More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_0665 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_01110  transcription-repair coupling factor  37.34 
 
 		 1148 aa  645    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.358379  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2533  transcription-repair coupling factor  37.48 
 
 		 1164 aa  650    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00875995  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1281  transcription-repair coupling factor  39.25 
 
 		 1148 aa  715    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0017  transcription-repair coupling factor  42.48 
 
 		 1157 aa  691    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0270668  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0111  transcription-repair coupling factor  43.15 
 
 		 1169 aa  800    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00148726  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4312  transcription-repair coupling factor  36.31 
 
 		 1158 aa  650    Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1287  transcription-repair coupling factor  36.52 
 
 		 1155 aa  670    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0502901  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0141  transcription-repair coupling factor  38.4 
 
 		 1169 aa  736    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1594  transcription-repair coupling factor  39.03 
 
 		 1131 aa  640    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0048  transcription-repair coupling factor  38.31 
 
 		 1176 aa  737    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0051  transcription-repair coupling factor  37.88 
 
 		 1176 aa  724    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2139  transcription-repair coupling factor  35.41 
 
 		 1207 aa  654    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.84833  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_05560  transcription-repair coupling factor Mfd  55.05 
 
 		 1218 aa  1150    Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1092  transcription-repair coupling factor  39.52 
 
 		 1148 aa  723    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1494  transcription-repair coupling factor  37.46 
 
 		 1148 aa  645    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.44461  normal  0.168665 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0062  transcription-repair coupling factor  37.88 
 
 		 1176 aa  724    Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0052  transcription-repair coupling factor  37.79 
 
 		 1176 aa  724    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0048  transcription-repair coupling factor  37.88 
 
 		 1178 aa  724    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0048  transcription-repair coupling factor  37.79 
 
 		 1176 aa  722    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0058  transcription-repair coupling factor  38.25 
 
 		 1176 aa  728    Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1827  transcription-repair coupling factor  38.29 
 
 		 1169 aa  683    Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1013  transcription-repair coupling factor  59.52 
 
 		 1205 aa  1342    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0526678 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1292  transcription-repair coupling factor  37.12 
 
 		 1148 aa  639    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.208562  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0424  transcription-repair coupling factor  62.2 
 
 		 1210 aa  1422    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0197  transcription-repair coupling factor  41.75 
 
 		 1157 aa  707    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.5656599999999998e-21 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0067  transcription-repair coupling factor  37.68 
 
 		 1196 aa  747    Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21200  transcription-repair coupling factor  39.35 
 
 		 1170 aa  792    Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.010694  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2767  transcription-repair coupling factor  37.56 
 
 		 1188 aa  666    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0048  transcription-repair coupling factor  37.89 
 
 		 1176 aa  719    Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0884  transcription-repair coupling factor  62.22 
 
 		 1216 aa  1419    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1236  transcription-repair coupling factor  37.46 
 
 		 1148 aa  644    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00316475  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0091  transcription-repair coupling factor  40.38 
 
 		 1161 aa  683    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0262  transcription-repair coupling factor  36.11 
 
 		 1179 aa  657    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2656  transcription-repair coupling factor  41.07 
 
 		 1207 aa  752    Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0357057  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1176  transcription-repair coupling factor  36.99 
 
 		 1192 aa  640    Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.141232  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0059  transcription-repair coupling factor  37.88 
 
 		 1176 aa  725    Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4624  transcription-repair coupling factor  63.62 
 
 		 1211 aa  1495    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3547  transcription-repair coupling factor  41.88 
 
 		 1158 aa  738    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0162042  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1969  transcription-repair coupling factor  37.2 
 
 		 1148 aa  640    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.201191  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0052  transcription-repair coupling factor  37.79 
 
 		 1176 aa  724    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01118  hypothetical protein  37.34 
 
 		 1148 aa  645    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.451631  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1326  transcription-repair coupling factor  39.15 
 
 		 1153 aa  683    Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2153  transcription-repair coupling factor  37.12 
 
 		 1148 aa  639    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.164525  hitchhiker  0.0000432293 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0829  transcription-repair coupling factor  62.37 
 
 		 1218 aa  1419    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.46683  normal  0.375475 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0081  transcription-repair coupling factor  40.57 
 
 		 1183 aa  756    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000883466  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3926  transcription-repair coupling factor  61.55 
 
 		 1208 aa  1362    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.892466 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1315  transcription-repair coupling factor  37.2 
 
 		 1148 aa  640    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000147681 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1330  transcription-repair coupling factor  37.2 
 
 		 1148 aa  640    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00266348 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1067  transcription-repair coupling factor  61.16 
 
 		 1193 aa  1362    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0700  transcription-repair coupling factor  39.39 
 
 		 1165 aa  684    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00154056  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3738  transcription-repair coupling factor  36.59 
 
