279 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daro_2987 on replicon NC_007298
Organism: Dechloromonas aromatica RCB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007298  Daro_2987  TPR repeat-containing protein  100 
 
 
266 aa  549  1e-155  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3392  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  40.86 
 
 
266 aa  186  3e-46  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1622  tetratricopeptide TPR_2  40.15 
 
 
247 aa  182  6e-45  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00247403 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0592  TPR repeat-containing pilus assembly protein PilF  42.17 
 
 
261 aa  179  4e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.83159  normal  0.24417 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1998  uncharacterized protein involved in fimbrial biogenesis  38.37 
 
 
267 aa  160  2e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.151418 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1213  putative type 4 fimbrial biogenesis protein  34.36 
 
 
263 aa  157  2e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.543413  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2870  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  38.05 
 
 
306 aa  153  2.9999999999999998e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1057  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  31.46 
 
 
265 aa  153  2.9999999999999998e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0988004  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1149  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  31.46 
 
 
265 aa  153  2.9999999999999998e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.588418  normal  0.518826 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1870  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  37.33 
 
 
268 aa  150  2e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2185  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  37.84 
 
 
285 aa  149  5e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2610  tetratricopeptide TPR_2  38.28 
 
 
269 aa  143  3e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.104861  normal  0.938997 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2108  TPR repeat-containing protein  34.11 
 
 
258 aa  140  9.999999999999999e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.199706 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2309  TPR repeat-containing protein  34.67 
 
 
278 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.107221  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0082  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  37.8 
 
 
285 aa  139  4.999999999999999e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1422  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  35.59 
 
 
280 aa  139  6e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.162088  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1168  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  31.8 
 
 
275 aa  134  9.999999999999999e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1088  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  31.8 
 
 
275 aa  134  1.9999999999999998e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.756407  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2088  TPR repeat-containing protein  34.89 
 
 
259 aa  132  3.9999999999999996e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.883758  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0901  tfp pilus assembly protein PilF  36.44 
 
 
246 aa  128  9.000000000000001e-29  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5021  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  32.17 
 
 
295 aa  125  6e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.667321  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1250  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  34.68 
 
 
252 aa  111  1.0000000000000001e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.901782  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2050  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  32.61 
 
 
258 aa  107  3e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.024552  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01054  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  33.48 
 
 
262 aa  100  3e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.5978  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06112  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  33.48 
 
 
262 aa  100  3e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.21949  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1603  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  36.14 
 
 
255 aa  99  6e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.0684116 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1931  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  36.14 
 
 
249 aa  99  7e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0417979  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1432  type IV pilus biogenesis protein PilF  30.56 
 
 
252 aa  98.2  1e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2192  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.17 
 
 
276 aa  97.1  3e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1246  TPR repeat-containing protein  32.05 
 
 
252 aa  93.6  3e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.619631  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14850  type 4 fimbrial biogenesis protein PilF  30.65 
 
 
252 aa  92.4  8e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4603  Type IV pilus biogenesis protein PilF  31.45 
 
 
252 aa  92  1e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1715  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  29.11 
 
 
269 aa  91.7  1e-17  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.360118  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2888  type IV pilus biogenesis protein PilF, putative  28.63 
 
 
255 aa  90.9  2e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1309  type 4 fimbrial biogenesis protein PilF  29.84 
 
 
252 aa  89.4  6e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.553345  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1779  type IV pilus assembly protein PilF  28.64 
 
 
269 aa  88.6  9e-17  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.821646  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3128  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  29.57 
 
 
332 aa  87.4  2e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1303  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.71 
 
 
266 aa  87  3e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.682058  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0851  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  33.18 
 
 
255 aa  85.9  7e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0894  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  33.95 
 
 
253 aa  85.5  8e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000416211 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02493  hypothetical protein  29.72 
 
 
253 aa  85.1  9e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2367  fimbrial biogenesis and twitching motility protein, putative  27.52 
 
 
262 aa  84.7  0.000000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000000700104  normal  0.549255 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0881  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  33.18 
 
 
253 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.904873  normal  0.500681 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0727  putative type 4 fimbrial biogenesis protein PilF  28.29 
 
 
253 aa  85.1  0.000000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3611  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.55 
 
 
263 aa  84.3  0.000000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.253083 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3502  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.86 
 
 
253 aa  82.4  0.000000000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1658  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  35.06 
 
 
261 aa  82.4  0.000000000000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.311816 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003634  type IV pilus (Tfp) assembly protein PilF  31.12 
 
 
241 aa  82.4  0.000000000000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1430  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.46 
 
 
262 aa  81.6  0.00000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.14258  normal  0.202712 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1114  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  25.49 
 
