More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_0308 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_3764  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  79.12 
 
 		 637 aa  1040    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0308  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  100 
 
 		 637 aa  1291    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3354  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  46.86 
 
 		 637 aa  562  1.0000000000000001e-159  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.79801  normal  0.640846 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1559  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.47 
 
 		 703 aa  468  9.999999999999999e-131  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.311559  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1309  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  40.69 
 
 		 635 aa  439  9.999999999999999e-123  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.939066  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1878  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.44 
 
 		 638 aa  390  1e-107  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.097815 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2095  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.05 
 
 		 632 aa  371  1e-101  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3896  hypothetical protein  35.78 
 
 		 650 aa  345  2e-93  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.165202  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0131  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.38 
 
 		 648 aa  343  4e-93  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.825955 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1808  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.53 
 
 		 650 aa  340  5.9999999999999996e-92  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.38633  normal  0.679968 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0183  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.76 
 
 		 648 aa  331  2e-89  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.475151 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0165  GGDEF domain-containing protein  36.6 
 
 		 648 aa  330  5.0000000000000004e-89  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000075441 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0184  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.6 
 
 		 648 aa  330  7e-89  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.181368  normal  0.144967 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5064  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.29 
 
 		 648 aa  327  3e-88  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.303176  normal  0.479686 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1217  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  33.23 
 
 		 650 aa  327  6e-88  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3058  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  32.76 
 
 		 650 aa  323  5e-87  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2662  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.93 
 
 		 640 aa  322  9.999999999999999e-87  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.750308  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45930  hypothetical protein  34.67 
 
 		 650 aa  317  4e-85  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0891  hypothetical protein  30.19 
 
 		 639 aa  271  4e-71  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0816  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.77 
 
 		 642 aa  267  4e-70  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0124446  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0860  hypothetical protein  30.19 
 
 		 639 aa  267  5e-70  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2826  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.16 
 
 		 649 aa  259  1e-67  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.525997  normal  0.15588 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0208  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.15 
 
 		 645 aa  220  7e-56  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1079  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.42 
 
 		 663 aa  219  2e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02471  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.23 
 
 		 645 aa  217  4e-55  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.323013  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0890  MadN protein  26.5 
 
 		 649 aa  211  3e-53  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.00448941  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0162  endonuclease IV  25.69 
 
 		 649 aa  205  2e-51  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.963348  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0307  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.51 
 
 		 640 aa  193  7e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.068585  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3264  putative diguanylate phosphodiesterase  25.12 
 
 		 639 aa  192  1e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00516695  normal  0.802494 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0471  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.73 
 
 		 640 aa  191  4e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0792  diguanylate cyclase  25.23 
 
 		 654 aa  190  5.999999999999999e-47  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.000000521714  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3441  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.07 
 
 		 663 aa  189  9e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0378  histidine kinase  24.92 
 
 		 640 aa  189  1e-46  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0430  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.95 
 
 		 640 aa  189  1e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.612077  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0362  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.62 
 
 		 639 aa  187  4e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.230248  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3597  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.14 
 
 		 639 aa  186  1.0000000000000001e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1371  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.6 
 
 		 696 aa  185  3e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0378  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.99 
 
 		 639 aa  184  3e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0227071  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3648  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.99 
 
 		 639 aa  184  3e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0402432  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001009  GGDEF and EAL domain-containing protein  24.92 
 
 		 627 aa  184  4.0000000000000006e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4010  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.34 
 
 		 639 aa  182  1e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.105132  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1099  membrane signal transduction protein  25.42 
 
 		 641 aa  182  1e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3988  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.34 
 
 		 639 aa  182  2e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3911  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  24.34 
 
 		 639 aa  182  2e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24 
 
 		 640 aa  181  2.9999999999999997e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00766642  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07087  hypothetical protein  24.45 
 
 		 640 aa  181  4e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4104  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.18 
 
 		 639 aa  181  4e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.950897  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4323  GGDEF domain-containing protein  23.99 
 
 		 639 aa  180  8e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0376  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.99 
 
 		 639 aa  179  1e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0574936  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0160  hypothetical protein  25.55 
 
