More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_4019 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013757  Gobs_4019  putative PAS/PAC sensor protein  100 
 
 
614 aa  1191    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0227  putative PAS/PAC sensor protein  49.59 
 
 
607 aa  462  1e-129  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.456595  hitchhiker  0.00174766 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0433  putative PAS/PAC sensor protein  49.33 
 
 
627 aa  454  1.0000000000000001e-126  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.546697  normal  0.0890628 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0750  putative PAS/PAC sensor protein  40 
 
 
546 aa  288  2.9999999999999996e-76  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.754604  normal  0.0245877 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4478  putative PAS/PAC sensor protein  44.32 
 
 
652 aa  268  2e-70  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0359873 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4640  putative PAS/PAC sensor protein  59.26 
 
 
427 aa  265  2e-69  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.74459  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0086  putative PAS/PAC sensor protein  47.7 
 
 
685 aa  258  2e-67  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.65346  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4988  putative PAS/PAC sensor protein  48.3 
 
 
866 aa  246  9.999999999999999e-64  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.952168  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1571  putative PAS/PAC sensor protein  47.89 
 
 
562 aa  244  3.9999999999999997e-63  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0098  putative PAS/PAC sensor protein  37.38 
 
 
865 aa  238  2e-61  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0698116  normal  0.0487213 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2239  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  53.88 
 
 
553 aa  236  1.0000000000000001e-60  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0947  putative PAS/PAC sensor protein  46.86 
 
 
956 aa  224  4.9999999999999996e-57  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.360212  normal  0.074138 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4996  putative PAS/PAC sensor protein  46.62 
 
 
572 aa  220  7.999999999999999e-56  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4485  putative PAS/PAC sensor protein  47.32 
 
 
547 aa  218  2e-55  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.110526  normal  0.135585 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1419  putative PAS/PAC sensor protein  51.59 
 
 
770 aa  213  5.999999999999999e-54  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2009  putative PAS/PAC sensor protein  35.85 
 
 
932 aa  213  1e-53  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.240269  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0401  putative PAS/PAC sensor protein  38.85 
 
 
544 aa  211  2e-53  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00113041  normal  0.0129071 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13090  Stage II sporulation protein E (SpoIIE)  43.87 
 
 
576 aa  205  3e-51  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0347  putative PAS/PAC sensor protein  44.62 
 
 
723 aa  204  6e-51  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1552  PAS:protein phosphatase 2C-like:GAF  40.13 
 
 
618 aa  197  7e-49  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06030  serine phosphatase RsbU, regulator of sigma subunit  34.39 
 
 
567 aa  195  2e-48  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.486099  normal  0.150997 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1895  putative PAS/PAC sensor protein  40.06 
 
 
574 aa  187  5e-46  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.757129 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3278  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  47.47 
 
 
775 aa  186  1.0000000000000001e-45  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.771244  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4347  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  46.33 
 
 
576 aa  186  1.0000000000000001e-45  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0230944  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1588  putative PAS/PAC sensor protein  40.76 
 
 
607 aa  181  4.999999999999999e-44  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.127314 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1252  putative PAS/PAC sensor protein  42.36 
 
 
730 aa  180  5.999999999999999e-44  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1632  putative PAS/PAC sensor protein  40.68 
 
 
583 aa  180  5.999999999999999e-44  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.30723 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2025  putative PAS/PAC sensor protein  45.25 
 
 
930 aa  179  1e-43  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.76545  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7089  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  36.3 
 
 
697 aa  178  2e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0288523  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3356  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  43.55 
 
 
692 aa  179  2e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.223934  normal  0.0312208 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1271  PAS:protein phosphatase 2C-like:GAF  39.81 
 
 
585 aa  176  1.9999999999999998e-42  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0325345  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1606  putative PAS/PAC sensor protein  35.81 
 
 
693 aa  175  1.9999999999999998e-42  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.132491  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2399  putative PAS/PAC sensor protein  36.62 
 
 
700 aa  171  3e-41  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.249407  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2019  protein serine/threonine phosphatase  43.98 
 
 
308 aa  170  6e-41  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0207  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  34.88 
 
 
613 aa  168  2.9999999999999998e-40  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00647646 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3313  putative PAS/PAC sensor protein  33.41 
 
 
692 aa  165  2.0000000000000002e-39  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3812  putative PAS/PAC sensor protein  38.59 
 
 
757 aa  166  2.0000000000000002e-39  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.719446  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0106  PAS protein phosphatase 2C-like  37.11 
 
 
670 aa  164  5.0000000000000005e-39  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0659  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  35.9 
 
 
450 aa  160  7e-38  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.808889  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2140  PAS/protein phosphatase 2C-like  37.22 
 
 
688 aa  157  7e-37  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.731032  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1882  putative PAS/PAC sensor protein  36.71 
 
 
721 aa  154  5.9999999999999996e-36  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.755669 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0116  multi-sensor signal transduction histidine kinase  40.98 
 
 
1711 aa  153  1e-35  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.257821  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3709  putative PAS/PAC sensor protein  32.68 
 
 
570 aa  150  5e-35  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.551598 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3140  protein serine/threonine phosphatase  39.03 
 
 
745 aa  150  6e-35  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.444013  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4776  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.18 
 
 
1248 aa  146  1e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5033  putative PAS/PAC sensor protein  37.1 
 
 
760 aa  145  3e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0617  putative PAS/PAC sensor protein  35.48 
 
