More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Afer_1594 on replicon NC_013124
Organism: Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013510  Tcur_1023  transcription-repair coupling factor  41.48 
 
 		 1168 aa  664    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21200  transcription-repair coupling factor  35.78 
 
 		 1170 aa  645    Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.010694  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_05560  transcription-repair coupling factor Mfd  41.57 
 
 		 1218 aa  649    Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0424  transcription-repair coupling factor  40.47 
 
 		 1210 aa  640    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0064  transcription-repair coupling factor  38.52 
 
 		 1201 aa  639    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.862894  normal  0.0454923 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0081  transcription-repair coupling factor  39.2 
 
 		 1183 aa  657    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000883466  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3926  transcription-repair coupling factor  39.98 
 
 		 1208 aa  651    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.892466 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0884  transcription-repair coupling factor  38.86 
 
 		 1216 aa  638    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0829  transcription-repair coupling factor  40 
 
 		 1218 aa  637    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.46683  normal  0.375475 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4245  transcription-repair coupling factor  38.62 
 
 		 1211 aa  664    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0657  transcription-repair coupling factor  36.62 
 
 		 1202 aa  665    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0777  transcription-repair coupling factor (superfamily II helicase)  37.2 
 
 		 1194 aa  655    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0915  transcription-repair coupling factor  41.13 
 
 		 1179 aa  655    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0521422  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1594  transcription-repair coupling factor  100 
 
 		 1131 aa  2177    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1560  transcription-repair coupling factor  40 
 
 		 1195 aa  659    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.93701  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1245  transcription-repair coupling factor  39.94 
 
 		 1222 aa  639    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.877482  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4624  transcription-repair coupling factor  38.62 
 
 		 1211 aa  665    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0593  transcription-repair coupling factor  36.22 
 
 		 1165 aa  654    Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0924  transcription-repair coupling factor  39.28 
 
 		 1224 aa  645    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.410165  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4331  transcription-repair coupling factor  38.62 
 
 		 1211 aa  664    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.376638 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4777  transcription-repair coupling factor  38.79 
 
 		 1212 aa  658    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.549284  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11038  transcription-repair coupling factor mfd  39.71 
 
 		 1234 aa  654    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.970521  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1948  transcription-repair coupling factor  39.22 
 
 		 1198 aa  640    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1355  transcription-repair coupling factor  38.61 
 
 		 1150 aa  653    Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0111  transcription-repair coupling factor  37.27 
 
 		 1169 aa  633  1e-180  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00148726  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1298  transcription-repair coupling factor  40.09 
 
 		 1220 aa  633  1e-180  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000122104 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0803  transcription-repair coupling factor  41.5 
 
 		 1188 aa  635  1e-180  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0214899 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3135  transcription-repair coupling factor  40.58 
 
 		 1164 aa  630  1e-179  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.223116  normal  0.109749 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0140  transcription-repair coupling factor  38.73 
 
 		 1159 aa  632  1e-179  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00133746  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0898  transcription-repair coupling factor  40.29 
 
 		 1214 aa  629  1e-179  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.165774  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0188  transcription-repair coupling factor  40.11 
 
 		 1182 aa  628  1e-178  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0131  transcription-repair coupling factor  36.79 
 
 		 1197 aa  628  1e-178  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.10317  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13430  transcription-repair coupling factor Mfd  39.4 
 
 		 1211 aa  627  1e-178  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0858576  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1067  transcription-repair coupling factor  39.5 
 
 		 1193 aa  623  1e-177  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0072  transcription-repair coupling factor  38.65 
 
 		 1176 aa  622  1e-177  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0902915  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1013  transcription-repair coupling factor  39.68 
 
 		 1205 aa  624  1e-177  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0526678 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07780  transcription-repair coupling factor Mfd  38.86 
 
 		 1212 aa  622  1e-176  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.784778  normal  0.111573 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2632  transcription-repair coupling factor  34.66 
 
 		 1178 aa  622  1e-176  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0182  transcription-repair coupling factor  37.25 
 
 		 1183 aa  622  1e-176  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4525  transcription-repair coupling factor  38.74 
 
 		 1192 aa  617  1e-175  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2072  transcription-repair coupling factor  40.21 
 
 		 1123 aa  612  1e-173  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0665  transcription-repair coupling factor  39.03 
 
 		 1187 aa  612  1e-173  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2685  transcription-repair coupling factor  38.02 
 
 		 1218 aa  611  1e-173  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1913  transcription-repair coupling factor  38.66 
 
 		 1192 aa  610  1e-173  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0499  transcription-repair coupling factor  38.93 
 
 		 1177 aa  609  1e-173  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.245405  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8585  transcription-repair coupling factor  38.86 
 
 		 1204 aa  605  1.0000000000000001e-171  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1513  transcription-repair coupling factor  39.42 
 
 		 1174 aa  605  1.0000000000000001e-171  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.696907  normal  0.0197286 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4262  transcription-repair coupling factor  38.67 
 
 		 1168 aa  605  1.0000000000000001e-171  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.336252  normal  0.0120636 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0894  transcription-repair coupling factor  38.67 
 
 		 1173 aa  596  1e-169  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.180496  normal  0.440454 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2610  transcription-repair coupling factor  38.84 
 
 		 1172 aa  597  1e-169  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.776583  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3090  transcription-repair coupling factor  33.55 
 
 		 1174 aa  598  1e-169  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.192538  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2807  transcription-repair coupling factor  33.11 
 
 		 1162 aa  597  1e-169  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2493  transcription-repair coupling factor  33.11 
 
