285 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3502 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_3502  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  100 
 
 
253 aa  507  1e-143  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1432  type IV pilus biogenesis protein PilF  63.89 
 
 
252 aa  336  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1309  type 4 fimbrial biogenesis protein PilF  63.31 
 
 
252 aa  330  2e-89  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.553345  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14850  type 4 fimbrial biogenesis protein PilF  63.71 
 
 
252 aa  330  2e-89  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4603  Type IV pilus biogenesis protein PilF  67.37 
 
 
252 aa  329  3e-89  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1246  TPR repeat-containing protein  62.71 
 
 
252 aa  314  8e-85  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.619631  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40310  type IV pilus biogenesis protein PilF  63.1 
 
 
252 aa  311  7.999999999999999e-84  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0881  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  56.12 
 
 
253 aa  266  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.904873  normal  0.500681 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0851  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  56.12 
 
 
255 aa  265  4e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0894  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  56.96 
 
 
253 aa  251  8.000000000000001e-66  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000416211 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4327  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  58.65 
 
 
253 aa  245  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.813272  hitchhiker  0.000000000191123 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1125  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  37.2 
 
 
267 aa  146  3e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.377413  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1432  hypothetical protein  36.18 
 
 
259 aa  133  3e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1250  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  36.03 
 
 
252 aa  132  3.9999999999999996e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.901782  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2992  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  32.8 
 
 
262 aa  125  6e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00509234  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3150  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  32.8 
 
 
262 aa  125  6e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0633925  hitchhiker  0.00734203 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3007  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  32.8 
 
 
262 aa  125  6e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000355185  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1288  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  31.13 
 
 
262 aa  125  1e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2367  fimbrial biogenesis and twitching motility protein, putative  29.88 
 
 
262 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000000700104  normal  0.549255 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1430  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  30.71 
 
 
262 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.14258  normal  0.202712 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1371  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  32.91 
 
 
262 aa  119  3e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.503899  normal  0.0591536 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1226  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  30.83 
 
 
262 aa  115  6.9999999999999995e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0380935  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1227  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  30.96 
 
 
262 aa  115  8.999999999999998e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.023902  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1303  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.11 
 
 
266 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.682058  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1297  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  30.54 
 
 
262 aa  113  3e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.276388  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3314  fimbrial biogenesis and twitching motility protein, putative  30.77 
 
 
262 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1542  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  30.68 
 
 
262 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.364125  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1114  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  30.04 
 
 
261 aa  110  3e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.22274  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0901  tfp pilus assembly protein PilF  31.62 
 
 
246 aa  108  6e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2654  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  31.98 
 
 
262 aa  108  6e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2888  type IV pilus biogenesis protein PilF, putative  31.56 
 
 
255 aa  106  3e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1254  tetratricopeptide TPR_2  28.4 
 
 
260 aa  104  1e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.146515  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0733  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.51 
 
 
256 aa  104  1e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1622  tetratricopeptide TPR_2  30.92 
 
 
247 aa  100  2e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00247403 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0592  TPR repeat-containing pilus assembly protein PilF  32.17 
 
 
261 aa  98.2  1e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.83159  normal  0.24417 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1503  hypothetical protein  33.51 
 
 
260 aa  97.4  2e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1480  hypothetical protein  33.51 
 
 
260 aa  97.1  3e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2050  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.51 
 
 
258 aa  96.7  3e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.024552  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1291  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  31.17 
 
 
249 aa  96.3  4e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0420  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  31.17 
 
 
249 aa  96.3  4e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00209508 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2185  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  26.64 
 
 
285 aa  95.9  5e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4254  lysM domain-containing protein  31.45 
 
 
524 aa  95.9  6e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.305557  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1184  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  31.17 
 
 
249 aa  95.5  6e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1213  putative type 4 fimbrial biogenesis protein  30.66 
 
 
263 aa  94.4  2e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.543413  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1217  putative fimbrial biogenesis and twitching motility protein  29.95 
 
 
237 aa  93.2  4e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.544829  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3128  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  26.19 
 
 
332 aa  91.7  9e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3611  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  29.1 
 
 
263 aa  89.7  4e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.253083 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2309  TPR repeat-containing protein  26.72 
 
 
278 aa  89  6e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.107221  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0727  putative type 4 fimbrial biogenesis protein PilF  28.28 
 
 
253 aa  87.4  2e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2987  TPR repeat-containing protein  28.63 
 
 
266 aa  87  3e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02493  hypothetical protein  28.43 
 
