191 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_2108 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_2108  TPR repeat-containing protein  100 
 
 		 258 aa  530  1e-149  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.199706 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2088  TPR repeat-containing protein  69.01 
 
 		 259 aa  332  3e-90  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.883758  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1213  putative type 4 fimbrial biogenesis protein  54.3 
 
 		 263 aa  273  2.0000000000000002e-72  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.543413  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1149  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  49.22 
 
 		 265 aa  240  2e-62  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.588418  normal  0.518826 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1057  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  49.61 
 
 		 265 aa  238  5e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0988004  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1088  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  42.35 
 
 		 275 aa  213  2.9999999999999995e-54  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.756407  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1168  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  42.35 
 
 		 275 aa  213  2.9999999999999995e-54  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2185  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  41.7 
 
 		 285 aa  207  1e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1870  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  40.91 
 
 		 268 aa  207  2e-52  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2309  TPR repeat-containing protein  42.26 
 
 		 278 aa  202  6e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.107221  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2870  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  43.59 
 
 		 306 aa  197  9e-50  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1422  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  40.52 
 
 		 280 aa  196  3e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.162088  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2610  tetratricopeptide TPR_2  42.64 
 
 		 269 aa  192  3e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.104861  normal  0.938997 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0082  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  44.5 
 
 		 285 aa  192  6e-48  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1998  uncharacterized protein involved in fimbrial biogenesis  41.67 
 
 		 267 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.151418 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5021  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  37.78 
 
 		 295 aa  163  3e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.667321  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3392  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  35.02 
 
 		 266 aa  153  2e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2987  TPR repeat-containing protein  34.11 
 
 		 266 aa  140  9.999999999999999e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0592  TPR repeat-containing pilus assembly protein PilF  36.07 
 
 		 261 aa  139  6e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.83159  normal  0.24417 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1622  tetratricopeptide TPR_2  32.22 
 
 		 247 aa  120  3e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00247403 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1288  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  31.1 
 
 		 262 aa  107  1e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0901  tfp pilus assembly protein PilF  29.11 
 
 		 246 aa  107  3e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1250  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  31.94 
 
 		 252 aa  103  3e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.901782  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2050  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  31.94 
 
 		 258 aa  103  3e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.024552  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1542  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  30.47 
 
 		 262 aa  102  6e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.364125  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1114  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  26.67 
 
 		 261 aa  100  2e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.22274  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1303  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.94 
 
 		 266 aa  100  2e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.682058  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2888  type IV pilus biogenesis protein PilF, putative  27.87 
 
 		 255 aa  99.8  4e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1430  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.28 
 
 		 262 aa  98.6  9e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.14258  normal  0.202712 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3128  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.71 
 
 		 332 aa  97.4  2e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01054  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  29.3 
 
 		 262 aa  92.4  6e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.5978  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06112  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  29.3 
 
 		 262 aa  92.4  6e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.21949  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3150  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  25.4 
 
 		 262 aa  91.3  1e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0633925  hitchhiker  0.00734203 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1166  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.65 
 
 		 261 aa  91.7  1e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.327307 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2992  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  25.4 
 
 		 262 aa  91.3  1e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00509234  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3007  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  25.4 
 
 		 262 aa  91.3  1e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000355185  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2367  fimbrial biogenesis and twitching motility protein, putative  25.91 
 
 		 262 aa  90.9  2e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000000700104  normal  0.549255 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1371  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.75 
 
 		 262 aa  91.3  2e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.503899  normal  0.0591536 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1227  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  26.79 
 
 		 262 aa  89.4  5e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.023902  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4603  Type IV pilus biogenesis protein PilF  31.75 
 
 		 252 aa  88.6  9e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1297  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  26.79 
 
 		 262 aa  87.8  1e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.276388  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2192  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.63 
 
 		 276 aa  87.8  2e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1603  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  33.67 
 
 		 255 aa  87.4  2e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0684116 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1226  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  26.79 
 
 		 262 aa  87.8  2e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0380935  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1931  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  33.67 
 
 		 249 aa  87  3e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0417979  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1254  tetratricopeptide TPR_2  26.79 
 
 		 260 aa  86.3  5e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.146515  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1658  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28 
 
 		 261 aa  85.9  6e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.311816 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4254  lysM domain-containing protein  27.31 
 
 		 524 aa  85.5  7e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.305557  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3314  fimbrial biogenesis and twitching motility protein, putative  26.32 
 
 		 262 aa  85.1  9e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14850  type 4 fimbrial biogenesis protein PilF  27.83 
 
 		 252 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1432  type IV pilus biogenesis protein PilF  29.44 
 
 		 252 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2654  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.75 
 
 		 262 aa  84  0.000000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1125  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  29.07 
 
