More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TK90_0733 on replicon NC_013889
Organism: Thioalkalivibrio sp. K90mix



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013889  TK90_0733  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  100 
 
 
256 aa  507  1e-143  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2050  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  40.85 
 
 
258 aa  170  2e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.024552  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1250  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  36.55 
 
 
252 aa  140  9.999999999999999e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.901782  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2888  type IV pilus biogenesis protein PilF, putative  37.65 
 
 
255 aa  139  4.999999999999999e-32  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0901  tfp pilus assembly protein PilF  31.65 
 
 
246 aa  126  4.0000000000000003e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1430  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  31.23 
 
 
262 aa  125  1e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.14258  normal  0.202712 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2367  fimbrial biogenesis and twitching motility protein, putative  30.83 
 
 
262 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000000700104  normal  0.549255 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1303  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.57 
 
 
266 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.682058  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2192  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  29.51 
 
 
276 aa  115  7.999999999999999e-25  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1542  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  31.78 
 
 
262 aa  115  8.999999999999998e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.364125  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3150  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  29.6 
 
 
262 aa  113  3e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0633925  hitchhiker  0.00734203 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2992  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  29.6 
 
 
262 aa  113  3e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00509234  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3007  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  29.6 
 
 
262 aa  113  3e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000355185  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1226  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  29.92 
 
 
262 aa  113  3e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0380935  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4603  Type IV pilus biogenesis protein PilF  33.49 
 
 
252 aa  112  5e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1114  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  30.13 
 
 
261 aa  108  7.000000000000001e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.22274  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3314  fimbrial biogenesis and twitching motility protein, putative  29.27 
 
 
262 aa  108  8.000000000000001e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1297  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  29.79 
 
 
262 aa  108  9.000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.276388  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1432  type IV pilus biogenesis protein PilF  31.22 
 
 
252 aa  108  1e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1227  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  30.59 
 
 
262 aa  107  2e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.023902  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40310  type IV pilus biogenesis protein PilF  30.71 
 
 
252 aa  107  2e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1371  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  30.47 
 
 
262 aa  105  6e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.503899  normal  0.0591536 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02493  hypothetical protein  28.82 
 
 
253 aa  105  7e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1288  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.57 
 
 
262 aa  103  2e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1422  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  29.84 
 
 
280 aa  104  2e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.162088  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3611  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  29.58 
 
 
263 aa  102  6e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.253083 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003634  type IV pilus (Tfp) assembly protein PilF  28.63 
 
 
241 aa  101  9e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1309  type 4 fimbrial biogenesis protein PilF  29.88 
 
 
252 aa  101  9e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.553345  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1246  TPR repeat-containing protein  30.66 
 
 
252 aa  101  1e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.619631  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1291  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  30.34 
 
 
249 aa  100  2e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14850  type 4 fimbrial biogenesis protein PilF  29.46 
 
 
252 aa  100  2e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1184  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  30.34 
 
 
249 aa  100  2e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0420  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  30.34 
 
 
249 aa  100  2e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00209508 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2654  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  29.1 
 
 
262 aa  100  2e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1658  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  31.4 
 
 
261 aa  98.2  1e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.311816 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1168  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  26.29 
 
 
275 aa  97.8  1e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2309  TPR repeat-containing protein  28.85 
 
 
278 aa  98.2  1e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.107221  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1088  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  26.29 
 
 
275 aa  97.8  1e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.756407  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1217  putative fimbrial biogenesis and twitching motility protein  32.09 
 
 
237 aa  97.4  2e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.544829  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5021  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  26.59 
 
 
295 aa  96.7  3e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.667321  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0881  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  30.19 
 
 
253 aa  96.7  3e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.904873  normal  0.500681 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1254  tetratricopeptide TPR_2  28.76 
 
 
260 aa  95.5  8e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.146515  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2185  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  30.99 
 
 
285 aa  95.1  9e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1998  uncharacterized protein involved in fimbrial biogenesis  31.05 
 
 
267 aa  95.1  9e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.151418 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0082  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.4 
 
 
285 aa  94.7  1e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0727  putative type 4 fimbrial biogenesis protein PilF  27.87 
 
 
253 aa  94  2e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1870  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.45 
 
 
268 aa  94.4  2e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0851  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  29.72 
 
 
255 aa  92.8  4e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3502  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.51 
 
 
253 aa  93.2  4e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3128  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.43 
 
 
332 aa  92.4  7e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2610  tetratricopeptide TPR_2  29.8 
 
 
269 aa  92  9e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.104861  normal  0.938997 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1622  tetratricopeptide TPR_2  27.9 
 
