More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4484 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009428  Rsph17025_0703  DNA repair protein RecN  74.16 
 
 		 546 aa  692    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2118  DNA repair protein RecN  73.97 
 
 		 546 aa  706    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.513575  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2747  DNA repair protein RecN  68.43 
 
 		 549 aa  688    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0793  DNA repair protein RecN  73.78 
 
 		 546 aa  709    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.628008 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0692  DNA repair protein RecN  68.77 
 
 		 549 aa  660    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0261152  decreased coverage  0.000301908 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4484  DNA repair protein RecN  100 
 
 		 547 aa  1042    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2413  DNA repair protein  67.35 
 
 		 553 aa  588  1e-167  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00688711  normal  0.675409 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2431  DNA repair protein RecN  54.07 
 
 		 557 aa  459  9.999999999999999e-129  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.320289  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6694  DNA repair protein RecN  52.31 
 
 		 557 aa  445  1e-123  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.478556  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3497  DNA repair protein RecN  48.73 
 
 		 553 aa  439  9.999999999999999e-123  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.185224 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2347  DNA repair protein RecN  51.48 
 
 		 557 aa  437  1e-121  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.724371 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1998  DNA repair protein RecN  50.72 
 
 		 558 aa  434  1e-120  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1377  DNA repair protein RecN  50.92 
 
 		 559 aa  429  1e-119  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.183083  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1421  DNA repair protein RecN  50.92 
 
 		 559 aa  429  1e-119  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.564129  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3295  DNA repair protein RecN  50.18 
 
 		 561 aa  430  1e-119  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4729  DNA repair protein RecN  54.84 
 
 		 553 aa  427  1e-118  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.574204  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1753  DNA repair protein RecN  50.65 
 
 		 554 aa  426  1e-118  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0331  DNA repair protein RecN  48.58 
 
 		 565 aa  426  1e-118  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.398153  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7433  DNA repair protein RecN  52.87 
 
 		 557 aa  424  1e-117  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.146948  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2067  DNA repair protein RecN  52.39 
 
 		 565 aa  421  1e-116  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.614381 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2879  DNA repair protein RecN  47.71 
 
 		 557 aa  417  9.999999999999999e-116  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2842  DNA repair protein RecN  47.6 
 
 		 557 aa  417  9.999999999999999e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.049374  hitchhiker  0.0050611 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2007  DNA repair protein RecN  49.91 
 
 		 561 aa  416  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.518502 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6163  DNA repair protein RecN (recombination protein N)  50.63 
 
 		 557 aa  417  9.999999999999999e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0430688 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3383  DNA repair protein RecN  50.62 
 
 		 561 aa  414  1e-114  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.342411  normal  0.0146677 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1289  DNA repair protein RecN  48.92 
 
 		 561 aa  414  1e-114  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2583  DNA repair protein RecN  47.42 
 
 		 557 aa  413  1e-114  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.0083659  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4037  DNA repair protein RecN  50.09 
 
 		 562 aa  410  1e-113  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.531713  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2071  DNA repair protein RecN  46.13 
 
 		 557 aa  406  1.0000000000000001e-112  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.240609  hitchhiker  0.00158855 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1061  DNA repair protein RecN  48.39 
 
 		 561 aa  406  1.0000000000000001e-112  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.73431 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1736  DNA repair protein RecN  50.54 
 
 		 554 aa  402  1e-111  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0149698  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0940  DNA repair protein RecN  50.36 
 
 		 577 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.693692  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2954  DNA repair protein RecN  48.73 
 
 		 566 aa  391  1e-107  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0217727 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3161  DNA repair protein RecN  48.95 
 
 		 570 aa  390  1e-107  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.957491  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0938  DNA repair protein RecN  43.48 
 
 		 555 aa  389  1e-107  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000961269  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0700  DNA repair protein RecN  47.5 
 
 		 554 aa  385  1e-105  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.415077 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3180  DNA repair protein RecN  48.73 
 
 		 566 aa  384  1e-105  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3137  DNA repair protein RecN  48.63 
 
 		 565 aa  384  1e-105  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.103261 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0546  DNA repair protein RecN  53.51 
 
 		 556 aa  363  5.0000000000000005e-99  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.419857 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0756  DNA repair protein RecN  51.25 
 
 		 559 aa  352  1e-95  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3099  DNA repair protein RecN  45.04 
 
 		 564 aa  351  2e-95  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.545519  normal  0.794323 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0903  DNA repair protein RecN  39.6 
 
 		 554 aa  326  8.000000000000001e-88  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0832  DNA repair protein RecN  39.6 
 
 		 554 aa  325  9e-88  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.013795  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1480  DNA repair protein RecN  41.19 
 
 		 556 aa  313  4.999999999999999e-84  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.269893  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1170  recombination and repair protein  37.88 
 
 		 552 aa  312  9e-84  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0260908 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1104  recombination and repair protein  37.7 
 
 		 552 aa  311  2e-83  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.562592 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1104  recombination and repair protein  37.52 
 
 		 552 aa  310  4e-83  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.239344  normal  0.154382 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1763  DNA repair protein RecN  40.04 
 
 		 560 aa  309  6.999999999999999e-83  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.137867  normal  0.0495571 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3462  recombination and repair protein  36.58 
 
 		 552 aa  308  2.0000000000000002e-82  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1446  DNA repair protein RecN  34.05 
 