 		 1162 aa  598  1e-169  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1260  transcription-repair coupling factor  41.03 
 
 		 1159 aa  596  1e-169  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.843901  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0048  transcription-repair coupling factor  33.52 
 
 		 1176 aa  593  1e-168  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1796  transcription-repair coupling protein Mfd  35.35 
 
 		 1153 aa  593  1e-168  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.46752  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2053  transcription-repair coupling factor  38.5 
 
 		 1173 aa  593  1e-168  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0242332  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0700  transcription-repair coupling factor  36.89 
 
 		 1165 aa  594  1e-168  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00154056  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5241  transcription-repair coupling factor  39.98 
 
 		 1112 aa  595  1e-168  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1349  transcription-repair coupling factor  38.09 
 
 		 1149 aa  592  1e-167  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6308  transcription-repair coupling factor  39.07 
 
 		 1203 aa  588  1e-166  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0152711 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1914  transcription-repair coupling factor  37.26 
 
 		 1166 aa  586  1e-166  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.621253  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2039  transcription-repair coupling factor  38.92 
 
 		 1152 aa  588  1e-166  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.583772  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0262  transcription-repair coupling factor  33.95 
 
 		 1179 aa  586  1e-166  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1485  transcription-repair coupling factor  37.79 
 
 		 1172 aa  587  1e-166  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.432425 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5258  transcription-repair coupling factor  33.05 
 
 		 1176 aa  587  1e-166  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3081  transcription-repair coupling factor  38.86 
 
 		 1171 aa  586  1e-166  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.195799  normal  0.080304 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0058  transcription-repair coupling factor  33.05 
 
 		 1176 aa  583  1.0000000000000001e-165  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0052  transcription-repair coupling factor  33.24 
 
 		 1176 aa  583  1.0000000000000001e-165  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0048  transcription-repair coupling factor  33.24 
 
 		 1178 aa  583  1.0000000000000001e-165  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0048  transcription-repair coupling factor  33.24 
 
 		 1176 aa  583  1.0000000000000001e-165  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02437  transcription-repair coupling factor  36.57 
 
 		 1165 aa  583  1.0000000000000001e-165  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.272439  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0052  transcription-repair coupling factor  33.24 
 
 		 1176 aa  583  1.0000000000000001e-165  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1705  transcription-repair coupling factor  36.5 
 
 		 1174 aa  583  1.0000000000000001e-165  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0059  transcription-repair coupling factor  33.24 
 
 		 1176 aa  583  1.0000000000000001e-165  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1511  transcription-repair coupling factor  33.3 
 
 		 1059 aa  584  1.0000000000000001e-165  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0050  transcription-repair coupling factor  33.77 
 
 		 1177 aa  585  1.0000000000000001e-165  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0271  transcription-repair coupling factor  34.78 
 
 		 1165 aa  583  1.0000000000000001e-165  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3479  transcription-repair coupling factor  36.8 
 
 		 1189 aa  584  1.0000000000000001e-165  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.706369  normal  0.219385 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0062  transcription-repair coupling factor  33.14 
 
 		 1176 aa  581  1e-164  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0051  transcription-repair coupling factor  33.14 
 
 		 1176 aa  581  1e-164  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7185  transcription-repair coupling factor  38.02 
 
 		 1190 aa  580  1e-164  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.202363  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0124  transcription-repair coupling factor  35.62 
 
 		 1147 aa  581  1e-164  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00760781  normal  0.18165 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3189  transcription-repair coupling factor  49.75 
 
 		 1218 aa  581  1e-164  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.905154  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0011  transcription-repair coupling factor  33.67 
 
 		 1162 aa  581  1e-164  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1330  transcription-repair coupling factor  36.56 
 
 		 1155 aa  581  1e-164  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.643209  normal  0.63963 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1287  transcription-repair coupling factor  33.11 
 
 		 1155 aa  579  1.0000000000000001e-163  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0502901  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0141  transcription-repair coupling factor  32.44 
 
 		 1169 aa  578  1.0000000000000001e-163  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1702  transcription-repair coupling factor  38.31 
 
 		 1167 aa  578  1.0000000000000001e-163  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2619  transcription-repair coupling factor  36.53 
 
 		 1155 aa  578  1.0000000000000001e-163  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.205951  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0048  transcription-repair coupling factor  32.96 
 
 		 1176 aa  576  1.0000000000000001e-163  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0067  transcription-repair coupling factor  30.89 
 
 		 1196 aa  577  1.0000000000000001e-163  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0369  transcription-repair coupling factor  37.66 
 
 		 1149 aa  573  1.0000000000000001e-162  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3640  transcription-repair coupling factor  36.19 
 
 		 1170 aa  574  1.0000000000000001e-162  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0048  transcription-repair coupling factor  34.5 
 
 		 1177 aa  575  1.0000000000000001e-162  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5808  transcription-repair coupling factor  48.46 
 
 		 1351 aa  575  1.0000000000000001e-162  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.294236  normal  0.50078 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2833  transcription-repair coupling factor  34.51 
 
 		 1157 aa  570  1e-161  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000601821  hitchhiker  0.00381117 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3728  transcription-repair coupling factor  35.32 
 
 		 1103 aa  569  1e-161  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1726  transcription-repair coupling factor  38.86 
 
 		 1177 aa  570  1e-161  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0539  transcription-repair coupling factor  37.84 
 
 		 1116 aa  572  1e-161  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0291296  hitchhiker  0.00000000346725 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>