More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1399 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_01110  transcription-repair coupling factor  38.12 
 
 		 1148 aa  751    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.358379  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2533  transcription-repair coupling factor  38.19 
 
 		 1164 aa  751    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00875995  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1476  transcription-repair coupling factor  40.45 
 
 		 1155 aa  752    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0179996  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0017  transcription-repair coupling factor  39.42 
 
 		 1157 aa  703    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0270668  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1629  transcription-repair coupling factor  37.35 
 
 		 1148 aa  739    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.027535  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4157  transcription repair coupling factor  57.45 
 
 		 1171 aa  1325    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1709  transcription-repair coupling factor  37.03 
 
 		 1137 aa  730    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.517079  normal  0.0571023 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1864  transcription-repair coupling factor  37.69 
 
 		 1147 aa  715    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0555269  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1642  transcription-repair coupling factor protein  37.88 
 
 		 1157 aa  678    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.250538 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4262  transcription-repair coupling factor  59.74 
 
 		 1168 aa  1386    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.336252  normal  0.0120636 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2139  transcription-repair coupling factor  36.66 
 
 		 1207 aa  726    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.84833  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3318  transcription-repair coupling factor  37.27 
 
 		 1189 aa  662    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.101121  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0579  transcription-repair coupling factor  70.92 
 
 		 1122 aa  1577    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2255  transcription-repair coupling factor  36.52 
 
 		 1164 aa  709    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0140  transcription-repair coupling factor  38.66 
 
 		 1159 aa  731    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00133746  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0048  transcription-repair coupling factor  35.44 
 
 		 1176 aa  651    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1598  transcription-repair coupling factor  37.9 
 
 		 1148 aa  736    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.000000129728  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3640  transcription-repair coupling factor  69.57 
 
 		 1170 aa  1648    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1491  transcription-repair coupling factor  37.27 
 
 		 1157 aa  662    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1016  transcription-repair coupling factor  36.21 
 
 		 1153 aa  699    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0983  transcription-repair coupling factor  36.3 
 
 		 1153 aa  702    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0544  transcription-repair coupling factor  70.56 
 
 		 1132 aa  1574    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1484  transcription-repair coupling factor  34.02 
 
 		 1243 aa  665    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.704172  normal  0.0864414 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1965  transcription-repair coupling factor  37.98 
 
 		 1147 aa  704    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.550833  normal  0.680854 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1636  transcription-repair coupling factor  35 
 
 		 1271 aa  665    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.000538763  hitchhiker  0.00597332 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1518  transcription-repair coupling factor  49.83 
 
 		 1195 aa  1122    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0798  transcription-repair coupling factor  59.79 
 
 		 1163 aa  1424    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.151739  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0765  transcription-repair coupling factor  36.05 
 
 		 1128 aa  745    Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.267338  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1656  transcription-repair coupling factor  38.1 
 
 		 1146 aa  690    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.221559  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1513  transcription-repair coupling factor  59.39 
 
 		 1174 aa  1382    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.696907  normal  0.0197286 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2406  transcription-repair coupling factor  35.82 
 
 		 1162 aa  686    Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00482386  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2513  transcription-repair coupling factor  37.27 
 
 		 1189 aa  661    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1500  transcription-repair coupling factor  51.99 
 
 		 1163 aa  1178    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0625318 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3866  transcription-repair coupling factor  38.17 
 
 		 1149 aa  749    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2850  transcription-repair coupling factor (helicase)  52.38 
 
 		 1165 aa  1177    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.74664  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0091  transcription-repair coupling factor  40.77 
 
 		 1161 aa  718    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5255  transcription-repair coupling factor  38.23 
 
 		 1156 aa  662    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0305001  normal  0.983896 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2402  transcription-repair coupling factor  37.27 
 
 		 1189 aa  661    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1569  transcription-repair coupling factor  37.6 
 
 		 1184 aa  701    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.878317  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3547  transcription-repair coupling factor  39.39 
 
 		 1158 aa  735    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0162042  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2550  transcription-repair coupling factor  37.58 
 
 		 1161 aa  709    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.277957  normal  0.0823791 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1168  transcription-repair coupling factor  37.98 
 
 		 1159 aa  763    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.507558  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3081  transcription-repair coupling factor  57.95 
 
 		 1171 aa  1335    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.195799  normal  0.080304 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0111  transcription-repair coupling factor  37.64 
 
 		 1169 aa  674    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00148726  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0639  transcription-repair coupling factor  37.66 
 
 		 1156 aa  671    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1726  transcription-repair coupling factor  52.69 
 
 		 1177 aa  1168    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0081  transcription-repair coupling factor  36.69 
 
 		 1183 aa  646    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000883466  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2088  transcription-repair coupling factor  37.18 
 
 		 1217 aa  660    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4332  transcription-repair coupling factor  38.04 
 
 		 1241 aa  669    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0186143  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2395  transcription-repair coupling factor  35.83 
 
