195 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU1725 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  GSU1725  nuclease SbcCD, C subunit, putative  100 
 
 
813 aa  1623    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.536729  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1375  DNA repair ATPase  58.32 
 
 
814 aa  917    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.000000000366162  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1922  SMC domain protein  44.12 
 
 
987 aa  389  1e-107  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.664102 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2301  SMC domain protein  44.7 
 
 
987 aa  387  1e-106  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0748  SMC domain-containing protein  24.72 
 
 
935 aa  139  2e-31  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.874201  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1874  SMC domain protein  24.07 
 
 
1021 aa  127  6e-28  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2570  SMC domain-containing protein  27.37 
 
 
984 aa  114  8.000000000000001e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0939  SMC domain-containing protein  25.32 
 
 
812 aa  97.8  8e-19  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0924914  normal  0.567341 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2343  SMC domain protein  26.7 
 
 
912 aa  87.4  9e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0652  SMC domain-containing protein  25.38 
 
 
1019 aa  80.5  0.0000000000001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.105285  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2009  hypothetical protein  26.96 
 
 
922 aa  79.3  0.0000000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0961  SMC domain protein  22.33 
 
 
891 aa  71.6  0.00000000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000356641  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2898  chromosome segregation protein  28.57 
 
 
891 aa  71.2  0.00000000007  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0711  SMC domain-containing protein  22.17 
 
 
994 aa  67.8  0.0000000007  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  decreased coverage  0.00173757  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0586  SMC domain-containing protein  28.09 
 
 
993 aa  66.2  0.000000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.594919  normal  0.0182683 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1332  SMC domain-containing protein  28.09 
 
 
993 aa  66.2  0.000000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0237  SMC domain-containing protein  27.53 
 
 
993 aa  64.7  0.000000007  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0769992  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0302  SMC domain-containing protein  23.3 
 
 
702 aa  64.3  0.000000008  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0985  SMC domain-containing protein  26.44 
 
 
702 aa  63.9  0.00000001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  hitchhiker  0.0000497741 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3877  exonuclease SbcC  25 
 
 
1016 aa  62.4  0.00000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.371142  normal  0.0827458 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1637  SMC domain-containing protein  28.42 
 
 
795 aa  62.4  0.00000004  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0855  SMC domain protein  33.68 
 
 
802 aa  62  0.00000005  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.128097  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0982  SMC domain-containing protein  27.33 
 
 
906 aa  61.2  0.00000007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2437  SMC domain protein  24.84 
 
 
924 aa  61.2  0.00000008  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1245  SMC domain-containing protein  26.78 
 
 
693 aa  59.7  0.0000002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0360  chromosome segregation protein  41.38 
 
 
1074 aa  58.9  0.0000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3541  exonuclease SbcC  29.67 
 
 
1003 aa  58.9  0.0000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.757761  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1882  SMC domain protein  25.38 
 
 
904 aa  58.5  0.0000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.600097  normal  0.549876 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1501  SMC-like protein  28.57 
 
 
888 aa  57.8  0.0000009  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0823  SMC protein-like protein  29.55 
 
 
910 aa  57.4  0.000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.465313  normal 
 
 
-
 
NC_013206  Aaci_3009  SMC domain protein  34.83 
 
 
514 aa  57.4  0.000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2750  DNA replication and repair protein RecF  30.3 
 
 
387 aa  57  0.000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.433504  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2570  SMC domain-containing protein  24.32 
 
 
1230 aa  57  0.000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0944  SMC protein-like protein  26.44 
 
 
483 aa  56.6  0.000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.665094  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0762  SMC domain-containing protein  47.92 
 
 
858 aa  56.2  0.000002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.0108669  decreased coverage  0.00239369 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0003  DNA replication and repair protein RecF  26.27 
 
 
370 aa  56.2  0.000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3179  SMC domain-containing protein  30.29 
 
 
1023 aa  56.6  0.000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.0019664  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2917  SMC domain protein  26.23 
 
 
1227 aa  55.8  0.000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.605657  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0025  chromosome segregation protein SMC  22.16 
 
 
1146 aa  55.8  0.000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.962242  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1300  SMC domain-containing protein  30.43 
 
 
852 aa  55.8  0.000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.975813  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3217  exonuclease SbcC  39.51 
 
 
1213 aa  54.7  0.000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1589  exonuclease SbcC, putative  26.82 
 
 
1018 aa  54.7  0.000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3060  SMC domain-containing protein  26.73 
 
 
1018 aa  54.3  0.000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.496903  normal  0.0254363 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2539  ABC transporter related  38.3 
 
 
531 aa  53.5  0.00001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.552748 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1257  SMC domain protein  25.39 
 
 
1019 aa  53.5  0.00001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.861215  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0451  exonuclease subunit SbcC  27.91 
 
 
1046 aa  53.9  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.8799  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0018  SMC domain protein  33.7 
 
 
862 aa  53.9  0.00001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.0623828 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_490  DNA repair ATPase  23.33 
 
 
859 aa  53.1  0.00002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  unclonable  0.0000109294  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0181  chromosome segregation protein  25.43 
 
 
902 aa  53.1  0.00002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55650  putative exonuclease  33.94 
 
 
1211 aa  53.5  0.00002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.49463  normal  0.712595 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1811  SMC domain-containing protein  23.97 
 
