218 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_1870 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_1870  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  100 
 
 		 268 aa  551  1e-156  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2610  tetratricopeptide TPR_2  81.04 
 
 		 269 aa  421  1e-117  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.104861  normal  0.938997 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2309  TPR repeat-containing protein  60.15 
 
 		 278 aa  341  8e-93  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.107221  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2185  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  63.46 
 
 		 285 aa  335  3.9999999999999995e-91  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0082  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  57.49 
 
 		 285 aa  295  4e-79  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1422  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  55.81 
 
 		 280 aa  290  1e-77  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.162088  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1088  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  49.6 
 
 		 275 aa  272  3e-72  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.756407  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1168  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  49.6 
 
 		 275 aa  273  3e-72  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2870  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  52.1 
 
 		 306 aa  255  4e-67  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5021  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  47.51 
 
 		 295 aa  241  6e-63  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.667321  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2088  TPR repeat-containing protein  47.21 
 
 		 259 aa  218  1e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.883758  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1998  uncharacterized protein involved in fimbrial biogenesis  47.37 
 
 		 267 aa  216  4e-55  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.151418 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2108  TPR repeat-containing protein  40.91 
 
 		 258 aa  207  2e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.199706 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1213  putative type 4 fimbrial biogenesis protein  40 
 
 		 263 aa  188  5.999999999999999e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.543413  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1057  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  37.6 
 
 		 265 aa  171  1e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0988004  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1149  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  37.7 
 
 		 265 aa  170  2e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.588418  normal  0.518826 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0592  TPR repeat-containing pilus assembly protein PilF  38.22 
 
 		 261 aa  150  1e-35  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.83159  normal  0.24417 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2987  TPR repeat-containing protein  37.33 
 
 		 266 aa  150  2e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3392  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  33.99 
 
 		 266 aa  144  2e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1622  tetratricopeptide TPR_2  32.28 
 
 		 247 aa  138  1e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00247403 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2367  fimbrial biogenesis and twitching motility protein, putative  27.99 
 
 		 262 aa  120  3e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000000700104  normal  0.549255 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1303  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  30.49 
 
 		 266 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.682058  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0901  tfp pilus assembly protein PilF  28.57 
 
 		 246 aa  116  5e-25  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1114  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.74 
 
 		 261 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.22274  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3007  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.59 
 
 		 262 aa  110  3e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000355185  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3150  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.59 
 
 		 262 aa  110  3e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0633925  hitchhiker  0.00734203 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2992  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.59 
 
 		 262 aa  110  3e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00509234  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1226  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.14 
 
 		 262 aa  108  1e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0380935  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1430  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.97 
 
 		 262 aa  107  2e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.14258  normal  0.202712 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1432  type IV pilus biogenesis protein PilF  29.15 
 
 		 252 aa  105  9e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2050  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  30.13 
 
 		 258 aa  104  1e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.024552  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1371  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.59 
 
 		 262 aa  104  2e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.503899  normal  0.0591536 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1227  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.57 
 
 		 262 aa  104  2e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.023902  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1309  type 4 fimbrial biogenesis protein PilF  27.13 
 
 		 252 aa  102  6e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.553345  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2654  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  25.67 
 
 		 262 aa  102  7e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1288  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.64 
 
 		 262 aa  102  7e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1297  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.16 
 
 		 262 aa  102  8e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.276388  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2192  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.4 
 
 		 276 aa  100  2e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14850  type 4 fimbrial biogenesis protein PilF  27.69 
 
 		 252 aa  100  3e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1542  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  29.3 
 
 		 262 aa  100  3e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.364125  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1246  TPR repeat-containing protein  28.85 
 
 		 252 aa  95.9  6e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.619631  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3314  fimbrial biogenesis and twitching motility protein, putative  26.62 
 
 		 262 aa  95.5  8e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06112  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  29.39 
 
 		 262 aa  94.7  1e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.21949  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01054  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  29.39 
 
 		 262 aa  94.7  1e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.5978  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0733  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.45 
 
 		 256 aa  94.4  2e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1715  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  29.13 
 
 		 269 aa  94.4  2e-18  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.360118  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4603  Type IV pilus biogenesis protein PilF  28.85 
 
 		 252 aa  92.8  5e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40310  type IV pilus biogenesis protein PilF  27.89 
 
 		 252 aa  92  9e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0881  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.44 
 
 		 253 aa  92  9e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.904873  normal  0.500681 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1779  type IV pilus assembly protein PilF  28.74 
 
 		 269 aa  91.7  1e-17  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.821646  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0851  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.96 
 
 		 255 aa  89.4  6e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2888  type IV pilus biogenesis protein PilF, putative  27.17 
 
