More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_2366 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_01110  transcription-repair coupling factor  38.29 
 
 		 1148 aa  756    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.358379  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2533  transcription-repair coupling factor  38.38 
 
 		 1164 aa  757    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00875995  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2359  transcription-repair coupling factor  37.58 
 
 		 1189 aa  672    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.741078  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0017  transcription-repair coupling factor  38.62 
 
 		 1157 aa  703    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0270668  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1630  transcription-repair coupling factor  35.64 
 
 		 1160 aa  697    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00676636  normal  0.517783 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3157  transcription-repair coupling factor  37.63 
 
 		 1164 aa  738    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1257  transcription-repair coupling factor  38.28 
 
 		 1147 aa  734    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.230651  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1864  transcription-repair coupling factor  38.29 
 
 		 1147 aa  723    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0555269  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1642  transcription-repair coupling factor protein  37.84 
 
 		 1157 aa  684    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.250538 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2139  transcription-repair coupling factor  37.13 
 
 		 1207 aa  741    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.84833  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0929  transcription-repair coupling factor  36.53 
 
 		 1180 aa  684    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.574552  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0579  transcription-repair coupling factor  69.85 
 
 		 1122 aa  1569    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2255  transcription-repair coupling factor  36.56 
 
 		 1164 aa  715    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2101  transcription-repair coupling factor  39.21 
 
 		 1150 aa  757    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.325386  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1636  transcription-repair coupling factor  34.28 
 
 		 1271 aa  674    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.000538763  hitchhiker  0.00597332 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1399  transcription-repair coupling factor  79.03 
 
 		 1171 aa  1894    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.779162  normal  0.977146 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0544  transcription-repair coupling factor  69.15 
 
 		 1132 aa  1562    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1491  transcription-repair coupling factor  37.58 
 
 		 1157 aa  673    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1016  transcription-repair coupling factor  36.23 
 
 		 1153 aa  704    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0983  transcription-repair coupling factor  36.32 
 
 		 1153 aa  711    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1896  transcription-repair coupling factor  38.74 
 
 		 1150 aa  756    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.482284 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1484  transcription-repair coupling factor  34.17 
 
 		 1243 aa  672    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.704172  normal  0.0864414 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1965  transcription-repair coupling factor  36.56 
 
 		 1147 aa  714    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.550833  normal  0.680854 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4157  transcription repair coupling factor  56.78 
 
 		 1171 aa  1328    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4359  transcription-repair coupling factor  37.74 
 
 		 1174 aa  682    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.281858  normal  0.0471962 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1360  transcription-repair coupling factor  38.1 
 
 		 1150 aa  679    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0765  transcription-repair coupling factor  34.74 
 
 		 1128 aa  738    Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.267338  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1656  transcription-repair coupling factor  36.28 
 
 		 1146 aa  684    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.221559  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1513  transcription-repair coupling factor  58.05 
 
 		 1174 aa  1353    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.696907  normal  0.0197286 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3318  transcription-repair coupling factor  37.58 
 
 		 1189 aa  672    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.101121  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2513  transcription-repair coupling factor  37.58 
 
 		 1189 aa  672    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1500  transcription-repair coupling factor  53.09 
 
 		 1163 aa  1202    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0625318 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3866  transcription-repair coupling factor  38.37 
 
 		 1149 aa  758    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2850  transcription-repair coupling factor (helicase)  52.7 
 
 		 1165 aa  1194    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.74664  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0091  transcription-repair coupling factor  38.03 
 
 		 1161 aa  698    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5255  transcription-repair coupling factor  37.3 
 
 		 1156 aa  680    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0305001  normal  0.983896 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1569  transcription-repair coupling factor  37.45 
 
 		 1184 aa  702    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.878317  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3547  transcription-repair coupling factor  38.71 
 
 		 1158 aa  751    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0162042  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1933  transcription-repair coupling factor  36.26 
 
 		 1173 aa  706    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.436616  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1168  transcription-repair coupling factor  38.43 
 
 		 1159 aa  787    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.507558  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1709  transcription-repair coupling factor  37.36 
 
 		 1137 aa  730    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.517079  normal  0.0571023 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0798  transcription-repair coupling factor  59 
 
 		 1163 aa  1414    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.151739  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0140  transcription-repair coupling factor  38.28 
 
 		 1159 aa  728    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00133746  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0639  transcription-repair coupling factor  37.23 
 
 		 1156 aa  671    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1726  transcription-repair coupling factor  53.34 
 
 		 1177 aa  1192    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0081  transcription-repair coupling factor  36.52 
 
 		 1183 aa  672    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000883466  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2088  transcription-repair coupling factor  37.05 
 
 		 1217 aa  665    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2158  transcription-repair coupling factor  36.39 
 
 		 1162 aa  702    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0247263  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1518  transcription-repair coupling factor  50.12 
 
 		 1195 aa  1124    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2850  transcription-repair coupling factor  58.2 
 
