More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene ECH_0250 on replicon NC_007799
Organism: Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_1561  transcription repair coupling factor  34.91 
 
 		 1160 aa  768    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.224407  normal  0.305942 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0544  transcription-repair coupling factor  36.98 
 
 		 1132 aa  765    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6308  transcription-repair coupling factor  34.64 
 
 		 1203 aa  748    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0152711 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0109  transcription-repair coupling factor  35.24 
 
 		 1156 aa  782    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.174112 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0798  transcription-repair coupling factor  38.34 
 
 		 1163 aa  775    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.151739  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0579  transcription-repair coupling factor  37.07 
 
 		 1122 aa  769    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2366  transcription-repair coupling factor  34.69 
 
 		 1175 aa  764    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1730  transcription-repair coupling factor  36.1 
 
 		 1167 aa  766    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0919435  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2619  transcription-repair coupling factor  36.02 
 
 		 1155 aa  754    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.205951  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1518  transcription-repair coupling factor  34.87 
 
 		 1195 aa  756    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0765  transcription-repair coupling factor  82.4 
 
 		 1128 aa  1813    Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.267338  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1513  transcription-repair coupling factor  37.22 
 
 		 1174 aa  790    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.696907  normal  0.0197286 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1647  transcription-repair coupling factor  33.6 
 
 		 1198 aa  707    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0790633 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2850  transcription-repair coupling factor (helicase)  34.09 
 
 		 1165 aa  746    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.74664  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4676  transcription-repair coupling factor  34.78 
 
 		 1200 aa  706    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2938  transcription-repair coupling factor  37.58 
 
 		 1172 aa  801    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3081  transcription-repair coupling factor  36.11 
 
 		 1171 aa  795    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.195799  normal  0.080304 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1754  transcription-repair coupling factor  34.21 
 
 		 1144 aa  772    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.430393  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1726  transcription-repair coupling factor  35.24 
 
 		 1177 aa  779    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2850  transcription-repair coupling factor  36.22 
 
 		 1171 aa  795    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.334437  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1982  transcription-repair coupling factor  35 
 
 		 1164 aa  729    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0250  transcription-repair coupling factor  100 
 
 		 1134 aa  2279    Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2322  transcription-repair coupling factor  34.38 
 
 		 1153 aa  724    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.831848  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2610  transcription-repair coupling factor  36.33 
 
 		 1172 aa  801    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.776583  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7185  transcription-repair coupling factor  34.28 
 
 		 1190 aa  739    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.202363  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2622  transcription-repair coupling factor  36.45 
 
 		 1172 aa  800    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.153021  hitchhiker  0.000463296 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2053  transcription-repair coupling factor  37.01 
 
 		 1173 aa  796    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0242332  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1349  transcription-repair coupling factor  35.56 
 
 		 1149 aa  781    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1653  transcription-repair coupling factor  34.45 
 
 		 1194 aa  746    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4163  transcription-repair coupling factor  34.41 
 
 		 1196 aa  699    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1500  transcription-repair coupling factor  35.14 
 
 		 1163 aa  745    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0625318 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1702  transcription-repair coupling factor  36.8 
 
 		 1167 aa  778    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4157  transcription repair coupling factor  36.18 
 
 		 1171 aa  783    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1914  transcription-repair coupling factor  36.1 
 
 		 1166 aa  759    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.621253  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1485  transcription-repair coupling factor  34.97 
 
 		 1172 aa  788    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.432425 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1443  transcription-repair coupling factor  34.4 
 
 		 1165 aa  743    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0802912 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0894  transcription-repair coupling factor  33.33 
 
 		 1173 aa  744    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.180496  normal  0.440454 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4532  transcription-repair coupling factor  34.51 
 
 		 1196 aa  700    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.850755  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3640  transcription-repair coupling factor  37.63 
 
 		 1170 aa  798    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3811  transcription-repair coupling factor  33.96 
 
 		 1154 aa  747    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4262  transcription-repair coupling factor  35.09 
 
 		 1168 aa  748    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.336252  normal  0.0120636 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1399  transcription-repair coupling factor  36.06 
 
 		 1171 aa  771    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.779162  normal  0.977146 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2211  transcription-repair coupling factor  35.06 
 
 		 1176 aa  702    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1246  transcription-repair coupling factor  34.85 
 
 		 1157 aa  633  1e-180  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.545868  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1299  transcription-repair coupling factor  34.75 
 
 		 1157 aa  630  1e-179  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0639  transcription-repair coupling factor  32.43 
 
 		 1156 aa  623  1e-177  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0499  transcription-repair coupling factor  33.3 
 
 		 1177 aa  624  1e-177  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.245405  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1476  transcription-repair coupling factor  33.02 
 
 		 1155 aa  622  1e-176  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0179996  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3547  transcription-repair coupling factor  33.05 
 
 		 1158 aa  620  1e-176  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0162042  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0140  transcription-repair coupling factor  32.52 
 
 		 1159 aa  617  1e-175  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00133746  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02437  transcription-repair coupling factor  32.42 
 
 		 1165 aa  617  1e-175  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.272439  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1647  transcription-repair coupling factor  33.53 
 
 		 1150 aa  618  1e-175  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2478  transcription-repair coupling factor  32.57 
 
 		 1150 aa  617  1e-175  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.349906  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1651  transcription-repair coupling factor  32.09 
 
 		 1198 aa  616  1e-175  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0949353  normal  0.53283 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01110  transcription-repair coupling factor  31.67 
 
