More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2185 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_2185  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  100 
 
 
285 aa  585  1e-166  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1870  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  63.46 
 
 
268 aa  335  3.9999999999999995e-91  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2610  tetratricopeptide TPR_2  65.52 
 
 
269 aa  326  2.0000000000000001e-88  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.104861  normal  0.938997 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2309  TPR repeat-containing protein  58.02 
 
 
278 aa  323  2e-87  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.107221  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1422  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  55.91 
 
 
280 aa  301  9e-81  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.162088  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1168  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  52.24 
 
 
275 aa  285  7e-76  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1088  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  52.24 
 
 
275 aa  285  7e-76  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.756407  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0082  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  57.4 
 
 
285 aa  282  5.000000000000001e-75  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2870  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  50.41 
 
 
306 aa  257  1e-67  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5021  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  45.23 
 
 
295 aa  254  1.0000000000000001e-66  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.667321  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1998  uncharacterized protein involved in fimbrial biogenesis  45.9 
 
 
267 aa  224  1e-57  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.151418 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2088  TPR repeat-containing protein  47.21 
 
 
259 aa  207  1e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.883758  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2108  TPR repeat-containing protein  41.7 
 
 
258 aa  207  1e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.199706 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1213  putative type 4 fimbrial biogenesis protein  42.31 
 
 
263 aa  192  7e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.543413  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1149  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  38.72 
 
 
265 aa  182  8.000000000000001e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.588418  normal  0.518826 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1057  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  42.55 
 
 
265 aa  181  1e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0988004  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0592  TPR repeat-containing pilus assembly protein PilF  38.6 
 
 
261 aa  155  1e-36  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.83159  normal  0.24417 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2987  TPR repeat-containing protein  37.84 
 
 
266 aa  149  5e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3392  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  34.1 
 
 
266 aa  149  5e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1622  tetratricopeptide TPR_2  36.36 
 
 
247 aa  144  1e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00247403 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0901  tfp pilus assembly protein PilF  32.86 
 
 
246 aa  121  9.999999999999999e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1114  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  30.8 
 
 
261 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.22274  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2888  type IV pilus biogenesis protein PilF, putative  31.5 
 
 
255 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2367  fimbrial biogenesis and twitching motility protein, putative  28.02 
 
 
262 aa  106  4e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000000700104  normal  0.549255 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2050  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  31.28 
 
 
258 aa  106  4e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.024552  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1226  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.63 
 
 
262 aa  105  6e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0380935  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1430  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.52 
 
 
262 aa  105  1e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.14258  normal  0.202712 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1432  type IV pilus biogenesis protein PilF  29.3 
 
 
252 aa  104  2e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3150  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.73 
 
 
262 aa  102  7e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0633925  hitchhiker  0.00734203 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3007  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.73 
 
 
262 aa  102  7e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000355185  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2992  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.73 
 
 
262 aa  102  7e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00509234  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14850  type 4 fimbrial biogenesis protein PilF  29.41 
 
 
252 aa  102  7e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1715  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.79 
 
 
269 aa  102  8e-21  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.360118  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1288  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.29 
 
 
262 aa  101  1e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1227  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.4 
 
 
262 aa  100  2e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.023902  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0881  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  30.77 
 
 
253 aa  100  2e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.904873  normal  0.500681 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1184  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  30.4 
 
 
249 aa  100  3e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1303  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.12 
 
 
266 aa  99.4  5e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.682058  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4603  Type IV pilus biogenesis protein PilF  29.33 
 
 
252 aa  99.8  5e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0420  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  30.67 
 
 
249 aa  99.8  5e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00209508 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1291  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  30.67 
 
 
249 aa  99.8  5e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0851  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  30.77 
 
 
255 aa  99.4  6e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1297  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.4 
 
 
262 aa  99.4  6e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.276388  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1779  type IV pilus assembly protein PilF  28.68 
 
 
269 aa  99  8e-20  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.821646  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1246  TPR repeat-containing protein  29.81 
 
 
252 aa  99  9e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.619631  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1371  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.23 
 
 
262 aa  98.2  1e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.503899  normal  0.0591536 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1309  type 4 fimbrial biogenesis protein PilF  27.06 
 
 
252 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.553345  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3611  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.96 
 
 
263 aa  97.8  2e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.253083 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3314  fimbrial biogenesis and twitching motility protein, putative  27.48 
 
 
262 aa  97.8  2e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1166  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  26.98 
 
 
261 aa  97.4  2e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.327307 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1250  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  29.39 
 
 
252 aa  97.4  2e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.901782  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40310  type IV pilus biogenesis protein PilF  28.85 
 