 		 1171 aa  1345    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.334437  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1982  transcription-repair coupling factor  49.44 
 
 		 1164 aa  1099    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0250  transcription-repair coupling factor  34.51 
 
 		 1134 aa  749    Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2322  transcription-repair coupling factor  50.99 
 
 		 1153 aa  1127    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.831848  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1331  transcription-repair coupling factor  36.69 
 
 		 1175 aa  713    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.54754  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1796  transcription-repair coupling protein Mfd  38.15 
 
 		 1153 aa  766    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.46752  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2610  transcription-repair coupling factor  56.91 
 
 		 1172 aa  1318    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.776583  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1748  transcription-repair coupling factor  37.1 
 
 		 1134 aa  720    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.921754  normal  0.10168 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2717  transcription-repair coupling factor  36.1 
 
 		 1201 aa  714    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.103447 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2313  transcription-repair coupling factor  37.18 
 
 		 1160 aa  690    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.141111  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1674  transcription-repair coupling factor  36.6 
 
 		 1179 aa  695    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000415877  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2622  transcription-repair coupling factor  58.38 
 
 		 1172 aa  1358    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.153021  hitchhiker  0.000463296 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1567  transcription-repair coupling factor  37.34 
 
 		 1150 aa  717    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2053  transcription-repair coupling factor  57.79 
 
 		 1173 aa  1337    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0242332  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1664  transcription-repair coupling factor  34.4 
 
 		 1243 aa  672    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0200808 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1955  transcription-repair coupling factor  37.48 
 
 		 1150 aa  684    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0130326  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4549  transcription-repair coupling factor  35.78 
 
 		 1182 aa  647    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.191603 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1349  transcription-repair coupling factor  53.79 
 
 		 1149 aa  1234    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1653  transcription-repair coupling factor  48.83 
 
 		 1194 aa  1082    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6135  transcription-repair coupling factor  37.48 
 
 		 1156 aa  679    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.352842  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1754  transcription-repair coupling factor  51.47 
 
 		 1144 aa  1117    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.430393  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1725  transcription-repair coupling factor  37.53 
 
 		 1160 aa  724    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1702  transcription-repair coupling factor  67.2 
 
 		 1167 aa  1543    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0111  transcription-repair coupling factor  38.19 
 
 		 1169 aa  686    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00148726  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2807  transcription-repair coupling factor  33.6 
 
 		 1162 aa  655    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2493  transcription-repair coupling factor  33.69 
 
 		 1162 aa  657    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1161  transcription-repair coupling factor  36.82 
 
 		 1143 aa  756    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1730  transcription-repair coupling factor  36.26 
 
 		 1160 aa  706    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00119053  normal  0.38574 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1810  transcription-repair coupling factor  36.17 
 
 		 1160 aa  705    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.540051  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1800  transcription-repair coupling factor  37.88 
 
 		 1166 aa  729    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2399  transcription-repair coupling factor  35.82 
 
 		 1178 aa  684    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00178528  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2402  transcription-repair coupling factor  37.58 
 
 		 1189 aa  672    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1485  transcription-repair coupling factor  54.51 
 
 		 1172 aa  1270    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.432425 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1932  transcription-repair coupling factor  37.78 
 
 		 1185 aa  682    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1629  transcription-repair coupling factor  37.1 
 
 		 1148 aa  741    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.027535  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2406  transcription-repair coupling factor  36.19 
 
 		 1162 aa  689    Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00482386  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1988  transcription-repair coupling factor  37.58 
 
 		 1157 aa  673    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.232338  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1580  transcription-repair coupling factor  37.6 
 
 		 1163 aa  716    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.484817  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1476  transcription-repair coupling factor  40.2 
 
 		 1155 aa  766    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0179996  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1944  transcription-repair coupling factor  37.48 
 
 		 1156 aa  679    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3479  transcription-repair coupling factor  38.05 
 
 		 1189 aa  651    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.706369  normal  0.219385 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1651  transcription-repair coupling factor  39.81 
 
 		 1198 aa  818    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0949353  normal  0.53283 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2289  transcription-repair coupling factor  36.39 
 
 		 1160 aa  709    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00423432  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1260  transcription-repair coupling factor  37.58 
 
 		 1189 aa  672    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.148669  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0499  transcription-repair coupling factor  37.13 
 
 		 1177 aa  712    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.245405  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2550  transcription-repair coupling factor  36.86 
 
 		 1161 aa  712    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.277957  normal  0.0823791 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3811  transcription-repair coupling factor  51.93 
 
 		 1154 aa  1147    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0924  transcription-repair coupling factor  37.28 
 
 		 1224 aa  646    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.410165  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1330  transcription-repair coupling factor  37.3 
 
 		 1155 aa  707    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.643209  normal  0.63963 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1443  transcription-repair coupling factor  52.96 
 
 		 1165 aa  1201    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0802912 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2204  transcription-repair coupling factor  35.14 
 
 		 1163 aa  697    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0607404  normal  0.440495 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>