 		 1148 aa  614  9.999999999999999e-175  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.358379  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2533  transcription-repair coupling factor  31.67 
 
 		 1164 aa  613  9.999999999999999e-175  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00875995  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2487  transcription-repair coupling factor  31.67 
 
 		 1164 aa  613  9.999999999999999e-175  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0203456  hitchhiker  0.00300257 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1617  transcription-repair coupling factor  32.45 
 
 		 1147 aa  615  9.999999999999999e-175  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.89425  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1237  transcription-repair coupling factor  31.67 
 
 		 1148 aa  613  9.999999999999999e-175  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.792337  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2012  transcription-repair coupling factor  31.76 
 
 		 1148 aa  613  9.999999999999999e-175  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00267728 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01118  hypothetical protein  31.67 
 
 		 1148 aa  614  9.999999999999999e-175  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.451631  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1236  transcription-repair coupling factor  31.76 
 
 		 1148 aa  613  9.999999999999999e-175  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00316475  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1494  transcription-repair coupling factor  31.76 
 
 		 1148 aa  614  9.999999999999999e-175  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.44461  normal  0.168665 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2209  transcription-repair coupling factor  31.76 
 
 		 1148 aa  614  9.999999999999999e-175  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.872306  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2786  transcription-repair coupling factor  32.69 
 
 		 1150 aa  614  9.999999999999999e-175  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.974454  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1796  transcription-repair coupling protein Mfd  33.05 
 
 		 1153 aa  609  1e-173  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.46752  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1800  transcription-repair coupling factor  31.41 
 
 		 1166 aa  612  1e-173  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1705  transcription-repair coupling factor  31.9 
 
 		 1174 aa  608  9.999999999999999e-173  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1358  transcription-repair coupling factor  31.13 
 
 		 1157 aa  608  9.999999999999999e-173  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.450147  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1998  transcription-repair coupling factor  32.52 
 
 		 1176 aa  606  9.999999999999999e-173  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0120843 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1257  transcription-repair coupling factor  30.02 
 
 		 1147 aa  607  9.999999999999999e-173  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.230651  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1168  transcription-repair coupling factor  33.3 
 
 		 1159 aa  605  1.0000000000000001e-171  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.507558  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0700  transcription-repair coupling factor  32.14 
 
 		 1165 aa  605  1.0000000000000001e-171  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00154056  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2157  transcription-repair coupling factor  31.04 
 
 		 1148 aa  604  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1665  transcription-repair coupling factor  31.77 
 
 		 1149 aa  603  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.808978 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1629  transcription-repair coupling factor  31.98 
 
 		 1148 aa  603  1.0000000000000001e-171  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.027535  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0197  transcription-repair coupling factor  30.99 
 
 		 1157 aa  603  1.0000000000000001e-171  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.5656599999999998e-21 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0214  transcription-repair coupling factor  30.98 
 
 		 1157 aa  605  1.0000000000000001e-171  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0683043  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14570  transcription-repair coupling factor  30.97 
 
 		 1149 aa  599  1e-170  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1315  transcription-repair coupling factor  31.05 
 
 		 1148 aa  600  1e-170  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000147681 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1292  transcription-repair coupling factor  31.05 
 
 		 1148 aa  600  1e-170  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.208562  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003994  transcription-repair coupling factor  31.75 
 
 		 1153 aa  602  1e-170  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.239612  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1656  transcription-repair coupling factor  32.95 
 
 		 1146 aa  602  1e-170  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.221559  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1642  transcription-repair coupling factor  32.63 
 
 		 1158 aa  601  1e-170  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1689  transcription-repair coupling factor  31.8 
 
 		 1141 aa  599  1e-170  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.281852 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1969  transcription-repair coupling factor  31.05 
 
 		 1148 aa  600  1e-170  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.201191  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1161  transcription-repair coupling factor  33.18 
 
 		 1143 aa  600  1e-170  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2153  transcription-repair coupling factor  31.2 
 
 		 1148 aa  599  1e-170  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.164525  hitchhiker  0.0000432293 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25230  transcription-repair coupling factor  31.04 
 
 		 1148 aa  602  1e-170  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1330  transcription-repair coupling factor  31.05 
 
 		 1148 aa  600  1e-170  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00266348 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1904  transcription-repair coupling factor  31.34 
 
 		 1143 aa  597  1e-169  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.288854 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2578  transcription-repair coupling factor  31.57 
 
 		 1165 aa  597  1e-169  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2148  transcription-repair coupling factor  31.99 
 
 		 1149 aa  598  1e-169  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0740298 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1575  transcription-repair coupling factor  31.43 
 
 		 1143 aa  598  1e-169  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.221185  normal  0.0233451 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1593  transcription-repair coupling factor  31.59 
 
 		 1145 aa  599  1e-169  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.383279 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1709  transcription-repair coupling factor  33.03 
 
 		 1137 aa  596  1e-169  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.517079  normal  0.0571023 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1569  transcription-repair coupling factor  30.31 
 
 		 1184 aa  597  1e-169  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.878317  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2864  transcription-repair coupling factor  32.2 
 
 		 1148 aa  596  1e-169  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0829666  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3594  transcription-repair coupling factor  31.99 
 
 		 1149 aa  598  1e-169  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.184937 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2139  transcription-repair coupling factor  31.63 
 
 		 1207 aa  595  1e-168  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.84833  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>