More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xcel_2685 on replicon NC_013530
Organism: Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011658  BCAH187_A0062  transcription-repair coupling factor  39.35 
 
 		 1176 aa  743    Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1647  transcription-repair coupling factor  36.58 
 
 		 1150 aa  657    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1281  transcription-repair coupling factor  39.28 
 
 		 1148 aa  714    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1298  transcription-repair coupling factor  63.61 
 
 		 1220 aa  1437    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000122104 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3660  transcription-repair coupling factor  39.44 
 
 		 1265 aa  735    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.593932 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1287  transcription-repair coupling factor  38.57 
 
 		 1155 aa  706    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0502901  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0141  transcription-repair coupling factor  37.02 
 
 		 1169 aa  717    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0538  transcription-repair coupling factor  36.85 
 
 		 1168 aa  713    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3090  transcription-repair coupling factor  34.63 
 
 		 1174 aa  721    Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.192538  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0051  transcription-repair coupling factor  39.35 
 
 		 1176 aa  743    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5258  transcription-repair coupling factor  39.48 
 
 		 1176 aa  741    Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21200  transcription-repair coupling factor  40.04 
 
 		 1170 aa  800    Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.010694  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0048  transcription-repair coupling factor  39.62 
 
 		 1176 aa  753    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1998  transcription-repair coupling factor  36.52 
 
 		 1176 aa  645    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0120843 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0052  transcription-repair coupling factor  39.26 
 
 		 1176 aa  742    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0048  transcription-repair coupling factor  39.26 
 
 		 1178 aa  743    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0048  transcription-repair coupling factor  39.2 
 
 		 1176 aa  743    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0884  transcription-repair coupling factor  60.79 
 
 		 1216 aa  1406    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1016  transcription-repair coupling factor  36.04 
 
 		 1153 aa  645    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0983  transcription-repair coupling factor  36.04 
 
 		 1153 aa  645    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1705  transcription-repair coupling factor  37.28 
 
 		 1174 aa  709    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0140  transcription-repair coupling factor  38.87 
 
 		 1159 aa  714    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00133746  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0111  transcription-repair coupling factor  40.3 
 
 		 1169 aa  775    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00148726  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0424  transcription-repair coupling factor  58.95 
 
 		 1210 aa  1379    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2656  transcription-repair coupling factor  37.4 
 
 		 1207 aa  711    Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0357057  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0188  transcription-repair coupling factor  62.7 
 
 		 1182 aa  1471    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0967  transcription-repair coupling factor  33.95 
 
 		 1170 aa  650    Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.8826  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0665  transcription-repair coupling factor  57.56 
 
 		 1187 aa  1301    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2767  transcription-repair coupling factor  37.48 
 
 		 1188 aa  660    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_09271  transcriptional-repair coupling factor  33.84 
 
 		 1169 aa  651    Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.254503  hitchhiker  0.0000230767 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0262  transcription-repair coupling factor  35.77 
 
 		 1179 aa  689    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2786  transcription-repair coupling factor  36.63 
 
 		 1150 aa  658    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.974454  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0067  transcription-repair coupling factor  35.62 
 
 		 1196 aa  710    Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0091  transcription-repair coupling factor  35.97 
 
 		 1161 aa  653    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0058  transcription-repair coupling factor  39.67 
 
 		 1176 aa  742    Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1827  transcription-repair coupling factor  37.21 
 
 		 1169 aa  692    Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07780  transcription-repair coupling factor Mfd  75.83 
 
 		 1212 aa  1849    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.784778  normal  0.111573 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4312  transcription-repair coupling factor  33.59 
 
 		 1158 aa  655    Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0048  transcription-repair coupling factor  38.87 
 
 		 1177 aa  716    Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3547  transcription-repair coupling factor  39.5 
 
 		 1158 aa  707    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0162042  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1948  transcription-repair coupling factor  54.23 
 
 		 1198 aa  1211    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0124  transcription-repair coupling factor  37.55 
 
 		 1147 aa  696    Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00760781  normal  0.18165 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0052  transcription-repair coupling factor  39.26 
 
 		 1176 aa  742    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4404  transcription-repair coupling factor  34.63 
 
 		 1166 aa  647    'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.353859  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1013  transcription-repair coupling factor  71.84 
 
 		 1205 aa  1694    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0526678 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3741  transcription-repair coupling factor  40.53 
 
 		 1182 aa  748    Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.34254 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0829  transcription-repair coupling factor  60.28 
 
 		 1218 aa  1398    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.46683  normal  0.375475 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0081  transcription-repair coupling factor  40.52 
 
 		 1183 aa  760    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000883466  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1067  transcription-repair coupling factor  66.12 
 
 		 1193 aa  1531    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0048  transcription-repair coupling factor  39.01 
 
 		 1176 aa  733    Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3926  transcription-repair coupling factor  59.49 
 