 
794 aa  52.8  0.00002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.305534 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4849  nuclease sbcCD subunit C  33.94 
 
 
1211 aa  52.8  0.00002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0713621  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0426  exonuclease subunit SbcC  27.66 
 
 
1047 aa  52.4  0.00003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.442969  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0696  exonuclease SbcC  28.57 
 
 
1007 aa  52.4  0.00003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1556  SMC domain-containing protein  36.59 
 
 
1214 aa  52.8  0.00003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.291963 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2377  hypothetical protein  33.33 
 
 
581 aa  52.4  0.00004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.169203  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00345  exonuclease, dsDNA, ATP-dependent  27.66 
 
 
1048 aa  52  0.00005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0015  DNA replication and repair protein RecF  46.67 
 
 
340 aa  51.6  0.00005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.486493  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1364  ATP-dependent dsDNA exonuclease  27 
 
 
1059 aa  51.6  0.00005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0472  exonuclease subunit SbcC  27.66 
 
 
1047 aa  51.6  0.00005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.227308  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3236  exonuclease subunit SbcC  27.66 
 
 
1047 aa  51.6  0.00005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.528521  hitchhiker  0.0000322457 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00349  hypothetical protein  27.66 
 
 
1048 aa  52  0.00005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0464  exonuclease subunit SbcC  27.66 
 
 
1047 aa  51.6  0.00005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2848  exonuclease SbcC  23.47 
 
 
1308 aa  51.6  0.00006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0316  exonuclease subunit SbcC  27.66 
 
 
1047 aa  51.6  0.00006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.53041  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1012  condensin subunit Smc  27.27 
 
 
1149 aa  51.6  0.00006  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.750966 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0356  SMC domain-containing protein  35.21 
 
 
700 aa  51.6  0.00006  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04030  Exodeoxyribonuclease I subunit C  27.5 
 
 
1108 aa  51.6  0.00006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0894457  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1904  DNA repair protein RecN  25.98 
 
 
564 aa  51.2  0.00007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1819  SMC domain-containing protein  24.58 
 
 
702 aa  51.2  0.00007  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  decreased coverage  0.000524613  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0424  exonuclease subunit SbcC  27.66 
 
 
1047 aa  51.2  0.00007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1484  SMC domain-containing protein  31.11 
 
 
1061 aa  51.2  0.00008  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0728646  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1617  SMC domain-containing protein  24.38 
 
 
1057 aa  50.8  0.00009  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1362  DNA replication and repair protein RecF  46.67 
 
 
339 aa  50.8  0.00009  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0549  exonuclease SbcC, putative  24.32 
 
 
859 aa  50.4  0.0001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3766  exonuclease SbcC  42.42 
 
 
1214 aa  50.4  0.0001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1714  exonuclease SbcC  42.42 
 
 
1214 aa  50.4  0.0001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.595206  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0433  exonuclease subunit SbcC  27.53 
 
 
1046 aa  50.4  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.2903  normal 
 
 
-
 
NC_011675  PHATRDRAFT_51876  Rad50 DNA repair/recombination protein  35.29 
 
 
1436 aa  50.4  0.0001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.347937  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0493  exonuclease subunit SbcC  28.34 
 
 
1046 aa  50.4  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_30201  DNA repair protein RecN, ABC transporter  34.94 
 
 
562 aa  50.8  0.0001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.15425 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6131  SMC domain protein  28.81 
 
 
851 aa  50.4  0.0001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.983245 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0438  exonuclease subunit SbcC  27.53 
 
 
1046 aa  50.4  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1081  SMC domain-containing protein  41.3 
 
 
804 aa  50.8  0.0001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  hitchhiker  0.000660429  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1354  SMC domain-containing protein  26.22 
 
 
1224 aa  49.7  0.0002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_13301  RecF protein:ABC transporter  43.75 
 
 
918 aa  50.1  0.0002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.639467 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1142  SMC domain protein  23.43 
 
 
857 aa  49.7  0.0002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0521  SMC domain protein  28.57 
 
 
1011 aa  49.7  0.0002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2024  SMC domain protein  35.37 
 
 
1214 aa  49.3  0.0003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2539  SMC domain protein  45 
 
 
1085 aa  49.3  0.0003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0948  SMC domain protein  42.86 
 
 
789 aa  48.9  0.0003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.217826  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3278  SMC domain-containing protein  27.03 
 
 
1229 aa  48.9  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.116021  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1472  ABC transporter related protein  35.29 
 
 
520 aa  48.9  0.0003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3718  SMC domain-containing protein  35.37 
 
 
1214 aa  49.3  0.0003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3016  hypothetical protein  32.32 
 
 
1185 aa  48.9  0.0003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0872848  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1709  exonuclease SbcC  28 
 
 
1008 aa  48.9  0.0004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2505  SMC protein-like protein  23.81 
 
 
1265 aa  48.9  0.0004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0217131  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0003  DNA replication and repair protein RecF  39.62 
 
 
365 aa  48.9  0.0004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.390569  n/a   
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_28736  predicted protein  34.29 
 
 
1313 aa  48.9  0.0004  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0003  DNA replication and repair protein RecF  31.03 
 
 
370 aa  48.9  0.0004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.152297 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>