198 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Coch_1540 on replicon NC_013162
Organism: Capnocytophaga ochracea DSM 7271



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013162  Coch_1540  SMC domain protein  100 
 
 		 1182 aa  2378    Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4886  SMC domain protein  31.85 
 
 		 1244 aa  502  1e-140  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.110633  normal  0.678618 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1315  SMC domain protein  27.75 
 
 		 1223 aa  307  1.0000000000000001e-81  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.082994  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55650  putative exonuclease  33.13 
 
 		 1211 aa  272  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.49463  normal  0.712595 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4849  nuclease sbcCD subunit C  39.88 
 
 		 1211 aa  245  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0713621  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2024  SMC domain protein  32.01 
 
 		 1214 aa  240  1e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1556  SMC domain-containing protein  47.13 
 
 		 1214 aa  227  9e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.291963 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3718  SMC domain-containing protein  41.86 
 
 		 1214 aa  221  5e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3217  exonuclease SbcC  37.93 
 
 		 1213 aa  220  1e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1584  SMC domain-containing protein  40.17 
 
 		 1214 aa  220  1e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.999097  hitchhiker  0.00383377 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3766  exonuclease SbcC  54.12 
 
 		 1214 aa  218  7e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1714  exonuclease SbcC  60 
 
 		 1214 aa  216  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.595206  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0349  SMC domain protein  41.83 
 
 		 1248 aa  208  4e-52  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.920237  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1821  SMC domain protein  45.06 
 
 		 1280 aa  207  1e-51  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.137398  normal  0.989347 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3538  SMC domain-containing protein  38.39 
 
 		 1144 aa  194  8e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.862786  normal  0.561749 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1149  SMC protein-like protein  41.57 
 
 		 1101 aa  186  2.0000000000000003e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00345  exonuclease, dsDNA, ATP-dependent  28.85 
 
 		 1048 aa  183  1e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00349  hypothetical protein  28.85 
 
 		 1048 aa  183  1e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1919  SMC protein, N-terminal  39.02 
 
 		 1155 aa  183  2e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2848  exonuclease SbcC  39.33 
 
 		 1308 aa  182  2.9999999999999997e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0451  exonuclease subunit SbcC  40.96 
 
 		 1046 aa  181  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.8799  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2539  SMC domain protein  27.2 
 
 		 1085 aa  179  2e-43  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0493  exonuclease subunit SbcC  40.56 
 
 		 1046 aa  179  3e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0432  exonuclease subunit SbcC  40.56 
 
 		 1046 aa  179  3e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0438  exonuclease subunit SbcC  40.56 
 
 		 1046 aa  179  4e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0433  exonuclease subunit SbcC  40.56 
 
 		 1046 aa  179  4e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.2903  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3212  exonuclease SbcC  37.46 
 
 		 1048 aa  178  5e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.223053  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0426  exonuclease subunit SbcC  39.76 
 
 		 1047 aa  178  5e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.442969  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0704  ATP-dependent dsDNA exonuclease (SbcC)  27.46 
 
 		 1091 aa  178  6e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.859038  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0472  exonuclease subunit SbcC  39.76 
 
 		 1047 aa  178  7e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.227308  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3236  exonuclease subunit SbcC  39.76 
 
 		 1047 aa  177  7e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.528521  hitchhiker  0.0000322457 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0464  exonuclease subunit SbcC  39.76 
 
 		 1047 aa  177  7e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0424  exonuclease subunit SbcC  39.76 
 
 		 1047 aa  178  7e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0316  exonuclease subunit SbcC  39.76 
 
 		 1047 aa  177  8e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.53041  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2505  SMC protein-like protein  37.29 
 
 		 1265 aa  177  9e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0217131  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3443  SMC protein-like  38.02 
 
 		 1232 aa  174  5.999999999999999e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2637  SMC domain-containing protein  35.82 
 
 		 1164 aa  175  5.999999999999999e-42  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.257916  normal  0.0339127 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11550  ATP-dependent dsDNA exonuclease SbcC  38.2 
 
 		 1137 aa  174  9e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.055976  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0204  ATP-dependent dsDNA exonuclease (SbcC)-like  28.33 
 
 		 1088 aa  173  2e-41  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.18794  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0433  exonuclease SbcC  43.4 
 
 		 1245 aa  172  2e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0782061  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1730  exonuclease  46.03 
 
 		 1223 aa  171  1e-40  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0842079  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1303  SMC domain-containing protein  45.3 
 
 		 1234 aa  170  1e-40  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0760  SMC domain protein  26.38 
 
 		 1165 aa  169  2e-40  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000289262  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1099  SMC domain-containing protein  35.56 
 
 		 1346 aa  170  2e-40  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.00011196  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1354  SMC domain-containing protein  40.08 
 
 		 1224 aa  168  5e-40  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1063  exonuclease SbcCD, C subunit  31.47 
 
 		 1307 aa  166  3e-39  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1006  SMC domain protein  45.69 
 
 		 1227 aa  166  3e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.817412  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1399  SMC protein-like  31.21 
 
 		 1303 aa  164  7e-39  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2080  exonuclease SbcC  32.23 
 
 		 1219 aa  164  9e-39  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0467  exonuclease SbcC  43.77 
 
