More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2102 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_2102  extracellular solute-binding protein family 1  100 
 
 		 439 aa  907    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2395  extracellular solute-binding protein family 1  95.67 
 
 		 451 aa  845    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1688  oligogalacturonide ABC transporter, periplasmic oligogalacturonide-binding protein  49.76 
 
 		 430 aa  429  1e-119  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0550228  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1798  extracellular solute-binding protein  49.76 
 
 		 430 aa  429  1e-119  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.763472  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1904  extracellular solute-binding protein family 1  49.18 
 
 		 429 aa  427  1e-118  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.172949  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2197  extracellular solute-binding protein family 1  49.41 
 
 		 429 aa  427  1e-118  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.700843  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2037  extracellular solute-binding protein family 1  48.71 
 
 		 430 aa  425  1e-118  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2648  oligogalacturonide ABC transporter periplasmic oligogalacturonide-binding protein  49.76 
 
 		 430 aa  427  1e-118  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.316005  normal  0.159215 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3292  extracellular solute-binding protein  48.36 
 
 		 428 aa  421  1e-116  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.309737 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3369  extracellular solute-binding protein family 1  46.73 
 
 		 430 aa  417  9.999999999999999e-116  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0825  extracellular solute-binding protein family 1  49.52 
 
 		 429 aa  416  9.999999999999999e-116  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1966  extracellular solute-binding protein family 1  47.31 
 
 		 430 aa  412  1e-114  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.810983  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0777  extracellular solute-binding protein  43.52 
 
 		 428 aa  384  1e-105  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0697  extracellular solute-binding protein family 1  35.7 
 
 		 433 aa  281  2e-74  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4040  extracellular solute-binding protein family 1  37.38 
 
 		 434 aa  281  2e-74  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3784  extracellular solute-binding protein family 1  35.06 
 
 		 430 aa  276  7e-73  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4051  extracellular solute-binding protein family 1  34.1 
 
 		 434 aa  258  2e-67  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4050  extracellular solute-binding protein family 1  35.05 
 
 		 433 aa  250  4e-65  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2376  extracellular solute-binding protein family 1  30.51 
 
 		 438 aa  168  1e-40  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0619  extracellular solute-binding protein  25.43 
 
 		 463 aa  133  6e-30  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.0000037115  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0499  extracellular solute-binding protein family 1  30.51 
 
 		 434 aa  130  5.0000000000000004e-29  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000057577 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2460  extracellular solute-binding protein family 1  24.57 
 
 		 441 aa  129  7.000000000000001e-29  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.372805  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0437  extracellular solute-binding protein family 1  28.97 
 
 		 424 aa  127  5e-28  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00000010114  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0919  extracellular solute-binding protein family 1  27.01 
 
 		 441 aa  126  9e-28  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3329  extracellular solute-binding protein  25.66 
 
 		 428 aa  121  1.9999999999999998e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.955635  normal  0.757839 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1199  extracellular solute-binding protein family 1  26.7 
 
 		 432 aa  117  6e-25  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000829014 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1126  extracellular solute-binding protein  27.4 
 
 		 432 aa  114  4.0000000000000004e-24  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.190587  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2036  extracellular solute-binding protein family 1  24.4 
 
 		 439 aa  112  1.0000000000000001e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.182591  normal  0.899466 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3131  extracellular solute-binding protein family 1  25.36 
 
 		 422 aa  109  1e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00803878 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29730  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  24.62 
 
 		 434 aa  108  2e-22  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5580  ABC transporter/Periplasmic pectin oligomer binding protein  25.34 
 
 		 427 aa  107  5e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4335  extracellular solute-binding protein family 1  24.86 
 
 		 428 aa  106  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000444207 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3329  extracellular solute-binding protein  24.93 
 
 		 431 aa  105  2e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0332045  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3119  extracellular solute-binding protein family 1  25.53 
 
 		 428 aa  105  2e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03450  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  24.55 
 
 		 416 aa  104  4e-21  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.355174 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3326  extracellular solute-binding protein  27.68 
 
 		 453 aa  104  4e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00000398294  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2081  extracellular solute-binding protein family 1  22.38 
 
 		 434 aa  104  4e-21  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.159947  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3899  extracellular solute-binding protein family 1  25.07 
 
 		 435 aa  103  7e-21  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1702  sugar-binding protein  24.08 
 
 		 442 aa  102  1e-20  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.981171  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0806  extracellular solute-binding protein family 1  21.24 
 
 		 437 aa  102  1e-20  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0510551 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0895  extracellular solute-binding protein family 1  25.23 
 
 		 436 aa  98.2  2e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.441999 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29740  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  23.98 
 
 		 437 aa  97.4  5e-19  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05230  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  33.33 
 
 		 450 aa  97.4  5e-19  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.808581  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1049  extracellular solute-binding protein family 1  25.81 
 
 		 437 aa  97.4  5e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.340866 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3124  extracellular solute-binding protein family 1  23.84 
 
 		 429 aa  97.1  6e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0621948 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3128  extracellular solute-binding protein family 1  24.64 
 
 		 450 aa  97.1  6e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0477771 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4015  extracellular solute-binding protein family 1  24.42 
 
 		 428 aa  96.7  8e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.946152  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4006  extracellular solute-binding protein family 1  23.12 
 
 		 428 aa  94.4  4e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4344  extracellular solute-binding protein family 1  25.29 
 
 		 428 aa  94  4e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0302279  hitchhiker  0.00000351134 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2647  extracellular solute-binding protein family 1  26.46 
 
