234 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DhcVS_490 on replicon NC_013552
Organism: Dehalococcoides sp. VS



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002936  DET0549  exonuclease SbcC, putative  95.34 
 
 		 859 aa  1650    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_490  DNA repair ATPase  100 
 
 		 859 aa  1733    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  unclonable  0.0000109294  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0525  SMC domain-containing protein  79.39 
 
 		 859 aa  1371    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0315541  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1142  SMC domain protein  29.41 
 
 		 857 aa  293  7e-78  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3179  SMC domain-containing protein  38.1 
 
 		 1023 aa  261  3e-68  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.0019664  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0905  SMC domain-containing protein  43.75 
 
 		 1022 aa  249  1e-64  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.995306  hitchhiker  0.000299578 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2951  SMC domain protein  41.69 
 
 		 1031 aa  248  2e-64  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00128287  unclonable  0.000000102622 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4093  SMC domain-containing protein  40.65 
 
 		 1022 aa  235  2.0000000000000002e-60  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.240758  normal  0.708538 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1709  exonuclease SbcC  26.61 
 
 		 1008 aa  212  2e-53  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3877  exonuclease SbcC  36.77 
 
 		 1016 aa  211  4e-53  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.371142  normal  0.0827458 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3541  exonuclease SbcC  31.6 
 
 		 1003 aa  197  5.000000000000001e-49  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.757761  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1257  SMC domain protein  51.14 
 
 		 1019 aa  197  8.000000000000001e-49  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.861215  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4561  exonuclease SbcC  30.7 
 
 		 1007 aa  197  9e-49  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0696  exonuclease SbcC  36.39 
 
 		 1007 aa  187  5e-46  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3009  exonuclease SbcC  43.52 
 
 		 1008 aa  182  2.9999999999999997e-44  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.291694  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3111  exonuclease SbcC  43.06 
 
 		 1008 aa  179  1e-43  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0948  SMC domain protein  24.8 
 
 		 789 aa  108  5e-22  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.217826  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0711  SMC domain-containing protein  30.16 
 
 		 994 aa  89.4  2e-16  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  decreased coverage  0.00173757  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1332  SMC domain-containing protein  27.65 
 
 		 993 aa  89  4e-16  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0772  SMC domain protein  32.26 
 
 		 961 aa  88.2  6e-16  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00238509  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1919  SMC protein, N-terminal  31.17 
 
 		 1155 aa  86.3  0.000000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0865  exonuclease subunit SbcC  30.53 
 
 		 1042 aa  85.1  0.000000000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.379439  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2898  chromosome segregation protein  29.17 
 
 		 891 aa  84  0.00000000000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0521  SMC domain protein  30.88 
 
 		 1011 aa  84  0.00000000000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1551  SMC domain-containing protein  26.7 
 
 		 824 aa  84  0.00000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.875451  normal  0.721096 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0586  SMC domain-containing protein  26.65 
 
 		 993 aa  82.8  0.00000000000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.594919  normal  0.0182683 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0237  SMC domain-containing protein  29.44 
 
 		 993 aa  82  0.00000000000005  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0769992  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0823  SMC protein-like protein  26.84 
 
 		 910 aa  81.3  0.00000000000007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.465313  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0652  SMC domain-containing protein  31.32 
 
 		 1019 aa  80.9  0.00000000000009  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.105285  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6131  SMC domain protein  27.51 
 
 		 851 aa  79  0.0000000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.983245 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00345  exonuclease, dsDNA, ATP-dependent  29.15 
 
 		 1048 aa  78.6  0.0000000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3236  exonuclease subunit SbcC  29.15 
 
 		 1047 aa  78.6  0.0000000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.528521  hitchhiker  0.0000322457 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0472  exonuclease subunit SbcC  29.15 
 
 		 1047 aa  78.6  0.0000000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.227308  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00349  hypothetical protein  29.15 
 
 		 1048 aa  78.6  0.0000000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0316  exonuclease subunit SbcC  29.15 
 
 		 1047 aa  78.2  0.0000000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.53041  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0464  exonuclease subunit SbcC  29.15 
 
 		 1047 aa  78.6  0.0000000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3212  exonuclease SbcC  29.15 
 
 		 1048 aa  78.2  0.0000000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.223053  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0424  exonuclease subunit SbcC  29.02 
 
 		 1047 aa  78.2  0.0000000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0982  SMC domain-containing protein  28.57 
 
 		 906 aa  77.8  0.0000000000007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0432  exonuclease subunit SbcC  28.95 
 
 		 1046 aa  77.4  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0493  exonuclease subunit SbcC  28.95 
 
 		 1046 aa  76.3  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0433  exonuclease subunit SbcC  28.95 
 
 		 1046 aa  76.6  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.2903  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0451  exonuclease subunit SbcC  28.95 
 
 		 1046 aa  76.3  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.8799  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0438  exonuclease subunit SbcC  28.95 
 
 		 1046 aa  76.3  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0426  exonuclease subunit SbcC  28.74 
 
 		 1047 aa  76.6  0.000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.442969  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2456  SMC domain-containing protein  28.67 
 
 		 1018 aa  76.3  0.000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.053709  unclonable  0.00000627318 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2633  SMC domain-containing protein  29.62 
 
 		 1018 aa  76.6  0.000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.158627  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0181  chromosome segregation protein  30.95 
 
 		 902 aa  75.9  0.000000000003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1315  SMC domain protein  29.36 
 
 		 1223 aa  75.5  0.000000000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.082994  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1063  exonuclease SbcCD, C subunit  24.78 
 
 		 1307 aa  75.1  0.000000000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2637  SMC domain-containing protein  27.59 
 
 		 1164 aa  75.1  0.000000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.257916  normal  0.0339127 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1496  SMC domain-containing protein  27.06 
 
