197 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_3946 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_3946  exonuclease protein  100 
 
 		 1024 aa  2033    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05654  DNA repair exonuclease  28.61 
 
 		 1018 aa  324  5e-87  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000033  exonuclease SbcC  28.48 
 
 		 1018 aa  324  6e-87  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00466596  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1268  exonuclease SbcC, putative  31.58 
 
 		 1020 aa  323  9.000000000000001e-87  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0566832  hitchhiker  0.000365685 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2822  SMC domain-containing protein  30.29 
 
 		 1020 aa  318  4e-85  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1589  exonuclease SbcC, putative  29.12 
 
 		 1018 aa  317  9.999999999999999e-85  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2843  exonuclease SbcC, putative  31.06 
 
 		 1018 aa  308  4.0000000000000004e-82  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0084  exonuclease sbcC  25.4 
 
 		 1039 aa  306  9.000000000000001e-82  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2379  putative exonuclease  26.25 
 
 		 1029 aa  305  2.0000000000000002e-81  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2122  exonuclease  26.25 
 
 		 1029 aa  305  4.0000000000000003e-81  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.837048  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2633  SMC domain-containing protein  30.48 
 
 		 1018 aa  304  5.000000000000001e-81  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.158627  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2136  exonuclease SbcC  26.25 
 
 		 1029 aa  304  6.000000000000001e-81  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.142558  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2456  SMC domain-containing protein  30.78 
 
 		 1018 aa  303  9e-81  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.053709  unclonable  0.00000627318 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2199  exonuclease  26.06 
 
 		 1029 aa  302  2e-80  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2360  exonuclease  26.06 
 
 		 1029 aa  302  2e-80  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.293135  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2461  putative exonuclease  26.25 
 
 		 1029 aa  301  3e-80  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000696116  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2519  SMC domain-containing protein  29.47 
 
 		 1018 aa  301  4e-80  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00280637  unclonable  0.0000395857 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2391  exonuclease, putative  26.52 
 
 		 1029 aa  299  2e-79  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.15331  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2998  putative exonuclease  26.93 
 
 		 1029 aa  299  2e-79  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.0000658197  decreased coverage  0.00861967 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2326  putative exonuclease  26.84 
 
 		 1029 aa  296  9e-79  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.678825  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2167  SMC domain-containing protein  26.77 
 
 		 1029 aa  293  1e-77  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0876433  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1640  SMC domain-containing protein  29.08 
 
 		 1018 aa  282  2e-74  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0173468  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1736  SMC domain-containing protein  26.12 
 
 		 1029 aa  283  2e-74  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0965884  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1677  SMC domain-containing protein  29.08 
 
 		 1018 aa  283  2e-74  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0491089  normal  0.364632 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2703  SMC domain protein  29.11 
 
 		 1018 aa  281  3e-74  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0776806  hitchhiker  0.0000173958 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1031  SMC domain-containing protein  26.18 
 
 		 1033 aa  250  7e-65  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1364  ATP-dependent dsDNA exonuclease  26.48 
 
 		 1059 aa  217  8e-55  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0171  nuclease SbcCD, C subunit, putative  27.4 
 
 		 1030 aa  184  8.000000000000001e-45  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5583  exonuclease SbcC, putative  40.77 
 
 		 1020 aa  177  9.999999999999999e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2611  exonuclease SbcC, putative  30.7 
 
 		 1018 aa  177  9.999999999999999e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.153819  hitchhiker  0.0000000100584 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1532  SMC domain-containing protein  31.28 
 
 		 1018 aa  176  1.9999999999999998e-42  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000252521  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0454  putative exonuclease SbcC  35.54 
 
 		 1013 aa  173  1e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2449  SMC domain-containing protein  28.57 
 
 		 1018 aa  172  3e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00634989  unclonable  0.0000000000799023 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1655  SMC domain-containing protein  29.69 
 
 		 1018 aa  168  5e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00224161  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3664  dsDNA exonuclease SbcC  38.03 
 
 		 1017 aa  160  1e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0982  SMC domain-containing protein  26.46 
 
 		 906 aa  159  2e-37  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3060  SMC domain-containing protein  40.37 
 
 		 1018 aa  160  2e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.496903  normal  0.0254363 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1890  DNA repair exonuclease, SbcC  30.19 
 
 		 989 aa  158  6e-37  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.295467  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0052  SMC domain protein  41.4 
 
 		 1049 aa  153  1e-35  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0627  exonuclease  30.96 
 
 		 995 aa  149  2.0000000000000003e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.246624  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0772  SMC domain protein  22.21 
 
 		 961 aa  149  3e-34  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00238509  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0733  DNA repair exonuclease, SbcC  43.52 
 
 		 962 aa  146  2e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0918  exonuclease SbcC  24.91 
 
 		 1009 aa  144  9.999999999999999e-33  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.286851  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01050  DNA repair ATPase  41.45 
 
 		 953 aa  144  9.999999999999999e-33  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2702  putative exonuclease  43.28 
 
 		 881 aa  143  1.9999999999999998e-32  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  decreased coverage  0.0098926  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1443  ATPase for DNA repair  27.92 
 
 		 1046 aa  142  3e-32  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1924  DNA repair exonuclease, SbcC  40.8 
 
 		 995 aa  140  1e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0557877  decreased coverage  0.00069537 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1408  DNA repair ATPase-like protein  40 
 
 		 1009 aa  139  4e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000306703  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1435  putative exonuclease SbcC  40 
 