 
580 aa  145  3e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1931  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.13 
 
 
1385 aa  144  6e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3797  putative GAF sensor protein  37.77 
 
 
828 aa  139  1e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.818563 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0350  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.13 
 
 
1390 aa  138  3.0000000000000003e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0937102  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0360  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.13 
 
 
1390 aa  138  3.0000000000000003e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.592677 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0339  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.13 
 
 
1390 aa  138  3.0000000000000003e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.726297  normal  0.77171 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4423  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.68 
 
 
1361 aa  136  9e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.498632 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6994  putative PAS/PAC sensor protein  40.32 
 
 
797 aa  136  9.999999999999999e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.126059  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3855  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  41.18 
 
 
560 aa  135  1.9999999999999998e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.574477  normal  0.471316 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5311  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  34.6 
 
 
952 aa  135  3e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2966  protein serine/threonine phosphatase  38.55 
 
 
716 aa  135  3e-30  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.451872  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4619  putative PAS/PAC sensor protein  42.39 
 
 
409 aa  134  3.9999999999999996e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2814  putative PAS/PAC sensor protein  33.02 
 
 
709 aa  133  9e-30  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0793374  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1752  protein phosphatase 2C-like  34.43 
 
 
591 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2597  putative PAS/PAC sensor protein  37.76 
 
 
594 aa  132  1.0000000000000001e-29  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.158438 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4521  putative GAF sensor protein  34.72 
 
 
851 aa  130  6e-29  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3110  putative PAS/PAC sensor protein  34.71 
 
 
697 aa  129  1.0000000000000001e-28  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.63551  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31980  serine phosphatase RsbU, regulator of sigma subunit  35.41 
 
 
453 aa  129  1.0000000000000001e-28  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0585203  normal  0.149129 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35220  PAS domain S-box  38.64 
 
 
771 aa  129  2.0000000000000002e-28  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4118  ANTAR domain protein with unknown sensor  42.25 
 
 
847 aa  129  2.0000000000000002e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7544  Signal transduction histidine kinase-like protein  36.23 
 
 
1051 aa  128  3e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1151  serine phosphatase  36.07 
 
 
713 aa  128  4.0000000000000003e-28  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4775  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.54 
 
 
1383 aa  126  1e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7237  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  35.74 
 
 
579 aa  125  2e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4164  putative PAS/PAC sensor protein  34.52 
 
 
688 aa  124  4e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.412767  normal  0.407902 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2406  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.18 
 
 
1301 aa  124  7e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34940  fused histidine kinase with GAF domain/SpoIIE-like protein  31.47 
 
 
537 aa  124  7e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.24735  normal  0.897834 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8733  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  38.17 
 
 
532 aa  123  8e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4080  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  36.33 
 
 
738 aa  122  1.9999999999999998e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.32388  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7300  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  34.59 
 
 
573 aa  121  3.9999999999999996e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0838  putative PAS/PAC sensor protein  32.87 
 
 
754 aa  120  7.999999999999999e-26  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13140  bacteriophytochrome (light-regulated signal transduction histidine kinase)  38.25 
 
 
772 aa  119  9.999999999999999e-26  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0700  sensory box/response regulator  35.59 
 
 
637 aa  119  1.9999999999999998e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2084  sensor histidine kinase  34.72 
 
 
816 aa  118  3e-25  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1241  putative PAS/PAC sensor protein  38.26 
 
 
1432 aa  118  3.9999999999999997e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00402812 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0524  putative PAS/PAC sensor protein  32.47 
 
 
744 aa  118  3.9999999999999997e-25  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00695402 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3606  protein serine/threonine phosphatase  38.87 
 
 
395 aa  118  3.9999999999999997e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3954  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.19 
 
 
1370 aa  117  5e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.364846  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3638  protein serine/threonine phosphatase  39.75 
 
 
693 aa  117  6e-25  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.718947  normal  0.379759 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3071  protein serine/threonine phosphatase  43.69 
 
 
260 aa  117  6e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.136695 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4163  putative PAS/PAC sensor protein  37.26 
 
 
1039 aa  117  6.9999999999999995e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0226672 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2074  sensor histidine kinase  34.2 
 
 
816 aa  117  7.999999999999999e-25  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1739  PAS/protein phosphatase 2C-like  33.55 
 
 
817 aa  116  1.0000000000000001e-24  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2418  protein serine/threonine phosphatase  33.95 
 
 
746 aa  116  1.0000000000000001e-24  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.724517 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4519  putative GAF sensor protein  39.9 
 
 
755 aa  115  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4166  putative PAS/PAC sensor protein  33.04 
 
 
765 aa  114  5e-24  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.299427  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3329  ANTAR domain protein with unknown sensor  34.51 
 
 
830 aa  113  9e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3736  putative PAS/PAC sensor protein  43.31 
 
 
1017 aa  113  1.0000000000000001e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4200  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  32.52 
 
 
702 aa  113  1.0000000000000001e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00190608  normal  0.0466919 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6225  putative PAS/PAC sensor protein  34.43 
 
 
713 aa  113  1.0000000000000001e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5315  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  37.55 
 
 
750 aa  112  2.0000000000000002e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.315721 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0541  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  34.32 
 
 
445 aa  112  3e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3370  PAS sensor protein  34.66 
 
 
713 aa  112  3e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.277761  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4921  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  37.61 
 
 
549 aa  111  4.0000000000000004e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.923256  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>