 
253 aa  86.3  4e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2852  tetratricopeptide TPR_2  29.78 
 
 
269 aa  85.9  6e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1603  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  32.35 
 
 
255 aa  85.1  9e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.0684116 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1931  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  32.35 
 
 
249 aa  84.7  0.000000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0417979  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1149  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.77 
 
 
265 aa  83.6  0.000000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.588418  normal  0.518826 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3392  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  29.17 
 
 
266 aa  82.4  0.000000000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1166  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  30.1 
 
 
261 aa  81.3  0.00000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.327307 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2610  tetratricopeptide TPR_2  25.24 
 
 
269 aa  81.6  0.00000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.104861  normal  0.938997 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2192  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.84 
 
 
276 aa  81.3  0.00000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1057  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.83 
 
 
265 aa  81.3  0.00000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0988004  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003634  type IV pilus (Tfp) assembly protein PilF  27.41 
 
 
241 aa  79  0.00000000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1870  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  25.1 
 
 
268 aa  78.6  0.00000000000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2088  TPR repeat-containing protein  29.69 
 
 
259 aa  76.6  0.0000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.883758  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2108  TPR repeat-containing protein  27.09 
 
 
258 aa  76.3  0.0000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.199706 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1422  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  24.61 
 
 
280 aa  70.5  0.00000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.162088  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0481  TPR repeat-containing protein  27.75 
 
 
3145 aa  70.9  0.00000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.948354 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5021  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  25.67 
 
 
295 aa  70.9  0.00000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.667321  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2870  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  29.77 
 
 
306 aa  70.1  0.00000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1256  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  23.67 
 
 
261 aa  68.2  0.0000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.812098  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0082  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  25.86 
 
 
285 aa  68.2  0.0000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3016  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  26.42 
 
 
259 aa  67.8  0.0000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1168  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  23.98 
 
 
275 aa  67.8  0.0000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1088  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  23.98 
 
 
275 aa  67.8  0.0000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.756407  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06112  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  26.87 
 
 
262 aa  67  0.0000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.21949  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01054  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  26.87 
 
 
262 aa  67  0.0000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.5978  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1779  type IV pilus assembly protein PilF  28.17 
 
 
269 aa  66.6  0.0000000004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.821646  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1116  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  24.9 
 
 
251 aa  65.5  0.0000000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.772956  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1715  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.86 
 
 
269 aa  65.5  0.0000000009  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.360118  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0083  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  31.84 
 
 
2240 aa  62.8  0.000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0650  TPR repeat-containing protein  28.68 
 
 
317 aa  62  0.000000009  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1904  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.22 
 
 
272 aa  61.6  0.00000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3605  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  25.62 
 
 
248 aa  60.8  0.00000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1998  uncharacterized protein involved in fimbrial biogenesis  26.11 
 
 
267 aa  60.8  0.00000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.151418 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0680  type 4 fimbrial biogenesis protein  28.12 
 
 
315 aa  60.5  0.00000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000581719  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2739  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  22.76 
 
 
248 aa  60.5  0.00000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1550  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  26.95 
 
 
297 aa  59.7  0.00000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000389536  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3012  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  32.64 
 
 
254 aa  58.9  0.00000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2321  TPR repeat-containing protein  26.02 
 
 
750 aa  58.2  0.0000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2515  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  26.23 
 
 
265 aa  57.8  0.0000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000326196  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28641  hypothetical protein  26.63 
 
 
581 aa  57.8  0.0000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2367  TPR repeat-containing protein  28.57 
 
 
860 aa  56.6  0.0000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1547  TPR domain-containing protein  29.25 
 
 
473 aa  56.6  0.0000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.661842  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2041  serine/threonine protein kinase with TPR repeats  26.2 
 
 
884 aa  56.6  0.0000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.443497 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2822  TPR repeat-containing protein  33.64 
 
 
257 aa  56.2  0.0000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0911  tetratricopeptide TPR_4  29.08 
 
 
875 aa  55.8  0.0000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.379762  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1841  TPR repeat-containing protein  25.35 
 
 
3035 aa  55.8  0.0000007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1704  TPR repeat-containing protein  25.68 
 
 
265 aa  55.5  0.0000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.12979e-21 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2476  TPR domain-containing protein  31.61 
 
 
566 aa  55.5  0.0000009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.834275  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2910  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  34.58 
 
 
257 aa  54.7  0.000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0603977  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3330  TPR repeat-containing protein  27.87 
 
 
1038 aa  54.7  0.000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>