196 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_1556 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2024  SMC domain protein  92.09 
 
 		 1214 aa  1974    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3766  exonuclease SbcC  58.86 
 
 		 1214 aa  1221    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1714  exonuclease SbcC  58.29 
 
 		 1214 aa  1217    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.595206  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3217  exonuclease SbcC  61.14 
 
 		 1213 aa  1339    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55650  putative exonuclease  46.67 
 
 		 1211 aa  843    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.49463  normal  0.712595 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3718  SMC domain-containing protein  91.6 
 
 		 1214 aa  1952    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4849  nuclease sbcCD subunit C  46.27 
 
 		 1211 aa  838    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0713621  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1584  SMC domain-containing protein  84.1 
 
 		 1214 aa  1801    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.999097  hitchhiker  0.00383377 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1556  SMC domain-containing protein  100 
 
 		 1214 aa  2364    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.291963 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4886  SMC domain protein  33.62 
 
 		 1244 aa  451  1e-125  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.110633  normal  0.678618 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1149  SMC protein-like protein  50 
 
 		 1101 aa  326  2e-87  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1540  SMC domain protein  31.43 
 
 		 1182 aa  236  2.0000000000000002e-60  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0305  SMC domain-containing protein  45.81 
 
 		 1248 aa  229  2e-58  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.447501 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0381  SMC domain protein  55.88 
 
 		 1248 aa  228  5.0000000000000005e-58  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.610563  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0349  SMC domain protein  56.86 
 
 		 1248 aa  228  6e-58  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.920237  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1821  SMC domain protein  48.63 
 
 		 1280 aa  219  4e-55  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.137398  normal  0.989347 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3278  SMC domain-containing protein  45.12 
 
 		 1229 aa  202  3e-50  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.116021  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3139  nuclease SbcCD, C subunit  45.12 
 
 		 1229 aa  202  3e-50  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.642669  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0704  ATP-dependent dsDNA exonuclease (SbcC)  29.79 
 
 		 1091 aa  198  5.000000000000001e-49  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.859038  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0432  exonuclease subunit SbcC  35.57 
 
 		 1046 aa  193  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3212  exonuclease SbcC  40.59 
 
 		 1048 aa  191  5.999999999999999e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.223053  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1039  exonuclease SbcC  42.42 
 
 		 1083 aa  191  7e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.772605  normal  0.479303 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1730  exonuclease  30.28 
 
 		 1223 aa  190  1e-46  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0842079  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0426  exonuclease subunit SbcC  40.88 
 
 		 1047 aa  189  2e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.442969  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00345  exonuclease, dsDNA, ATP-dependent  40.88 
 
 		 1048 aa  188  4e-46  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00349  hypothetical protein  40.88 
 
 		 1048 aa  188  4e-46  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0316  exonuclease subunit SbcC  40.88 
 
 		 1047 aa  188  5e-46  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.53041  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3236  exonuclease subunit SbcC  40.88 
 
 		 1047 aa  188  5e-46  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.528521  hitchhiker  0.0000322457 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0472  exonuclease subunit SbcC  40.88 
 
 		 1047 aa  188  5e-46  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.227308  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0464  exonuclease subunit SbcC  40.88 
 
 		 1047 aa  188  5e-46  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0438  exonuclease subunit SbcC  35.48 
 
 		 1046 aa  188  7e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0433  exonuclease subunit SbcC  35.48 
 
 		 1046 aa  187  8e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.2903  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0451  exonuclease subunit SbcC  38.97 
 
 		 1046 aa  187  9e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.8799  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0493  exonuclease subunit SbcC  39.52 
 
 		 1046 aa  187  1.0000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3538  SMC domain-containing protein  39.31 
 
 		 1144 aa  187  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.862786  normal  0.561749 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0424  exonuclease subunit SbcC  40.51 
 
 		 1047 aa  187  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11550  ATP-dependent dsDNA exonuclease SbcC  33.93 
 
 		 1137 aa  186  2.0000000000000003e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.055976  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0865  exonuclease subunit SbcC  32.3 
 
 		 1042 aa  184  1e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.379439  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0894  SMC domain-containing protein  44.49 
 
 		 1165 aa  181  7e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.60496  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1399  SMC protein-like  36.4 
 
 		 1303 aa  181  9e-44  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1063  exonuclease SbcCD, C subunit  36.53 
 
 		 1307 aa  180  2e-43  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0568  SMC domain-containing protein  38.62 
 
 		 1091 aa  177  8e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.564542  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1099  SMC domain-containing protein  36.77 
 
 		 1346 aa  176  1.9999999999999998e-42  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.00011196  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2539  SMC domain protein  39.02 
 
 		 1085 aa  175  5e-42  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0204  ATP-dependent dsDNA exonuclease (SbcC)-like  40.24 
 
 		 1088 aa  175  5e-42  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.18794  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3443  SMC protein-like  29.88 
 
 		 1232 aa  174  1e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1006  SMC domain protein  47.41 
 
 		 1227 aa  174  1e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.817412  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2848  exonuclease SbcC  38.18 
 
 		 1308 aa  169  2e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2080  exonuclease SbcC  49.42 
 
 		 1219 aa  169  2e-40  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0467  exonuclease SbcC  48.56 
 