 		 1009 aa  139  4e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.00155429  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1246  SMC domain-containing protein  37.86 
 
 		 1038 aa  137  9e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6451  exonuclease SbcC  44.25 
 
 		 1291 aa  137  9.999999999999999e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0663249  normal  0.0228854 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10590  DNA repair ATPase  40.44 
 
 		 1081 aa  132  3e-29  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.659565  hitchhiker  0.0000000614784 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4360  putative ATP-dependent dsDNA exonuclease  37.33 
 
 		 986 aa  131  5.0000000000000004e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.288982  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2305  SMC domain protein  45.4 
 
 		 1025 aa  129  2.0000000000000002e-28  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000506659 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1488  SMC domain protein  28.5 
 
 		 1114 aa  127  1e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2166  SMC domain-containing protein  44.29 
 
 		 1249 aa  126  2e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31440  DNA repair ATPase  41.45 
 
 		 986 aa  126  2e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.651152 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08420  exonuclease SbcC  41.55 
 
 		 1009 aa  125  6e-27  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01270  DNA repair ATPase  30.96 
 
 		 1047 aa  123  1.9999999999999998e-26  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0521  SMC domain protein  42.94 
 
 		 1011 aa  121  7.999999999999999e-26  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27300  DNA repair ATPase  40.91 
 
 		 1022 aa  119  1.9999999999999998e-25  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0427932  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0124  putative exonuclease  37.31 
 
 		 1046 aa  119  3e-25  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0895241  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2960  DNA repair exonuclease, SbcC  46.43 
 
 		 1191 aa  118  6e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.263309 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2573  SMC domain-containing protein  47.24 
 
 		 1023 aa  117  8.999999999999998e-25  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04030  Exodeoxyribonuclease I subunit C  24.07 
 
 		 1108 aa  113  2.0000000000000002e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0894457  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3418  SMC domain protein  24.87 
 
 		 1032 aa  110  1e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.157497  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1315  SMC domain protein  34.91 
 
 		 1223 aa  110  2e-22  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.082994  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55650  putative exonuclease  34.62 
 
 		 1211 aa  110  2e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.49463  normal  0.712595 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4849  nuclease sbcCD subunit C  36.91 
 
 		 1211 aa  109  2e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0713621  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0568  SMC domain-containing protein  35.05 
 
 		 1091 aa  108  6e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.564542  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0204  ATP-dependent dsDNA exonuclease (SbcC)-like  41.32 
 
 		 1088 aa  105  3e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.18794  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2024  SMC domain protein  42.24 
 
 		 1214 aa  105  4e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1556  SMC domain-containing protein  42.24 
 
 		 1214 aa  105  4e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.291963 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3718  SMC domain-containing protein  42.24 
 
 		 1214 aa  105  4e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0704  ATP-dependent dsDNA exonuclease (SbcC)  37.26 
 
 		 1091 aa  105  5e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.859038  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1584  SMC domain-containing protein  42.24 
 
 		 1214 aa  105  5e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.999097  hitchhiker  0.00383377 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3766  exonuclease SbcC  41.77 
 
 		 1214 aa  105  6e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1714  exonuclease SbcC  41.77 
 
 		 1214 aa  105  6e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.595206  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2144  DNA repair exonuclease, SbcC  41.38 
 
 		 1006 aa  104  7e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.214587  normal  0.18739 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0760  SMC domain protein  29.03 
 
 		 1165 aa  104  8e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000289262  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1354  SMC domain-containing protein  35.34 
 
 		 1224 aa  103  2e-20  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1300  SMC domain-containing protein  23.75 
 
 		 852 aa  103  2e-20  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.975813  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0207  exonuclease SbcC  30.81 
 
 		 1172 aa  102  3e-20  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0205  exonuclease SbcC  30.3 
 
 		 1172 aa  101  6e-20  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.305096  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3217  exonuclease SbcC  40 
 
 		 1213 aa  101  7e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0673  SMC domain protein  33.17 
 
 		 1116 aa  100  1e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00700495  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1155  SMC domain-containing protein  23.49 
 
 		 852 aa  100  1e-19  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1099  SMC domain-containing protein  39.18 
 
 		 1346 aa  100  2e-19  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.00011196  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3777  exonuclease SbcC  37.56 
 
 		 1103 aa  100  2e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  unclonable  0.00618704  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1063  exonuclease SbcCD, C subunit  29.21 
 
 		 1307 aa  97.4  1e-18  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1399  SMC protein-like  34.33 
 
 		 1303 aa  97.4  1e-18  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1730  exonuclease  39.62 
 
 		 1223 aa  97.1  1e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0842079  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1158  SMC domain protein  39.49 
 
 		 1226 aa  97.1  1e-18  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.1908  normal  0.473044 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0283  SMC domain protein  37.07 
 
 		 1223 aa  96.7  2e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1915  SMC domain protein  34.85 
 
 		 815 aa  97.1  2e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00125008  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2570  SMC domain-containing protein  38.15 
 
 		 1230 aa  96.3  3e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1225  putative exonuclease  38.5 
 
 		 1058 aa  95.5  4e-18  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5894  DNA repair ATPase-like protein  25.45 
 
 		 1029 aa  94.7  7e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0510725  hitchhiker  0.00862936 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2637  SMC domain-containing protein  45.75 
 
 		 1164 aa  93.2  2e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.257916  normal  0.0339127 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2539  SMC domain protein  38.24 
 
 		 1085 aa  93.2  2e-17  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>