 		 255 aa  89.4  7e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1254  tetratricopeptide TPR_2  26.23 
 
 		 260 aa  88.2  1e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.146515  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0894  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.77 
 
 		 253 aa  85.9  6e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000416211 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1250  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  26.11 
 
 		 252 aa  85.5  8e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.901782  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1658  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  26.59 
 
 		 261 aa  83.6  0.000000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.311816 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1166  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  25.99 
 
 		 261 aa  79.7  0.00000000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.327307 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02493  hypothetical protein  26.02 
 
 		 253 aa  78.6  0.0000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1125  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.38 
 
 		 267 aa  77.4  0.0000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.377413  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1184  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  24.9 
 
 		 249 aa  75.5  0.0000000000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4254  lysM domain-containing protein  25.67 
 
 		 524 aa  75.1  0.000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.305557  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0420  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  24.9 
 
 		 249 aa  75.1  0.000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00209508 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1291  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  24.9 
 
 		 249 aa  75.1  0.000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3611  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  25.19 
 
 		 263 aa  75.1  0.000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.253083 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0680  type 4 fimbrial biogenesis protein  27.05 
 
 		 315 aa  74.7  0.000000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000581719  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0727  putative type 4 fimbrial biogenesis protein PilF  24.02 
 
 		 253 aa  73.6  0.000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3128  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  24.19 
 
 		 332 aa  73.9  0.000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3502  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  25.12 
 
 		 253 aa  70.5  0.00000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1603  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.47 
 
 		 255 aa  70.1  0.00000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0684116 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1931  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.47 
 
 		 249 aa  70.1  0.00000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0417979  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1432  hypothetical protein  28.04 
 
 		 259 aa  70.1  0.00000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4327  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.36 
 
 		 253 aa  69.3  0.00000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.813272  hitchhiker  0.000000000191123 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1217  putative fimbrial biogenesis and twitching motility protein  23.98 
 
 		 237 aa  68.2  0.0000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.544829  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1197  fimbrial biogenesis and twitching motility protein  24.69 
 
 		 179 aa  65.1  0.000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.27638  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1904  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  26.34 
 
 		 272 aa  64.7  0.000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1550  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  28.82 
 
 		 297 aa  64.3  0.000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000389536  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003634  type IV pilus (Tfp) assembly protein PilF  23.81 
 
 		 241 aa  64.3  0.000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0650  TPR repeat-containing protein  26.52 
 
 		 317 aa  63.2  0.000000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1256  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  23.53 
 
 		 261 aa  62  0.00000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.812098  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1770  TPR repeat-containing protein  23.44 
 
 		 393 aa  58.5  0.0000001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.452955  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1127  TPR domain-containing protein  29.68 
 
 		 725 aa  54.7  0.000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0481  TPR repeat-containing protein  28.49 
 
 		 3145 aa  55.1  0.000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.948354 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3719  TPR repeat-containing protein  29.7 
 
 		 405 aa  55.1  0.000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3815  TPR repeat-containing protein  29.44 
 
 		 399 aa  54.3  0.000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1233  TPR repeat-containing protein  28.1 
 
 		 909 aa  53.1  0.000005  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.161918  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2852  tetratricopeptide TPR_2  24.9 
 
 		 269 aa  52.8  0.000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0157  TPR repeat-containing protein  29.22 
 
 		 465 aa  52.4  0.000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4410  TPR repeat-containing protein  30.22 
 
 		 360 aa  52  0.000009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.204971  normal  0.0658159 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0362  TPR repeat-containing protein  26.71 
 
 		 804 aa  51.6  0.00001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.587657  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1094  TPR repeat-containing protein  25.34 
 
 		 685 aa  51.2  0.00002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1158  TPR repeat-containing protein  30.72 
 
 		 315 aa  51.2  0.00002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.804036  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1116  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  26.54 
 
 		 251 aa  50.8  0.00002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.772956  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3643  TPR domain-containing protein  28.35 
 
 		 1979 aa  51.2  0.00002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1328  peptidase S1 and S6 chymotrypsin/Hap  26.87 
 
 		 810 aa  50.8  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.929548  normal  0.0143336 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2739  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  23.77 
 
 		 248 aa  51.2  0.00002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1361  TPR repeat-containing protein  31.17 
 
 		 1276 aa  50.4  0.00003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0637  TPR repeat-containing protein  30 
 
 		 4489 aa  50.4  0.00003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0996  TPR repeat-containing protein  29.29 
 
 		 499 aa  50.4  0.00003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0468556 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2492  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  27.52 
 
 		 441 aa  50.4  0.00003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.265161  normal  0.958743 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0133  TPR repeat-containing protein  22.66 
 
 		 393 aa  50.4  0.00003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.310931  normal  0.0473724 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>