217 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_2870 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_2870  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  100 
 
 
306 aa  615  1e-175  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1998  uncharacterized protein involved in fimbrial biogenesis  55.14 
 
 
267 aa  269  4e-71  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.151418 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2185  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  46.62 
 
 
285 aa  265  5.999999999999999e-70  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1870  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  52.1 
 
 
268 aa  256  3e-67  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2309  TPR repeat-containing protein  44.64 
 
 
278 aa  251  1e-65  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.107221  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2610  tetratricopeptide TPR_2  52.07 
 
 
269 aa  238  8e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.104861  normal  0.938997 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1168  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  46.5 
 
 
275 aa  232  5e-60  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1088  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  46.5 
 
 
275 aa  232  5e-60  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.756407  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0082  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  48.19 
 
 
285 aa  221  9.999999999999999e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1422  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  39.22 
 
 
280 aa  220  3e-56  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.162088  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2108  TPR repeat-containing protein  43.59 
 
 
258 aa  198  7e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.199706 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5021  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  41.67 
 
 
295 aa  198  1.0000000000000001e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.667321  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1213  putative type 4 fimbrial biogenesis protein  43.83 
 
 
263 aa  194  2e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.543413  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2088  TPR repeat-containing protein  43.08 
 
 
259 aa  190  2e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.883758  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1149  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  38.66 
 
 
265 aa  166  4e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.588418  normal  0.518826 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1057  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  39.08 
 
 
265 aa  165  6.9999999999999995e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0988004  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2987  TPR repeat-containing protein  38.05 
 
 
266 aa  153  2.9999999999999998e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0592  TPR repeat-containing pilus assembly protein PilF  37.89 
 
 
261 aa  142  5e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.83159  normal  0.24417 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3392  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  36.07 
 
 
266 aa  138  1e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0901  tfp pilus assembly protein PilF  30.32 
 
 
246 aa  107  3e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1622  tetratricopeptide TPR_2  28.51 
 
 
247 aa  104  1e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00247403 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2050  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  31.84 
 
 
258 aa  97.8  2e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.024552  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1288  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.06 
 
 
262 aa  95.9  7e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1430  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.31 
 
 
262 aa  95.1  1e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.14258  normal  0.202712 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3007  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  26.52 
 
 
262 aa  92.4  7e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000355185  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3150  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  26.52 
 
 
262 aa  92.4  7e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0633925  hitchhiker  0.00734203 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2992  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  26.52 
 
 
262 aa  92.4  7e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00509234  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1371  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  26.52 
 
 
262 aa  92.4  8e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.503899  normal  0.0591536 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1291  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  32.89 
 
 
249 aa  90.5  3e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0420  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  32.89 
 
 
249 aa  90.5  3e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00209508 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1184  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  32.89 
 
 
249 aa  90.1  4e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2888  type IV pilus biogenesis protein PilF, putative  31.5 
 
 
255 aa  88.2  2e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1114  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.53 
 
 
261 aa  88.2  2e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.22274  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1432  type IV pilus biogenesis protein PilF  28.44 
 
 
252 aa  85.9  7e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1125  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  31.14 
 
 
267 aa  85.5  0.000000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.377413  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4603  Type IV pilus biogenesis protein PilF  31.1 
 
 
252 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1250  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.34 
 
 
252 aa  84.7  0.000000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.901782  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1227  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  24.23 
 
 
262 aa  83.6  0.000000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.023902  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1226  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  24.35 
 
 
262 aa  83.6  0.000000000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0380935  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1297  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  24.35 
 
 
262 aa  83.6  0.000000000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.276388  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4254  lysM domain-containing protein  26.39 
 
 
524 aa  82.8  0.000000000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.305557  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1166  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  25.81 
 
 
261 aa  82.4  0.000000000000009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.327307 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1246  TPR repeat-containing protein  28 
 
 
252 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.619631  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3314  fimbrial biogenesis and twitching motility protein, putative  23.91 
 
 
262 aa  80.5  0.00000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1715  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  31.58 
 
 
269 aa  80.5  0.00000000000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.360118  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2654  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  24.35 
 
 
262 aa  79.7  0.00000000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2367  fimbrial biogenesis and twitching motility protein, putative  24.43 
 
 
262 aa  79.3  0.00000000000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000000700104  normal  0.549255 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3611  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  29.78 
 
 
263 aa  77.8  0.0000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.253083 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1303  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  24.55 
 
 
266 aa  78.2  0.0000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.682058  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1779  type IV pilus assembly protein PilF  31.14 
 
 
269 aa  77.4  0.0000000000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.821646  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40310  type IV pilus biogenesis protein PilF  29.67 
 
 
252 aa  77.4  0.0000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2192  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  25.31 
 