 
261 aa  80.1  0.00000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.22274  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1288  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.5 
 
 
262 aa  79.7  0.00000000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1542  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  29.28 
 
 
262 aa  77.8  0.0000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.364125  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4327  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  33.54 
 
 
253 aa  77.4  0.0000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.813272  hitchhiker  0.000000000191123 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1904  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  31.49 
 
 
272 aa  77.4  0.0000000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1256  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.65 
 
 
261 aa  77.8  0.0000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.812098  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1166  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  26.55 
 
 
261 aa  76.6  0.0000000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.327307 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1432  hypothetical protein  28.19 
 
 
259 aa  76.6  0.0000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1184  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.26 
 
 
249 aa  76.3  0.0000000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0420  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.26 
 
 
249 aa  74.7  0.000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00209508 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1291  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.26 
 
 
249 aa  74.7  0.000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1217  putative fimbrial biogenesis and twitching motility protein  29.19 
 
 
237 aa  73.9  0.000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.544829  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1125  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.7 
 
 
267 aa  74.3  0.000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.377413  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40310  type IV pilus biogenesis protein PilF  29.74 
 
 
252 aa  73.2  0.000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3016  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  30.26 
 
 
259 aa  73.2  0.000000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1254  tetratricopeptide TPR_2  25 
 
 
260 aa  72  0.00000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.146515  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0733  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  30.19 
 
 
256 aa  71.2  0.00000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4254  lysM domain-containing protein  28.74 
 
 
524 aa  70.5  0.00000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.305557  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0680  type 4 fimbrial biogenesis protein  25.94 
 
 
315 aa  67.8  0.0000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000581719  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3150  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  24.3 
 
 
262 aa  67  0.0000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0633925  hitchhiker  0.00734203 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3007  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  24.3 
 
 
262 aa  67  0.0000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000355185  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2992  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  24.3 
 
 
262 aa  67  0.0000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00509234  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1371  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  24.3 
 
 
262 aa  67  0.0000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.503899  normal  0.0591536 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2464  TPR repeat-containing protein  31.18 
 
 
252 aa  65.9  0.0000000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.545805  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0650  TPR repeat-containing protein  25.94 
 
 
317 aa  65.9  0.0000000007  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1116  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  33.33 
 
 
251 aa  65.5  0.0000000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.772956  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1227  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  23.53 
 
 
262 aa  63.9  0.000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.023902  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1226  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  20.93 
 
 
262 aa  63.2  0.000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0380935  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1297  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  22.9 
 
 
262 aa  63.5  0.000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.276388  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1550  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  27.31 
 
 
297 aa  62.4  0.000000007  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000389536  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2739  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  29.28 
 
 
248 aa  62  0.00000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2654  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  23.83 
 
 
262 aa  61.2  0.00000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1054  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  27.45 
 
 
352 aa  61.2  0.00000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.913573  normal  0.799861 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0481  TPR repeat-containing protein  26.54 
 
 
3145 aa  61.2  0.00000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.948354 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02983  ATP-dependent protease La  27.11 
 
 
809 aa  60.8  0.00000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00208912  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1301  TPR repeat-containing protein  34.65 
 
 
250 aa  60.5  0.00000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2559  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  35.43 
 
 
250 aa  59.7  0.00000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.125271  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1503  hypothetical protein  31.43 
 
 
260 aa  59.3  0.00000007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0391  TPR repeat-containing protein  26.8 
 
 
606 aa  58.9  0.00000007  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000447314  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3314  fimbrial biogenesis and twitching motility protein, putative  22.43 
 
 
262 aa  58.5  0.0000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1480  hypothetical protein  30.18 
 
 
260 aa  58.5  0.0000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2655  TPR repeat-containing protein  34.65 
 
 
250 aa  58.2  0.0000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4041  TPR repeat-containing protein  25.34 
 
 
280 aa  57.8  0.0000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.768911  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_24161  hypothetical protein  29.03 
 
 
661 aa  56.6  0.0000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4770  sulfotransferase  27.78 
 
 
887 aa  55.8  0.0000007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.185793 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1501  TPR repeat-containing protein  28.38 
 
 
629 aa  54.3  0.000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.961258  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2417  TPR repeat-containing protein  29.86 
 
 
762 aa  53.9  0.000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1384  TPR repeat-containing protein  34.95 
 
 
870 aa  53.9  0.000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.00000149301  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3115  TPR repeat-containing protein  31.3 
 
 
284 aa  53.5  0.000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000000023055  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2471  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  29.27 
 
 
406 aa  53.1  0.000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0400427  normal  0.45906 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3643  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  29.27 
 
 
406 aa  53.1  0.000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>