223 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_2848 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_2848  exonuclease SbcC  100 
 
 		 1308 aa  2613    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03135  exonuclease SbcC  34.57 
 
 		 1238 aa  562  1e-158  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.520091  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1006  SMC domain protein  38.81 
 
 		 1227 aa  396  1e-108  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.817412  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00345  exonuclease, dsDNA, ATP-dependent  53.65 
 
 		 1048 aa  329  3e-88  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00349  hypothetical protein  53.65 
 
 		 1048 aa  329  3e-88  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3236  exonuclease subunit SbcC  53.65 
 
 		 1047 aa  328  3e-88  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.528521  hitchhiker  0.0000322457 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0464  exonuclease subunit SbcC  53.65 
 
 		 1047 aa  328  3e-88  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0426  exonuclease subunit SbcC  53.63 
 
 		 1047 aa  328  4.0000000000000003e-88  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.442969  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0472  exonuclease subunit SbcC  53.65 
 
 		 1047 aa  328  4.0000000000000003e-88  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.227308  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0316  exonuclease subunit SbcC  53.65 
 
 		 1047 aa  328  4.0000000000000003e-88  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.53041  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0493  exonuclease subunit SbcC  55.18 
 
 		 1046 aa  326  1e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0432  exonuclease subunit SbcC  55.18 
 
 		 1046 aa  327  1e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0424  exonuclease subunit SbcC  53.33 
 
 		 1047 aa  327  1e-87  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0433  exonuclease subunit SbcC  55.18 
 
 		 1046 aa  327  1e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.2903  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0451  exonuclease subunit SbcC  55.18 
 
 		 1046 aa  327  1e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.8799  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0438  exonuclease subunit SbcC  55.18 
 
 		 1046 aa  326  1e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3212  exonuclease SbcC  53.33 
 
 		 1048 aa  325  5e-87  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.223053  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2917  SMC domain protein  42.24 
 
 		 1227 aa  323  9.999999999999999e-87  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.605657  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1039  exonuclease SbcC  61.13 
 
 		 1083 aa  323  1.9999999999999998e-86  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.772605  normal  0.479303 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11550  ATP-dependent dsDNA exonuclease SbcC  59.11 
 
 		 1137 aa  318  5e-85  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.055976  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3538  SMC domain-containing protein  51.52 
 
 		 1144 aa  314  6.999999999999999e-84  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.862786  normal  0.561749 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1919  SMC protein, N-terminal  57.31 
 
 		 1155 aa  311  8e-83  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2355  SMC domain-containing protein  37.53 
 
 		 1247 aa  304  6.000000000000001e-81  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0865  exonuclease subunit SbcC  54.03 
 
 		 1042 aa  301  7e-80  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.379439  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2637  SMC domain-containing protein  57.32 
 
 		 1164 aa  277  1.0000000000000001e-72  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.257916  normal  0.0339127 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0568  SMC domain-containing protein  37.06 
 
 		 1091 aa  265  4.999999999999999e-69  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.564542  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1333  nuclease sbcCD subunit C  53.49 
 
 		 1226 aa  261  5.0000000000000005e-68  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3289  nuclease SbcCD, C subunit  50.76 
 
 		 1220 aa  255  3e-66  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.267466 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2451  SMC domain-containing protein  53.22 
 
 		 1232 aa  256  3e-66  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3278  SMC domain-containing protein  50.76 
 
 		 1229 aa  255  3e-66  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.116021  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3139  nuclease SbcCD, C subunit  50.74 
 
 		 1229 aa  255  3e-66  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.642669  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0204  ATP-dependent dsDNA exonuclease (SbcC)-like  37.82 
 
 		 1088 aa  253  2e-65  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.18794  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3108  SMC domain protein  52.05 
 
 		 1227 aa  252  3e-65  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.885936  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3304  exonuclease SbcC  51.57 
 
 		 1227 aa  251  8e-65  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0704  ATP-dependent dsDNA exonuclease (SbcC)  48.41 
 
 		 1091 aa  250  1e-64  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.859038  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3443  SMC protein-like  51.17 
 
 		 1232 aa  248  6.999999999999999e-64  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1980  SMC domain-containing protein  30.9 
 
 		 1227 aa  247  9.999999999999999e-64  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2505  SMC protein-like protein  53.64 
 
 		 1265 aa  246  3e-63  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0217131  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1158  SMC domain protein  34.59 
 
 		 1226 aa  239  2e-61  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.1908  normal  0.473044 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2570  SMC domain-containing protein  39.51 
 
 		 1230 aa  239  3e-61  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1303  SMC domain-containing protein  67.24 
 
 		 1234 aa  239  3e-61  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2080  exonuclease SbcC  28.38 
 
 		 1219 aa  234  6e-60  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2539  SMC domain protein  33.49 
 
 		 1085 aa  230  2e-58  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1354  SMC domain-containing protein  33.33 
 
 		 1224 aa  223  1.9999999999999999e-56  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1315  SMC domain protein  41.76 
 
 		 1223 aa  219  4e-55  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.082994  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0894  SMC domain-containing protein  49.32 
 
 		 1165 aa  213  2e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.60496  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4849  nuclease sbcCD subunit C  30.04 
 
 		 1211 aa  201  5e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0713621  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4886  SMC domain protein  29.24 
 
 		 1244 aa  196  2e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.110633  normal  0.678618 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1099  SMC domain-containing protein  51.22 
 
 		 1346 aa  196  3e-48  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.00011196  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1399  SMC protein-like  40.94 
 