 
276 aa  76.3  0.0000000000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3128  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  25.93 
 
 
332 aa  75.9  0.0000000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06112  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  31.43 
 
 
262 aa  75.9  0.0000000000009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.21949  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01054  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  31.43 
 
 
262 aa  75.9  0.0000000000009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.5978  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1603  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  34.02 
 
 
255 aa  75.5  0.000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.0684116 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1542  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  25.11 
 
 
262 aa  75.1  0.000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.364125  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1254  tetratricopeptide TPR_2  23.38 
 
 
260 aa  75.1  0.000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.146515  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1931  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  34.02 
 
 
249 aa  75.1  0.000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0417979  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0733  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.19 
 
 
256 aa  74.3  0.000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1309  type 4 fimbrial biogenesis protein PilF  27.14 
 
 
252 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.553345  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02493  hypothetical protein  28.35 
 
 
253 aa  73.9  0.000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14850  type 4 fimbrial biogenesis protein PilF  26.94 
 
 
252 aa  73.6  0.000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1256  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  25.78 
 
 
261 aa  73.6  0.000000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.812098  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1658  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  30.35 
 
 
261 aa  73.2  0.000000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.311816 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0881  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.23 
 
 
253 aa  72.4  0.000000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.904873  normal  0.500681 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0727  putative type 4 fimbrial biogenesis protein PilF  25.79 
 
 
253 aa  71.6  0.00000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0851  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  26.76 
 
 
255 aa  70.5  0.00000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2739  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.73 
 
 
248 aa  70.1  0.00000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0894  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.17 
 
 
253 aa  69.3  0.00000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000416211 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003634  type IV pilus (Tfp) assembly protein PilF  23.77 
 
 
241 aa  68.2  0.0000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1217  putative fimbrial biogenesis and twitching motility protein  27.53 
 
 
237 aa  67.8  0.0000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.544829  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3502  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  29.77 
 
 
253 aa  65.5  0.000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3194  O-GlcNAc transferase, p110 subunit  28.93 
 
 
349 aa  62  0.00000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.756541  hitchhiker  0.0088423 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1432  hypothetical protein  27.62 
 
 
259 aa  62  0.00000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3016  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  26.29 
 
 
259 aa  61.2  0.00000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0788  TPR repeat-containing protein  28.98 
 
 
866 aa  60.5  0.00000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.940486  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1116  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  26.67 
 
 
251 aa  58.5  0.0000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.772956  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4327  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.63 
 
 
253 aa  57.8  0.0000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.813272  hitchhiker  0.000000000191123 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1904  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.75 
 
 
272 aa  57.8  0.0000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0650  TPR repeat-containing protein  22.18 
 
 
317 aa  56.6  0.0000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4081  methyltransferase type 12  35.38 
 
 
456 aa  56.2  0.0000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000110716 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1499  TPR repeat-containing protein  28.4 
 
 
329 aa  54.3  0.000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.00502134  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1288  TPR repeat-containing protein  27.78 
 
 
329 aa  55.1  0.000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.130508  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0637  TPR repeat-containing protein  34.51 
 
 
4489 aa  54.7  0.000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0680  type 4 fimbrial biogenesis protein  22.76 
 
 
315 aa  53.9  0.000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000581719  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0471  TPR repeat-containing protein  23.38 
 
 
1297 aa  53.9  0.000003  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0481  TPR repeat-containing protein  26.67 
 
 
3145 aa  53.9  0.000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.948354 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3340  TPR repeat-containing protein  37.8 
 
 
828 aa  53.1  0.000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.710571 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0927  TPR repeat-containing protein  28.68 
 
 
291 aa  52.8  0.000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2499  PEP-CTERM system TPR-repeat lipoprotein  29.34 
 
 
935 aa  52.8  0.000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  decreased coverage  0.00842249  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1361  TPR repeat-containing protein  34.23 
 
 
1276 aa  52.4  0.000009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1144  stage V sporulation protein K  31.46 
 
 
1930 aa  51.6  0.00001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0342  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  28.22 
 
 
582 aa  52.4  0.00001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.351016 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0157  TPR repeat-containing protein  27.45 
 
 
465 aa  52.4  0.00001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1197  fimbrial biogenesis and twitching motility protein  27.19 
 
 
179 aa  52  0.00001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.27638  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0511  TPR repeat-containing protein  27.95 
 
 
581 aa  51.2  0.00002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_40924  predicted protein  28.19 
 
 
375 aa  51.2  0.00002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.458934  normal  0.213634 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1987  TPR domain-containing protein  28.57 
 
 
864 aa  50.8  0.00003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.944233  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2417  TPR repeat-containing protein  28.81 
 
 
762 aa  50.1  0.00004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>