More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_5021 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010002  Daci_5021  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  100 
 
 
295 aa  598  1e-170  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.667321  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1422  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  53.56 
 
 
280 aa  287  1e-76  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.162088  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1168  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  51.5 
 
 
275 aa  277  2e-73  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1088  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  51.5 
 
 
275 aa  277  2e-73  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.756407  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0082  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  54.96 
 
 
285 aa  254  9e-67  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2185  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  45.23 
 
 
285 aa  254  1.0000000000000001e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2309  TPR repeat-containing protein  47.01 
 
 
278 aa  248  7e-65  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.107221  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1870  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  47.51 
 
 
268 aa  241  7e-63  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2610  tetratricopeptide TPR_2  49.81 
 
 
269 aa  236  3e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.104861  normal  0.938997 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2870  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  41.67 
 
 
306 aa  197  2.0000000000000003e-49  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1998  uncharacterized protein involved in fimbrial biogenesis  41.18 
 
 
267 aa  191  1e-47  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.151418 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2088  TPR repeat-containing protein  44.54 
 
 
259 aa  170  2e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.883758  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2108  TPR repeat-containing protein  37.78 
 
 
258 aa  163  4.0000000000000004e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.199706 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1149  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  35.53 
 
 
265 aa  156  4e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.588418  normal  0.518826 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1213  putative type 4 fimbrial biogenesis protein  35.16 
 
 
263 aa  155  7e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.543413  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1057  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  34.43 
 
 
265 aa  149  4e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0988004  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3392  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  35.09 
 
 
266 aa  136  4e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2987  TPR repeat-containing protein  32.17 
 
 
266 aa  125  7e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0592  TPR repeat-containing pilus assembly protein PilF  34.7 
 
 
261 aa  116  3.9999999999999997e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.83159  normal  0.24417 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2888  type IV pilus biogenesis protein PilF, putative  28.02 
 
 
255 aa  108  1e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0901  tfp pilus assembly protein PilF  27.39 
 
 
246 aa  105  1e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1779  type IV pilus assembly protein PilF  33.98 
 
 
269 aa  103  2e-21  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.821646  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1622  tetratricopeptide TPR_2  31.75 
 
 
247 aa  103  3e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00247403 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1715  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  33.59 
 
 
269 aa  102  5e-21  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.360118  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01054  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  33.2 
 
 
262 aa  101  1e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.5978  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06112  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  33.2 
 
 
262 aa  101  1e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.21949  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1166  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  29.46 
 
 
261 aa  99  9e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.327307 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2050  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.49 
 
 
258 aa  98.6  1e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.024552  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2367  fimbrial biogenesis and twitching motility protein, putative  26.45 
 
 
262 aa  98.6  1e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000000700104  normal  0.549255 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2992  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.8 
 
 
262 aa  98.6  1e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00509234  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3150  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.8 
 
 
262 aa  98.6  1e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0633925  hitchhiker  0.00734203 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3007  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.8 
 
 
262 aa  98.6  1e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000355185  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1430  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  29.18 
 
 
262 aa  98.6  1e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.14258  normal  0.202712 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1226  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.92 
 
 
262 aa  98.2  2e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0380935  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1371  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  30.14 
 
 
262 aa  97.1  3e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.503899  normal  0.0591536 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0733  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  26.59 
 
 
256 aa  96.7  4e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1297  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  29.67 
 
 
262 aa  95.5  1e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.276388  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3314  fimbrial biogenesis and twitching motility protein, putative  27.55 
 
 
262 aa  94.7  2e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2192  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  26.12 
 
 
276 aa  94.4  2e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1114  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.75 
 
 
261 aa  94.4  2e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.22274  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1303  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  26.64 
 
 
266 aa  94.4  2e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.682058  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1658  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  33.66 
 
 
261 aa  93.6  3e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.311816 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1227  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.71 
 
 
262 aa  93.6  4e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.023902  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1288  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  29.19 
 
 
262 aa  92.8  6e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2654  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  26.79 
 
 
262 aa  91.7  1e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1254  tetratricopeptide TPR_2  29.11 
 
 
260 aa  91.7  2e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.146515  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3128  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  26.1 
 
 
332 aa  87.8  2e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1250  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  25.48 
 
 
252 aa  85.1  0.000000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.901782  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02493  hypothetical protein  24.14 
 
 
253 aa  79.3  0.00000000000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1217  putative fimbrial biogenesis and twitching motility protein  26.53 
 
 
237 aa  78.6  0.0000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.544829  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1542  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  25.82 
 
 
262 aa  78.6  0.0000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.364125  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1291  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  26.15 
 
