254 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_3314 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_3314  fimbrial biogenesis and twitching motility protein, putative  100 
 
 		 262 aa  543  1e-153  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1226  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  95.42 
 
 		 262 aa  523  1e-147  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0380935  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1297  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  95.04 
 
 		 262 aa  503  9.999999999999999e-143  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.276388  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1227  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  93.89 
 
 		 262 aa  499  1e-140  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.023902  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2654  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  91.6 
 
 		 262 aa  489  1e-137  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3007  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  87.79 
 
 		 262 aa  485  1e-136  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000355185  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2992  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  87.79 
 
 		 262 aa  485  1e-136  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00509234  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3150  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  87.79 
 
 		 262 aa  485  1e-136  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0633925  hitchhiker  0.00734203 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1371  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  87.4 
 
 		 262 aa  472  1e-132  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.503899  normal  0.0591536 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1114  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  69.73 
 
 		 261 aa  388  1e-107  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.22274  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1254  tetratricopeptide TPR_2  71.54 
 
 		 260 aa  379  1e-104  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.146515  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1288  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  67.46 
 
 		 262 aa  371  1e-102  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2367  fimbrial biogenesis and twitching motility protein, putative  66.79 
 
 		 262 aa  372  1e-102  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000000700104  normal  0.549255 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1430  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  64.53 
 
 		 262 aa  363  1e-99  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.14258  normal  0.202712 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1303  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  64.4 
 
 		 266 aa  350  8.999999999999999e-96  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.682058  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1542  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  61.45 
 
 		 262 aa  339  2.9999999999999998e-92  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.364125  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3128  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  34.68 
 
 		 332 aa  166  5e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02493  hypothetical protein  37.66 
 
 		 253 aa  163  3e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4254  lysM domain-containing protein  34.36 
 
 		 524 aa  157  2e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.305557  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1166  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  38.07 
 
 		 261 aa  156  3e-37  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.327307 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1217  putative fimbrial biogenesis and twitching motility protein  36.29 
 
 		 237 aa  155  9e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.544829  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003634  type IV pilus (Tfp) assembly protein PilF  36.36 
 
 		 241 aa  155  9e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0727  putative type 4 fimbrial biogenesis protein PilF  34.78 
 
 		 253 aa  152  8e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0901  tfp pilus assembly protein PilF  35.15 
 
 		 246 aa  145  9e-34  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1256  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  33.61 
 
 		 261 aa  141  9.999999999999999e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.812098  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2739  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  32 
 
 		 248 aa  130  2.0000000000000002e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1291  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  32.64 
 
 		 249 aa  127  2.0000000000000002e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0420  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  32.64 
 
 		 249 aa  127  2.0000000000000002e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00209508 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1184  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  32.64 
 
 		 249 aa  126  4.0000000000000003e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3016  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  34.44 
 
 		 259 aa  125  6e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1250  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  32.81 
 
 		 252 aa  125  8.000000000000001e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.901782  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3611  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  33.2 
 
 		 263 aa  124  1e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.253083 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1309  type 4 fimbrial biogenesis protein PilF  31.85 
 
 		 252 aa  124  1e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.553345  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14850  type 4 fimbrial biogenesis protein PilF  31.33 
 
 		 252 aa  124  1e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1503  hypothetical protein  37.84 
 
 		 260 aa  122  8e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2888  type IV pilus biogenesis protein PilF, putative  30.98 
 
 		 255 aa  119  3.9999999999999996e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1480  hypothetical protein  34.16 
 
 		 260 aa  119  6e-26  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1116  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  35.85 
 
 		 251 aa  118  9.999999999999999e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.772956  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0881  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  32.07 
 
 		 253 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.904873  normal  0.500681 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1197  fimbrial biogenesis and twitching motility protein  34.3 
 
 		 179 aa  115  7.999999999999999e-25  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.27638  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1432  type IV pilus biogenesis protein PilF  30.65 
 
 		 252 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1246  TPR repeat-containing protein  31.09 
 
 		 252 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.619631  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0851  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  31.22 
 
 		 255 aa  112  8.000000000000001e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2050  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  32.13 
 
 		 258 aa  109  5e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.024552  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0733  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  29.27 
 
 		 256 aa  108  9.000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0894  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  32.07 
 
 		 253 aa  106  4e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000416211 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2192  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.85 
 
 		 276 aa  105  6e-22  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40310  type IV pilus biogenesis protein PilF  30.13 
 
 		 252 aa  105  1e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3502  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  30.8 
 
 		 253 aa  100  2e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02983  ATP-dependent protease La  35 
 
 		 809 aa  100  2e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00208912  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4327  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  31.22 
 
 		 253 aa  99.8  4e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.813272  hitchhiker  0.000000000191123 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1168  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  30 
 
