238 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_1057 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010682  Rpic_1057  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  100 
 
 
265 aa  542  1e-153  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0988004  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1149  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  96.98 
 
 
265 aa  528  1e-149  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.588418  normal  0.518826 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1213  putative type 4 fimbrial biogenesis protein  86.04 
 
 
263 aa  463  1e-129  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.543413  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2108  TPR repeat-containing protein  49.61 
 
 
258 aa  238  5e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.199706 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2088  TPR repeat-containing protein  53.04 
 
 
259 aa  234  8e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.883758  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2185  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  42.55 
 
 
285 aa  181  9.000000000000001e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2309  TPR repeat-containing protein  37.79 
 
 
278 aa  178  1e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.107221  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1088  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  40.97 
 
 
275 aa  171  1e-41  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.756407  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1870  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  37.6 
 
 
268 aa  171  1e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1168  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  40.97 
 
 
275 aa  171  1e-41  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1422  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  39.91 
 
 
280 aa  167  2e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.162088  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1998  uncharacterized protein involved in fimbrial biogenesis  38.26 
 
 
267 aa  166  4e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.151418 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2870  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  39.08 
 
 
306 aa  165  9e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2610  tetratricopeptide TPR_2  41.11 
 
 
269 aa  164  1.0000000000000001e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.104861  normal  0.938997 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0082  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  40.23 
 
 
285 aa  160  2e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2987  TPR repeat-containing protein  31.46 
 
 
266 aa  153  2.9999999999999998e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5021  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  34.43 
 
 
295 aa  149  3e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.667321  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3392  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  34.57 
 
 
266 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0592  TPR repeat-containing pilus assembly protein PilF  35 
 
 
261 aa  135  6.0000000000000005e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.83159  normal  0.24417 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0901  tfp pilus assembly protein PilF  31.12 
 
 
246 aa  129  5.0000000000000004e-29  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1622  tetratricopeptide TPR_2  31.98 
 
 
247 aa  118  7.999999999999999e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00247403 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1250  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.69 
 
 
252 aa  107  2e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.901782  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1114  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.74 
 
 
261 aa  101  1e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.22274  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2888  type IV pilus biogenesis protein PilF, putative  30.14 
 
 
255 aa  100  3e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1288  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.92 
 
 
262 aa  99.8  4e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1430  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.29 
 
 
262 aa  97.4  2e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.14258  normal  0.202712 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1432  type IV pilus biogenesis protein PilF  29.05 
 
 
252 aa  96.3  4e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2050  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  30.99 
 
 
258 aa  95.5  8e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.024552  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01054  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  30.56 
 
 
262 aa  95.5  8e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.5978  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06112  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  30.56 
 
 
262 aa  95.5  8e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.21949  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14850  type 4 fimbrial biogenesis protein PilF  28.91 
 
 
252 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1303  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.27 
 
 
266 aa  94.7  1e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.682058  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3007  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.91 
 
 
262 aa  93.6  3e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000355185  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2992  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.91 
 
 
262 aa  93.6  3e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00509234  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1226  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.06 
 
 
262 aa  93.6  3e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0380935  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3150  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.91 
 
 
262 aa  93.6  3e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0633925  hitchhiker  0.00734203 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2192  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  30.18 
 
 
276 aa  92.8  4e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1603  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  33.64 
 
 
255 aa  92.8  6e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.0684116 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1931  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  33.63 
 
 
249 aa  92.4  6e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0417979  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1779  type IV pilus assembly protein PilF  29.02 
 
 
269 aa  91.7  1e-17  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.821646  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2367  fimbrial biogenesis and twitching motility protein, putative  25.97 
 
 
262 aa  90.5  2e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000000700104  normal  0.549255 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1715  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.52 
 
 
269 aa  90.5  3e-17  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.360118  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1227  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.62 
 
 
262 aa  90.1  3e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.023902  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1309  type 4 fimbrial biogenesis protein PilF  28.12 
 
 
252 aa  90.1  4e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.553345  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1297  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.18 
 
 
262 aa  89.7  5e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.276388  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1371  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.73 
 
 
262 aa  89  7e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.503899  normal  0.0591536 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3128  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  25.71 
 
 
332 aa  88.6  9e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1246  TPR repeat-containing protein  28.57 
 
 
252 aa  88.2  1e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.619631  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1542  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  29.24 
 
 
262 aa  87.8  1e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.364125  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1658  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  26.98 
 
 
261 aa  87.8  1e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.311816 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40310  type IV pilus biogenesis protein PilF  30.18 
 