 		 636 aa  172  2e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2352  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.54 
 
 		 638 aa  157  5.0000000000000005e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000161586  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02531  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.83 
 
 		 644 aa  157  7e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.419727  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2200  GGDEF/EAL domain-containing protein  25.57 
 
 		 634 aa  156  1e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1449  cyclic-di-GMP regulatory protein  25.25 
 
 		 640 aa  154  5e-36  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.957057  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2272  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.69 
 
 		 634 aa  150  5e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000104677  normal  0.665936 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4544  hypothetical protein  25.77 
 
 		 634 aa  150  6e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2258  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.77 
 
 		 634 aa  150  6e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000255268  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1851  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.51 
 
 		 634 aa  150  1.0000000000000001e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000212765  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2113  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.69 
 
 		 634 aa  149  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000494856  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2063  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.25 
 
 		 634 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000511285  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0621  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29 
 
 		 728 aa  147  4.0000000000000006e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2066  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.48 
 
 		 634 aa  147  5e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000803773  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3409  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29 
 
 		 728 aa  147  6e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0505297  normal  0.623835 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0620  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.94 
 
 		 728 aa  146  1e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.669177  normal  0.626171 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1862  GGDEF domain-containing protein  26.52 
 
 		 631 aa  144  4e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0100434  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3687  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.6 
 
 		 739 aa  144  6e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3870  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.6 
 
 		 739 aa  144  6e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2045  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.11 
 
 		 632 aa  144  7e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.289313  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2167  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.8 
 
 		 634 aa  143  8e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000207311  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.49 
 
 		 634 aa  143  8e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.151279  normal  0.188336 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0628  GGDEF domain-containing protein  28.94 
 
 		 728 aa  143  9e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0581  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.6 
 
 		 739 aa  142  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0654  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.37 
 
 		 735 aa  142  1.9999999999999998e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.999048  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1912  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.55 
 
 		 634 aa  142  1.9999999999999998e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00115301  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3272  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.9 
 
 		 753 aa  141  3.9999999999999997e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2507  GGDEF domain-containing protein  25.51 
 
 		 634 aa  140  7.999999999999999e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3744  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.37 
 
 		 739 aa  140  8.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1660  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.12 
 
 		 698 aa  138  3.0000000000000003e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.771152 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2197  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.95 
 
 		 623 aa  137  5e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.482206  normal  0.318033 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1571  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.01 
 
 		 583 aa  135  1.9999999999999998e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.260448  normal  0.637098 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0530  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.51 
 
 		 580 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2973  GGDEF domain-containing protein  29.21 
 
 		 734 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2171  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.89 
 
 		 632 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00000155509  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0465  regulatory protein CsrD  26.73 
 
 		 661 aa  134  5e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.367243  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1829  putative diguanylate phosphodiesterase  26.14 
 
 		 646 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0228515  normal  0.151789 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3125  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.34 
 
 		 731 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00840861 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1356  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.14 
 
 		 469 aa  130  8.000000000000001e-29  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0103903  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2065  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.01 
 
 		 642 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000551747  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2816  regulatory protein CsrD  26.08 
 
 		 673 aa  128  3e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0449  regulatory protein CsrD  26.85 
 
 		 635 aa  128  4.0000000000000003e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3166  GGDEF domain-containing protein  27.55 
 
 		 755 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49160  putative sensor protein  28.71 
 
 		 1120 aa  127  5e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000588584 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0397  regulatory protein CsrD  27.38 
 
 		 638 aa  127  6e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.793153  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1957  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.16 
 
 		 975 aa  127  6e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3547  regulatory protein CsrD  26.19 
 
 		 646 aa  127  6e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000352708  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0464  regulatory protein CsrD  27.38 
 
 		 638 aa  127  6e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.01356  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0455  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.19 
 
 		 646 aa  126  1e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000410805  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0152  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.85 
 
 		 928 aa  126  1e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.575219 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1199  regulatory protein CsrD  27.35 
 
 		 637 aa  126  1e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00499457  normal  0.0245438 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3736  regulatory protein CsrD  26.19 
 
 		 646 aa  126  1e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000469652  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>