210 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_2505 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_2505  SMC protein-like protein  100 
 
 		 1265 aa  2522    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0217131  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03135  exonuclease SbcC  37.14 
 
 		 1238 aa  662    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.520091  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2451  SMC domain-containing protein  46.86 
 
 		 1232 aa  914    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1333  nuclease sbcCD subunit C  39.52 
 
 		 1226 aa  669    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3304  exonuclease SbcC  40.85 
 
 		 1227 aa  689    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3108  SMC domain protein  38.14 
 
 		 1227 aa  625  1e-177  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.885936  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11550  ATP-dependent dsDNA exonuclease SbcC  38.01 
 
 		 1137 aa  598  1e-169  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.055976  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2355  SMC domain-containing protein  35.61 
 
 		 1247 aa  530  1e-149  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1980  SMC domain-containing protein  31.09 
 
 		 1227 aa  439  1e-121  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2080  exonuclease SbcC  29.84 
 
 		 1219 aa  427  1e-118  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3443  SMC protein-like  38.37 
 
 		 1232 aa  367  1e-99  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4849  nuclease sbcCD subunit C  32.21 
 
 		 1211 aa  365  4e-99  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0713621  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0894  SMC domain-containing protein  40.44 
 
 		 1165 aa  355  4e-96  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.60496  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3538  SMC domain-containing protein  56.81 
 
 		 1144 aa  329  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.862786  normal  0.561749 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1039  exonuclease SbcC  49.61 
 
 		 1083 aa  313  2e-83  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.772605  normal  0.479303 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00345  exonuclease, dsDNA, ATP-dependent  56.29 
 
 		 1048 aa  309  2.0000000000000002e-82  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00349  hypothetical protein  56.29 
 
 		 1048 aa  309  2.0000000000000002e-82  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3236  exonuclease subunit SbcC  56.29 
 
 		 1047 aa  309  2.0000000000000002e-82  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.528521  hitchhiker  0.0000322457 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0464  exonuclease subunit SbcC  56.29 
 
 		 1047 aa  309  2.0000000000000002e-82  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3212  exonuclease SbcC  52.42 
 
 		 1048 aa  308  3e-82  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.223053  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0316  exonuclease subunit SbcC  56.29 
 
 		 1047 aa  308  3e-82  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.53041  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0424  exonuclease subunit SbcC  56.29 
 
 		 1047 aa  309  3e-82  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0472  exonuclease subunit SbcC  56.29 
 
 		 1047 aa  308  4.0000000000000004e-82  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.227308  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0426  exonuclease subunit SbcC  56.15 
 
 		 1047 aa  308  5.0000000000000004e-82  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.442969  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1919  SMC protein, N-terminal  55.45 
 
 		 1155 aa  306  2.0000000000000002e-81  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0438  exonuclease subunit SbcC  52.29 
 
 		 1046 aa  305  3.0000000000000004e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0433  exonuclease subunit SbcC  52.29 
 
 		 1046 aa  305  3.0000000000000004e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.2903  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0493  exonuclease subunit SbcC  52.29 
 
 		 1046 aa  305  3.0000000000000004e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0432  exonuclease subunit SbcC  52.29 
 
 		 1046 aa  305  5.000000000000001e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0451  exonuclease subunit SbcC  51.99 
 
 		 1046 aa  303  1e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.8799  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2917  SMC domain protein  42.35 
 
 		 1227 aa  291  7e-77  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.605657  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0865  exonuclease subunit SbcC  54.82 
 
 		 1042 aa  289  2e-76  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.379439  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2637  SMC domain-containing protein  51.51 
 
 		 1164 aa  288  4e-76  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.257916  normal  0.0339127 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3139  nuclease SbcCD, C subunit  56.48 
 
 		 1229 aa  288  5.999999999999999e-76  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.642669  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3289  nuclease SbcCD, C subunit  59.73 
 
 		 1220 aa  287  8e-76  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.267466 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3278  SMC domain-containing protein  59.73 
 
 		 1229 aa  287  8e-76  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.116021  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1006  SMC domain protein  51.21 
 
 		 1227 aa  285  3.0000000000000004e-75  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.817412  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2848  exonuclease SbcC  53.97 
 
 		 1308 aa  263  1e-68  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1315  SMC domain protein  34.31 
 
 		 1223 aa  263  1e-68  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.082994  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0204  ATP-dependent dsDNA exonuclease (SbcC)-like  35.96 
 
 		 1088 aa  263  2e-68  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.18794  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1730  exonuclease  50.4 
 
 		 1223 aa  259  2e-67  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0842079  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0568  SMC domain-containing protein  40.36 
 
 		 1091 aa  257  8e-67  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.564542  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0704  ATP-dependent dsDNA exonuclease (SbcC)  35.88 
 
 		 1091 aa  254  5.000000000000001e-66  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.859038  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1303  SMC domain-containing protein  58.99 
 
 		 1234 aa  253  2e-65  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2570  SMC domain-containing protein  52.23 
 
 		 1230 aa  252  3e-65  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1158  SMC domain protein  49.55 
 
 		 1226 aa  242  2.9999999999999997e-62  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.1908  normal  0.473044 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1099  SMC domain-containing protein  47.76 
 
 		 1346 aa  236  2.0000000000000002e-60  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.00011196  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1063  exonuclease SbcCD, C subunit  44.66 
 
 		 1307 aa  224  9e-57  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1354  SMC domain-containing protein  30.68 
 
