More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_2309 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_2309  TPR repeat-containing protein  100 
 
 
278 aa  572  1.0000000000000001e-162  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.107221  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1870  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  60.15 
 
 
268 aa  341  9e-93  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2610  tetratricopeptide TPR_2  65.22 
 
 
269 aa  337  9.999999999999999e-92  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.104861  normal  0.938997 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2185  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  58.02 
 
 
285 aa  323  2e-87  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1422  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  54.61 
 
 
280 aa  287  1e-76  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.162088  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0082  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  54.15 
 
 
285 aa  284  1.0000000000000001e-75  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1168  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  48.91 
 
 
275 aa  275  6e-73  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1088  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  48.55 
 
 
275 aa  273  2.0000000000000002e-72  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.756407  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5021  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  47.01 
 
 
295 aa  248  7e-65  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.667321  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2870  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  48 
 
 
306 aa  246  4e-64  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2088  TPR repeat-containing protein  44.77 
 
 
259 aa  215  5.9999999999999996e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.883758  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1998  uncharacterized protein involved in fimbrial biogenesis  42.05 
 
 
267 aa  213  1.9999999999999998e-54  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.151418 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2108  TPR repeat-containing protein  42.26 
 
 
258 aa  202  7e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.199706 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1213  putative type 4 fimbrial biogenesis protein  39.46 
 
 
263 aa  196  4.0000000000000005e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.543413  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1149  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  37.79 
 
 
265 aa  182  6e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.588418  normal  0.518826 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1057  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  37.79 
 
 
265 aa  178  1e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0988004  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0592  TPR repeat-containing pilus assembly protein PilF  42.59 
 
 
261 aa  158  7e-38  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.83159  normal  0.24417 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2987  TPR repeat-containing protein  34.67 
 
 
266 aa  140  3e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3392  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  32.31 
 
 
266 aa  137  2e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1622  tetratricopeptide TPR_2  32.27 
 
 
247 aa  129  4.0000000000000003e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00247403 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0901  tfp pilus assembly protein PilF  29.2 
 
 
246 aa  119  3.9999999999999996e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2367  fimbrial biogenesis and twitching motility protein, putative  29.92 
 
 
262 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000000700104  normal  0.549255 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1430  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.63 
 
 
262 aa  108  7.000000000000001e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.14258  normal  0.202712 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1114  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.2 
 
 
261 aa  107  2e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.22274  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2050  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  29.28 
 
 
258 aa  107  3e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.024552  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1432  type IV pilus biogenesis protein PilF  29.57 
 
 
252 aa  105  7e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2888  type IV pilus biogenesis protein PilF, putative  28.08 
 
 
255 aa  103  2e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1227  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  26.53 
 
 
262 aa  103  4e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.023902  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1715  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.76 
 
 
269 aa  102  6e-21  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.360118  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1303  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  25.29 
 
 
266 aa  102  1e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.682058  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3007  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.27 
 
 
262 aa  101  1e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000355185  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2992  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.27 
 
 
262 aa  101  1e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00509234  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3150  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.27 
 
 
262 aa  101  1e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0633925  hitchhiker  0.00734203 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1371  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.57 
 
 
262 aa  100  2e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.503899  normal  0.0591536 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1226  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  26.53 
 
 
262 aa  101  2e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0380935  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1297  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  26.53 
 
 
262 aa  100  2e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.276388  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1779  type IV pilus assembly protein PilF  28.32 
 
 
269 aa  99.8  4e-20  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.821646  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0733  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.85 
 
 
256 aa  98.2  1e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40310  type IV pilus biogenesis protein PilF  29.18 
 
 
252 aa  98.2  1e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3314  fimbrial biogenesis and twitching motility protein, putative  25.51 
 
 
262 aa  97.8  2e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2192  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  26.14 
 
 
276 aa  97.4  3e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1250  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.57 
 
 
252 aa  97.1  3e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.901782  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1309  type 4 fimbrial biogenesis protein PilF  26.64 
 
 
252 aa  96.3  4e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.553345  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2654  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  26.94 
 
 
262 aa  95.9  7e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14850  type 4 fimbrial biogenesis protein PilF  25.48 
 
 
252 aa  94.7  1e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1246  TPR repeat-containing protein  27.71 
 
 
252 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.619631  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1254  tetratricopeptide TPR_2  24.9 
 
 
260 aa  92  1e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.146515  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1166  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.19 
 
 
261 aa  90.9  2e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.327307 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3128  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  25.1 
 
 
332 aa  90.9  2e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4603  Type IV pilus biogenesis protein PilF  28.85 
 