 
252 aa  97.1  3e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2654  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.1 
 
 
262 aa  97.1  3e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06112  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  29.34 
 
 
262 aa  95.9  7e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.21949  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01054  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  29.34 
 
 
262 aa  95.9  7e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.5978  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0733  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  30.99 
 
 
256 aa  95.1  1e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1542  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.46 
 
 
262 aa  93.2  4e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.364125  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1125  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  29.74 
 
 
267 aa  92  9e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.377413  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2192  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.56 
 
 
276 aa  91.3  2e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1254  tetratricopeptide TPR_2  26.79 
 
 
260 aa  90.9  2e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.146515  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0894  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  31.67 
 
 
253 aa  90.9  2e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000416211 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3128  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  26.72 
 
 
332 aa  89.4  6e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1658  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  30.24 
 
 
261 aa  84.3  0.000000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.311816 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3502  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  26.29 
 
 
253 aa  83.2  0.000000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0727  putative type 4 fimbrial biogenesis protein PilF  24.27 
 
 
253 aa  81.6  0.00000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02493  hypothetical protein  26.67 
 
 
253 aa  80.9  0.00000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4327  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  30.66 
 
 
253 aa  79.7  0.00000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.813272  hitchhiker  0.000000000191123 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0680  type 4 fimbrial biogenesis protein  28.08 
 
 
315 aa  79.3  0.00000000000006  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000581719  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2739  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.41 
 
 
248 aa  78.6  0.0000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4254  lysM domain-containing protein  25 
 
 
524 aa  76.3  0.0000000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.305557  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1256  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  25.81 
 
 
261 aa  75.9  0.0000000000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.812098  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0650  TPR repeat-containing protein  25.62 
 
 
317 aa  75.9  0.0000000000008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1217  putative fimbrial biogenesis and twitching motility protein  24.89 
 
 
237 aa  74.7  0.000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.544829  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1603  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  33.33 
 
 
255 aa  71.2  0.00000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.0684116 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003634  type IV pilus (Tfp) assembly protein PilF  24.58 
 
 
241 aa  70.9  0.00000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1931  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  33.33 
 
 
249 aa  71.2  0.00000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0417979  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3605  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  29.38 
 
 
248 aa  68.6  0.0000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3016  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.43 
 
 
259 aa  66.6  0.0000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1770  TPR repeat-containing protein  26.56 
 
 
393 aa  65.9  0.0000000008  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.452955  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1116  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.02 
 
 
251 aa  64.3  0.000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.772956  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1904  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.18 
 
 
272 aa  64.7  0.000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1432  hypothetical protein  25.11 
 
 
259 aa  63.5  0.000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0391  TPR repeat-containing protein  29.73 
 
 
606 aa  62.4  0.000000009  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000447314  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0446  TPR repeat-containing protein  27.33 
 
 
377 aa  62.4  0.000000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.021695 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1197  fimbrial biogenesis and twitching motility protein  24.57 
 
 
179 aa  62.4  0.000000009  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.27638  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3197  O-GlcNAc transferase, p110 subunit  30.41 
 
 
395 aa  61.2  0.00000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.187148  normal  0.017581 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0200  TPR repeat-containing protein  27.61 
 
 
505 aa  58.9  0.00000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1361  TPR repeat-containing protein  30 
 
 
1276 aa  58.9  0.00000009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2908  TPR repeat-containing protein  34.78 
 
 
203 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2461  hypothetical protein  27.41 
 
 
398 aa  58.2  0.0000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.125521  normal  0.0258605 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2523  hypothetical protein  29.71 
 
 
795 aa  58.9  0.0000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.184422  normal  0.460331 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3719  TPR repeat-containing protein  29.22 
 
 
405 aa  58.9  0.0000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1550  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  23.61 
 
 
297 aa  58.2  0.0000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000389536  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2464  TPR repeat-containing protein  30.43 
 
 
252 aa  58.9  0.0000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.545805  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1233  TPR repeat-containing protein  29.61 
 
 
909 aa  58.2  0.0000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.161918  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1172  TPR repeat-containing protein  28.97 
 
 
4079 aa  57.8  0.0000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3815  TPR repeat-containing protein  29.22 
 
 
399 aa  57.4  0.0000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0133  TPR repeat-containing protein  25.4 
 
 
393 aa  57.4  0.0000003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.310931  normal  0.0473724 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2606  tetratricopeptide TPR_2  32.71 
 
 
643 aa  57.4  0.0000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0321  TPR repeat-containing protein  33.82 
 
 
162 aa  56.6  0.0000004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>