More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_2637 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  100 
 
 		 474 aa  957    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1733  diguanylate cyclase  51 
 
 		 464 aa  467  9.999999999999999e-131  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000546701  normal  0.0234559 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1063  diguanylate cyclase  47.15 
 
 		 458 aa  426  1e-118  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.868006  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  50 
 
 		 768 aa  296  6e-79  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0248  histidine kinase  45.16 
 
 		 1065 aa  281  2e-74  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  33.04 
 
 		 775 aa  277  2e-73  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1726  putative diguanylate cyclase  36.03 
 
 		 778 aa  266  8e-70  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.597451  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1889  diguanylate cyclase  32.96 
 
 		 714 aa  262  8.999999999999999e-69  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.838759  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0549  diguanylate cyclase  33.11 
 
 		 488 aa  262  1e-68  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0215358  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3689  diguanylate cyclase  34.56 
 
 		 935 aa  254  2.0000000000000002e-66  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0854  diguanylate cyclase  32.88 
 
 		 507 aa  254  3e-66  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.485181  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0842  diguanylate cyclase with extracellular sensor  32.88 
 
 		 484 aa  252  1e-65  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.105968  hitchhiker  0.00226884 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0841  GGDEF domain-containing protein  33.56 
 
 		 489 aa  251  2e-65  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0819  diguanylate cyclase  32.66 
 
 		 507 aa  249  1e-64  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00531525  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3437  diguanylate cyclase  32.75 
 
 		 483 aa  246  4.9999999999999997e-64  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0184931  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0697  diguanylate cyclase  33.41 
 
 		 482 aa  246  6.999999999999999e-64  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000140018  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3325  diguanylate cyclase  33.18 
 
 		 482 aa  246  9e-64  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.662914  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2702  diguanylate cyclase  29.75 
 
 		 794 aa  238  2e-61  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564678  normal  0.658888 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0885  membrane associated GGDEF protein  28.9 
 
 		 712 aa  218  2e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.136885  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2113  extracellular solute-binding protein  28.01 
 
 		 955 aa  175  9.999999999999999e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02407  GGDEF domain protein  26.86 
 
 		 503 aa  175  1.9999999999999998e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  45.45 
 
 		 373 aa  169  7e-41  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1794  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  29.97 
 
 		 589 aa  169  1e-40  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000132214  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2367  diguanylate cyclase  26.73 
 
 		 923 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.457753  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1952  diguanylate cyclase  26.43 
 
 		 937 aa  162  1e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.105215  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1897  diguanylate cyclase  25.98 
 
 		 937 aa  160  3e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0415273 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  49.13 
 
 		 314 aa  160  6e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1399  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  48.15 
 
 		 476 aa  160  7e-38  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3115  diguanylate cyclase  48.24 
 
 		 354 aa  159  1e-37  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.276087 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2959  GGDEF domain-containing protein  33.45 
 
 		 292 aa  159  1e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000656128  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2037  diguanylate cyclase  27.65 
 
 		 928 aa  157  3e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2424  diguanylate cyclase  27.65 
 
 		 928 aa  157  4e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00236557  normal  0.130217 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0347  diguanylate cyclase with hemerythrin-like metal-binding domain  41.46 
 
 		 531 aa  157  4e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2511  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  52.41 
 
 		 419 aa  157  4e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2111  diguanylate cyclase  42.78 
 
 		 392 aa  157  5.0000000000000005e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2308  diguanylate cyclase  27.65 
 
 		 928 aa  156  7e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00466975  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2039  diguanylate cyclase with extracellular sensor  27.43 
 
 		 912 aa  155  1e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0269682  hitchhiker  0.000000244551 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3226  Hpt sensor hybrid histidine kinase  36.78 
 
 		 1251 aa  155  1e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0796968  normal  0.806997 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2508  diguanylate cyclase  42.25 
 
 		 387 aa  155  2e-36  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.844584 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  46.11 
 
 		 492 aa  154  2e-36  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  43.71 
 
 		 659 aa  155  2e-36  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0979  sensor histidine kinase  29.93 
 
 		 1574 aa  155  2e-36  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00449169 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0486  diguanylate cyclase  44.12 
 
 		 738 aa  155  2e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  48.75 
 
 		 696 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2081  diguanylate cyclase  25.98 
 
 		 937 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0379355  normal  0.0338945 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2943  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  51.23 
 
