203 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2301 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_2301  SMC domain protein  100 
 
 		 987 aa  1950    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1922  SMC domain protein  91.89 
 
 		 987 aa  1733    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.664102 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1725  nuclease SbcCD, C subunit, putative  44.02 
 
 		 813 aa  405  1e-111  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.536729  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1375  DNA repair ATPase  43.14 
 
 		 814 aa  392  1e-107  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.000000000366162  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1874  SMC domain protein  24.65 
 
 		 1021 aa  184  6e-45  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0748  SMC domain-containing protein  23.26 
 
 		 935 aa  134  1.0000000000000001e-29  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.874201  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2570  SMC domain-containing protein  27.65 
 
 		 984 aa  109  3e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2343  SMC domain protein  28.75 
 
 		 912 aa  90.1  2e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2009  hypothetical protein  37.41 
 
 		 922 aa  77.4  0.000000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2437  SMC domain protein  26.55 
 
 		 924 aa  77  0.000000000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0371  chromosome segregation protein  25.54 
 
 		 890 aa  72.8  0.00000000003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0711  SMC domain-containing protein  29.03 
 
 		 994 aa  72.4  0.00000000004  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  decreased coverage  0.00173757  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0855  SMC domain protein  37.89 
 
 		 802 aa  70.9  0.0000000001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.128097  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0549  exonuclease SbcC, putative  24.88 
 
 		 859 aa  69.7  0.0000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2898  chromosome segregation protein  26.74 
 
 		 891 aa  68.9  0.0000000004  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0652  SMC domain-containing protein  39.77 
 
 		 1019 aa  68.9  0.0000000005  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.105285  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1495  SMC domain protein  25.09 
 
 		 895 aa  66.2  0.000000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0586  SMC domain-containing protein  37.5 
 
 		 993 aa  65.5  0.000000004  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.594919  normal  0.0182683 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0939  SMC domain-containing protein  29.95 
 
 		 812 aa  65.5  0.000000004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0924914  normal  0.567341 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1332  SMC domain-containing protein  37.5 
 
 		 993 aa  65.5  0.000000005  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3179  SMC domain-containing protein  30.86 
 
 		 1023 aa  63.9  0.00000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.0019664  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0961  SMC domain protein  24.62 
 
 		 891 aa  63.9  0.00000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000356641  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0018  SMC domain protein  36.96 
 
 		 862 aa  64.3  0.00000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.0623828 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0525  SMC domain-containing protein  24.93 
 
 		 859 aa  63.2  0.00000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0315541  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_490  DNA repair ATPase  24.63 
 
 		 859 aa  63.5  0.00000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  unclonable  0.0000109294  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3877  exonuclease SbcC  25.1 
 
 		 1016 aa  62.4  0.00000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.371142  normal  0.0827458 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1617  SMC domain-containing protein  27.08 
 
 		 1057 aa  62.4  0.00000004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0237  SMC domain-containing protein  35.23 
 
 		 993 aa  62.4  0.00000004  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0769992  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1501  SMC-like protein  33.06 
 
 		 888 aa  61.6  0.00000006  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0181  chromosome segregation protein  25.6 
 
 		 902 aa  61.6  0.00000006  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3541  exonuclease SbcC  25.32 
 
 		 1003 aa  61.2  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.757761  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0360  chromosome segregation protein  33.02 
 
 		 1074 aa  60.8  0.0000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0985  SMC domain-containing protein  25.22 
 
 		 702 aa  60.8  0.0000001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.0000497741 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0025  chromosome segregation protein SMC  21.89 
 
 		 1146 aa  58.9  0.0000005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.962242  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1709  exonuclease SbcC  30.05 
 
 		 1008 aa  58.5  0.0000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1637  SMC domain-containing protein  28.57 
 
 		 795 aa  58.5  0.0000006  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1257  SMC domain protein  24.58 
 
 		 1019 aa  58.5  0.0000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.861215  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1364  ATP-dependent dsDNA exonuclease  28.5 
 
 		 1059 aa  58.2  0.0000007  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1213  SMC domain-containing protein  31.01 
 
 		 806 aa  58.2  0.0000008  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1811  SMC domain-containing protein  24.26 
 
 		 794 aa  58.2  0.0000008  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.305534 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1142  SMC domain protein  24.71 
 
 		 857 aa  57.8  0.000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0995  DNA repair ATPase-like protein  28.35 
 
 		 910 aa  57  0.000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.923551 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0823  SMC protein-like protein  26.88 
 
 		 910 aa  57  0.000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.465313  normal  1 
 
 
-
 
NC_013206  Aaci_3009  SMC domain protein  32.58 
 
 		 514 aa  57  0.000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1245  SMC domain-containing protein  32.26 
 
 		 693 aa  56.6  0.000003  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1155  SMC domain-containing protein  32.99 
 
 		 852 aa  55.8  0.000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1300  SMC domain-containing protein  32.99 
 
 		 852 aa  55.8  0.000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.975813  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2951  SMC domain protein  31.02 
 
 		 1031 aa  55.5  0.000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00128287  unclonable  0.000000102622 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2539  ABC transporter related  38.46 
 
 		 531 aa  55.5  0.000005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.552748 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_13301  RecF protein:ABC transporter  47.92 
 
 		 918 aa  55.5  0.000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.639467 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1012  condensin subunit Smc  30.56 
 