 		 1208 aa  1345    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.892466 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_05560  transcription-repair coupling factor Mfd  57.36 
 
 		 1218 aa  1244    Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11038  transcription-repair coupling factor mfd  54 
 
 		 1234 aa  1192    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.970521  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32300  transcription-repair coupling factor Mfd  58.3 
 
 		 1199 aa  1295    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.742659  normal  0.328282 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0050  transcription-repair coupling factor  38.27 
 
 		 1177 aa  726    Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1748  transcription-repair coupling factor  36.59 
 
 		 1134 aa  650    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.921754  normal  0.10168 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1023  transcription-repair coupling factor  61.17 
 
 		 1168 aa  1395    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0777  transcription-repair coupling factor (superfamily II helicase)  55.84 
 
 		 1194 aa  1266    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2685  transcription-repair coupling factor  100 
 
 		 1218 aa  2430    Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4373  transcription-repair coupling factor  33.68 
 
 		 1158 aa  660    Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.456695  hitchhiker  0.00000184147 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0638  transcription-repair coupling factor  36.08 
 
 		 1141 aa  678    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.138681  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2632  transcription-repair coupling factor  37.19 
 
 		 1178 aa  764    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1933  transcription-repair coupling factor  36.63 
 
 		 1173 aa  642    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.436616  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4549  transcription-repair coupling factor  37.78 
 
 		 1182 aa  719    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.191603 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4777  transcription-repair coupling factor  54.68 
 
 		 1212 aa  1229    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.549284  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0059  transcription-repair coupling factor  39.26 
 
 		 1176 aa  742    Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1935  transcription-repair coupling factor  69.88 
 
 		 1216 aa  1679    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.671489  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4245  transcription-repair coupling factor  54.05 
 
 		 1211 aa  1241    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0112  transcription-repair coupling factor  37.3 
 
 		 1179 aa  731    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0803  transcription-repair coupling factor  60.55 
 
 		 1188 aa  1372    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0214899 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13430  transcription-repair coupling factor Mfd  61.36 
 
 		 1211 aa  1386    Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0858576  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4624  transcription-repair coupling factor  54.13 
 
 		 1211 aa  1244    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2807  transcription-repair coupling factor  35.82 
 
 		 1162 aa  772    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2493  transcription-repair coupling factor  36.26 
 
 		 1162 aa  768    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8585  transcription-repair coupling factor  59.69 
 
 		 1204 aa  1387    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1560  transcription-repair coupling factor  52.75 
 
 		 1195 aa  1199    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.93701  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0700  transcription-repair coupling factor  38.18 
 
 		 1165 aa  685    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00154056  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1092  transcription-repair coupling factor  38.84 
 
 		 1148 aa  716    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1478  transcription-repair coupling factor  48.78 
 
 		 1246 aa  670    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.313815 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0182  transcription-repair coupling factor  39.78 
 
 		 1183 aa  771    Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4525  transcription-repair coupling factor  55.19 
 
 		 1192 aa  1204    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0131  transcription-repair coupling factor  39.88 
 
 		 1197 aa  754    Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.10317  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_07020  transcription-repair coupling factor Mfd  62.88 
 
 		 1244 aa  1444    Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0711584  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2072  transcription-repair coupling factor  47.33 
 
 		 1123 aa  653    Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0011  transcription-repair coupling factor  37.28 
 
 		 1162 aa  696    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0183  transcription-repair coupling factor  35.65 
 
 		 1188 aa  642    Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0271  transcription-repair coupling factor  38.45 
 
 		 1165 aa  696    Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0399  transcription-repair coupling factor  34.8 
 
 		 1179 aa  643    Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0593  transcription-repair coupling factor  38.41 
 
 		 1165 aa  776    Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1245  transcription-repair coupling factor  63.06 
 
 		 1222 aa  1422    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.877482  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0072  transcription-repair coupling factor  40.72 
 
 		 1176 aa  705    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0902915  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3479  transcription-repair coupling factor  37.87 
 
 		 1189 aa  684    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.706369  normal  0.219385 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1651  transcription-repair coupling factor  38.7 
 
 		 1198 aa  691    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0949353  normal  0.53283 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1064  transcription-repair coupling factor (superfamily II helicase)  38.34 
 
 		 1154 aa  711    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.566316  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1913  transcription-repair coupling factor  58.52 
 
 		 1192 aa  1269    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0499  transcription-repair coupling factor  38.79 
 
 		 1177 aa  696    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.245405  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0214  transcription-repair coupling factor  38.74 
 
 		 1197 aa  762    Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0330142  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1355  transcription-repair coupling factor  41.34 
 
 		 1150 aa  748    Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0924  transcription-repair coupling factor  61.09 
 
 		 1224 aa  1407    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.410165  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0525  transcription-repair coupling factor  36.85 
 
 		 1168 aa  713    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>