 		 1245 aa  162  2e-38  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.929503  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2570  SMC domain-containing protein  46.91 
 
 		 1230 aa  162  5e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1980  SMC domain-containing protein  34.47 
 
 		 1227 aa  162  5e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0568  SMC domain-containing protein  38.2 
 
 		 1091 aa  161  8e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.564542  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0865  exonuclease subunit SbcC  45.1 
 
 		 1042 aa  161  8e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.379439  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03135  exonuclease SbcC  37.29 
 
 		 1238 aa  160  1e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.520091  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1158  SMC domain protein  47.85 
 
 		 1226 aa  160  1e-37  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.1908  normal  0.473044 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3304  exonuclease SbcC  55.21 
 
 		 1227 aa  154  8e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0462  exonuclease SbcC  36.86 
 
 		 1247 aa  153  2e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.345469  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3289  nuclease SbcCD, C subunit  55.56 
 
 		 1220 aa  152  3e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.267466 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3108  SMC domain protein  42.91 
 
 		 1227 aa  152  3e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.885936  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3278  SMC domain-containing protein  55.56 
 
 		 1229 aa  152  3e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.116021  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3139  nuclease SbcCD, C subunit  55.56 
 
 		 1229 aa  152  3e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.642669  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04030  Exodeoxyribonuclease I subunit C  23.96 
 
 		 1108 aa  152  4e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0894457  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1039  exonuclease SbcC  56.17 
 
 		 1083 aa  152  4e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.772605  normal  0.479303 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2355  SMC domain-containing protein  28.4 
 
 		 1247 aa  151  6e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2917  SMC domain protein  42.47 
 
 		 1227 aa  149  3e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.605657  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2451  SMC domain-containing protein  55.35 
 
 		 1232 aa  143  1.9999999999999998e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1333  nuclease sbcCD subunit C  54.09 
 
 		 1226 aa  141  8.999999999999999e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0894  SMC domain-containing protein  51.2 
 
 		 1165 aa  137  8e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.60496  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1443  ATPase for DNA repair  31.74 
 
 		 1046 aa  120  1.9999999999999998e-25  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4031  SMC domain-containing protein  30.94 
 
 		 810 aa  117  1.0000000000000001e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.515725  normal  0.378288 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1364  ATP-dependent dsDNA exonuclease  26.76 
 
 		 1059 aa  116  2.0000000000000002e-24  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01050  DNA repair ATPase  38.98 
 
 		 953 aa  112  6e-23  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2702  putative exonuclease  40.13 
 
 		 881 aa  108  7e-22  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  decreased coverage  0.0098926  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0859  exonuclease SbcC  33.33 
 
 		 950 aa  107  1e-21  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1268  exonuclease SbcC, putative  34.39 
 
 		 1020 aa  107  1e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0566832  hitchhiker  0.000365685 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3060  SMC domain-containing protein  33.33 
 
 		 1018 aa  106  2e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.496903  normal  0.0254363 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5583  exonuclease SbcC, putative  40.56 
 
 		 1020 aa  105  4e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0772  SMC domain protein  32 
 
 		 961 aa  105  7e-21  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00238509  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1736  SMC domain-containing protein  40.12 
 
 		 1029 aa  104  9e-21  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0965884  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2391  exonuclease, putative  39.51 
 
 		 1029 aa  104  1e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.15331  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2167  SMC domain-containing protein  39.51 
 
 		 1029 aa  103  1e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0876433  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2461  putative exonuclease  39.51 
 
 		 1029 aa  103  1e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000696116  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2136  exonuclease SbcC  39.51 
 
 		 1029 aa  103  2e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.142558  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2122  exonuclease  39.51 
 
 		 1029 aa  103  2e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.837048  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2326  putative exonuclease  39.51 
 
 		 1029 aa  103  2e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.678825  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2998  putative exonuclease  39.51 
 
 		 1029 aa  103  2e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.0000658197  decreased coverage  0.00861967 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2379  putative exonuclease  39.51 
 
 		 1029 aa  103  2e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6451  exonuclease SbcC  33.33 
 
 		 1291 aa  102  5e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0663249  normal  0.0228854 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2199  exonuclease  38.89 
 
 		 1029 aa  102  6e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2360  exonuclease  38.89 
 
 		 1029 aa  102  6e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.293135  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1589  exonuclease SbcC, putative  33.21 
 
 		 1018 aa  101  7e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2456  SMC domain-containing protein  39.52 
 
 		 1018 aa  101  9e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.053709  unclonable  0.00000627318 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10590  DNA repair ATPase  40 
 
 		 1081 aa  100  1e-19  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.659565  hitchhiker  0.0000000614784 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1532  SMC domain-containing protein  36.42 
 
 		 1018 aa  99.8  3e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000252521  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0627  exonuclease  36.09 
 
 		 995 aa  99  4e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.246624  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1655  SMC domain-containing protein  42.2 
 
 		 1018 aa  99.4  4e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00224161  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3418  SMC domain protein  24.15 
 
 		 1032 aa  99  5e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.157497  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2519  SMC domain-containing protein  36.42 
 
 		 1018 aa  98.6  7e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00280637  unclonable  0.0000395857 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2633  SMC domain-containing protein  42.2 
 
 		 1018 aa  98.2  7e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.158627  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>