More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_4619 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009921  Franean1_4619  putative PAS/PAC sensor protein  100 
 
 
409 aa  811    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4776  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.04 
 
 
1248 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1931  multi-sensor signal transduction histidine kinase  44.14 
 
 
1385 aa  171  3e-41  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4423  multi-sensor signal transduction histidine kinase  42.91 
 
 
1361 aa  169  1e-40  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.498632 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3954  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.63 
 
 
1370 aa  164  3e-39  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.364846  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0116  multi-sensor signal transduction histidine kinase  44.4 
 
 
1711 aa  163  5.0000000000000005e-39  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.257821  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3797  putative GAF sensor protein  40.59 
 
 
828 aa  159  8e-38  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.818563 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4521  putative GAF sensor protein  40.57 
 
 
851 aa  156  5.0000000000000005e-37  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0350  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.37 
 
 
1390 aa  148  2.0000000000000003e-34  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0937102  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0360  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.37 
 
 
1390 aa  148  2.0000000000000003e-34  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.592677 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0339  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.37 
 
 
1390 aa  148  2.0000000000000003e-34  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.726297  normal  0.77171 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3356  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  39.92 
 
 
692 aa  146  5e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.223934  normal  0.0312208 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3606  protein serine/threonine phosphatase  41.92 
 
 
395 aa  145  1e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1739  PAS/protein phosphatase 2C-like  37.16 
 
 
817 aa  139  8.999999999999999e-32  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2074  sensor histidine kinase  41.11 
 
 
816 aa  139  1e-31  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2084  sensor histidine kinase  40.56 
 
 
816 aa  137  4e-31  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4098  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  40.23 
 
 
1045 aa  137  4e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.108116 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4019  putative PAS/PAC sensor protein  42.39 
 
 
614 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0617  putative PAS/PAC sensor protein  35.37 
 
 
580 aa  133  5e-30  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3736  putative PAS/PAC sensor protein  39.83 
 
 
1017 aa  133  5e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4775  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.41 
 
 
1383 aa  133  5e-30  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3110  putative PAS/PAC sensor protein  40.64 
 
 
697 aa  132  7.999999999999999e-30  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.63551  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1606  putative PAS/PAC sensor protein  38.68 
 
 
693 aa  130  4.0000000000000003e-29  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.132491  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2406  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.23 
 
 
1301 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0433  putative PAS/PAC sensor protein  45.51 
 
 
627 aa  129  1.0000000000000001e-28  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.546697  normal  0.0890628 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1241  putative PAS/PAC sensor protein  39.84 
 
 
1432 aa  127  4.0000000000000003e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00402812 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4640  putative PAS/PAC sensor protein  39.22 
 
 
427 aa  127  5e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.74459  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0227  putative PAS/PAC sensor protein  36.4 
 
 
607 aa  126  6e-28  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.456595  hitchhiker  0.00174766 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2597  putative PAS/PAC sensor protein  40.82 
 
 
594 aa  124  2e-27  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.158438 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3764  putative PAS/PAC sensor protein  40.82 
 
 
643 aa  125  2e-27  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.124369  normal  0.415801 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0098  putative PAS/PAC sensor protein  36.9 
 
 
865 aa  124  3e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0698116  normal  0.0487213 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3739  response regulator receiver modulated serine phosphatase  38.84 
 
 
523 aa  124  3e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.433453  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4485  putative PAS/PAC sensor protein  36.59 
 
 
547 aa  124  4e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.110526  normal  0.135585 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34940  fused histidine kinase with GAF domain/SpoIIE-like protein  35.62 
 
 
537 aa  123  5e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.24735  normal  0.897834 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3501  putative PAS/PAC sensor protein  37.07 
 
 
1225 aa  122  9.999999999999999e-27  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.480314  normal  0.404449 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31980  serine phosphatase RsbU, regulator of sigma subunit  33.33 
 
 
453 aa  121  1.9999999999999998e-26  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0585203  normal  0.149129 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13090  Stage II sporulation protein E (SpoIIE)  32.22 
 
 
576 aa  121  1.9999999999999998e-26  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7544  Signal transduction histidine kinase-like protein  31.55 
 
 
1051 aa  120  3e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3709  putative PAS/PAC sensor protein  35.77 
 
 
570 aa  120  4.9999999999999996e-26  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.551598 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1895  putative PAS/PAC sensor protein  35.22 
 
 
574 aa  120  4.9999999999999996e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.757129 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2019  protein serine/threonine phosphatase  34.84 
 
 
308 aa  119  7e-26  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3812  putative PAS/PAC sensor protein  41.15 
 
 
757 aa  119  7e-26  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.719446  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13140  bacteriophytochrome (light-regulated signal transduction histidine kinase)  40.57 
 
 
772 aa  119  7.999999999999999e-26  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3278  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  37.61 
 
 
775 aa  118  1.9999999999999998e-25  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.771244  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1419  putative PAS/PAC sensor protein  36.36 
 
 
770 aa  118  1.9999999999999998e-25  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0401  putative PAS/PAC sensor protein  38.87 
 
 
544 aa  118  1.9999999999999998e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00113041  normal  0.0129071 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0750  putative PAS/PAC sensor protein  37.98 
 
 
546 aa  117  3.9999999999999997e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.754604  normal  0.0245877 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0743  putative PAS/PAC sensor protein  37.14 
 
