More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_1560 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_01110  transcription-repair coupling factor  37.49 
 
 		 1148 aa  645    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.358379  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2533  transcription-repair coupling factor  37.87 
 
 		 1164 aa  645    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00875995  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1281  transcription-repair coupling factor  38.51 
 
 		 1148 aa  697    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0017  transcription-repair coupling factor  42.13 
 
 		 1157 aa  696    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0270668  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1948  transcription-repair coupling factor  67.42 
 
 		 1198 aa  1498    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1315  transcription-repair coupling factor  37.36 
 
 		 1148 aa  642    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000147681 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1287  transcription-repair coupling factor  36.25 
 
 		 1155 aa  660    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0502901  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0141  transcription-repair coupling factor  35.7 
 
 		 1169 aa  656    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0048  transcription-repair coupling factor  38.79 
 
 		 1176 aa  712    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0067  transcription-repair coupling factor  35.56 
 
 		 1196 aa  705    Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0182  transcription-repair coupling factor  40.8 
 
 		 1183 aa  736    Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2139  transcription-repair coupling factor  37.07 
 
 		 1207 aa  684    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.84833  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0008  transcription-repair coupling factor  36.95 
 
 		 1165 aa  638    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1067  transcription-repair coupling factor  57.01 
 
 		 1193 aa  1208    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0829  transcription-repair coupling factor  57.31 
 
 		 1218 aa  1271    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.46683  normal  0.375475 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2478  transcription-repair coupling factor  37 
 
 		 1150 aa  637    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.349906  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32300  transcription-repair coupling factor Mfd  63.8 
 
 		 1199 aa  1414    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.742659  normal  0.328282 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0188  transcription-repair coupling factor  55.95 
 
 		 1182 aa  1251    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2632  transcription-repair coupling factor  38.54 
 
 		 1178 aa  752    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1237  transcription-repair coupling factor  37.78 
 
 		 1148 aa  645    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.792337  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0803  transcription-repair coupling factor  56.98 
 
 		 1188 aa  1215    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0214899 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0884  transcription-repair coupling factor  56.99 
 
 		 1216 aa  1271    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0424  transcription-repair coupling factor  54.85 
 
 		 1210 aa  1259    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0700  transcription-repair coupling factor  38.98 
 
 		 1165 aa  666    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00154056  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1827  transcription-repair coupling factor  37.27 
 
 		 1169 aa  647    Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4373  transcription-repair coupling factor  36.31 
 
 		 1158 aa  645    Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.456695  hitchhiker  0.00000184147 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0214  transcription-repair coupling factor  38.64 
 
 		 1197 aa  742    Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0330142  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1998  transcription-repair coupling factor  37.62 
 
 		 1176 aa  647    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0120843 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1630  transcription-repair coupling factor  36.93 
 
 		 1160 aa  653    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00676636  normal  0.517783 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0048  transcription-repair coupling factor  37.97 
 
 		 1176 aa  700    Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1013  transcription-repair coupling factor  54.7 
 
 		 1205 aa  1172    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0526678 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0091  transcription-repair coupling factor  40.43 
 
 		 1161 aa  662    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_05560  transcription-repair coupling factor Mfd  54.13 
 
 		 1218 aa  1114    Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1494  transcription-repair coupling factor  37.58 
 
 		 1148 aa  646    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.44461  normal  0.168665 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1292  transcription-repair coupling factor  37.27 
 
 		 1148 aa  640    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.208562  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0665  transcription-repair coupling factor  65.05 
 
 		 1187 aa  1460    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3547  transcription-repair coupling factor  41.41 
 
 		 1158 aa  746    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0162042  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1092  transcription-repair coupling factor  38.35 
 
 		 1148 aa  710    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0111  transcription-repair coupling factor  40.5 
 
 		 1169 aa  764    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00148726  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13430  transcription-repair coupling factor Mfd  54.49 
 
 		 1211 aa  1164    Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0858576  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0593  transcription-repair coupling factor  37.44 
 
 		 1165 aa  703    Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1326  transcription-repair coupling factor  37.89 
 
 		 1153 aa  665    Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1935  transcription-repair coupling factor  53.07 
 
 		 1216 aa  1137    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.671489  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2209  transcription-repair coupling factor  37.78 
 
 		 1148 aa  644    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.872306  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0081  transcription-repair coupling factor  41.28 
 
 		 1183 aa  743    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000883466  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1594  transcription-repair coupling factor  40 
 
 		 1131 aa  659    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3926  transcription-repair coupling factor  56.4 
 
 		 1208 aa  1226    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.892466 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4312  transcription-repair coupling factor  36.13 
 
 		 1158 aa  640    Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1236  transcription-repair coupling factor  37.78 
 
 		 1148 aa  644    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00316475  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3090  transcription-repair coupling factor  36.56 
 
 		 1174 aa  706    Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.192538  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1298  transcription-repair coupling factor  56.28 
 