 		 556 aa  307  4.0000000000000004e-82  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000211173  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1385  DNA repair protein  34.05 
 
 		 608 aa  306  5.0000000000000004e-82  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0276871  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2771  recombination and repair protein  36.22 
 
 		 552 aa  303  6.000000000000001e-81  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.170925  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01182  DNA repair protein RecN  39.68 
 
 		 554 aa  302  9e-81  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.239665  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1191  DNA repair protein RecN  37.23 
 
 		 559 aa  302  1e-80  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1026  recombination and repair protein  36.78 
 
 		 554 aa  302  1e-80  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3364  DNA repair protein RecN  37.07 
 
 		 559 aa  301  2e-80  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.276138  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3151  recombination and repair protein  36.8 
 
 		 552 aa  300  5e-80  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0961248  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3296  recombination and repair protein  36.8 
 
 		 552 aa  300  5e-80  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182341  decreased coverage  0.000158665 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1218  recombination and repair protein  36.8 
 
 		 552 aa  300  5e-80  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.187963  normal  0.0934404 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5421  DNA repair protein RecN  38.87 
 
 		 591 aa  300  5e-80  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3153  recombination and repair protein  36.8 
 
 		 552 aa  300  5e-80  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000145597  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0378  recombination and repair protein  34.72 
 
 		 554 aa  298  2e-79  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.116911  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1904  DNA repair protein RecN  40.18 
 
 		 564 aa  298  2e-79  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0775  DNA repair protein RecN  37.92 
 
 		 552 aa  296  7e-79  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000179189 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3831  DNA repair protein RecN  40 
 
 		 549 aa  296  8e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2735  alkylhydroperoxidase AhpD core  35.14 
 
 		 557 aa  295  1e-78  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0271976  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1515  recombination protein N  37.36 
 
 		 557 aa  295  1e-78  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0713  DNA repair protein RecN  40.25 
 
 		 549 aa  294  3e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.685992  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1774  DNA repair protein RecN  36.88 
 
 		 556 aa  294  3e-78  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0259  DNA repair protein RecN  40.25 
 
 		 549 aa  293  5e-78  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.255628  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3335  putative DNA repair protein  41.45 
 
 		 573 aa  293  5e-78  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0743  DNA repair protein RecN  40.25 
 
 		 549 aa  293  5e-78  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.259434  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2641  DNA repair protein RecN  40.47 
 
 		 549 aa  293  8e-78  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.227143  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1281  recombination and repair protein  33.57 
 
 		 553 aa  292  1e-77  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000000117137 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1169  recombination and repair protein  33.94 
 
 		 553 aa  291  2e-77  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004296  DNA repair protein RecN  34.36 
 
 		 554 aa  290  3e-77  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.782069  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1475  DNA repair protein RecN  36.61 
 
 		 554 aa  291  3e-77  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.460183  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01130  recombination and repair protein  34.18 
 
 		 554 aa  289  8e-77  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3359  recombination and repair protein  34.84 
 
 		 553 aa  288  2e-76  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0341558 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1458  DNA repair protein RecN  37 
 
 		 557 aa  288  2e-76  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0380589  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3483  DNA repair protein RecN  34.16 
 
 		 555 aa  288  2e-76  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1691  DNA repair protein RecN  31.96 
 
 		 557 aa  288  2e-76  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.893605  hitchhiker  0.00244544 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0637  DNA repair protein RecN  40 
 
 		 549 aa  288  2e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0930  ATPase for DNA repair  31.12 
 
 		 555 aa  288  2e-76  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4026  DNA repair protein RecN  30.78 
 
 		 579 aa  288  2e-76  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0028037  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4284  DNA repair protein RecN  31.13 
 
 		 579 aa  288  2.9999999999999996e-76  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0425411  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3011  recombination and repair protein  35.6 
 
 		 553 aa  286  5e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4304  DNA repair protein RecN  31.13 
 
 		 579 aa  286  5.999999999999999e-76  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000470862  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0661  DNA repair protein RecN  39.82 
 
 		 549 aa  286  8e-76  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3916  DNA repair protein  31.3 
 
 		 579 aa  285  1.0000000000000001e-75  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000027559  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2069  DNA repair protein RecN  29.01 
 
 		 565 aa  285  1.0000000000000001e-75  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2897  recombination and repair protein  35.42 
 
 		 553 aa  284  2.0000000000000002e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4246  DNA repair protein RecN  30.96 
 
 		 583 aa  285  2.0000000000000002e-75  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00786878  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2829  recombination and repair protein  35.42 
 
 		 553 aa  285  2.0000000000000002e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00407233  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4194  DNA repair protein RecN  31.13 
 
 		 579 aa  285  2.0000000000000002e-75  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.9666000000000002e-33 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0950  DNA repair protein RecN  31.3 
 
 		 579 aa  285  2.0000000000000002e-75  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0157368  hitchhiker  0.0000335441 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2879  recombination and repair protein  35.42 
 
 		 553 aa  284  2.0000000000000002e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.158329 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3602  DNA repair protein RecN  36.93 
 
 		 557 aa  285  2.0000000000000002e-75  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00779581 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2899  recombination and repair protein  35.42 
 
 		 553 aa  284  2.0000000000000002e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1652  DNA repair protein RecN  37.64 
 
 		 558 aa  284  3.0000000000000004e-75  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>