More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_0188 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_01110  transcription-repair coupling factor  39.94 
 
 		 1148 aa  683    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.358379  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2533  transcription-repair coupling factor  40.04 
 
 		 1164 aa  685    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00875995  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1281  transcription-repair coupling factor  39.24 
 
 		 1148 aa  727    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0017  transcription-repair coupling factor  41.77 
 
 		 1157 aa  695    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0270668  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4624  transcription-repair coupling factor  56.58 
 
 		 1211 aa  1291    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_14371  transcriptional-repair coupling factor  36.11 
 
 		 1193 aa  648    Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1287  transcription-repair coupling factor  36.94 
 
 		 1155 aa  675    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0502901  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0141  transcription-repair coupling factor  37.32 
 
 		 1169 aa  694    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3081  transcription-repair coupling factor  38.82 
 
 		 1171 aa  645    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.195799  normal  0.080304 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0803  transcription-repair coupling factor  65.52 
 
 		 1188 aa  1490    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0214899 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0051  transcription-repair coupling factor  38.15 
 
 		 1176 aa  751    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2656  transcription-repair coupling factor  38.95 
 
 		 1207 aa  745    Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0357057  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0008  transcription-repair coupling factor  37.72 
 
 		 1165 aa  654    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2395  transcription-repair coupling factor  36.58 
 
 		 1162 aa  640    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000829473  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2255  transcription-repair coupling factor  36.41 
 
 		 1164 aa  654    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_10301  transcriptional-repair coupling factor  32.42 
 
 		 1169 aa  644    Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0052  transcription-repair coupling factor  38.24 
 
 		 1176 aa  754    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0048  transcription-repair coupling factor  38.1 
 
 		 1178 aa  755    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0048  transcription-repair coupling factor  38.06 
 
 		 1176 aa  750    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1016  transcription-repair coupling factor  36.89 
 
 		 1153 aa  686    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0983  transcription-repair coupling factor  36.76 
 
 		 1153 aa  684    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0111  transcription-repair coupling factor  41.15 
 
 		 1169 aa  800    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00148726  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1237  transcription-repair coupling factor  40.13 
 
 		 1148 aa  685    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.792337  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0424  transcription-repair coupling factor  66.61 
 
 		 1210 aa  1579    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1299  transcription-repair coupling factor  36.28 
 
 		 1157 aa  669    Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0829  transcription-repair coupling factor  64.78 
 
 		 1218 aa  1490    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.46683  normal  0.375475 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0112  transcription-repair coupling factor  38.19 
 
 		 1179 aa  718    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2767  transcription-repair coupling factor  35.69 
 
 		 1188 aa  680    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2632  transcription-repair coupling factor  39.18 
 
 		 1178 aa  775    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0140  transcription-repair coupling factor  39.4 
 
 		 1159 aa  725    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00133746  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1709  transcription-repair coupling factor  36.62 
 
 		 1137 aa  659    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.517079  normal  0.0571023 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0091  transcription-repair coupling factor  38.62 
 
 		 1161 aa  688    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4478  transcription-repair coupling factor  40.2 
 
 		 1229 aa  654    Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.419935 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3157  transcription-repair coupling factor  37.65 
 
 		 1164 aa  646    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1092  transcription-repair coupling factor  39.77 
 
 		 1148 aa  734    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2864  transcription-repair coupling factor  37.79 
 
 		 1148 aa  647    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0829666  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1300  transcription-repair coupling factor  37.22 
 
 		 1192 aa  638    Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3547  transcription-repair coupling factor  41.13 
 
 		 1158 aa  740    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0162042  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2848  transcription-repair coupling factor  36.58 
 
 		 1164 aa  642    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.420758  normal  0.818462 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1168  transcription-repair coupling factor  35.82 
 
 		 1159 aa  652    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.507558  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0052  transcription-repair coupling factor  38.24 
 
 		 1176 aa  754    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_09271  transcriptional-repair coupling factor  32.13 
 
 		 1169 aa  650    Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.254503  hitchhiker  0.0000230767 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1326  transcription-repair coupling factor  38.26 
 
 		 1153 aa  690    Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0639  transcription-repair coupling factor  38.24 
 
 		 1156 aa  667    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0262  transcription-repair coupling factor  36.84 
 
 		 1179 aa  683    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0081  transcription-repair coupling factor  41.31 
 
 		 1183 aa  764    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000883466  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4359  transcription-repair coupling factor  37.59 
 
 		 1174 aa  637    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.281858  normal  0.0471962 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2511  transcription-repair coupling factor  36.58 
 
 		 1165 aa  638    Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00100471  normal  0.47703 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3926  transcription-repair coupling factor  64.13 
 
 		 1208 aa  1455    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.892466 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2833  transcription-repair coupling factor  38.4 
 
 		 1157 aa  681    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000601821  hitchhiker  0.00381117 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1982  transcription-repair coupling factor  38.63 
 