 		 1220 aa  1209    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000122104 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0214  transcription-repair coupling factor  39.7 
 
 		 1157 aa  707    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0683043  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0072  transcription-repair coupling factor  40.44 
 
 		 1176 aa  717    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0902915  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0638  transcription-repair coupling factor  36.6 
 
 		 1141 aa  654    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.138681  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2487  transcription-repair coupling factor  37.78 
 
 		 1164 aa  644    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0203456  hitchhiker  0.00300257 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4624  transcription-repair coupling factor  67.39 
 
 		 1211 aa  1560    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1647  transcription-repair coupling factor  37.31 
 
 		 1150 aa  649    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2153  transcription-repair coupling factor  37.36 
 
 		 1148 aa  643    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.164525  hitchhiker  0.0000432293 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0050  transcription-repair coupling factor  36.73 
 
 		 1177 aa  688    Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2012  transcription-repair coupling factor  37.49 
 
 		 1148 aa  646    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00267728 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4549  transcription-repair coupling factor  37.38 
 
 		 1182 aa  655    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.191603 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1969  transcription-repair coupling factor  37.36 
 
 		 1148 aa  642    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.201191  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0112  transcription-repair coupling factor  37.82 
 
 		 1179 aa  686    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_07020  transcription-repair coupling factor Mfd  56.84 
 
 		 1244 aa  1246    Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0711584  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4245  transcription-repair coupling factor  67.3 
 
 		 1211 aa  1557    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0197  transcription-repair coupling factor  40.04 
 
 		 1157 aa  707    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.5656599999999998e-21 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1705  transcription-repair coupling factor  36.07 
 
 		 1174 aa  652    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2807  transcription-repair coupling factor  37.82 
 
 		 1162 aa  725    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2493  transcription-repair coupling factor  37.64 
 
 		 1162 aa  719    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01528  transcription-repair coupling factor  36.97 
 
 		 1153 aa  645    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1330  transcription-repair coupling factor  37.36 
 
 		 1148 aa  642    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00266348 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3660  transcription-repair coupling factor  50.81 
 
 		 1265 aa  652    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.593932 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11038  transcription-repair coupling factor mfd  65.79 
 
 		 1234 aa  1504    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.970521  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1629  transcription-repair coupling factor  37.21 
 
 		 1148 aa  639    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.027535  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4478  transcription-repair coupling factor  39.17 
 
 		 1229 aa  652    Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.419935 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1617  transcription-repair coupling factor  36.8 
 
 		 1147 aa  637    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.89425  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0124  transcription-repair coupling factor  37.81 
 
 		 1147 aa  679    Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00760781  normal  0.18165 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0131  transcription-repair coupling factor  38.85 
 
 		 1197 aa  706    Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.10317  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21200  transcription-repair coupling factor  39.39 
 
 		 1170 aa  766    Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.010694  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0011  transcription-repair coupling factor  37.91 
 
 		 1162 aa  681    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1476  transcription-repair coupling factor  36.94 
 
 		 1155 aa  644    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0179996  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0271  transcription-repair coupling factor  36.95 
 
 		 1165 aa  661    Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0058  transcription-repair coupling factor  38.12 
 
 		 1176 aa  707    Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0007  transcription-repair coupling factor  36.94 
 
 		 1168 aa  637    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1245  transcription-repair coupling factor  56.63 
 
 		 1222 aa  1221    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.877482  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3741  transcription-repair coupling factor  40.61 
 
 		 1182 aa  734    Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.34254 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3479  transcription-repair coupling factor  37.96 
 
 		 1189 aa  662    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.706369  normal  0.219385 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1651  transcription-repair coupling factor  37.33 
 
 		 1198 aa  649    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0949353  normal  0.53283 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1478  transcription-repair coupling factor  49.08 
 
 		 1246 aa  654    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.313815 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1913  transcription-repair coupling factor  56.05 
 
 		 1192 aa  1179    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0499  transcription-repair coupling factor  40.74 
 
 		 1177 aa  709    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.245405  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0140  transcription-repair coupling factor  39.91 
 
 		 1159 aa  722    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00133746  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0777  transcription-repair coupling factor (superfamily II helicase)  51.71 
 
 		 1194 aa  1097    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0924  transcription-repair coupling factor  56.12 
 
 		 1224 aa  1232    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.410165  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1330  transcription-repair coupling factor  38.08 
 
 		 1155 aa  642    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.643209  normal  0.63963 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4331  transcription-repair coupling factor  67.3 
 
 		 1211 aa  1557    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.376638 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2204  transcription-repair coupling factor  33.51 
 
 		 1163 aa  637    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0607404  normal  0.440495 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4777  transcription-repair coupling factor  68.04 
 
 		 1212 aa  1537    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.549284  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01118  hypothetical protein  37.49 
 
 		 1148 aa  645    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.451631  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1358  transcription-repair coupling factor  38.31 
 
 		 1157 aa  664    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.450147  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>