 
249 aa  77.4  0.0000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1184  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  26.15 
 
 
249 aa  77.4  0.0000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0420  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  26.15 
 
 
249 aa  77.4  0.0000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00209508 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1904  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  32.64 
 
 
272 aa  76.6  0.0000000000004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14850  type 4 fimbrial biogenesis protein PilF  26.29 
 
 
252 aa  76.6  0.0000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1256  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  25.36 
 
 
261 aa  75.5  0.0000000000009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.812098  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0881  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  25.82 
 
 
253 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.904873  normal  0.500681 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3611  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  25.37 
 
 
263 aa  75.5  0.000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.253083 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4603  Type IV pilus biogenesis protein PilF  26.34 
 
 
252 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1246  TPR repeat-containing protein  25.63 
 
 
252 aa  73.9  0.000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.619631  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40310  type IV pilus biogenesis protein PilF  28.14 
 
 
252 aa  72.8  0.000000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1309  type 4 fimbrial biogenesis protein PilF  25 
 
 
252 aa  72  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.553345  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1432  type IV pilus biogenesis protein PilF  24.51 
 
 
252 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003634  type IV pilus (Tfp) assembly protein PilF  23.56 
 
 
241 aa  70.9  0.00000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0851  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  25.35 
 
 
255 aa  70.5  0.00000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1125  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.07 
 
 
267 aa  67.8  0.0000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.377413  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1197  fimbrial biogenesis and twitching motility protein  26.67 
 
 
179 aa  66.6  0.0000000004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.27638  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0727  putative type 4 fimbrial biogenesis protein PilF  21.28 
 
 
253 aa  66.2  0.0000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1432  hypothetical protein  25.76 
 
 
259 aa  66.6  0.0000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0471  TPR repeat-containing protein  24.71 
 
 
1297 aa  64.7  0.000000002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4254  lysM domain-containing protein  24.81 
 
 
524 aa  63.9  0.000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.305557  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1603  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.87 
 
 
255 aa  63.9  0.000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.0684116 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1931  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.87 
 
 
249 aa  63.9  0.000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0417979  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3016  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  24.88 
 
 
259 aa  63.2  0.000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0650  TPR repeat-containing protein  25.66 
 
 
317 aa  61.6  0.00000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0894  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  26.29 
 
 
253 aa  61.2  0.00000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000416211 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3414  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  26.95 
 
 
274 aa  60.1  0.00000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.187348  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3694  TPR repeat-containing protein  33.06 
 
 
638 aa  60.1  0.00000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.663272  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3333  TPR repeat-containing protein  26.95 
 
 
274 aa  59.7  0.00000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.34116  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0637  TPR repeat-containing protein  31.82 
 
 
4489 aa  59.3  0.00000007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4327  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  26.29 
 
 
253 aa  59.3  0.00000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.813272  hitchhiker  0.000000000191123 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3478  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  26.95 
 
 
274 aa  59.3  0.00000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3502  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  25.75 
 
 
253 aa  58.5  0.0000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2739  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  23.11 
 
 
248 aa  58.5  0.0000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3398  TPR repeat-containing protein  26.95 
 
 
274 aa  57.8  0.0000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0527752  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_24101  hypothetical protein  24.27 
 
 
725 aa  56.6  0.0000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0485  tetratricopeptide TPR_2  26.49 
 
 
566 aa  55.8  0.0000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1503  hypothetical protein  24.84 
 
 
260 aa  55.1  0.000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3832  TPR repeat-containing protein  34.35 
 
 
688 aa  55.1  0.000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00173771 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0213  TPR repeat-containing protein  23.81 
 
 
409 aa  55.5  0.000001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0391  TPR repeat-containing protein  28.47 
 
 
606 aa  55.1  0.000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000447314  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1550  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  23.92 
 
 
297 aa  55.1  0.000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000389536  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3199  TPR repeat-containing protein  27.81 
 
 
565 aa  55.5  0.000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.714786  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1389  TPR repeat-containing protein  32.29 
 
 
700 aa  55.5  0.000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.874801 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0661  TPR repeat-containing methyltransferase  25.65 
 
 
561 aa  54.3  0.000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.25847  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3296  TPR repeat-containing protein  25 
 
 
193 aa  54.7  0.000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.173177  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1385  TPR domain-containing protein  28.18 
 
 
400 aa  53.9  0.000003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00692083 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0680  type 4 fimbrial biogenesis protein  25.1 
 
 
315 aa  53.9  0.000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000581719  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1516  tetratricopeptide repeat family protein  25.65 
 
 
561 aa  53.9  0.000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>