More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3811 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_01110  transcription-repair coupling factor  37.65 
 
 		 1148 aa  714    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.358379  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2533  transcription-repair coupling factor  37.74 
 
 		 1164 aa  716    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00875995  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1476  transcription-repair coupling factor  40.43 
 
 		 1155 aa  731    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0179996  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0017  transcription-repair coupling factor  38.98 
 
 		 1157 aa  668    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0270668  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2148  transcription-repair coupling factor  39 
 
 		 1149 aa  698    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0740298 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1593  transcription-repair coupling factor  40.09 
 
 		 1145 aa  714    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.383279 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1864  transcription-repair coupling factor  39.46 
 
 		 1147 aa  733    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0555269  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1642  transcription-repair coupling factor protein  39.89 
 
 		 1157 aa  707    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.250538 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1399  transcription-repair coupling factor  51.47 
 
 		 1171 aa  1107    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.779162  normal  0.977146 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2139  transcription-repair coupling factor  35.44 
 
 		 1207 aa  694    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.84833  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4359  transcription-repair coupling factor  37.77 
 
 		 1174 aa  677    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.281858  normal  0.0471962 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0579  transcription-repair coupling factor  55 
 
 		 1122 aa  1147    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2255  transcription-repair coupling factor  38.94 
 
 		 1164 aa  714    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2101  transcription-repair coupling factor  38.94 
 
 		 1150 aa  723    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.325386  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1518  transcription-repair coupling factor  51.52 
 
 		 1195 aa  1152    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4157  transcription repair coupling factor  52.28 
 
 		 1171 aa  1150    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3594  transcription-repair coupling factor  39 
 
 		 1149 aa  698    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.184937 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1491  transcription-repair coupling factor  39.34 
 
 		 1157 aa  685    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1016  transcription-repair coupling factor  37.08 
 
 		 1153 aa  711    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0983  transcription-repair coupling factor  36.99 
 
 		 1153 aa  712    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1896  transcription-repair coupling factor  38.76 
 
 		 1150 aa  718    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.482284 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1933  transcription-repair coupling factor  39.87 
 
 		 1173 aa  704    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.436616  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1965  transcription-repair coupling factor  37.42 
 
 		 1147 aa  697    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.550833  normal  0.680854 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2158  transcription-repair coupling factor  39.35 
 
 		 1162 aa  721    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0247263  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1988  transcription-repair coupling factor  39.34 
 
 		 1157 aa  685    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.232338  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1360  transcription-repair coupling factor  38.3 
 
 		 1150 aa  681    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0765  transcription-repair coupling factor  34.8 
 
 		 1128 aa  709    Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.267338  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1656  transcription-repair coupling factor  39.47 
 
 		 1146 aa  714    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.221559  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1513  transcription-repair coupling factor  52.58 
 
 		 1174 aa  1165    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.696907  normal  0.0197286 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1580  transcription-repair coupling factor  37.29 
 
 		 1163 aa  679    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.484817  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2513  transcription-repair coupling factor  39.34 
 
 		 1189 aa  684    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1642  transcription-repair coupling factor  38.76 
 
 		 1158 aa  740    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3866  transcription-repair coupling factor  39.05 
 
 		 1149 aa  728    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2850  transcription-repair coupling factor (helicase)  71.52 
 
 		 1165 aa  1662    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.74664  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0091  transcription-repair coupling factor  39.38 
 
 		 1161 aa  676    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5255  transcription-repair coupling factor  38.31 
 
 		 1156 aa  671    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0305001  normal  0.983896 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2550  transcription-repair coupling factor  37.36 
 
 		 1161 aa  668    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.277957  normal  0.0823791 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0798  transcription-repair coupling factor  48.88 
 
 		 1163 aa  1117    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.151739  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2359  transcription-repair coupling factor  39.34 
 
 		 1189 aa  684    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.741078  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2402  transcription-repair coupling factor  39.34 
 
 		 1189 aa  683    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3547  transcription-repair coupling factor  38.52 
 
 		 1158 aa  690    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0162042  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1630  transcription-repair coupling factor  37.61 
 
 		 1160 aa  721    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00676636  normal  0.517783 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1168  transcription-repair coupling factor  36.97 
 
 		 1159 aa  714    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.507558  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0544  transcription-repair coupling factor  54.48 
 
 		 1132 aa  1143    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1569  transcription-repair coupling factor  38.15 
 
 		 1184 aa  692    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.878317  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0639  transcription-repair coupling factor  38.68 
 
 		 1156 aa  697    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1726  transcription-repair coupling factor  52.11 
 
 		 1177 aa  1101    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0081  transcription-repair coupling factor  37.05 
 
 		 1183 aa  637    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000883466  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2088  transcription-repair coupling factor  38.95 
 
 		 1217 aa  681    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4332  transcription-repair coupling factor  40.86 
 
