145 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_I0727 on replicon NC_011312
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011312  VSAL_I0727  putative type 4 fimbrial biogenesis protein PilF  100 
 
 
253 aa  521  1e-147  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003634  type IV pilus (Tfp) assembly protein PilF  54.11 
 
 
241 aa  253  1.0000000000000001e-66  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1217  putative fimbrial biogenesis and twitching motility protein  54.59 
 
 
237 aa  253  1.0000000000000001e-66  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.544829  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02493  hypothetical protein  53.54 
 
 
253 aa  245  4.9999999999999997e-64  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1288  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  36.05 
 
 
262 aa  162  4.0000000000000004e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1166  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  41.28 
 
 
261 aa  158  7e-38  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.327307 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3611  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  37.14 
 
 
263 aa  154  9e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.253083 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1226  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  34.78 
 
 
262 aa  152  5e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0380935  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2992  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  34.82 
 
 
262 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00509234  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3007  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  34.82 
 
 
262 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000355185  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3150  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  34.82 
 
 
262 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0633925  hitchhiker  0.00734203 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3314  fimbrial biogenesis and twitching motility protein, putative  34.78 
 
 
262 aa  152  7e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1430  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  34.14 
 
 
262 aa  150  1e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.14258  normal  0.202712 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4254  lysM domain-containing protein  36.61 
 
 
524 aa  150  2e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.305557  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1371  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  34.87 
 
 
262 aa  150  2e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.503899  normal  0.0591536 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1227  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  34.45 
 
 
262 aa  150  2e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.023902  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1297  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  34.45 
 
 
262 aa  149  4e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.276388  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1303  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  32.79 
 
 
266 aa  148  9e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.682058  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0420  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  34.51 
 
 
249 aa  147  2.0000000000000003e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00209508 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1291  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  34.51 
 
 
249 aa  147  2.0000000000000003e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2367  fimbrial biogenesis and twitching motility protein, putative  33.98 
 
 
262 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000000700104  normal  0.549255 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1254  tetratricopeptide TPR_2  34.38 
 
 
260 aa  145  5e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.146515  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1184  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  34.51 
 
 
249 aa  145  5e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2654  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  35.97 
 
 
262 aa  144  1e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3128  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  33.75 
 
 
332 aa  143  3e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1114  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  34.74 
 
 
261 aa  143  3e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.22274  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1256  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  33.33 
 
 
261 aa  142  4e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.812098  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1116  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  38.32 
 
 
251 aa  135  6.0000000000000005e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.772956  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2739  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  32.93 
 
 
248 aa  135  7.000000000000001e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3016  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  35.94 
 
 
259 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1542  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  33.49 
 
 
262 aa  124  1e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.364125  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1250  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  29.88 
 
 
252 aa  116  3.9999999999999997e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.901782  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1480  hypothetical protein  33.48 
 
 
260 aa  115  5e-25  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1503  hypothetical protein  32.61 
 
 
260 aa  114  1.0000000000000001e-24  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0901  tfp pilus assembly protein PilF  30.77 
 
 
246 aa  114  1.0000000000000001e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2050  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  30 
 
 
258 aa  114  1.0000000000000001e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.024552  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14850  type 4 fimbrial biogenesis protein PilF  34.71 
 
 
252 aa  110  3e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1309  type 4 fimbrial biogenesis protein PilF  34.3 
 
 
252 aa  108  9.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.553345  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3392  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.68 
 
 
266 aa  100  3e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1432  type IV pilus biogenesis protein PilF  29.08 
 
 
252 aa  95.9  6e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2888  type IV pilus biogenesis protein PilF, putative  27.8 
 
 
255 aa  95.5  7e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1622  tetratricopeptide TPR_2  30.08 
 
 
247 aa  95.1  8e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00247403 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40310  type IV pilus biogenesis protein PilF  29.96 
 
 
252 aa  94.7  1e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0733  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.87 
 
 
256 aa  94  2e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1197  fimbrial biogenesis and twitching motility protein  32.78 
 
 
179 aa  89.4  5e-17  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.27638  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0592  TPR repeat-containing pilus assembly protein PilF  29.27 
 
 
261 aa  88.2  1e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.83159  normal  0.24417 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1246  TPR repeat-containing protein  27.66 
 
 
252 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.619631  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1998  uncharacterized protein involved in fimbrial biogenesis  27.35 
 
 
267 aa  85.5  7e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.151418 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0881  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.21 
 
 
253 aa  85.5  7e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.904873  normal  0.500681 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0851  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.21 
 
 
255 aa  84.7  0.000000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2987  TPR repeat-containing protein  28.29 
 
