More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_1257 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013501  Rmar_1257  SMC domain protein  100 
 
 		 1019 aa  1949    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.861215  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3179  SMC domain-containing protein  33.52 
 
 		 1023 aa  448  1.0000000000000001e-124  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.0019664  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0905  SMC domain-containing protein  33.21 
 
 		 1022 aa  403  1e-111  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.995306  hitchhiker  0.000299578 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1709  exonuclease SbcC  33.05 
 
 		 1008 aa  402  9.999999999999999e-111  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2951  SMC domain protein  32.69 
 
 		 1031 aa  399  1e-109  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00128287  unclonable  0.000000102622 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4561  exonuclease SbcC  30.7 
 
 		 1007 aa  390  1e-107  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0549  exonuclease SbcC, putative  30.96 
 
 		 859 aa  384  1e-105  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4093  SMC domain-containing protein  33.61 
 
 		 1022 aa  385  1e-105  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.240758  normal  0.708538 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3111  exonuclease SbcC  28.88 
 
 		 1008 aa  372  1e-101  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_490  DNA repair ATPase  30.96 
 
 		 859 aa  371  1e-101  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  unclonable  0.0000109294  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3009  exonuclease SbcC  28.79 
 
 		 1008 aa  371  1e-101  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.291694  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3541  exonuclease SbcC  33.33 
 
 		 1003 aa  370  1e-101  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.757761  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3877  exonuclease SbcC  30.63 
 
 		 1016 aa  369  1e-100  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.371142  normal  0.0827458 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0525  SMC domain-containing protein  36.36 
 
 		 859 aa  226  1e-57  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0315541  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0696  exonuclease SbcC  30.78 
 
 		 1007 aa  209  3e-52  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0772  SMC domain protein  23.51 
 
 		 961 aa  187  1.0000000000000001e-45  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00238509  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1142  SMC domain protein  35.29 
 
 		 857 aa  175  3.9999999999999995e-42  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1736  SMC domain-containing protein  24.29 
 
 		 1029 aa  167  1.0000000000000001e-39  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0965884  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2326  putative exonuclease  25.09 
 
 		 1029 aa  151  5e-35  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.678825  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2998  putative exonuclease  25.5 
 
 		 1029 aa  149  3e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.0000658197  decreased coverage  0.00861967 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0918  exonuclease SbcC  21.59 
 
 		 1009 aa  148  5e-34  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.286851  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0521  SMC domain protein  23.32 
 
 		 1011 aa  148  6e-34  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2461  putative exonuclease  25.23 
 
 		 1029 aa  147  1e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000696116  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1484  SMC domain-containing protein  25.68 
 
 		 1061 aa  147  1e-33  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0728646  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2391  exonuclease, putative  24.82 
 
 		 1029 aa  145  3e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.15331  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2136  exonuclease SbcC  24.39 
 
 		 1029 aa  145  5e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.142558  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2379  putative exonuclease  24.27 
 
 		 1029 aa  145  5e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2122  exonuclease  24.29 
 
 		 1029 aa  143  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.837048  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2167  SMC domain-containing protein  23.86 
 
 		 1029 aa  143  1.9999999999999998e-32  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0876433  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0171  nuclease SbcCD, C subunit, putative  21.94 
 
 		 1030 aa  142  3e-32  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2199  exonuclease  24.2 
 
 		 1029 aa  140  2e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2360  exonuclease  24.2 
 
 		 1029 aa  140  2e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.293135  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1268  exonuclease SbcC, putative  26.79 
 
 		 1020 aa  133  2.0000000000000002e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0566832  hitchhiker  0.000365685 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04030  Exodeoxyribonuclease I subunit C  22.84 
 
 		 1108 aa  133  2.0000000000000002e-29  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0894457  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0084  exonuclease sbcC  22.14 
 
 		 1039 aa  130  1.0000000000000001e-28  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05654  DNA repair exonuclease  24.56 
 
 		 1018 aa  127  7e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000033  exonuclease SbcC  24.18 
 
 		 1018 aa  127  1e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00466596  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1617  SMC domain-containing protein  24.51 
 
 		 1057 aa  125  3e-27  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1031  SMC domain-containing protein  23.6 
 
 		 1033 aa  123  1.9999999999999998e-26  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0982  SMC domain-containing protein  28.86 
 
 		 906 aa  107  8e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0762  SMC domain-containing protein  22.06 
 
 		 858 aa  107  1e-21  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.0108669  decreased coverage  0.00239369 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1364  ATP-dependent dsDNA exonuclease  24.8 
 
 		 1059 aa  107  1e-21  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0068  Rad50 zinc hook domain protein  21.5 
 
 		 864 aa  106  2e-21  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.191393  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0961  SMC domain protein  22.39 
 
 		 891 aa  103  2e-20  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000356641  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0586  SMC domain-containing protein  21.41 
 
 		 993 aa  102  3e-20  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.594919  normal  0.0182683 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1882  SMC domain protein  32.01 
 
 		 904 aa  100  1e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.600097  normal  0.549876 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1246  SMC domain-containing protein  22.32 
 
 		 1038 aa  100  2e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1551  SMC domain-containing protein  30.52 
 
 		 824 aa  98.6  5e-19  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.875451  normal  0.721096 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0704  ATP-dependent dsDNA exonuclease (SbcC)  23.25 
 
 		 1091 aa  98.6  6e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.859038  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0823  SMC protein-like protein  29.45 
 
 		 910 aa  97.8  8e-19  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.465313  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0237  SMC domain-containing protein  21.19 
 
