More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_1542 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010506  Swoo_1542  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  100 
 
 
262 aa  541  1e-153  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.364125  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1430  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  73.28 
 
 
262 aa  415  9.999999999999999e-116  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.14258  normal  0.202712 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1288  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  68.09 
 
 
262 aa  380  1e-104  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1226  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  61.45 
 
 
262 aa  358  5e-98  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0380935  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3314  fimbrial biogenesis and twitching motility protein, putative  61.45 
 
 
262 aa  355  5e-97  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1303  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  64.71 
 
 
266 aa  354  7.999999999999999e-97  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.682058  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2992  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  59.16 
 
 
262 aa  352  2.9999999999999997e-96  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00509234  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3150  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  59.16 
 
 
262 aa  352  2.9999999999999997e-96  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0633925  hitchhiker  0.00734203 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3007  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  59.16 
 
 
262 aa  352  2.9999999999999997e-96  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000355185  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1227  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  61.83 
 
 
262 aa  349  3e-95  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.023902  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1114  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  61.83 
 
 
261 aa  348  4e-95  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.22274  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1297  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  61.45 
 
 
262 aa  348  7e-95  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.276388  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1371  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  58.78 
 
 
262 aa  342  4e-93  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.503899  normal  0.0591536 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2654  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  60.31 
 
 
262 aa  338  4e-92  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2367  fimbrial biogenesis and twitching motility protein, putative  56.87 
 
 
262 aa  337  9.999999999999999e-92  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000000700104  normal  0.549255 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1254  tetratricopeptide TPR_2  57.31 
 
 
260 aa  315  3e-85  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.146515  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3128  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  37.9 
 
 
332 aa  181  1e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4254  lysM domain-containing protein  35.89 
 
 
524 aa  163  3e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.305557  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02493  hypothetical protein  37.55 
 
 
253 aa  161  1e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1166  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  38.5 
 
 
261 aa  152  4e-36  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.327307 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003634  type IV pilus (Tfp) assembly protein PilF  34.2 
 
 
241 aa  145  4.0000000000000006e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1217  putative fimbrial biogenesis and twitching motility protein  36.28 
 
 
237 aa  144  1e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.544829  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0727  putative type 4 fimbrial biogenesis protein PilF  33.49 
 
 
253 aa  138  7.999999999999999e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0901  tfp pilus assembly protein PilF  33.33 
 
 
246 aa  138  1e-31  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0420  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  32.93 
 
 
249 aa  133  3.9999999999999996e-30  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00209508 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1291  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  32.93 
 
 
249 aa  133  3.9999999999999996e-30  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1184  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  32.93 
 
 
249 aa  132  7.999999999999999e-30  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14850  type 4 fimbrial biogenesis protein PilF  32.81 
 
 
252 aa  130  3e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0733  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  31.78 
 
 
256 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3611  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  31.54 
 
 
263 aa  126  4.0000000000000003e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.253083 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1309  type 4 fimbrial biogenesis protein PilF  32.41 
 
 
252 aa  125  6e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.553345  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1256  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  32 
 
 
261 aa  124  2e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.812098  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1246  TPR repeat-containing protein  32.81 
 
 
252 aa  122  5e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.619631  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1503  hypothetical protein  38.04 
 
 
260 aa  120  1.9999999999999998e-26  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2888  type IV pilus biogenesis protein PilF, putative  31.2 
 
 
255 aa  119  4.9999999999999996e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3016  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  35.35 
 
 
259 aa  119  6e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1480  hypothetical protein  38.04 
 
 
260 aa  119  7e-26  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40310  type IV pilus biogenesis protein PilF  32.4 
 
 
252 aa  118  9.999999999999999e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2739  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  30.7 
 
 
248 aa  117  1.9999999999999998e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2050  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  31.3 
 
 
258 aa  116  3.9999999999999997e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.024552  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1432  type IV pilus biogenesis protein PilF  30.4 
 
 
252 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0881  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  32.91 
 
 
253 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.904873  normal  0.500681 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1197  fimbrial biogenesis and twitching motility protein  36.78 
 
 
179 aa  114  2.0000000000000002e-24  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.27638  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4603  Type IV pilus biogenesis protein PilF  32.37 
 
 
252 aa  113  3e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1250  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  30.91 
 
 
252 aa  113  3e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.901782  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1116  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  33.02 
 
 
251 aa  113  4.0000000000000004e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.772956  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2108  TPR repeat-containing protein  30.47 
 
 
258 aa  111  1.0000000000000001e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.199706 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0851  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  32.07 
 
 
255 aa  108  9.000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0592  TPR repeat-containing pilus assembly protein PilF  34.22 
 