 
252 aa  89.7  5e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1658  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.45 
 
 
261 aa  89.4  7e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.311816 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1288  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  23.92 
 
 
262 aa  89  8e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1184  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.23 
 
 
249 aa  89  9e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1291  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.23 
 
 
249 aa  88.2  1e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0420  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.23 
 
 
249 aa  88.2  1e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00209508 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3611  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  26.91 
 
 
263 aa  85.1  0.000000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.253083 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0881  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  26.52 
 
 
253 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.904873  normal  0.500681 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01054  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  25.79 
 
 
262 aa  84.3  0.000000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.5978  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06112  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  25.79 
 
 
262 aa  84.3  0.000000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.21949  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1542  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  25.64 
 
 
262 aa  84  0.000000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.364125  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0851  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  26.09 
 
 
255 aa  82.8  0.000000000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0727  putative type 4 fimbrial biogenesis protein PilF  22.83 
 
 
253 aa  82.8  0.000000000000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02493  hypothetical protein  24.12 
 
 
253 aa  81.6  0.00000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0894  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.68 
 
 
253 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000416211 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3502  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  26.41 
 
 
253 aa  79.3  0.00000000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1217  putative fimbrial biogenesis and twitching motility protein  24.55 
 
 
237 aa  78.6  0.0000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.544829  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1125  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  26.98 
 
 
267 aa  78.2  0.0000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.377413  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4327  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  26.09 
 
 
253 aa  72  0.00000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.813272  hitchhiker  0.000000000191123 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003634  type IV pilus (Tfp) assembly protein PilF  21.85 
 
 
241 aa  72  0.00000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1256  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  24.52 
 
 
261 aa  70.5  0.00000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.812098  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1432  hypothetical protein  26.07 
 
 
259 aa  66.2  0.0000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1931  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  31.73 
 
 
249 aa  64.7  0.000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0417979  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0680  type 4 fimbrial biogenesis protein  26.07 
 
 
315 aa  64.7  0.000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000581719  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1603  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  31.73 
 
 
255 aa  64.7  0.000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.0684116 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1000  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  26.14 
 
 
219 aa  64.3  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.810235  normal  0.0608831 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4254  lysM domain-containing protein  23.94 
 
 
524 aa  63.9  0.000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.305557  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3016  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  25 
 
 
259 aa  63.9  0.000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1904  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.44 
 
 
272 aa  62  0.00000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0650  TPR repeat-containing protein  25.77 
 
 
317 aa  60.1  0.00000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2349  TPR repeat-containing protein  29.91 
 
 
649 aa  60.1  0.00000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0186841  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2464  TPR repeat-containing protein  33.94 
 
 
252 aa  57.8  0.0000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.545805  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2307  TPR repeat-containing protein  25.52 
 
 
653 aa  57.4  0.0000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1116  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  26.54 
 
 
251 aa  57.8  0.0000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.772956  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2681  TPR domain protein  25.52 
 
 
653 aa  57.4  0.0000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1568  hypothetical protein  30.43 
 
 
820 aa  57.4  0.0000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2739  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  22.75 
 
 
248 aa  55.8  0.0000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0912  TPR repeat-containing protein  24.55 
 
 
748 aa  55.5  0.0000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.795031  hitchhiker  0.00626987 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1550  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  26.09 
 
 
297 aa  55.5  0.000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000389536  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1677  TPR repeat-containing protein  34.88 
 
 
222 aa  55.1  0.000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1711  TPR repeat-containing protein  34.88 
 
 
222 aa  55.1  0.000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0949  TPR repeat-containing protein  30.48 
 
 
1121 aa  55.5  0.000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0849269  normal  0.0980091 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1158  TPR repeat-containing protein  33.33 
 
 
315 aa  55.1  0.000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.804036  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0471  TPR repeat-containing protein  31.52 
 
 
1297 aa  55.1  0.000001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0637  TPR repeat-containing protein  29.03 
 
 
4489 aa  55.5  0.000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0955  TPR repeat-containing protein  29.58 
 
 
637 aa  54.7  0.000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1474  TPR repeat-containing protein  26.17 
 
 
162 aa  54.3  0.000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0444734  n/a   
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_40924  predicted protein  25.25 
 
 
375 aa  53.5  0.000003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.458934  normal  0.213634 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3719  TPR repeat-containing protein  32.95 
 
 
405 aa  53.9  0.000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2559  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  33.33 
 
 
250 aa  53.1  0.000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.125271  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1094  TPR repeat-containing protein  27.63 
 
 
685 aa  53.1  0.000005  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>