 		 993 aa  97.1  2e-18  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0769992  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6131  SMC domain protein  32.12 
 
 		 851 aa  95.9  4e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.983245 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5894  DNA repair ATPase-like protein  22.74 
 
 		 1029 aa  95.5  5e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0510725  hitchhiker  0.00862936 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2384  exonuclease SbcC  31.31 
 
 		 1099 aa  94  1e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00297099  hitchhiker  0.00111486 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3777  exonuclease SbcC  32.7 
 
 		 1103 aa  92  5e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  unclonable  0.00618704  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1495  SMC domain protein  29.1 
 
 		 895 aa  91.7  6e-17  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1915  SMC domain protein  30.21 
 
 		 815 aa  91.3  9e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00125008  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1435  putative exonuclease SbcC  22.36 
 
 		 1009 aa  90.9  1e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.00155429  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1408  DNA repair ATPase-like protein  22.36 
 
 		 1009 aa  90.9  1e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000306703  n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2789  SMC domain protein  22.31 
 
 		 926 aa  90.1  2e-16  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1332  SMC domain-containing protein  22.97 
 
 		 993 aa  89.7  3e-16  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0673  SMC domain protein  26.56 
 
 		 1116 aa  89  4e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00700495  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0568  SMC domain-containing protein  24.49 
 
 		 1091 aa  89  5e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.564542  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0052  SMC domain protein  24.05 
 
 		 1049 aa  87.4  0.000000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4031  SMC domain-containing protein  28.38 
 
 		 810 aa  87  0.000000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.515725  normal  0.378288 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55650  putative exonuclease  34.45 
 
 		 1211 aa  87.4  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.49463  normal  0.712595 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4849  nuclease sbcCD subunit C  34.45 
 
 		 1211 aa  87.4  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0713621  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2437  SMC domain protein  28.84 
 
 		 924 aa  87  0.000000000000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1556  SMC domain-containing protein  37.19 
 
 		 1214 aa  85.1  0.000000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.291963 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2024  SMC domain protein  37.19 
 
 		 1214 aa  85.1  0.000000000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3718  SMC domain-containing protein  37.19 
 
 		 1214 aa  85.1  0.000000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1584  SMC domain-containing protein  37.19 
 
 		 1214 aa  84.7  0.000000000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.999097  hitchhiker  0.00383377 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2843  exonuclease SbcC, putative  27.81 
 
 		 1018 aa  84.7  0.000000000000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2898  chromosome segregation protein  29.61 
 
 		 891 aa  83.2  0.00000000000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3217  exonuclease SbcC  36.13 
 
 		 1213 aa  82.8  0.00000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1714  exonuclease SbcC  36.97 
 
 		 1214 aa  82  0.00000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.595206  normal  1 
 
 
-
 
NC_010158  YpAngola_0037  RecF/RecN/SMC domain-containing protein  26.89 
 
 		 638 aa  82  0.00000000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000359393  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1626  SMC domain protein  24.25 
 
 		 978 aa  81.6  0.00000000000007  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3766  exonuclease SbcC  36.97 
 
 		 1214 aa  81.3  0.00000000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0454  putative exonuclease SbcC  34.09 
 
 		 1013 aa  80.9  0.0000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1496  SMC domain-containing protein  28.51 
 
 		 824 aa  79  0.0000000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  decreased coverage  0.00508772  hitchhiker  0.000363104 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2080  exonuclease SbcC  35 
 
 		 1219 aa  79  0.0000000000005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0371  chromosome segregation protein  29.16 
 
 		 890 aa  78.2  0.0000000000008  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11550  ATP-dependent dsDNA exonuclease SbcC  29.04 
 
 		 1137 aa  77.8  0.0000000000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.055976  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1488  SMC domain protein  29.57 
 
 		 1114 aa  77.4  0.000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3060  SMC domain-containing protein  31.72 
 
 		 1018 aa  76.6  0.000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.496903  normal  0.0254363 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1149  SMC protein-like protein  39.25 
 
 		 1101 aa  76.3  0.000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6451  exonuclease SbcC  32.26 
 
 		 1291 aa  75.9  0.000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0663249  normal  0.0228854 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2305  SMC domain protein  31.33 
 
 		 1025 aa  75.9  0.000000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000506659 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01270  DNA repair ATPase  30.63 
 
 		 1047 aa  76.3  0.000000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3946  exonuclease protein  30.19 
 
 		 1024 aa  75.9  0.000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2519  SMC domain-containing protein  33.1 
 
 		 1018 aa  75.9  0.000000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00280637  unclonable  0.0000395857 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0760  SMC domain protein  24.84 
 
 		 1165 aa  75.9  0.000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000289262  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1655  SMC domain-containing protein  31.72 
 
 		 1018 aa  75.5  0.000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00224161  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1677  SMC domain-containing protein  31.72 
 
 		 1018 aa  75.5  0.000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0491089  normal  0.364632 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1245  SMC domain-containing protein  26.22 
 
 		 693 aa  75.5  0.000000000005  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2703  SMC domain protein  31.72 
 
 		 1018 aa  75.5  0.000000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0776806  hitchhiker  0.0000173958 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2449  SMC domain-containing protein  33.1 
 
 		 1018 aa  75.5  0.000000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00634989  unclonable  0.0000000000799023 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1300  SMC domain-containing protein  24.65 
 
 		 852 aa  75.5  0.000000000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.975813  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1640  SMC domain-containing protein  31.72 
 
 		 1018 aa  75.5  0.000000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0173468  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>