 		 438 aa  154  2.9999999999999998e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.641955  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0392  diguanylate cyclase  48.77 
 
 		 768 aa  154  4e-36  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000907702  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  45.14 
 
 		 227 aa  154  4e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1934  hypothetical protein  49.38 
 
 		 634 aa  153  5.9999999999999996e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.91 
 
 		 772 aa  153  7e-36  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.9 
 
 		 791 aa  153  8e-36  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1336  diguanylate cyclase  45.91 
 
 		 439 aa  152  1e-35  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0220322  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1060  diguanylate cyclase  44.1 
 
 		 378 aa  152  1e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0114541  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  49.42 
 
 		 309 aa  152  2e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2185  diguanylate cyclase  26.79 
 
 		 941 aa  151  2e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.260855  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3540  diguanylate cyclase  47.15 
 
 		 365 aa  150  3e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.123648 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2434  extracellular solute-binding protein  27.57 
 
 		 937 aa  151  3e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3023  diguanylate cyclase  45.61 
 
 		 362 aa  150  3e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1497  putative GAF sensor protein  48.82 
 
 		 689 aa  151  3e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  52.15 
 
 		 730 aa  149  9e-35  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.56 
 
 		 424 aa  149  1.0000000000000001e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72420  GGDEF domain-containing protein  44.79 
 
 		 671 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0411466  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  46.82 
 
 		 308 aa  147  3e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0162  diguanylate cyclase  49.04 
 
 		 614 aa  147  3e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.155295  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0838  diguanylate cyclase  41 
 
 		 332 aa  147  3e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.569939 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.31 
 
 		 610 aa  148  3e-34  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1934  diguanylate cyclase  26.73 
 
 		 937 aa  147  4.0000000000000006e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0766434  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2077  diguanylate cyclase  50.31 
 
 		 382 aa  145  1e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.793636  normal  0.406002 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1325  sensory box protein  42.46 
 
 		 428 aa  144  2e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.294155  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0115  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  48.17 
 
 		 304 aa  145  2e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.113218  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0726  histidine kinase  34.05 
 
 		 570 aa  144  2e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.408803  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0164  diguanylate cyclase  47.02 
 
 		 437 aa  145  2e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.890841  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3519  extracellular solute-binding protein  31.23 
 
 		 366 aa  144  3e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.4 
 
 		 901 aa  144  3e-33  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2110  PAS:GGDEF  43.48 
 
 		 796 aa  144  3e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.172113  normal  0.0218284 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  40.22 
 
 		 485 aa  144  3e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1844  extracellular solute-binding protein  26.27 
 
 		 932 aa  144  3e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.192206  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0146  diguanylate cyclase  44.16 
 
 		 645 aa  144  4e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.369767  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1369  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.31 
 
 		 302 aa  144  4e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.975059  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6286  GGDEF domain-containing protein  48.75 
 
 		 668 aa  143  5e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  41.63 
 
 		 422 aa  143  6e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1789  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.2 
 
 		 794 aa  143  8e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.993763  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2313  sensory box/GGDEF domain protein  43.48 
 
 		 323 aa  142  9e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.447231  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0129  GGDEF domain-containing protein  44.16 
 
 		 645 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  43.53 
 
 		 418 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2608  diguanylate cyclase  47.31 
 
 		 380 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3427  putative diguanylate cyclase (GGDEF)  44.94 
 
 		 368 aa  142  9.999999999999999e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000401587 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  47.65 
 
 		 319 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6727  diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 467 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0138  diguanylate cyclase  46.3 
 
 		 355 aa  141  1.9999999999999998e-32  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.508736 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  36.9 
 
 		 487 aa  141  1.9999999999999998e-32  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0144  diguanylate cyclase  48.72 
 
 		 642 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0690  diguanylate cyclase  44.69 
 
 		 471 aa  142  1.9999999999999998e-32  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1916  diguanylate cyclase  44.33 
 
 		 736 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3642  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.26 
 
 		 796 aa  141  3e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.127426  normal  0.751556 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2774  diguanylate cyclase  43.29 
 
 		 530 aa  141  3e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2750  diguanylate cyclase  37.93 
 
 		 380 aa  141  3e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  46.15 
 
 		 753 aa  141  3e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3780  diguanylate cyclase  41.15 
 
 		 361 aa  140  3.9999999999999997e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  51.23 
 
 		 455 aa  140  3.9999999999999997e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>