 
266 aa  85.1  0.000000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2192  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  25.32 
 
 
276 aa  84.3  0.000000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1213  putative type 4 fimbrial biogenesis protein  24.22 
 
 
263 aa  83.6  0.000000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.543413  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2309  TPR repeat-containing protein  22.83 
 
 
278 aa  82.8  0.000000000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.107221  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4603  Type IV pilus biogenesis protein PilF  27.97 
 
 
252 aa  82.4  0.000000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3502  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.09 
 
 
253 aa  81.3  0.00000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2185  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  24.27 
 
 
285 aa  81.6  0.00000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0894  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.63 
 
 
253 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000416211 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4327  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  29.49 
 
 
253 aa  78.2  0.0000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.813272  hitchhiker  0.000000000191123 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1149  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  23.26 
 
 
265 aa  77  0.0000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.588418  normal  0.518826 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1432  hypothetical protein  27.67 
 
 
259 aa  75.9  0.0000000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02983  ATP-dependent protease La  29.56 
 
 
809 aa  75.5  0.0000000000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00208912  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2852  tetratricopeptide TPR_2  28.51 
 
 
269 aa  74.3  0.000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2108  TPR repeat-containing protein  24.4 
 
 
258 aa  73.6  0.000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.199706 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1870  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  24.02 
 
 
268 aa  73.6  0.000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2870  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  25.79 
 
 
306 aa  71.6  0.00000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2610  tetratricopeptide TPR_2  23.28 
 
 
269 aa  71.6  0.00000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.104861  normal  0.938997 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1057  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  23.26 
 
 
265 aa  70.9  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0988004  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1125  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  25.78 
 
 
267 aa  68.9  0.00000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.377413  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1658  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  26.11 
 
 
261 aa  68.9  0.00000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.311816 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2088  TPR repeat-containing protein  25.23 
 
 
259 aa  68.2  0.0000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.883758  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5021  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  21.28 
 
 
295 aa  66.2  0.0000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.667321  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1779  type IV pilus assembly protein PilF  25.6 
 
 
269 aa  65.9  0.0000000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.821646  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1931  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  29.73 
 
 
249 aa  63.9  0.000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0417979  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1603  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  29.73 
 
 
255 aa  63.9  0.000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.0684116 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0082  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  23.27 
 
 
285 aa  63.9  0.000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1715  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.63 
 
 
269 aa  62.8  0.000000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.360118  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01054  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  24.76 
 
 
262 aa  62  0.000000009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.5978  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06112  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  24.76 
 
 
262 aa  62  0.000000009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.21949  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1422  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  22.58 
 
 
280 aa  60.8  0.00000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.162088  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0088  type 4 pili biogenesis protein  39.08 
 
 
115 aa  58.9  0.00000007  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2059  TPR repeat-containing protein  39.08 
 
 
113 aa  58.5  0.00000009  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1790  TPR repeat-containing protein  28.87 
 
 
241 aa  58.5  0.0000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1087  TPR repeat-containing protein  32 
 
 
808 aa  56.6  0.0000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0453  TPR domain-containing protein  28.17 
 
 
626 aa  53.5  0.000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.311085  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3015  TPR domain-containing protein  28.17 
 
 
626 aa  53.5  0.000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2599  TPR domain-containing protein  28.17 
 
 
614 aa  53.5  0.000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0734298  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0970  TPR domain-containing protein  28.17 
 
 
614 aa  53.5  0.000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2906  TPR repeat-containing protein  28.17 
 
 
614 aa  53.5  0.000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0475913  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2967  TPR repeat-containing protein  28.17 
 
 
614 aa  53.5  0.000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0177  TPR repeat-containing protein  28.17 
 
 
614 aa  53.5  0.000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1181  tetratricopeptide TPR_2  27.45 
 
 
502 aa  53.1  0.000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.591026  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1661  TPR repeat-containing protein  27.45 
 
 
502 aa  53.1  0.000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0601508  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1635  TPR repeat-containing protein  27.12 
 
 
502 aa  53.1  0.000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.628977  normal  0.0608615 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1088  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  21.26 
 
 
275 aa  52.4  0.000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.756407  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1168  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  21.26 
 
 
275 aa  52.4  0.000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2937  TPR repeat-containing protein  24.71 
 
 
248 aa  51.2  0.00001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000196888  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0892  TPR repeat-containing protein  27.67 
 
 
636 aa  50.4  0.00002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.647896  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2369  TPR repeat-containing protein  27.81 
 
 
639 aa  50.4  0.00003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.319986  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0904  TPR repeat-containing protein  27.67 
 
 
612 aa  50.1  0.00003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.587904  normal  0.769196 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>