2e-35  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2228  extracellular solute-binding protein family 1  27 
 
 		 460 aa  140  3.9999999999999997e-32  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.754729 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0897  extracellular solute-binding protein family 1  25.25 
 
 		 446 aa  131  2.0000000000000002e-29  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0316444  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2376  extracellular solute-binding protein family 1  29.02 
 
 		 438 aa  132  2.0000000000000002e-29  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4051  extracellular solute-binding protein family 1  26.15 
 
 		 434 aa  128  2.0000000000000002e-28  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0558  extracellular solute-binding protein family 1  25.73 
 
 		 444 aa  122  9.999999999999999e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3369  extracellular solute-binding protein family 1  26.05 
 
 		 430 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0697  extracellular solute-binding protein family 1  23.85 
 
 		 433 aa  121  3e-26  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4050  extracellular solute-binding protein family 1  26.35 
 
 		 433 aa  119  7.999999999999999e-26  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0825  extracellular solute-binding protein family 1  27.68 
 
 		 429 aa  118  1.9999999999999998e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2197  extracellular solute-binding protein family 1  25.11 
 
 		 429 aa  113  6e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.700843  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3402  extracellular solute-binding protein  25.12 
 
 		 451 aa  113  8.000000000000001e-24  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000236647  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1904  extracellular solute-binding protein family 1  24.83 
 
 		 429 aa  112  9e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.172949  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1966  extracellular solute-binding protein family 1  25.11 
 
 		 430 aa  108  1e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.810983  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2647  extracellular solute-binding protein family 1  24.82 
 
 		 446 aa  107  4e-22  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.890591  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3292  extracellular solute-binding protein  24.18 
 
 		 428 aa  107  4e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.309737 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2102  extracellular solute-binding protein family 1  25.34 
 
 		 439 aa  106  9e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2648  oligogalacturonide ABC transporter periplasmic oligogalacturonide-binding protein  23.13 
 
 		 430 aa  103  6e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.316005  normal  0.159215 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2395  extracellular solute-binding protein family 1  25.29 
 
 		 451 aa  102  1e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3784  extracellular solute-binding protein family 1  23.97 
 
 		 430 aa  102  1e-20  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1688  oligogalacturonide ABC transporter, periplasmic oligogalacturonide-binding protein  24.16 
 
 		 430 aa  102  1e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0550228  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1798  extracellular solute-binding protein  24.16 
 
 		 430 aa  102  1e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.763472  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4040  extracellular solute-binding protein family 1  24.41 
 
 		 434 aa  102  2e-20  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0777  extracellular solute-binding protein  24.88 
 
 		 428 aa  100  3e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2037  extracellular solute-binding protein family 1  25.62 
 
 		 430 aa  99.4  1e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0183  extracellular solute-binding protein family 1  31.61 
 
 		 429 aa  87.4  4e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2144  extracellular solute-binding protein family 1  23.38 
 
 		 432 aa  87.8  4e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4520  extracellular solute-binding protein  24.55 
 
 		 415 aa  87.4  5e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0829  extracellular solute-binding protein family 1  25.09 
 
 		 504 aa  77  0.0000000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2466  extracellular solute-binding protein family 1  27.78 
 
 		 415 aa  74.7  0.000000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0930087 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0619  extracellular solute-binding protein  22.6 
 
 		 463 aa  73.6  0.000000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.0000037115  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2571  extracellular solute-binding protein  21.88 
 
 		 417 aa  71.2  0.00000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0381  extracellular solute-binding protein family 1  25.91 
 
 		 421 aa  70.9  0.00000000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0045  extracellular solute-binding protein family 1  24.75 
 
 		 414 aa  69.7  0.00000000009  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.713374  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0954  extracellular solute-binding protein  23.16 
 
 		 399 aa  69.3  0.0000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0450213  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4988  extracellular solute-binding protein  23.9 
 
 		 414 aa  68.2  0.0000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.601947  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2603  extracellular solute-binding protein family 1  25.65 
 
 		 445 aa  66.2  0.000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0144502  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1655  extracellular solute-binding protein family 1  28.8 
 
 		 425 aa  64.3  0.000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.186521  normal  0.186231 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1316  extracellular solute-binding protein  26.56 
 
 		 423 aa  64.3  0.000000004  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0354  extracellular solute-binding protein  28 
 
 		 419 aa  63.5  0.000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.188589  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6765  extracellular solute-binding protein family 1  28.67 
 
 		 419 aa  63.5  0.000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.979933  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0523  extracellular solute-binding protein  23.27 
 
 		 416 aa  63.5  0.000000007  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5852  extracellular solute-binding protein family 1  28 
 
 		 419 aa  63.5  0.000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0719  extracellular solute-binding protein family 1  23.55 
 
 		 413 aa  62  0.00000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0236757  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0476  ABC transporter, substrate-binding protein  26.57 
 
 		 427 aa  61.6  0.00000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_2919  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  26.8 
 
 		 407 aa  61.2  0.00000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0378  extracellular solute-binding protein family 1  21.39 
 
 		 420 aa  61.2  0.00000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0475  extracellular solute-binding protein family 1  24.12 
 
 		 397 aa  60.5  0.00000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6572  extracellular solute-binding protein family 1  24.86 
 
 		 410 aa  60.8  0.00000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00103217  normal  0.480926 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2504  extracellular solute-binding protein family 1  24.35 
 
 		 442 aa  60.5  0.00000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1492  extracellular solute-binding protein  29.6 
 
 		 421 aa  60.1  0.00000007  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05090  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  27.63 
 
 		 430 aa  59.7  0.00000009  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6156  extracellular solute-binding protein family 1  24.31 
 
 		 410 aa  59.3  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.889741  hitchhiker  0.000305646 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2731  extracellular solute-binding protein family 1  24.23 
 
 		 454 aa  59.7  0.0000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1899  extracellular solute-binding protein, putative  21.91 
 
 		 416 aa  58.5  0.0000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.41529  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1634  sugar ABC transporter, sugar-binding protein  21.91 
 
 		 416 aa  58.5  0.0000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1420  extracellular solute-binding protein  22.67 
 
 		 424 aa  58.2  0.0000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.979516  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00780  extracellular solute-binding protein family 1  22.92 
 
 		 411 aa  58.5  0.0000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0480859  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2315  extracellular solute-binding protein  25.32 
 
 		 455 aa  58.5  0.0000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.271919 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1296  extracellular solute-binding protein family 1  21.9 
 
 		 443 aa  57.8  0.0000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.190784  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2683  extracellular solute-binding protein family 1  24.71 
 
 		 446 aa  58.2  0.0000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.50155  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3910  extracellular solute-binding protein family 1  26.23 
 
 		 412 aa  57.8  0.0000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.198843 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>