193 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_1254 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_1254  tetratricopeptide TPR_2  100 
 
 		 260 aa  533  1e-151  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.146515  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3314  fimbrial biogenesis and twitching motility protein, putative  71.54 
 
 		 262 aa  379  1e-104  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3007  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  69.5 
 
 		 262 aa  377  1e-104  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000355185  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1226  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  70.27 
 
 		 262 aa  379  1e-104  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0380935  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3150  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  69.5 
 
 		 262 aa  377  1e-104  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0633925  hitchhiker  0.00734203 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2992  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  69.5 
 
 		 262 aa  377  1e-104  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00509234  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1297  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  70.27 
 
 		 262 aa  371  1e-102  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.276388  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1227  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  70.66 
 
 		 262 aa  373  1e-102  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.023902  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1371  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  69.5 
 
 		 262 aa  369  1e-101  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.503899  normal  0.0591536 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1114  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  69.38 
 
 		 261 aa  370  1e-101  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.22274  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2654  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  70.38 
 
 		 262 aa  363  1e-99  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1288  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  63.89 
 
 		 262 aa  340  2e-92  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2367  fimbrial biogenesis and twitching motility protein, putative  61.87 
 
 		 262 aa  338  5e-92  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000000700104  normal  0.549255 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1430  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  60.55 
 
 		 262 aa  330  2e-89  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.14258  normal  0.202712 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1303  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  60.63 
 
 		 266 aa  328  4e-89  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.682058  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1542  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  57.31 
 
 		 262 aa  298  4e-80  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.364125  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3128  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  34.55 
 
 		 332 aa  155  6e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1166  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  37.16 
 
 		 261 aa  149  5e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.327307 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0727  putative type 4 fimbrial biogenesis protein PilF  34.38 
 
 		 253 aa  145  5e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1217  putative fimbrial biogenesis and twitching motility protein  34.19 
 
 		 237 aa  139  4.999999999999999e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.544829  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02493  hypothetical protein  32.1 
 
 		 253 aa  136  4e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4254  lysM domain-containing protein  30.86 
 
 		 524 aa  134  1.9999999999999998e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.305557  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0901  tfp pilus assembly protein PilF  32.2 
 
 		 246 aa  131  1.0000000000000001e-29  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003634  type IV pilus (Tfp) assembly protein PilF  33.04 
 
 		 241 aa  130  2.0000000000000002e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1291  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  32.16 
 
 		 249 aa  129  4.0000000000000003e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1184  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  32.16 
 
 		 249 aa  129  4.0000000000000003e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0420  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  32.16 
 
 		 249 aa  129  4.0000000000000003e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00209508 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1256  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  33.2 
 
 		 261 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.812098  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3016  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  35.12 
 
 		 259 aa  118  9.999999999999999e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14850  type 4 fimbrial biogenesis protein PilF  31.66 
 
 		 252 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1116  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  33.49 
 
 		 251 aa  115  5e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.772956  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3611  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  31.02 
 
 		 263 aa  115  6e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.253083 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1503  hypothetical protein  41.03 
 
 		 260 aa  114  2.0000000000000002e-24  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1197  fimbrial biogenesis and twitching motility protein  33.53 
 
 		 179 aa  112  7.000000000000001e-24  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.27638  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1480  hypothetical protein  35.96 
 
 		 260 aa  112  9e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2739  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  31.34 
 
 		 248 aa  111  1.0000000000000001e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1250  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  30.77 
 
 		 252 aa  108  8.000000000000001e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.901782  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1309  type 4 fimbrial biogenesis protein PilF  32.38 
 
 		 252 aa  108  1e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.553345  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1246  TPR repeat-containing protein  31.25 
 
 		 252 aa  102  7e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.619631  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1432  type IV pilus biogenesis protein PilF  29.08 
 
 		 252 aa  101  9e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0881  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  29.96 
 
 		 253 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.904873  normal  0.500681 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2888  type IV pilus biogenesis protein PilF, putative  30.41 
 
 		 255 aa  97.8  1e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2192  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  24.8 
 
 		 276 aa  97.4  2e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0733  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.76 
 
 		 256 aa  95.5  8e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0851  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  29.11 
 
 		 255 aa  94.7  1e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4603  Type IV pilus biogenesis protein PilF  28.15 
 
 		 252 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02983  ATP-dependent protease La  31.29 
 
 		 809 aa  94.4  2e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00208912  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40310  type IV pilus biogenesis protein PilF  29.25 
 
 		 252 aa  92.8  4e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2050  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  29.63 
 
 		 258 aa  92.4  6e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.024552  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2309  TPR repeat-containing protein  24.9 
 
 		 278 aa  92  9e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.107221  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5021  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  29.11 
 