 		 267 aa  82.8  0.000000000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.377413  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0851  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  31.46 
 
 		 255 aa  82.4  0.000000000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1309  type 4 fimbrial biogenesis protein PilF  26.07 
 
 		 252 aa  82  0.000000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.553345  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1246  TPR repeat-containing protein  28.5 
 
 		 252 aa  81.3  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.619631  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1291  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.49 
 
 		 249 aa  79.3  0.00000000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0420  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.49 
 
 		 249 aa  79.3  0.00000000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00209508 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1184  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.49 
 
 		 249 aa  78.6  0.00000000000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0881  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  30.52 
 
 		 253 aa  77.4  0.0000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.904873  normal  0.500681 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02493  hypothetical protein  27.64 
 
 		 253 aa  77  0.0000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3611  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.2 
 
 		 263 aa  75.9  0.0000000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.253083 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0733  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  26.4 
 
 		 256 aa  75.9  0.0000000000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1432  hypothetical protein  28.68 
 
 		 259 aa  75.5  0.0000000000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1256  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.3 
 
 		 261 aa  74.7  0.000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.812098  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0727  putative type 4 fimbrial biogenesis protein PilF  24.4 
 
 		 253 aa  73.6  0.000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003634  type IV pilus (Tfp) assembly protein PilF  27.14 
 
 		 241 aa  72.4  0.000000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2852  tetratricopeptide TPR_2  29.22 
 
 		 269 aa  72  0.000000000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0894  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  30.52 
 
 		 253 aa  70.5  0.00000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000416211 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40310  type IV pilus biogenesis protein PilF  27.98 
 
 		 252 aa  70.1  0.00000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2739  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  26.75 
 
 		 248 aa  67.4  0.0000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3016  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.77 
 
 		 259 aa  67.8  0.0000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1779  type IV pilus assembly protein PilF  25.54 
 
 		 269 aa  67  0.0000000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.821646  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1217  putative fimbrial biogenesis and twitching motility protein  26.11 
 
 		 237 aa  66.2  0.0000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.544829  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3502  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  29.17 
 
 		 253 aa  66.2  0.0000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1197  fimbrial biogenesis and twitching motility protein  26.67 
 
 		 179 aa  65.9  0.0000000006  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.27638  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4327  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  30.97 
 
 		 253 aa  65.5  0.0000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.813272  hitchhiker  0.000000000191123 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1715  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  25 
 
 		 269 aa  65.5  0.0000000009  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.360118  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0680  type 4 fimbrial biogenesis protein  27.1 
 
 		 315 aa  63.2  0.000000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000581719  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0650  TPR repeat-containing protein  27.07 
 
 		 317 aa  62.4  0.000000008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1904  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  29.38 
 
 		 272 aa  62  0.00000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1116  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.83 
 
 		 251 aa  60.8  0.00000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.772956  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1657  tetratricopeptide TPR_4  27.68 
 
 		 587 aa  58.5  0.00000009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02983  ATP-dependent protease La  28.93 
 
 		 809 aa  55.8  0.0000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00208912  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3253  TPR domain-containing protein  32.21 
 
 		 591 aa  54.7  0.000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000563369  normal  0.0756352 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1408  TPR repeat-containing protein  28.37 
 
 		 759 aa  54.7  0.000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3605  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  25.77 
 
 		 248 aa  54.7  0.000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1550  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  22.64 
 
 		 297 aa  53.1  0.000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000389536  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3340  TPR repeat-containing protein  31.4 
 
 		 828 aa  52.4  0.000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.710571 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4728  TPR repeat-containing protein  26.54 
 
 		 718 aa  51.6  0.00001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.346608 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0362  TPR repeat-containing protein  30.33 
 
 		 804 aa  52  0.00001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.587657  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3815  TPR repeat-containing protein  28.79 
 
 		 399 aa  50.4  0.00003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0485  tetratricopeptide TPR_2  30.08 
 
 		 566 aa  50.4  0.00003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2992  TPR repeat-containing protein  27.63 
 
 		 824 aa  50.1  0.00003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000746825 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4342  Tetratricopeptide domain protein  27.08 
 
 		 616 aa  50.1  0.00004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.118826  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_16401  hypothetical protein  24.52 
 
 		 779 aa  49.7  0.00004  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.659248 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1384  TPR repeat-containing protein  25 
 
 		 870 aa  49.3  0.00006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.00000149301  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1790  TPR repeat-containing protein  26.34 
 
 		 241 aa  48.9  0.00008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3719  TPR repeat-containing protein  28.17 
 
 		 405 aa  48.5  0.0001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4603  TPR repeat-containing protein  26.99 
 
 		 722 aa  48.1  0.0001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.524488 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>