 		 1164 aa  651    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1948  transcription-repair coupling factor  56.98 
 
 		 1198 aa  1242    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1705  transcription-repair coupling factor  37 
 
 		 1174 aa  676    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2406  transcription-repair coupling factor  36.58 
 
 		 1162 aa  639    Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00482386  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1399  transcription-repair coupling factor  37.97 
 
 		 1171 aa  637    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.779162  normal  0.977146 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1748  transcription-repair coupling factor  38.45 
 
 		 1134 aa  679    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.921754  normal  0.10168 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1998  transcription-repair coupling factor  38.05 
 
 		 1176 aa  673    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0120843 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1674  transcription-repair coupling factor  37.56 
 
 		 1179 aa  662    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000415877  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1543  transcription-repair coupling factor  36.81 
 
 		 1157 aa  671    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00144396  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1567  transcription-repair coupling factor  36.94 
 
 		 1150 aa  639    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4262  transcription-repair coupling factor  38.66 
 
 		 1168 aa  651    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.336252  normal  0.0120636 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4549  transcription-repair coupling factor  39.29 
 
 		 1182 aa  703    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.191603 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1478  transcription-repair coupling factor  41.46 
 
 		 1246 aa  792    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.313815 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0048  transcription-repair coupling factor  38.86 
 
 		 1176 aa  768    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4245  transcription-repair coupling factor  56.58 
 
 		 1211 aa  1289    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0884  transcription-repair coupling factor  64.56 
 
 		 1216 aa  1489    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1725  transcription-repair coupling factor  36.3 
 
 		 1160 aa  651    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1702  transcription-repair coupling factor  38.95 
 
 		 1167 aa  635    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1630  transcription-repair coupling factor  38.45 
 
 		 1160 aa  679    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00676636  normal  0.517783 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2807  transcription-repair coupling factor  38.8 
 
 		 1162 aa  779    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2493  transcription-repair coupling factor  38.03 
 
 		 1162 aa  778    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1161  transcription-repair coupling factor  36.79 
 
 		 1143 aa  675    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11038  transcription-repair coupling factor mfd  56.17 
 
 		 1234 aa  1265    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.970521  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1730  transcription-repair coupling factor  35.85 
 
 		 1160 aa  642    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00119053  normal  0.38574 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1810  transcription-repair coupling factor  36.03 
 
 		 1160 aa  646    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.540051  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3640  transcription-repair coupling factor  38.38 
 
 		 1170 aa  646    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2399  transcription-repair coupling factor  37.59 
 
 		 1178 aa  675    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00178528  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1236  transcription-repair coupling factor  40.13 
 
 		 1148 aa  684    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00316475  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3660  transcription-repair coupling factor  41.65 
 
 		 1265 aa  775    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.593932 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1067  transcription-repair coupling factor  67.31 
 
 		 1193 aa  1536    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1246  transcription-repair coupling factor  36.28 
 
 		 1157 aa  669    Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.545868  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0011  transcription-repair coupling factor  39.29 
 
 		 1162 aa  721    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1629  transcription-repair coupling factor  38.16 
 
 		 1148 aa  665    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.027535  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0271  transcription-repair coupling factor  37.61 
 
 		 1165 aa  715    Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0399  transcription-repair coupling factor  35.2 
 
 		 1179 aa  639    Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0007  transcription-repair coupling factor  37.25 
 
 		 1168 aa  683    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1245  transcription-repair coupling factor  59.69 
 
 		 1222 aa  1384    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.877482  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1598  transcription-repair coupling factor  37.88 
 
 		 1148 aa  649    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.000000129728  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3479  transcription-repair coupling factor  37.48 
 
 		 1189 aa  691    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.706369  normal  0.219385 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1651  transcription-repair coupling factor  37.98 
 
 		 1198 aa  664    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0949353  normal  0.53283 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2289  transcription-repair coupling factor  36.65 
 
 		 1160 aa  648    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00423432  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1913  transcription-repair coupling factor  61.86 
 
 		 1192 aa  1391    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0499  transcription-repair coupling factor  39.16 
 
 		 1177 aa  715    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.245405  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4404  transcription-repair coupling factor  36.08 
 
 		 1166 aa  674    'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.353859  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0538  transcription-repair coupling factor  36.55 
 
 		 1168 aa  692    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0924  transcription-repair coupling factor  64.54 
 
 		 1224 aa  1492    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.410165  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0525  transcription-repair coupling factor  36.55 
 
 		 1168 aa  692    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4331  transcription-repair coupling factor  56.58 
 
 		 1211 aa  1289    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.376638 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01528  transcription-repair coupling factor  39.47 
 
 		 1153 aa  685    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4777  transcription-repair coupling factor  57.14 
 
 		 1212 aa  1282    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.549284  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>