More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3128 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_3128  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  100 
 
 
332 aa  681    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1288  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  39.2 
 
 
262 aa  186  3e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1430  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  39.58 
 
 
262 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.14258  normal  0.202712 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1303  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  38 
 
 
266 aa  182  9.000000000000001e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.682058  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02983  ATP-dependent protease La  49.36 
 
 
809 aa  176  4e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00208912  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3150  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  37.5 
 
 
262 aa  171  1e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0633925  hitchhiker  0.00734203 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3007  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  37.5 
 
 
262 aa  171  1e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000355185  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2992  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  37.5 
 
 
262 aa  171  1e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00509234  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2367  fimbrial biogenesis and twitching motility protein, putative  36.8 
 
 
262 aa  171  2e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000000700104  normal  0.549255 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1114  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  35.51 
 
 
261 aa  171  2e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.22274  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1542  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  37.9 
 
 
262 aa  169  5e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.364125  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1371  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  37.55 
 
 
262 aa  167  2e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.503899  normal  0.0591536 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2654  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  36.29 
 
 
262 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3314  fimbrial biogenesis and twitching motility protein, putative  34.68 
 
 
262 aa  166  6.9999999999999995e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1226  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  35.08 
 
 
262 aa  165  8e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0380935  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1297  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  35.98 
 
 
262 aa  163  5.0000000000000005e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.276388  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1227  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  35.15 
 
 
262 aa  160  2e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.023902  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4254  lysM domain-containing protein  34.77 
 
 
524 aa  158  1e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.305557  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1254  tetratricopeptide TPR_2  34.55 
 
 
260 aa  155  9e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.146515  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1166  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  36.36 
 
 
261 aa  151  2e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.327307 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0727  putative type 4 fimbrial biogenesis protein PilF  33.75 
 
 
253 aa  143  4e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1217  putative fimbrial biogenesis and twitching motility protein  33.62 
 
 
237 aa  136  6.0000000000000005e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.544829  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003634  type IV pilus (Tfp) assembly protein PilF  32.61 
 
 
241 aa  133  5e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02493  hypothetical protein  32.75 
 
 
253 aa  130  4.0000000000000003e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1197  fimbrial biogenesis and twitching motility protein  41.42 
 
 
179 aa  125  1e-27  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.27638  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0901  tfp pilus assembly protein PilF  30.17 
 
 
246 aa  124  2e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0420  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  32.08 
 
 
249 aa  119  9.999999999999999e-26  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00209508 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3611  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  32.08 
 
 
263 aa  119  9.999999999999999e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.253083 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1291  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  32.08 
 
 
249 aa  119  9.999999999999999e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1503  hypothetical protein  34.05 
 
 
260 aa  117  1.9999999999999998e-25  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1184  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  32.08 
 
 
249 aa  117  3e-25  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1256  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  31.8 
 
 
261 aa  116  6e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.812098  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1480  hypothetical protein  33.19 
 
 
260 aa  115  1.0000000000000001e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1250  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.4 
 
 
252 aa  112  8.000000000000001e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.901782  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2739  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  29.54 
 
 
248 aa  108  1e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3016  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  34.12 
 
 
259 aa  108  2e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2192  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  26.29 
 
 
276 aa  105  1e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2050  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  30.49 
 
 
258 aa  102  6e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.024552  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1116  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  32.67 
 
 
251 aa  102  1e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.772956  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2888  type IV pilus biogenesis protein PilF, putative  26.45 
 
 
255 aa  100  3e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1213  putative type 4 fimbrial biogenesis protein  26.75 
 
 
263 aa  100  5e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.543413  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0881  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  30.77 
 
 
253 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.904873  normal  0.500681 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2108  TPR repeat-containing protein  27.71 
 
 
258 aa  97.4  3e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.199706 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1622  tetratricopeptide TPR_2  27.2 
 
 
247 aa  96.3  7e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00247403 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1309  type 4 fimbrial biogenesis protein PilF  29.36 
 
 
252 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.553345  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14850  type 4 fimbrial biogenesis protein PilF  29.36 
 
 
252 aa  95.1  2e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0851  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.63 
 
 
255 aa  93.6  4e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1998  uncharacterized protein involved in fimbrial biogenesis  28.94 
 
 
267 aa  92.8  8e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.151418 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3392  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.29 
 
 
266 aa  92  1e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0733  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.43 
 
 
256 aa  92.4  1e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2309  TPR repeat-containing protein  25.1 
 