 		 1149 aa  55.5  0.000005  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.750966 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2750  DNA replication and repair protein RecF  33.77 
 
 		 387 aa  55.1  0.000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.433504  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0762  SMC domain-containing protein  35.56 
 
 		 858 aa  55.1  0.000006  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.0108669  decreased coverage  0.00239369 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0068  Rad50 zinc hook domain protein  21.1 
 
 		 864 aa  54.7  0.000008  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.191393  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1746  hypothetical protein  33.68 
 
 		 1065 aa  54.7  0.000009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1081  SMC domain-containing protein  31.82 
 
 		 804 aa  54.3  0.00001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  hitchhiker  0.000660429  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0302  SMC domain-containing protein  34.41 
 
 		 702 aa  54.3  0.00001  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0521  SMC domain protein  28.65 
 
 		 1011 aa  54.7  0.00001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27300  DNA repair ATPase  32.22 
 
 		 1022 aa  54.3  0.00001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0427932  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04030  Exodeoxyribonuclease I subunit C  25.14 
 
 		 1108 aa  53.9  0.00002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0894457  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1472  ABC transporter related protein  37.65 
 
 		 520 aa  52.8  0.00003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0003  DNA replication and repair protein RecF  43.14 
 
 		 365 aa  52.8  0.00003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.390569  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1484  SMC domain-containing protein  44.23 
 
 		 1061 aa  52.8  0.00003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0728646  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0948  SMC domain protein  23.4 
 
 		 789 aa  52.8  0.00003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.217826  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4484  DNA repair protein RecN  36.23 
 
 		 547 aa  52.8  0.00003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0356  SMC domain-containing protein  23.27 
 
 		 700 aa  52.8  0.00003  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1819  SMC domain-containing protein  24 
 
 		 702 aa  52.4  0.00004  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  decreased coverage  0.000524613  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2377  hypothetical protein  35.71 
 
 		 581 aa  52.4  0.00004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.169203  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2185  chromosome segregation protein SMC  30 
 
 		 1146 aa  52.4  0.00004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1443  ATPase for DNA repair  29.08 
 
 		 1046 aa  52  0.00005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0772  SMC domain protein  22.11 
 
 		 961 aa  52.4  0.00005  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00238509  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0003  DNA replication and repair protein RecF  36.11 
 
 		 415 aa  52.4  0.00005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.000000951254  normal  0.107465 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_53629  DNA repair protein  27.18 
 
 		 1306 aa  52.4  0.00005  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.440366 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2848  exonuclease SbcC  27.27 
 
 		 1308 aa  52  0.00006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_46490  predicted protein  33.33 
 
 		 1209 aa  51.6  0.00006  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.0173437 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4561  exonuclease SbcC  25.51 
 
 		 1007 aa  51.6  0.00007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2789  SMC domain protein  25.75 
 
 		 926 aa  51.6  0.00007  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1408  DNA repair ATPase-like protein  27.3 
 
 		 1009 aa  51.6  0.00008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000306703  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1435  putative exonuclease SbcC  27.3 
 
 		 1009 aa  51.6  0.00008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.00155429  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0003  DNA replication and repair protein RecF  34.83 
 
 		 370 aa  51.2  0.00009  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.152297 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1626  SMC domain protein  35.53 
 
 		 978 aa  51.2  0.00009  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_28736  predicted protein  35.58 
 
 		 1313 aa  50.4  0.0001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0004  DNA replication and repair protein RecF  42.22 
 
 		 379 aa  50.1  0.0002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2118  DNA repair protein RecN  35.82 
 
 		 546 aa  50.1  0.0002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.513575  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2505  SMC protein-like protein  34.04 
 
 		 1265 aa  50.4  0.0002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0217131  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0004  recombination protein F  42.22 
 
 		 371 aa  50.1  0.0002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00656338  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1540  SMC domain protein  33.64 
 
 		 1182 aa  50.4  0.0002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0004  DNA replication and repair protein RecF  41.18 
 
 		 373 aa  49.7  0.0002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.346024  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0793  DNA repair protein RecN  35.82 
 
 		 546 aa  50.4  0.0002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.628008 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0703  DNA repair protein RecN  35.82 
 
 		 546 aa  50.1  0.0002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1362  DNA replication and repair protein RecF  32.98 
 
 		 339 aa  50.4  0.0002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_54192  predicted protein  31.52 
 
 		 1099 aa  49.7  0.0003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1061  hypothetical protein  29.81 
 
 		 712 aa  49.7  0.0003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00298037  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00030  DNA replication and repair protein RecF  28.26 
 
 		 404 aa  49.7  0.0003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0004  DNA replication and repair protein RecF  42.22 
 
 		 377 aa  49.3  0.0003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.780515  decreased coverage  0.00205006 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1737  hypothetical protein  37.5 
 
 		 617 aa  49.7  0.0003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0183917  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0015  DNA replication and repair protein RecF  34.25 
 
 		 340 aa  49.3  0.0003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.486493  n/a   
 
 
-
 
NC_006686  CND02930  chromosome associated protein, putative  48 
 
 		 1208 aa  49.3  0.0004  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.828344  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4150  ABC transporter related  34.44 
 
 		 237 aa  48.9  0.0004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0004  recombination protein F  34.38 
 
 		 371 aa  49.3  0.0004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.106759  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>