 		 824 aa  74.7  0.000000000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  decreased coverage  0.00508772  hitchhiker  0.000363104 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1006  SMC domain protein  27.36 
 
 		 1227 aa  74.7  0.000000000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.817412  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1268  exonuclease SbcC, putative  34.81 
 
 		 1020 aa  74.7  0.000000000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0566832  hitchhiker  0.000365685 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01270  DNA repair ATPase  31.77 
 
 		 1047 aa  74.7  0.000000000008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3777  exonuclease SbcC  27.81 
 
 		 1103 aa  73.9  0.00000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  unclonable  0.00618704  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03135  exonuclease SbcC  27.72 
 
 		 1238 aa  73.9  0.00000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.520091  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0171  nuclease SbcCD, C subunit, putative  34.25 
 
 		 1030 aa  73.2  0.00000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3060  SMC domain-containing protein  28.95 
 
 		 1018 aa  73.6  0.00000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.496903  normal  0.0254363 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1655  SMC domain-containing protein  30.51 
 
 		 1018 aa  73.2  0.00000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00224161  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1589  exonuclease SbcC, putative  28.03 
 
 		 1018 aa  73.2  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2355  SMC domain-containing protein  29.73 
 
 		 1247 aa  73.2  0.00000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2843  exonuclease SbcC, putative  30.42 
 
 		 1018 aa  72.4  0.00000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0859  exonuclease SbcC  29.03 
 
 		 950 aa  72  0.00000000004  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0568  SMC domain-containing protein  27.66 
 
 		 1091 aa  72  0.00000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.564542  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1532  SMC domain-containing protein  30.67 
 
 		 1018 aa  72.4  0.00000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000252521  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2703  SMC domain protein  30.51 
 
 		 1018 aa  72  0.00000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0776806  hitchhiker  0.0000173958 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55650  putative exonuclease  25.23 
 
 		 1211 aa  71.6  0.00000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.49463  normal  0.712595 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1677  SMC domain-containing protein  30.51 
 
 		 1018 aa  72  0.00000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0491089  normal  0.364632 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3538  SMC domain-containing protein  27.27 
 
 		 1144 aa  72  0.00000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.862786  normal  0.561749 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1640  SMC domain-containing protein  30.51 
 
 		 1018 aa  72  0.00000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0173468  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01050  DNA repair ATPase  25.73 
 
 		 953 aa  71.6  0.00000000006  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2449  SMC domain-containing protein  30 
 
 		 1018 aa  71.2  0.00000000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00634989  unclonable  0.0000000000799023 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0762  SMC domain-containing protein  23.82 
 
 		 858 aa  71.6  0.00000000007  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.0108669  decreased coverage  0.00239369 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0894  SMC domain-containing protein  30.85 
 
 		 1165 aa  71.2  0.00000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.60496  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2519  SMC domain-containing protein  33.81 
 
 		 1018 aa  71.2  0.00000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00280637  unclonable  0.0000395857 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1303  SMC domain-containing protein  24.32 
 
 		 1234 aa  71.2  0.00000000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2611  exonuclease SbcC, putative  33.81 
 
 		 1018 aa  70.9  0.00000000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.153819  hitchhiker  0.0000000100584 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1039  exonuclease SbcC  28.8 
 
 		 1083 aa  70.9  0.00000000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.772605  normal  0.479303 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11550  ATP-dependent dsDNA exonuclease SbcC  28.44 
 
 		 1137 aa  70.5  0.0000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.055976  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05654  DNA repair exonuclease  27.27 
 
 		 1018 aa  70.9  0.0000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3304  exonuclease SbcC  27.96 
 
 		 1227 aa  70.5  0.0000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2702  putative exonuclease  27.81 
 
 		 881 aa  70.5  0.0000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  decreased coverage  0.0098926  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0454  putative exonuclease SbcC  26.22 
 
 		 1013 aa  70.9  0.0000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4849  nuclease sbcCD subunit C  24.52 
 
 		 1211 aa  70.1  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0713621  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1333  nuclease sbcCD subunit C  27.84 
 
 		 1226 aa  69.3  0.0000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1099  SMC domain-containing protein  29.3 
 
 		 1346 aa  68.9  0.0000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.00011196  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0084  exonuclease sbcC  30.92 
 
 		 1039 aa  69.3  0.0000000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5894  DNA repair ATPase-like protein  28.42 
 
 		 1029 aa  68.6  0.0000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0510725  hitchhiker  0.00862936 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1399  SMC protein-like  26.94 
 
 		 1303 aa  68.9  0.0000000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1736  SMC domain-containing protein  29.41 
 
 		 1029 aa  68.9  0.0000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0965884  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0204  ATP-dependent dsDNA exonuclease (SbcC)-like  26.6 
 
 		 1088 aa  68.6  0.0000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.18794  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10590  DNA repair ATPase  26.89 
 
 		 1081 aa  68.2  0.0000000007  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.659565  hitchhiker  0.0000000614784 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1584  SMC domain-containing protein  29.52 
 
 		 1214 aa  67.8  0.0000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.999097  hitchhiker  0.00383377 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3217  exonuclease SbcC  28.57 
 
 		 1213 aa  67.8  0.0000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1980  SMC domain-containing protein  26.06 
 
 		 1227 aa  67.8  0.0000000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0205  SMC domain-containing protein  30.4 
 
 		 1180 aa  67.8  0.0000000009  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1556  SMC domain-containing protein  29.52 
 
 		 1214 aa  67.8  0.0000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.291963 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3718  SMC domain-containing protein  29.52 
 
 		 1214 aa  67.8  0.0000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2024  SMC domain protein  29.52 
 
 		 1214 aa  67.4  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>