 		 1303 aa  194  9e-48  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1063  exonuclease SbcCD, C subunit  36.13 
 
 		 1307 aa  191  7e-47  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1540  SMC domain protein  39.33 
 
 		 1182 aa  182  2.9999999999999997e-44  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0305  SMC domain-containing protein  36.45 
 
 		 1248 aa  181  1e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.447501 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55650  putative exonuclease  48.95 
 
 		 1211 aa  176  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.49463  normal  0.712595 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3766  exonuclease SbcC  38.02 
 
 		 1214 aa  172  3e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1556  SMC domain-containing protein  38.11 
 
 		 1214 aa  172  3e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.291963 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0349  SMC domain protein  41.03 
 
 		 1248 aa  172  4e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.920237  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1730  exonuclease  47.15 
 
 		 1223 aa  171  8e-41  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0842079  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1584  SMC domain-containing protein  36.42 
 
 		 1214 aa  169  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.999097  hitchhiker  0.00383377 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0381  SMC domain protein  39.74 
 
 		 1248 aa  169  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.610563  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3217  exonuclease SbcC  45.5 
 
 		 1213 aa  168  5e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1714  exonuclease SbcC  52.47 
 
 		 1214 aa  168  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.595206  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2024  SMC domain protein  43.69 
 
 		 1214 aa  167  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3718  SMC domain-containing protein  43.69 
 
 		 1214 aa  165  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1821  SMC domain protein  39.53 
 
 		 1280 aa  160  1e-37  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.137398  normal  0.989347 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1149  SMC protein-like protein  43.85 
 
 		 1101 aa  150  2.0000000000000003e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0433  exonuclease SbcC  49.68 
 
 		 1245 aa  131  8.000000000000001e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0782061  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1882  SMC domain protein  32.86 
 
 		 904 aa  124  9e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.600097  normal  0.549876 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01050  DNA repair ATPase  35.12 
 
 		 953 aa  122  4.9999999999999996e-26  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0467  exonuclease SbcC  43.32 
 
 		 1245 aa  121  7.999999999999999e-26  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.929503  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0462  exonuclease SbcC  33.19 
 
 		 1247 aa  117  1.0000000000000001e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.345469  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0823  SMC protein-like protein  34.74 
 
 		 910 aa  115  4.0000000000000004e-24  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.465313  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2305  SMC domain protein  46.48 
 
 		 1025 aa  114  1.0000000000000001e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000506659 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6451  exonuclease SbcC  40.52 
 
 		 1291 aa  114  1.0000000000000001e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0663249  normal  0.0228854 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4031  SMC domain-containing protein  30.43 
 
 		 810 aa  114  2.0000000000000002e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.515725  normal  0.378288 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1268  exonuclease SbcC, putative  31.23 
 
 		 1020 aa  113  2.0000000000000002e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0566832  hitchhiker  0.000365685 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0918  exonuclease SbcC  46.32 
 
 		 1009 aa  112  3e-23  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.286851  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0627  exonuclease  41.14 
 
 		 995 aa  113  3e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.246624  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1736  SMC domain-containing protein  38.76 
 
 		 1029 aa  113  3e-23  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0965884  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2519  SMC domain-containing protein  31.33 
 
 		 1018 aa  112  4.0000000000000004e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00280637  unclonable  0.0000395857 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2449  SMC domain-containing protein  45.6 
 
 		 1018 aa  110  1e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00634989  unclonable  0.0000000000799023 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2611  exonuclease SbcC, putative  45.6 
 
 		 1018 aa  111  1e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.153819  hitchhiker  0.0000000100584 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2633  SMC domain-containing protein  45.53 
 
 		 1018 aa  111  1e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.158627  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1677  SMC domain-containing protein  45.6 
 
 		 1018 aa  110  2e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0491089  normal  0.364632 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0760  SMC domain protein  27.61 
 
 		 1165 aa  110  2e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000289262  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1655  SMC domain-containing protein  45.6 
 
 		 1018 aa  110  2e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00224161  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1532  SMC domain-containing protein  45.6 
 
 		 1018 aa  110  2e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000252521  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1640  SMC domain-containing protein  45.6 
 
 		 1018 aa  110  2e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0173468  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2703  SMC domain protein  45.6 
 
 		 1018 aa  110  2e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0776806  hitchhiker  0.0000173958 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3060  SMC domain-containing protein  32.39 
 
 		 1018 aa  109  3e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.496903  normal  0.0254363 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2702  putative exonuclease  42.14 
 
 		 881 aa  108  9e-22  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  decreased coverage  0.0098926  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0084  exonuclease sbcC  43.45 
 
 		 1039 aa  107  1e-21  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1589  exonuclease SbcC, putative  44 
 
 		 1018 aa  107  1e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2843  exonuclease SbcC, putative  44.8 
 
 		 1018 aa  107  2e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2456  SMC domain-containing protein  43.9 
 
 		 1018 aa  106  2e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.053709  unclonable  0.00000627318 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2136  exonuclease SbcC  30.74 
 
 		 1029 aa  106  3e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.142558  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1408  DNA repair ATPase-like protein  53.4 
 
 		 1009 aa  106  3e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000306703  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1435  putative exonuclease SbcC  53.4 
 
 		 1009 aa  106  3e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.00155429  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2167  SMC domain-containing protein  36.81 
 
 		 1029 aa  105  5e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0876433  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0982  SMC domain-containing protein  34.82 
 
 		 906 aa  105  5e-21  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>