 		 1241 aa  676    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0186143  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0140  transcription-repair coupling factor  39.05 
 
 		 1159 aa  704    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00133746  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2850  transcription-repair coupling factor  53.73 
 
 		 1171 aa  1168    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.334437  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1982  transcription-repair coupling factor  51.43 
 
 		 1164 aa  1072    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0250  transcription-repair coupling factor  33.96 
 
 		 1134 aa  724    Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2322  transcription-repair coupling factor  66.9 
 
 		 1153 aa  1556    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.831848  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1331  transcription-repair coupling factor  37.84 
 
 		 1175 aa  683    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.54754  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1796  transcription-repair coupling protein Mfd  37.48 
 
 		 1153 aa  705    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.46752  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2610  transcription-repair coupling factor  52.93 
 
 		 1172 aa  1138    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.776583  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1748  transcription-repair coupling factor  38.74 
 
 		 1134 aa  733    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.921754  normal  0.10168 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2717  transcription-repair coupling factor  36.84 
 
 		 1201 aa  676    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.103447 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2313  transcription-repair coupling factor  39.67 
 
 		 1160 aa  694    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.141111  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1674  transcription-repair coupling factor  38.63 
 
 		 1179 aa  717    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000415877  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2622  transcription-repair coupling factor  53.69 
 
 		 1172 aa  1177    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.153021  hitchhiker  0.000463296 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1567  transcription-repair coupling factor  38.68 
 
 		 1150 aa  710    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2053  transcription-repair coupling factor  52.1 
 
 		 1173 aa  1150    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0242332  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3318  transcription-repair coupling factor  39.34 
 
 		 1189 aa  684    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.101121  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1955  transcription-repair coupling factor  38.67 
 
 		 1150 aa  676    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0130326  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4549  transcription-repair coupling factor  37.71 
 
 		 1182 aa  668    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.191603 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1349  transcription-repair coupling factor  68.94 
 
 		 1149 aa  1603    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1653  transcription-repair coupling factor  50 
 
 		 1194 aa  1086    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6135  transcription-repair coupling factor  38.08 
 
 		 1156 aa  677    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.352842  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1725  transcription-repair coupling factor  36.99 
 
 		 1160 aa  695    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1702  transcription-repair coupling factor  53.74 
 
 		 1167 aa  1149    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1629  transcription-repair coupling factor  37.14 
 
 		 1148 aa  701    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.027535  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2807  transcription-repair coupling factor  34.99 
 
 		 1162 aa  637    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2493  transcription-repair coupling factor  35.73 
 
 		 1162 aa  642    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1161  transcription-repair coupling factor  38.52 
 
 		 1143 aa  749    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1730  transcription-repair coupling factor  38.08 
 
 		 1160 aa  711    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00119053  normal  0.38574 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1810  transcription-repair coupling factor  38.08 
 
 		 1160 aa  714    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.540051  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1800  transcription-repair coupling factor  39.87 
 
 		 1166 aa  723    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2399  transcription-repair coupling factor  37.89 
 
 		 1178 aa  724    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00178528  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1443  transcription-repair coupling factor  71.48 
 
 		 1165 aa  1661    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0802912 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1485  transcription-repair coupling factor  54.57 
 
 		 1172 aa  1204    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.432425 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1932  transcription-repair coupling factor  38.1 
 
 		 1185 aa  678    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25230  transcription-repair coupling factor  39.82 
 
 		 1148 aa  722    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1754  transcription-repair coupling factor  51.34 
 
 		 1144 aa  1075    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.430393  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2406  transcription-repair coupling factor  38.91 
 
 		 1162 aa  714    Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00482386  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0929  transcription-repair coupling factor  36.88 
 
 		 1180 aa  667    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.574552  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0111  transcription-repair coupling factor  37.38 
 
 		 1169 aa  649    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00148726  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1500  transcription-repair coupling factor  71.13 
 
 		 1163 aa  1660    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0625318 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1944  transcription-repair coupling factor  38.08 
 
 		 1156 aa  677    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1651  transcription-repair coupling factor  40.79 
 
 		 1198 aa  779    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0949353  normal  0.53283 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2289  transcription-repair coupling factor  38.08 
 
 		 1160 aa  709    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00423432  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1257  transcription-repair coupling factor  39.31 
 
 		 1147 aa  719    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.230651  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0499  transcription-repair coupling factor  37.69 
 
 		 1177 aa  699    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.245405  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3157  transcription-repair coupling factor  36.59 
 
 		 1164 aa  687    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3811  transcription-repair coupling factor  100 
 
 		 1154 aa  2313    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1260  transcription-repair coupling factor  39.34 
 
 		 1189 aa  684    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.148669  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1330  transcription-repair coupling factor  38.04 
 
 		 1155 aa  703    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.643209  normal  0.63963 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2204  transcription-repair coupling factor  36.32 
 
 		 1163 aa  696    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0607404  normal  0.440495 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>