 
278 aa  90.9  3e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.107221  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06112  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.8 
 
 
262 aa  90.9  3e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.21949  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01054  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.8 
 
 
262 aa  90.9  3e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.5978  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1149  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  26.12 
 
 
265 aa  90.5  4e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.588418  normal  0.518826 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2185  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  26.72 
 
 
285 aa  89.4  8e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1057  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  25.71 
 
 
265 aa  88.6  1e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0988004  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4603  Type IV pilus biogenesis protein PilF  29.09 
 
 
252 aa  89  1e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1432  type IV pilus biogenesis protein PilF  27.51 
 
 
252 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2987  TPR repeat-containing protein  29.57 
 
 
266 aa  87.4  3e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5021  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  26.1 
 
 
295 aa  87.8  3e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.667321  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0894  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  30.29 
 
 
253 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000416211 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0082  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.69 
 
 
285 aa  84.3  0.000000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40310  type IV pilus biogenesis protein PilF  30.53 
 
 
252 aa  84.3  0.000000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1168  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.66 
 
 
275 aa  84.3  0.000000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0592  TPR repeat-containing pilus assembly protein PilF  28.06 
 
 
261 aa  84  0.000000000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.83159  normal  0.24417 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1246  TPR repeat-containing protein  27.56 
 
 
252 aa  82.4  0.000000000000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.619631  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1088  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  26.82 
 
 
275 aa  82  0.00000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.756407  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1422  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  24.33 
 
 
280 aa  78.2  0.0000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.162088  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3502  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  26.64 
 
 
253 aa  77.4  0.0000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1658  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.77 
 
 
261 aa  76.6  0.0000000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.311816 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1432  hypothetical protein  28.16 
 
 
259 aa  76.3  0.0000000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2870  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  25.93 
 
 
306 aa  76.3  0.0000000000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4327  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.7 
 
 
253 aa  75.9  0.0000000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.813272  hitchhiker  0.000000000191123 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2852  tetratricopeptide TPR_2  28.7 
 
 
269 aa  74.7  0.000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1779  type IV pilus assembly protein PilF  34.23 
 
 
269 aa  73.9  0.000000000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.821646  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1870  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  24.19 
 
 
268 aa  73.9  0.000000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1715  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  34.23 
 
 
269 aa  73.6  0.000000000004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.360118  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2088  TPR repeat-containing protein  26.69 
 
 
259 aa  73.6  0.000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.883758  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2610  tetratricopeptide TPR_2  24.78 
 
 
269 aa  68.9  0.0000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.104861  normal  0.938997 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2562  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  29.41 
 
 
364 aa  63.5  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2041  serine/threonine protein kinase with TPR repeats  31.62 
 
 
884 aa  63.2  0.000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.443497 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0487  TPR repeat-containing protein  25 
 
 
566 aa  63.2  0.000000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.679539 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2659  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  27.59 
 
 
565 aa  61.6  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.144865 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1603  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.86 
 
 
255 aa  61.6  0.00000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.0684116 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1931  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.86 
 
 
249 aa  61.2  0.00000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0417979  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0481  TPR repeat-containing protein  26.88 
 
 
3145 aa  61.6  0.00000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.948354 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7855  TPR domain-containing protein  28.09 
 
 
648 aa  61.2  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.126864 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4301  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  27.81 
 
 
363 aa  60.8  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.124533 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4239  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  27.81 
 
 
363 aa  60.8  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4141  TPR repeat-containing protein  28.68 
 
 
637 aa  59.7  0.00000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.780051  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0892  TPR repeat-containing protein  28.68 
 
 
636 aa  59.3  0.00000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.647896  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0987  TPR repeat-containing protein  28.68 
 
 
611 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.384547  normal  0.0740288 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2369  TPR repeat-containing protein  27.94 
 
 
639 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.319986  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1125  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  22.54 
 
 
267 aa  58.5  0.0000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.377413  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0904  TPR repeat-containing protein  28.68 
 
 
612 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.587904  normal  0.769196 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2854  glycosyl transferase family 2  24.87 
 
 
1252 aa  58.2  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.956112  normal  0.0955707 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3267  glycosyl transferase family 2  24.87 
 
 
1252 aa  58.2  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0911  tetratricopeptide TPR_4  29.2 
 
 
875 aa  57.8  0.0000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.379762  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0215  TPR repeat-containing protein  36.26 
 
 
2262 aa  57  0.0000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0297822 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2418  TPR repeat-containing protein  24.82 
 
 
827 aa  57  0.0000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>