 
252 aa  86.3  5e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3314  fimbrial biogenesis and twitching motility protein, putative  27.71 
 
 
262 aa  85.5  8e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4603  Type IV pilus biogenesis protein PilF  28.22 
 
 
252 aa  84.7  0.000000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1217  putative fimbrial biogenesis and twitching motility protein  27.62 
 
 
237 aa  84.7  0.000000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.544829  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1166  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  26.09 
 
 
261 aa  84.3  0.000000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.327307 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2654  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.13 
 
 
262 aa  82.8  0.000000000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3611  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.82 
 
 
263 aa  81.6  0.00000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.253083 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0851  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.7 
 
 
255 aa  80.5  0.00000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0881  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.7 
 
 
253 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.904873  normal  0.500681 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1254  tetratricopeptide TPR_2  27.78 
 
 
260 aa  81.3  0.00000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.146515  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4254  lysM domain-containing protein  28.4 
 
 
524 aa  79.3  0.00000000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.305557  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02493  hypothetical protein  27.64 
 
 
253 aa  79.3  0.00000000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003634  type IV pilus (Tfp) assembly protein PilF  27.35 
 
 
241 aa  77.4  0.0000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1125  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  29.59 
 
 
267 aa  77.8  0.0000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.377413  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4327  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  30.56 
 
 
253 aa  77  0.0000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.813272  hitchhiker  0.000000000191123 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1184  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.35 
 
 
249 aa  76.3  0.0000000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0894  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  29.17 
 
 
253 aa  75.5  0.0000000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000416211 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1291  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.95 
 
 
249 aa  74.3  0.000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0733  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.52 
 
 
256 aa  74.3  0.000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0420  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.95 
 
 
249 aa  74.3  0.000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00209508 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3502  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.05 
 
 
253 aa  73.6  0.000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1256  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.08 
 
 
261 aa  73.6  0.000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.812098  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2739  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.2 
 
 
248 aa  71.2  0.00000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0727  putative type 4 fimbrial biogenesis protein PilF  23.26 
 
 
253 aa  70.9  0.00000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2852  tetratricopeptide TPR_2  28.57 
 
 
269 aa  69.7  0.00000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1550  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  27.27 
 
 
297 aa  64.7  0.000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000389536  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02983  ATP-dependent protease La  26.11 
 
 
809 aa  63.5  0.000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00208912  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3016  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  25.82 
 
 
259 aa  61.6  0.00000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1116  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  26.76 
 
 
251 aa  60.5  0.00000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.772956  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2468  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  27.83 
 
 
629 aa  59.7  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0996556  normal  0.406351 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0391  TPR repeat-containing protein  27.94 
 
 
606 aa  58.5  0.0000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000447314  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2904  TPR repeat-containing protein  28.48 
 
 
265 aa  57  0.0000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000121078  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1197  fimbrial biogenesis and twitching motility protein  26.63 
 
 
179 aa  57.4  0.0000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.27638  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2853  TPR repeat-containing protein  25.81 
 
 
3172 aa  56.2  0.0000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3466  TPR repeat-containing protein  32.37 
 
 
374 aa  56.2  0.0000005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1904  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  31.93 
 
 
272 aa  55.8  0.0000008  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2754  TPR repeat-containing protein  31.75 
 
 
295 aa  55.5  0.0000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0857  TPR repeat-containing protein  32.39 
 
 
572 aa  54.3  0.000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.6877  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0487  TPR repeat-containing protein  30.13 
 
 
566 aa  54.7  0.000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.679539 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2383  TPR repeat-containing protein  28.35 
 
 
1421 aa  54.3  0.000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.823331 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0362  TPR repeat-containing protein  29.03 
 
 
804 aa  54.7  0.000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.587657  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1618  TPR repeat-containing protein  27.46 
 
 
217 aa  53.5  0.000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00366972 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2801  TPR repeat-containing protein  29.69 
 
 
291 aa  53.5  0.000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.462521  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4803  tetratricopeptide TPR_3  28.36 
 
 
340 aa  53.5  0.000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2681  TPR domain protein  24.55 
 
 
653 aa  53.1  0.000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2307  TPR repeat-containing protein  24.55 
 
 
653 aa  53.1  0.000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1598  hypothetical protein  30.15 
 
 
208 aa  52.4  0.000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000392317  normal  0.531988 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0336  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  25.77 
 
 
557 aa  52.4  0.000008  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000572448  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1790  TPR repeat-containing protein  26.64 
 
 
241 aa  52.4  0.000009  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1480  hypothetical protein  24.29 
 
 
260 aa  50.4  0.00003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>