 
855 aa  117  5e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.565533 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2239  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  34.82 
 
 
553 aa  117  5e-25  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0659  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  36.03 
 
 
450 aa  116  6e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.808889  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5165  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  39.13 
 
 
583 aa  116  6.9999999999999995e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.115407  normal  0.0326575 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0106  PAS protein phosphatase 2C-like  34.57 
 
 
670 aa  116  7.999999999999999e-25  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4164  putative PAS/PAC sensor protein  34.95 
 
 
688 aa  115  1.0000000000000001e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.412767  normal  0.407902 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4478  putative PAS/PAC sensor protein  36.99 
 
 
652 aa  115  2.0000000000000002e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0359873 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3140  protein serine/threonine phosphatase  35.06 
 
 
745 aa  115  2.0000000000000002e-24  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.444013  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3329  ANTAR domain protein with unknown sensor  36.36 
 
 
830 aa  114  3e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06030  serine phosphatase RsbU, regulator of sigma subunit  32.13 
 
 
567 aa  113  5e-24  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.486099  normal  0.150997 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4519  putative GAF sensor protein  37.07 
 
 
755 aa  113  7.000000000000001e-24  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1632  putative PAS/PAC sensor protein  37.28 
 
 
583 aa  112  9e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.30723 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2140  PAS/protein phosphatase 2C-like  32.92 
 
 
688 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.731032  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3855  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  36.67 
 
 
560 aa  111  2.0000000000000002e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.574477  normal  0.471316 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2966  protein serine/threonine phosphatase  33.69 
 
 
716 aa  112  2.0000000000000002e-23  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.451872  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4996  putative PAS/PAC sensor protein  33.33 
 
 
572 aa  111  2.0000000000000002e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0086  putative PAS/PAC sensor protein  35.32 
 
 
685 aa  111  2.0000000000000002e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.65346  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2114  anti-sigma-factor antagonist  38.21 
 
 
618 aa  112  2.0000000000000002e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.39314  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7237  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  34.63 
 
 
579 aa  111  2.0000000000000002e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0109  putative PAS/PAC sensor protein  36.73 
 
 
776 aa  110  4.0000000000000004e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.310164  normal  0.141702 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0250  PAS containing protein phosphatase 2C-like  35.09 
 
 
753 aa  110  5e-23  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.337993  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3071  protein serine/threonine phosphatase  36.64 
 
 
260 aa  110  5e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.136695 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7300  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  35.95 
 
 
573 aa  110  6e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4200  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  34.22 
 
 
702 aa  109  9.000000000000001e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00190608  normal  0.0466919 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1552  PAS:protein phosphatase 2C-like:GAF  32.24 
 
 
618 aa  108  1e-22  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1818  protein serine/threonine phosphatase  34.29 
 
 
309 aa  108  1e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.23057  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11810  PAS domain S-box  31.9 
 
 
502 aa  108  1e-22  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.85834  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5852  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  34.01 
 
 
424 aa  108  1e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.910285  normal  0.678328 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4118  ANTAR domain protein with unknown sensor  31.9 
 
 
847 aa  108  2e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7089  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  34.43 
 
 
697 aa  108  2e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0288523  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5033  putative PAS/PAC sensor protein  35.08 
 
 
760 aa  108  2e-22  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1571  putative PAS/PAC sensor protein  34.94 
 
 
562 aa  107  5e-22  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6003  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  32.79 
 
 
616 aa  106  7e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.697266  normal  0.4865 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4347  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  37.04 
 
 
576 aa  106  7e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0230944  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3370  PAS sensor protein  37.04 
 
 
713 aa  106  7e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.277761  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4080  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  35.68 
 
 
738 aa  106  7e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.32388  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4163  putative PAS/PAC sensor protein  35.42 
 
 
1039 aa  106  8e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0226672 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1252  putative PAS/PAC sensor protein  32.4 
 
 
730 aa  106  8e-22  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4988  putative PAS/PAC sensor protein  32.93 
 
 
866 aa  106  9e-22  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.952168  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3313  putative PAS/PAC sensor protein  32.85 
 
 
692 aa  105  1e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6649  signal transduction histidine kinase  42.19 
 
 
739 aa  105  1e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1989  putative PAS/PAC sensor protein  37.44 
 
 
722 aa  105  2e-21  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.965966  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4166  putative PAS/PAC sensor protein  34.59 
 
 
765 aa  105  2e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.299427  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0347  putative PAS/PAC sensor protein  33.2 
 
 
723 aa  104  3e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1588  putative PAS/PAC sensor protein  34.29 
 
 
607 aa  103  5e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.127314 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1752  protein phosphatase 2C-like  33.33 
 
 
591 aa  103  6e-21  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6792  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  37.57 
 
 
585 aa  102  1e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3089  putative PAS/PAC sensor protein  32.15 
 
 
676 aa  99.8  8e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35220  PAS domain S-box  30.56 
 
 
771 aa  99.4  1e-19  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6994  putative PAS/PAC sensor protein  34.75 
 
 
797 aa  99.4  1e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.126059  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0524  putative PAS/PAC sensor protein  34.7 
 
 
744 aa  99.4  1e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00695402 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2009  putative PAS/PAC sensor protein  32.27 
 
 
932 aa  99  1e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.240269  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2418  protein serine/threonine phosphatase  36.44 
 
 
746 aa  99.4  1e-19  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.724517 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>