 
261 aa  106  4e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.83159  normal  0.24417 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3502  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  30.92 
 
 
253 aa  105  6e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0894  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  33.89 
 
 
253 aa  103  3e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000416211 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1870  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  30.04 
 
 
268 aa  103  3e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1149  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  29.72 
 
 
265 aa  103  4e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.588418  normal  0.518826 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1432  hypothetical protein  31.1 
 
 
259 aa  102  8e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2192  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  25.6 
 
 
276 aa  101  1e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1213  putative type 4 fimbrial biogenesis protein  27.24 
 
 
263 aa  99.4  5e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.543413  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1998  uncharacterized protein involved in fimbrial biogenesis  29.07 
 
 
267 aa  99.4  5e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.151418 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4327  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  32.49 
 
 
253 aa  99.4  6e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.813272  hitchhiker  0.000000000191123 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02983  ATP-dependent protease La  32.26 
 
 
809 aa  99.4  6e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00208912  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2185  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.52 
 
 
285 aa  97.4  2e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0082  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.06 
 
 
285 aa  96.7  3e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1057  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  29.24 
 
 
265 aa  96.7  4e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0988004  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1422  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  31.94 
 
 
280 aa  95.1  9e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.162088  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2309  TPR repeat-containing protein  25.64 
 
 
278 aa  91.3  1e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.107221  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1088  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  26.22 
 
 
275 aa  89.7  4e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.756407  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1622  tetratricopeptide TPR_2  28.45 
 
 
247 aa  89.4  5e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00247403 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1168  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  26.89 
 
 
275 aa  89.4  5e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2088  TPR repeat-containing protein  30.53 
 
 
259 aa  88.2  1e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.883758  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2610  tetratricopeptide TPR_2  25.2 
 
 
269 aa  87.4  2e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.104861  normal  0.938997 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1125  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.07 
 
 
267 aa  86.7  3e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.377413  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2870  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  25.11 
 
 
306 aa  85.5  7e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01054  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  29.38 
 
 
262 aa  85.5  8e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.5978  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06112  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  29.38 
 
 
262 aa  85.5  8e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.21949  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5021  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  25.82 
 
 
295 aa  85.1  0.000000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.667321  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1658  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  26.77 
 
 
261 aa  83.6  0.000000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.311816 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2987  TPR repeat-containing protein  29.73 
 
 
266 aa  84  0.000000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1779  type IV pilus assembly protein PilF  26.69 
 
 
269 aa  80.1  0.00000000000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.821646  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1715  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  26.32 
 
 
269 aa  79  0.00000000000007  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.360118  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3392  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  25.77 
 
 
266 aa  76.6  0.0000000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2852  tetratricopeptide TPR_2  26.89 
 
 
269 aa  76.3  0.0000000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0481  TPR repeat-containing protein  28.57 
 
 
3145 aa  68.6  0.00000000009  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.948354 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1232  TPR repeat-containing protein  29.55 
 
 
750 aa  67.8  0.0000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.967237  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1233  TPR repeat-containing protein  31.71 
 
 
909 aa  67  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.161918  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1550  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  24.35 
 
 
297 aa  66.6  0.0000000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000389536  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_18211  hypothetical protein  26.92 
 
 
603 aa  65.5  0.0000000009  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.905605 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0825  TPR repeat-containing protein  25.7 
 
 
739 aa  65.1  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.423694  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0680  type 4 fimbrial biogenesis protein  26.84 
 
 
315 aa  64.3  0.000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000581719  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0911  tetratricopeptide TPR_4  28.47 
 
 
875 aa  63.9  0.000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.379762  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_00731  hypothetical protein  32.52 
 
 
816 aa  63.5  0.000000004  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.456129 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0650  TPR repeat-containing protein  25.47 
 
 
317 aa  63.2  0.000000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2853  TPR repeat-containing protein  27.44 
 
 
3172 aa  62  0.000000009  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1300  TPR repeat-containing protein  31.85 
 
 
878 aa  62  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4040  TPR repeat-containing protein  32.58 
 
 
226 aa  61.2  0.00000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1092  TPR repeat-containing protein  28.5 
 
 
612 aa  60.5  0.00000003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0955  TPR repeat-containing protein  29.53 
 
 
637 aa  60.1  0.00000004  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1094  TPR repeat-containing protein  28.47 
 
 
685 aa  60.1  0.00000004  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4728  TPR repeat-containing protein  26.97 
 
 
718 aa  60.1  0.00000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.346608 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_24101  hypothetical protein  23.84 
 
 
725 aa  59.3  0.00000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1931  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.37 
 
 
249 aa  57.8  0.0000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0417979  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2942  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  27.48 
 
 
632 aa  58.2  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>