 		 1245 aa  170  2e-40  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.929503  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0433  exonuclease SbcC  48.56 
 
 		 1245 aa  168  5e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0782061  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0462  exonuclease SbcC  48.08 
 
 		 1247 aa  167  8e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.345469  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2917  SMC domain protein  45.7 
 
 		 1227 aa  164  8.000000000000001e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.605657  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3304  exonuclease SbcC  50 
 
 		 1227 aa  162  3e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3289  nuclease SbcCD, C subunit  50.79 
 
 		 1220 aa  161  6e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.267466 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2570  SMC domain-containing protein  47.73 
 
 		 1230 aa  160  1e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1333  nuclease sbcCD subunit C  44.88 
 
 		 1226 aa  159  3e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3108  SMC domain protein  41.01 
 
 		 1227 aa  158  6e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.885936  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1315  SMC domain protein  42.58 
 
 		 1223 aa  157  8e-37  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.082994  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1354  SMC domain-containing protein  27.95 
 
 		 1224 aa  156  2e-36  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1919  SMC protein, N-terminal  47.93 
 
 		 1155 aa  155  2.9999999999999998e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03135  exonuclease SbcC  49.74 
 
 		 1238 aa  155  5.9999999999999996e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.520091  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2505  SMC protein-like protein  51.63 
 
 		 1265 aa  154  8e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0217131  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1303  SMC domain-containing protein  47.88 
 
 		 1234 aa  154  1e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1158  SMC domain protein  39.73 
 
 		 1226 aa  150  1.0000000000000001e-34  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.1908  normal  0.473044 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2355  SMC domain-containing protein  48.28 
 
 		 1247 aa  149  4.0000000000000006e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2637  SMC domain-containing protein  50.53 
 
 		 1164 aa  147  1e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.257916  normal  0.0339127 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1980  SMC domain-containing protein  46.49 
 
 		 1227 aa  145  4e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2451  SMC domain-containing protein  36.9 
 
 		 1232 aa  144  9.999999999999999e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2167  SMC domain-containing protein  29.3 
 
 		 1029 aa  118  6.9999999999999995e-25  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0876433  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1736  SMC domain-containing protein  40.32 
 
 		 1029 aa  113  2.0000000000000002e-23  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0965884  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2998  putative exonuclease  45.21 
 
 		 1029 aa  112  4.0000000000000004e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.0000658197  decreased coverage  0.00861967 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2326  putative exonuclease  45.21 
 
 		 1029 aa  112  4.0000000000000004e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.678825  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2391  exonuclease, putative  45.21 
 
 		 1029 aa  112  5e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.15331  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2122  exonuclease  45.21 
 
 		 1029 aa  112  6e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.837048  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2461  putative exonuclease  45.21 
 
 		 1029 aa  112  6e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000696116  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2379  putative exonuclease  45.21 
 
 		 1029 aa  111  7.000000000000001e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2136  exonuclease SbcC  45.21 
 
 		 1029 aa  111  8.000000000000001e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.142558  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2199  exonuclease  44.52 
 
 		 1029 aa  110  2e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2360  exonuclease  44.52 
 
 		 1029 aa  110  2e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.293135  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1408  DNA repair ATPase-like protein  44.6 
 
 		 1009 aa  110  2e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000306703  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1435  putative exonuclease SbcC  44.6 
 
 		 1009 aa  110  2e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.00155429  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0918  exonuclease SbcC  43.8 
 
 		 1009 aa  108  6e-22  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.286851  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0454  putative exonuclease SbcC  41.24 
 
 		 1013 aa  108  9e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1443  ATPase for DNA repair  37.79 
 
 		 1046 aa  107  1e-21  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2702  putative exonuclease  38.78 
 
 		 881 aa  107  1e-21  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  decreased coverage  0.0098926  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1268  exonuclease SbcC, putative  37.7 
 
 		 1020 aa  107  2e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0566832  hitchhiker  0.000365685 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0171  nuclease SbcCD, C subunit, putative  42.86 
 
 		 1030 aa  106  3e-21  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8032  potential exonuclease  36.56 
 
 		 266 aa  105  4e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2305  SMC domain protein  46.97 
 
 		 1025 aa  105  6e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000506659 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27300  DNA repair ATPase  42.11 
 
 		 1022 aa  105  7e-21  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0427932  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000033  exonuclease SbcC  24.8 
 
 		 1018 aa  104  1e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00466596  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2822  SMC domain-containing protein  39.33 
 
 		 1020 aa  103  2e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2703  SMC domain protein  43.2 
 
 		 1018 aa  102  3e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0776806  hitchhiker  0.0000173958 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1655  SMC domain-containing protein  43.2 
 
 		 1018 aa  102  3e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00224161  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1640  SMC domain-containing protein  43.2 
 
 		 1018 aa  102  3e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0173468  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2633  SMC domain-containing protein  29.86 
 
 		 1018 aa  103  3e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.158627  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1677  SMC domain-containing protein  43.2 
 
 		 1018 aa  102  3e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0491089  normal  0.364632 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1532  SMC domain-containing protein  43.2 
 
 		 1018 aa  102  5e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000252521  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0760  SMC domain protein  30.23 
 
 		 1165 aa  102  5e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000289262  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>