 		 446 aa  92.8  1e-17  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.890591  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3402  extracellular solute-binding protein  22.41 
 
 		 451 aa  92.8  1e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000236647  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0780  extracellular solute-binding protein  24.38 
 
 		 436 aa  89.7  9e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0793  extracellular solute-binding protein family 1  23.62 
 
 		 442 aa  88.6  2e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0145438 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3578  extracellular solute-binding protein  24.93 
 
 		 428 aa  87.4  5e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.608798  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3324  extracellular solute-binding protein  25.18 
 
 		 427 aa  86.7  7e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.000420771  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3895  extracellular solute-binding protein  31.56 
 
 		 411 aa  86.3  9e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4520  extracellular solute-binding protein  32.09 
 
 		 415 aa  85.1  0.000000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0970  extracellular solute-binding protein family 1  32.58 
 
 		 428 aa  85.5  0.000000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.153801  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0748  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein, putative  26.23 
 
 		 411 aa  84.7  0.000000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.537127  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05420  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  23.37 
 
 		 438 aa  83.2  0.000000000000008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0143899  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0476  ABC transporter, substrate-binding protein  25.16 
 
 		 427 aa  81.3  0.00000000000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1727  extracellular solute-binding protein family 1  26.75 
 
 		 422 aa  79.3  0.0000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0897  extracellular solute-binding protein family 1  23.86 
 
 		 446 aa  79  0.0000000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0316444  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0589  extracellular solute-binding protein family 1  22.71 
 
 		 452 aa  78.6  0.0000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.289831  normal  0.0417818 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0698  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  26.46 
 
 		 366 aa  78.2  0.0000000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.436581  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2144  extracellular solute-binding protein family 1  30.14 
 
 		 432 aa  78.2  0.0000000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2537  extracellular solute-binding protein family 1  23.39 
 
 		 450 aa  77  0.0000000000006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.272028  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2466  extracellular solute-binding protein family 1  32.32 
 
 		 415 aa  77  0.0000000000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0930087 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0690  extracellular solute-binding protein  23.4 
 
 		 402 aa  77  0.0000000000006  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.678935  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2571  extracellular solute-binding protein  25.46 
 
 		 417 aa  76.6  0.0000000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3146  extracellular solute-binding protein  31.14 
 
 		 424 aa  75.5  0.000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0629231  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1420  extracellular solute-binding protein  26.03 
 
 		 424 aa  75.1  0.000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.979516  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1534  extracellular solute-binding protein family 1  24.63 
 
 		 436 aa  73.9  0.000000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.191711  decreased coverage  0.00957964 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2959  extracellular solute-binding protein family 1  25.93 
 
 		 437 aa  73.9  0.000000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2310  extracellular solute-binding protein family 1  24.02 
 
 		 425 aa  73.6  0.000000000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000523246  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0348  extracellular solute-binding protein family 1  31.41 
 
 		 419 aa  73.6  0.000000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2016  extracellular solute-binding protein  26.27 
 
 		 408 aa  72.8  0.00000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00148299  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0045  extracellular solute-binding protein family 1  26.19 
 
 		 414 aa  71.6  0.00000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.713374  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4988  extracellular solute-binding protein  25.75 
 
 		 414 aa  71.2  0.00000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.601947  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0323  family 1 extracellular solute-binding protein  23.17 
 
 		 432 aa  70.9  0.00000000004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3622  extracellular solute-binding protein family 1  22.59 
 
 		 412 aa  71.2  0.00000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0381  extracellular solute-binding protein family 1  28.88 
 
 		 421 aa  71.2  0.00000000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2818  extracellular solute-binding protein  22.8 
 
 		 488 aa  70.1  0.00000000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.179577  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20520  extracellular solute-binding protein family 1  24.72 
 
 		 417 aa  69.3  0.0000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.561553  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0558  extracellular solute-binding protein family 1  22.94 
 
 		 444 aa  69.3  0.0000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2267  extracellular solute-binding protein family 1  33.78 
 
 		 445 aa  69.7  0.0000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00064551 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0514  extracellular solute-binding protein family 1  24.88 
 
 		 426 aa  67.8  0.0000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2546  extracellular solute-binding protein  22.8 
 
 		 488 aa  68.2  0.0000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.39868  normal  0.139719 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0753  extracellular solute-binding protein  27.58 
 
 		 429 aa  67.8  0.0000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00037903  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3910  extracellular solute-binding protein family 1  22.04 
 
 		 412 aa  67.8  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.198843 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4557  extracellular solute-binding protein  26.85 
 
 		 412 aa  67.8  0.0000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.302395  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1316  extracellular solute-binding protein  23.36 
 
 		 423 aa  67.4  0.0000000004  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0523  extracellular solute-binding protein  27.46 
 
 		 416 aa  67.4  0.0000000005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7208  extracellular solute-binding protein family 1  28.32 
 
 		 410 aa  67  0.0000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2588  extracellular solute-binding protein  25.66 
 
 		 419 aa  66.6  0.0000000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.000485668  normal  1 
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_2919  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  26.64 
 
 		 407 aa  66.6  0.0000000009  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4688  extracellular solute-binding protein family 1  26.06 
 
 		 418 aa  66.2  0.000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.733472 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4057  extracellular solute-binding protein  28.44 
 
 		 410 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3988  extracellular solute-binding protein family 1  26.67 
 
 		 422 aa  65.5  0.000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0434  extracellular solute-binding protein  25.99 
 
 		 452 aa  65.9  0.000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.396307 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>