 		 1162 aa  686    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000829473  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2850  transcription-repair coupling factor  58 
 
 		 1171 aa  1332    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.334437  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1982  transcription-repair coupling factor  50.22 
 
 		 1164 aa  1107    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0250  transcription-repair coupling factor  36.06 
 
 		 1134 aa  758    Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2322  transcription-repair coupling factor  51.1 
 
 		 1153 aa  1124    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.831848  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1331  transcription-repair coupling factor  37.75 
 
 		 1175 aa  700    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.54754  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1796  transcription-repair coupling protein Mfd  37.9 
 
 		 1153 aa  738    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.46752  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2610  transcription-repair coupling factor  58.64 
 
 		 1172 aa  1346    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.776583  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1748  transcription-repair coupling factor  37.46 
 
 		 1134 aa  723    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.921754  normal  0.10168 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2717  transcription-repair coupling factor  36.9 
 
 		 1201 aa  710    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.103447 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2313  transcription-repair coupling factor  37.99 
 
 		 1160 aa  664    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.141111  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1674  transcription-repair coupling factor  36.25 
 
 		 1179 aa  694    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000415877  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2622  transcription-repair coupling factor  58.09 
 
 		 1172 aa  1353    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.153021  hitchhiker  0.000463296 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1567  transcription-repair coupling factor  36.92 
 
 		 1150 aa  701    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2053  transcription-repair coupling factor  58.57 
 
 		 1173 aa  1355    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0242332  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1664  transcription-repair coupling factor  34.42 
 
 		 1243 aa  666    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0200808 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1988  transcription-repair coupling factor  37.27 
 
 		 1157 aa  662    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.232338  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4359  transcription-repair coupling factor  37.25 
 
 		 1174 aa  687    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.281858  normal  0.0471962 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1349  transcription-repair coupling factor  53.15 
 
 		 1149 aa  1206    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1653  transcription-repair coupling factor  49.58 
 
 		 1194 aa  1087    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6135  transcription-repair coupling factor  38.28 
 
 		 1156 aa  664    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.352842  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2359  transcription-repair coupling factor  37.27 
 
 		 1189 aa  661    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.741078  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1257  transcription-repair coupling factor  38.2 
 
 		 1147 aa  726    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.230651  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1725  transcription-repair coupling factor  36.74 
 
 		 1160 aa  729    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1702  transcription-repair coupling factor  69.09 
 
 		 1167 aa  1535    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1630  transcription-repair coupling factor  36.37 
 
 		 1160 aa  702    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00676636  normal  0.517783 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2807  transcription-repair coupling factor  34.32 
 
 		 1162 aa  680    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2493  transcription-repair coupling factor  34.5 
 
 		 1162 aa  684    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1161  transcription-repair coupling factor  37.75 
 
 		 1143 aa  754    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1730  transcription-repair coupling factor  36.45 
 
 		 1160 aa  702    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00119053  normal  0.38574 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1810  transcription-repair coupling factor  36.37 
 
 		 1160 aa  702    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.540051  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1800  transcription-repair coupling factor  37.72 
 
 		 1166 aa  701    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2399  transcription-repair coupling factor  35.31 
 
 		 1178 aa  698    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00178528  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1485  transcription-repair coupling factor  55.02 
 
 		 1172 aa  1269    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.432425 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1932  transcription-repair coupling factor  38.33 
 
 		 1185 aa  665    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2158  transcription-repair coupling factor  36.22 
 
 		 1162 aa  699    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0247263  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1580  transcription-repair coupling factor  38.01 
 
 		 1163 aa  696    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.484817  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1933  transcription-repair coupling factor  36.71 
 
 		 1173 aa  711    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.436616  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2204  transcription-repair coupling factor  35.69 
 
 		 1163 aa  709    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0607404  normal  0.440495 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1754  transcription-repair coupling factor  52.61 
 
 		 1144 aa  1127    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.430393  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1399  transcription-repair coupling factor  100 
 
 		 1171 aa  2367    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.779162  normal  0.977146 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1944  transcription-repair coupling factor  38.28 
 
 		 1156 aa  664    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3479  transcription-repair coupling factor  36.31 
 
 		 1189 aa  645    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.706369  normal  0.219385 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1651  transcription-repair coupling factor  39.98 
 
 		 1198 aa  815    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0949353  normal  0.53283 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2289  transcription-repair coupling factor  36.45 
 
 		 1160 aa  700    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00423432  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1443  transcription-repair coupling factor  52.46 
 
 		 1165 aa  1182    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0802912 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0499  transcription-repair coupling factor  36.92 
 
 		 1177 aa  702    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.245405  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3157  transcription-repair coupling factor  37.95 
 
 		 1164 aa  727    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3811  transcription-repair coupling factor  51.47 
 
 		 1154 aa  1126    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1330  transcription-repair coupling factor  37.37 
 
 		 1155 aa  709    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.643209  normal  0.63963 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1260  transcription-repair coupling factor  37.27 
 
 		 1189 aa  662    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.148669  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>