 
247 aa  91.3  1e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00247403 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4327  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  31.13 
 
 
253 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.813272  hitchhiker  0.000000000191123 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0894  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  30.19 
 
 
253 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000416211 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1256  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  31.3 
 
 
261 aa  90.5  3e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.812098  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1432  hypothetical protein  28.06 
 
 
259 aa  89.4  6e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1197  fimbrial biogenesis and twitching motility protein  28.65 
 
 
179 aa  89  7e-17  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.27638  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4254  lysM domain-containing protein  28.84 
 
 
524 aa  88.6  9e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.305557  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3392  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  29.92 
 
 
266 aa  87.8  2e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3016  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  33.49 
 
 
259 aa  85.1  9e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0592  TPR repeat-containing pilus assembly protein PilF  28.7 
 
 
261 aa  84.7  0.000000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.83159  normal  0.24417 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1779  type IV pilus assembly protein PilF  32.46 
 
 
269 aa  85.1  0.000000000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.821646  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1715  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  30.95 
 
 
269 aa  84  0.000000000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.360118  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1116  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  33.5 
 
 
251 aa  81.3  0.00000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.772956  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1213  putative type 4 fimbrial biogenesis protein  26.56 
 
 
263 aa  78.2  0.0000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.543413  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1503  hypothetical protein  26.2 
 
 
260 aa  78.2  0.0000000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1149  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.91 
 
 
265 aa  78.6  0.0000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.588418  normal  0.518826 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01054  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  31.79 
 
 
262 aa  76.3  0.0000000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.5978  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06112  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  31.79 
 
 
262 aa  76.3  0.0000000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.21949  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2108  TPR repeat-containing protein  26.4 
 
 
258 aa  75.9  0.0000000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.199706 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1125  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  26.94 
 
 
267 aa  75.5  0.0000000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.377413  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1057  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.52 
 
 
265 aa  74.3  0.000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0988004  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2870  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.19 
 
 
306 aa  74.3  0.000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1480  hypothetical protein  25.67 
 
 
260 aa  73.2  0.000000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2852  tetratricopeptide TPR_2  30.04 
 
 
269 aa  72.4  0.000000000007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2987  TPR repeat-containing protein  30.19 
 
 
266 aa  71.2  0.00000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2739  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  29.11 
 
 
248 aa  71.6  0.00000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1790  TPR repeat-containing protein  30.25 
 
 
241 aa  70.5  0.00000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1931  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  30.94 
 
 
249 aa  71.2  0.00000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0417979  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1603  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  30.94 
 
 
255 aa  70.9  0.00000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.0684116 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1166  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  25 
 
 
261 aa  70.9  0.00000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.327307 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2476  TPR domain-containing protein  31.14 
 
 
566 aa  68.2  0.0000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.834275  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0200  TPR repeat-containing protein  30.3 
 
 
505 aa  68.6  0.0000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1094  TPR repeat-containing protein  29.34 
 
 
685 aa  67.4  0.0000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2041  serine/threonine protein kinase with TPR repeats  36.84 
 
 
884 aa  67.8  0.0000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.443497 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2307  TPR repeat-containing protein  28.88 
 
 
653 aa  66.2  0.0000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2523  hypothetical protein  33.09 
 
 
795 aa  66.2  0.0000000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.184422  normal  0.460331 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2681  TPR domain protein  28.88 
 
 
653 aa  66.2  0.0000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2020  TPR repeat-containing protein  29.82 
 
 
243 aa  65.5  0.0000000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1550  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  26.88 
 
 
297 aa  65.9  0.0000000007  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000389536  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_18211  hypothetical protein  28.48 
 
 
603 aa  64.7  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.905605 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0481  TPR repeat-containing protein  26.43 
 
 
3145 aa  63.5  0.000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.948354 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2418  TPR repeat-containing protein  32.03 
 
 
827 aa  62.4  0.000000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2630  Sel1 domain protein repeat-containing protein  37.68 
 
 
416 aa  62  0.000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.0395405 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2414  TPR repeat-containing protein  32.31 
 
 
589 aa  62  0.000000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5110  TPR repeat-containing protein  25.15 
 
 
288 aa  61.2  0.00000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.163263  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0540  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  29.63 
 
 
1056 aa  60.8  0.00000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0423513  normal  0.0609988 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4728  TPR repeat-containing protein  31.1 
 
 
718 aa  61.2  0.00000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.346608 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2431  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  31.91 
 
 
818 aa  60.1  0.00000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0955  TPR repeat-containing protein  27.78 
 
 
637 aa  60.1  0.00000003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>