 		 275 aa  99.4  5e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1088  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  30 
 
 		 275 aa  99.4  5e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.756407  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2309  TPR repeat-containing protein  25.51 
 
 		 278 aa  97.8  1e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.107221  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4603  Type IV pilus biogenesis protein PilF  27.62 
 
 		 252 aa  97.4  2e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2185  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.48 
 
 		 285 aa  97.8  2e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1870  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  26.62 
 
 		 268 aa  95.5  7e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1422  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  29.08 
 
 		 280 aa  94.7  1e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.162088  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5021  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.55 
 
 		 295 aa  94.7  1e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.667321  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0592  TPR repeat-containing pilus assembly protein PilF  31.16 
 
 		 261 aa  94  2e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.83159  normal  0.24417 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1149  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.92 
 
 		 265 aa  92.8  5e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.588418  normal  0.518826 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0082  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.08 
 
 		 285 aa  90.5  3e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1432  hypothetical protein  28.34 
 
 		 259 aa  85.9  6e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1057  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.71 
 
 		 265 aa  85.5  7e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0988004  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1213  putative type 4 fimbrial biogenesis protein  26.94 
 
 		 263 aa  85.5  8e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.543413  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2108  TPR repeat-containing protein  26.32 
 
 		 258 aa  85.1  0.000000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.199706 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2610  tetratricopeptide TPR_2  25.5 
 
 		 269 aa  82.4  0.000000000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.104861  normal  0.938997 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1998  uncharacterized protein involved in fimbrial biogenesis  25.69 
 
 		 267 aa  82.4  0.000000000000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.151418 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3392  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.3 
 
 		 266 aa  81.6  0.00000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1622  tetratricopeptide TPR_2  25.61 
 
 		 247 aa  80.9  0.00000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00247403 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2870  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  23.91 
 
 		 306 aa  80.1  0.00000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1658  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.57 
 
 		 261 aa  79.7  0.00000000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.311816 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2852  tetratricopeptide TPR_2  28.14 
 
 		 269 aa  79.3  0.00000000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1779  type IV pilus assembly protein PilF  28.96 
 
 		 269 aa  77.8  0.0000000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.821646  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2088  TPR repeat-containing protein  26.55 
 
 		 259 aa  77.4  0.0000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.883758  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06112  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  26.38 
 
 		 262 aa  77.4  0.0000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.21949  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01054  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  26.38 
 
 		 262 aa  77.4  0.0000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.5978  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1904  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.14 
 
 		 272 aa  76.6  0.0000000000004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1715  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.19 
 
 		 269 aa  75.1  0.0000000000009  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.360118  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1125  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  24.22 
 
 		 267 aa  74.3  0.000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.377413  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1550  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  25.29 
 
 		 297 aa  69.7  0.00000000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000389536  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0680  type 4 fimbrial biogenesis protein  27.11 
 
 		 315 aa  68.9  0.00000000008  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000581719  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0481  TPR repeat-containing protein  28.31 
 
 		 3145 aa  67.4  0.0000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.948354 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0650  TPR repeat-containing protein  26.14 
 
 		 317 aa  63.2  0.000000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1181  tetratricopeptide TPR_2  27.52 
 
 		 502 aa  62.8  0.000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.591026  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1661  TPR repeat-containing protein  27.52 
 
 		 502 aa  62.8  0.000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0601508  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_18211  hypothetical protein  28.85 
 
 		 603 aa  62.8  0.000000006  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.905605 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1635  TPR repeat-containing protein  27.52 
 
 		 502 aa  62  0.000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.628977  normal  0.0608615 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3398  TPR repeat-containing protein  28.93 
 
 		 274 aa  61.6  0.00000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0527752  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1232  TPR repeat-containing protein  28.39 
 
 		 750 aa  59.3  0.00000006  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.967237  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2987  TPR repeat-containing protein  22.43 
 
 		 266 aa  58.5  0.0000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1094  TPR repeat-containing protein  29.2 
 
 		 685 aa  57  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2942  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  26.95 
 
 		 632 aa  55.5  0.0000009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_24101  hypothetical protein  25.58 
 
 		 725 aa  55.1  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_00731  hypothetical protein  30.08 
 
 		 816 aa  55.1  0.000001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.456129 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1547  TPR domain-containing protein  27.03 
 
 		 473 aa  54.7  0.000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.661842  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1233  TPR repeat-containing protein  26.26 
 
 		 909 aa  54.3  0.000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.161918  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6752  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  27.03 
 
 		 549 aa  54.3  0.000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1300  TPR repeat-containing protein  32.35 
 
 		 878 aa  53.5  0.000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1582  TPR repeat-containing protein  26.81 
 
 		 767 aa  53.1  0.000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000189935  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>