 		 1224 aa  224  9.999999999999999e-57  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1399  SMC protein-like  44.27 
 
 		 1303 aa  221  1e-55  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2539  SMC domain protein  47.69 
 
 		 1085 aa  219  2e-55  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4886  SMC domain protein  30.86 
 
 		 1244 aa  216  1.9999999999999998e-54  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.110633  normal  0.678618 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55650  putative exonuclease  32.29 
 
 		 1211 aa  205  5e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.49463  normal  0.712595 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1714  exonuclease SbcC  31.78 
 
 		 1214 aa  200  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.595206  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1584  SMC domain-containing protein  37.76 
 
 		 1214 aa  192  4e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.999097  hitchhiker  0.00383377 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3766  exonuclease SbcC  43.97 
 
 		 1214 aa  187  7e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0381  SMC domain protein  43.29 
 
 		 1248 aa  181  9e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.610563  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1556  SMC domain-containing protein  43.48 
 
 		 1214 aa  180  2e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.291963 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1540  SMC domain protein  37.29 
 
 		 1182 aa  178  7e-43  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3217  exonuclease SbcC  52.66 
 
 		 1213 aa  177  9.999999999999999e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2024  SMC domain protein  54.91 
 
 		 1214 aa  176  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3718  SMC domain-containing protein  54.91 
 
 		 1214 aa  175  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1149  SMC protein-like protein  36.36 
 
 		 1101 aa  163  2e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0305  SMC domain-containing protein  42.71 
 
 		 1248 aa  154  1e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.447501 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0349  SMC domain protein  58.78 
 
 		 1248 aa  152  4e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.920237  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1821  SMC domain protein  48.4 
 
 		 1280 aa  142  3.9999999999999997e-32  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.137398  normal  0.989347 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0467  exonuclease SbcC  35.74 
 
 		 1245 aa  140  2e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.929503  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0462  exonuclease SbcC  35.74 
 
 		 1247 aa  139  5e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.345469  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0433  exonuclease SbcC  35.32 
 
 		 1245 aa  132  4.0000000000000003e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0782061  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01050  DNA repair ATPase  33.47 
 
 		 953 aa  123  3e-26  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04030  Exodeoxyribonuclease I subunit C  23.41 
 
 		 1108 aa  121  7.999999999999999e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0894457  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05654  DNA repair exonuclease  28.57 
 
 		 1018 aa  121  9.999999999999999e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2703  SMC domain protein  34.43 
 
 		 1018 aa  119  5e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0776806  hitchhiker  0.0000173958 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1640  SMC domain-containing protein  34.43 
 
 		 1018 aa  119  5e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0173468  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1677  SMC domain-containing protein  34.43 
 
 		 1018 aa  119  5e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0491089  normal  0.364632 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1655  SMC domain-containing protein  34.64 
 
 		 1018 aa  118  6e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00224161  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6451  exonuclease SbcC  40.24 
 
 		 1291 aa  118  7.999999999999999e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0663249  normal  0.0228854 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2633  SMC domain-containing protein  33.05 
 
 		 1018 aa  117  1.0000000000000001e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.158627  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2702  putative exonuclease  45.71 
 
 		 881 aa  117  2.0000000000000002e-24  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  decreased coverage  0.0098926  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1268  exonuclease SbcC, putative  44.3 
 
 		 1020 aa  117  2.0000000000000002e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0566832  hitchhiker  0.000365685 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0760  SMC domain protein  33.2 
 
 		 1165 aa  115  4.0000000000000004e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000289262  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0627  exonuclease  43.06 
 
 		 995 aa  115  6e-24  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.246624  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2305  SMC domain protein  44.44 
 
 		 1025 aa  115  7.000000000000001e-24  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000506659 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0084  exonuclease sbcC  24 
 
 		 1039 aa  115  8.000000000000001e-24  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0982  SMC domain-containing protein  42.66 
 
 		 906 aa  112  3e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0454  putative exonuclease SbcC  33.22 
 
 		 1013 aa  112  4.0000000000000004e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0052  SMC domain protein  37.9 
 
 		 1049 aa  112  6e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0918  exonuclease SbcC  44.85 
 
 		 1009 aa  112  6e-23  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.286851  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2456  SMC domain-containing protein  28.92 
 
 		 1018 aa  112  6e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.053709  unclonable  0.00000627318 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1532  SMC domain-containing protein  46.21 
 
 		 1018 aa  111  7.000000000000001e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000252521  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0205  exonuclease SbcC  34.6 
 
 		 1172 aa  111  8.000000000000001e-23  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.305096  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000033  exonuclease SbcC  33.79 
 
 		 1018 aa  110  1e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00466596  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0207  exonuclease SbcC  34.12 
 
 		 1172 aa  110  2e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10590  DNA repair ATPase  45.27 
 
 		 1081 aa  110  2e-22  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.659565  hitchhiker  0.0000000614784 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1408  DNA repair ATPase-like protein  40.56 
 
 		 1009 aa  109  3e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000306703  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1435  putative exonuclease SbcC  40.56 
 
 		 1009 aa  109  3e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.00155429  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2166  SMC domain-containing protein  40.89 
 
 		 1249 aa  109  3e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2122  exonuclease  30 
 
 		 1029 aa  108  4e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.837048  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1736  SMC domain-containing protein  36.11 
 
 		 1029 aa  108  6e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0965884  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3060  SMC domain-containing protein  47.15 
 
 		 1018 aa  108  6e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.496903  normal  0.0254363 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>