 		 1168 aa  659    Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0525  transcription-repair coupling factor  37.09 
 
 		 1168 aa  713    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5258  transcription-repair coupling factor  38.25 
 
 		 1176 aa  733    Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2487  transcription-repair coupling factor  37.57 
 
 		 1164 aa  650    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0203456  hitchhiker  0.00300257 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0050  transcription-repair coupling factor  38.24 
 
 		 1177 aa  707    Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4404  transcription-repair coupling factor  37.34 
 
 		 1166 aa  655    'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.353859  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1705  transcription-repair coupling factor  36.5 
 
 		 1174 aa  655    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0638  transcription-repair coupling factor  38.72 
 
 		 1141 aa  692    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.138681  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1237  transcription-repair coupling factor  37.46 
 
 		 1148 aa  644    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.792337  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4549  transcription-repair coupling factor  39 
 
 		 1182 aa  699    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.191603 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3660  transcription-repair coupling factor  47.26 
 
 		 1265 aa  668    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.593932 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3090  transcription-repair coupling factor  38.53 
 
 		 1174 aa  738    Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.192538  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4245  transcription-repair coupling factor  63.62 
 
 		 1211 aa  1496    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0909  transcription-repair coupling factor  41.84 
 
 		 1054 aa  653    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1617  transcription-repair coupling factor  38.81 
 
 		 1147 aa  636    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.89425  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0803  transcription-repair coupling factor  62.75 
 
 		 1188 aa  1366    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0214899 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0140  transcription-repair coupling factor  40.51 
 
 		 1159 aa  734    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00133746  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2807  transcription-repair coupling factor  40.09 
 
 		 1162 aa  771    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2493  transcription-repair coupling factor  39.85 
 
 		 1162 aa  770    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1647  transcription-repair coupling factor  37.41 
 
 		 1150 aa  650    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0777  transcription-repair coupling factor (superfamily II helicase)  51.82 
 
 		 1194 aa  1144    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0214  transcription-repair coupling factor  40.96 
 
 		 1157 aa  712    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0683043  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3741  transcription-repair coupling factor  42.01 
 
 		 1182 aa  764    Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.34254 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2012  transcription-repair coupling factor  37.37 
 
 		 1148 aa  646    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00267728 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0131  transcription-repair coupling factor  40.65 
 
 		 1197 aa  742    Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.10317  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0073  transcription-repair coupling factor  36.84 
 
 		 1073 aa  663    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0593  transcription-repair coupling factor  39.33 
 
 		 1165 aa  768    Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1998  transcription-repair coupling factor  38.13 
 
 		 1176 aa  651    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0120843 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2632  transcription-repair coupling factor  39.75 
 
 		 1178 aa  781    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0011  transcription-repair coupling factor  38.35 
 
 		 1162 aa  692    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1948  transcription-repair coupling factor  63.15 
 
 		 1198 aa  1426    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0271  transcription-repair coupling factor  38.75 
 
 		 1165 aa  692    Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0399  transcription-repair coupling factor  36.31 
 
 		 1179 aa  636    Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0007  transcription-repair coupling factor  36.97 
 
 		 1168 aa  655    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1245  transcription-repair coupling factor  59.41 
 
 		 1222 aa  1278    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.877482  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11038  transcription-repair coupling factor mfd  63.24 
 
 		 1234 aa  1449    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.970521  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3479  transcription-repair coupling factor  37.76 
 
 		 1189 aa  662    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.706369  normal  0.219385 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1651  transcription-repair coupling factor  38.72 
 
 		 1198 aa  652    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0949353  normal  0.53283 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1298  transcription-repair coupling factor  57.4 
 
 		 1220 aa  1281    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000122104 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1913  transcription-repair coupling factor  59.01 
 
 		 1192 aa  1268    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2209  transcription-repair coupling factor  37.46 
 
 		 1148 aa  644    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.872306  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1630  transcription-repair coupling factor  37.12 
 
 		 1160 aa  645    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00676636  normal  0.517783 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1478  transcription-repair coupling factor  41.79 
 
 		 1246 aa  756    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.313815 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0924  transcription-repair coupling factor  60.41 
 
 		 1224 aa  1363    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.410165  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0665  transcription-repair coupling factor  100 
 
 		 1187 aa  2372    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4331  transcription-repair coupling factor  63.62 
 
 		 1211 aa  1496    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.376638 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0072  transcription-repair coupling factor  41.86 
 
 		 1176 aa  726    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0902915  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4777  transcription-repair coupling factor  64 
 
 		 1212 aa  1473    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.549284  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2478  transcription-repair coupling factor  37.23 
 
 		 1150 aa  635    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.349906  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0112  transcription-repair coupling factor  38.26 
 
 		 1179 aa  743    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>