 		 295 aa  91.7  1e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.667321  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2185  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  26.79 
 
 		 285 aa  90.9  2e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1432  hypothetical protein  27.34 
 
 		 259 aa  88.6  1e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1870  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  26.23 
 
 		 268 aa  88.2  1e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1168  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  26.61 
 
 		 275 aa  88.2  1e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1088  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.27 
 
 		 275 aa  88.2  1e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.756407  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3502  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  29.81 
 
 		 253 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0894  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  29.96 
 
 		 253 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000416211 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1149  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  29.17 
 
 		 265 aa  87.4  2e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.588418  normal  0.518826 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4327  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  31.94 
 
 		 253 aa  86.7  3e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.813272  hitchhiker  0.000000000191123 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2108  TPR repeat-containing protein  26.79 
 
 		 258 aa  86.3  5e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.199706 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1622  tetratricopeptide TPR_2  26.53 
 
 		 247 aa  84.3  0.000000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00247403 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1422  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.3 
 
 		 280 aa  83.2  0.000000000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.162088  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0592  TPR repeat-containing pilus assembly protein PilF  27.68 
 
 		 261 aa  82.8  0.000000000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.83159  normal  0.24417 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2088  TPR repeat-containing protein  27.88 
 
 		 259 aa  82  0.000000000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.883758  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0082  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  26.6 
 
 		 285 aa  82  0.000000000000009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1057  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.78 
 
 		 265 aa  81.3  0.00000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0988004  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1125  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  24.61 
 
 		 267 aa  80.9  0.00000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.377413  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1998  uncharacterized protein involved in fimbrial biogenesis  25.23 
 
 		 267 aa  79.7  0.00000000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.151418 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3392  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  26.42 
 
 		 266 aa  79  0.00000000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2852  tetratricopeptide TPR_2  31.18 
 
 		 269 aa  78.6  0.0000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1213  putative type 4 fimbrial biogenesis protein  24.69 
 
 		 263 aa  77.8  0.0000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.543413  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2870  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  23.38 
 
 		 306 aa  74.7  0.000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1658  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  29.56 
 
 		 261 aa  74.7  0.000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.311816 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2610  tetratricopeptide TPR_2  24.31 
 
 		 269 aa  73.6  0.000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.104861  normal  0.938997 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2987  TPR repeat-containing protein  25 
 
 		 266 aa  72  0.000000000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01054  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  29.11 
 
 		 262 aa  71.6  0.00000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.5978  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06112  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  29.11 
 
 		 262 aa  71.6  0.00000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.21949  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1779  type IV pilus assembly protein PilF  26.17 
 
 		 269 aa  70.5  0.00000000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.821646  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1715  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  25.78 
 
 		 269 aa  70.1  0.00000000004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.360118  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1550  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  25.98 
 
 		 297 aa  65.9  0.0000000006  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000389536  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0680  type 4 fimbrial biogenesis protein  25.1 
 
 		 315 aa  63.9  0.000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000581719  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0650  TPR repeat-containing protein  25.6 
 
 		 317 aa  62  0.000000009  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0481  TPR repeat-containing protein  28.76 
 
 		 3145 aa  61.2  0.00000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.948354 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2942  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  32.17 
 
 		 632 aa  58.5  0.00000009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1904  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  23.4 
 
 		 272 aa  58.2  0.0000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1931  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.89 
 
 		 249 aa  55.1  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0417979  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3102  TPR repeat-containing protein  27.85 
 
 		 313 aa  55.1  0.000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000142669  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1603  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.89 
 
 		 255 aa  55.1  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0684116 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0088  type 4 pili biogenesis protein  34.44 
 
 		 115 aa  53.9  0.000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1232  TPR repeat-containing protein  26.42 
 
 		 750 aa  53.5  0.000003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.967237  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_18211  hypothetical protein  26.67 
 
 		 603 aa  53.5  0.000003  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.905605 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2059  TPR repeat-containing protein  34.44 
 
 		 113 aa  53.1  0.000004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2417  TPR repeat-containing protein  26.23 
 
 		 762 aa  51.6  0.00001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2418  TPR repeat-containing protein  29.3 
 
 		 827 aa  51.6  0.00001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1094  TPR repeat-containing protein  27.49 
 
 		 685 aa  50.8  0.00002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1719  TPR repeat-containing protein  26.06 
 
 		 583 aa  50.8  0.00002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2480  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  25.51 
 
 		 1022 aa  50.4  0.00003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1574  hypothetical protein  29.82 
 
 		 230 aa  50.4  0.00003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.397591  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1181  tetratricopeptide TPR_2  27.45 
 
 		 502 aa  50.1  0.00004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.591026  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>