More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpe_A1998 on replicon NC_008825
Organism: Methylibium petroleiphilum PM1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008825  Mpe_A1998  uncharacterized protein involved in fimbrial biogenesis  100 
 
 
267 aa  538  9.999999999999999e-153  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.151418 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2870  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  55.14 
 
 
306 aa  268  5e-71  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2185  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  45.9 
 
 
285 aa  224  1e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1168  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  46.15 
 
 
275 aa  221  9.999999999999999e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1088  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  46.15 
 
 
275 aa  221  9.999999999999999e-57  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.756407  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1870  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  47.37 
 
 
268 aa  216  4e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2309  TPR repeat-containing protein  42.05 
 
 
278 aa  213  1.9999999999999998e-54  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.107221  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1422  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  43.82 
 
 
280 aa  213  2.9999999999999995e-54  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.162088  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2610  tetratricopeptide TPR_2  44.19 
 
 
269 aa  199  3.9999999999999996e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.104861  normal  0.938997 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0082  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  42.11 
 
 
285 aa  193  2e-48  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5021  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  41.18 
 
 
295 aa  191  1e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.667321  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1213  putative type 4 fimbrial biogenesis protein  39.3 
 
 
263 aa  174  9.999999999999999e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.543413  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2108  TPR repeat-containing protein  41.67 
 
 
258 aa  174  1.9999999999999998e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.199706 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2088  TPR repeat-containing protein  42.61 
 
 
259 aa  172  5.999999999999999e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.883758  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1057  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  38.26 
 
 
265 aa  166  4e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0988004  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1149  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  37.39 
 
 
265 aa  163  3e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.588418  normal  0.518826 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2987  TPR repeat-containing protein  38.37 
 
 
266 aa  160  2e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0592  TPR repeat-containing pilus assembly protein PilF  37.44 
 
 
261 aa  143  4e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.83159  normal  0.24417 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3392  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  34.22 
 
 
266 aa  135  5e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0901  tfp pilus assembly protein PilF  32.88 
 
 
246 aa  126  3e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1622  tetratricopeptide TPR_2  33.33 
 
 
247 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00247403 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1303  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  31.62 
 
 
266 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.682058  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2050  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  31.58 
 
 
258 aa  108  8.000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.024552  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1430  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  29.91 
 
 
262 aa  102  7e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.14258  normal  0.202712 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1288  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.38 
 
 
262 aa  99.8  5e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2888  type IV pilus biogenesis protein PilF, putative  29.77 
 
 
255 aa  98.6  1e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2192  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.2 
 
 
276 aa  95.9  5e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1658  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  34.16 
 
 
261 aa  94.7  1e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.311816 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0733  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  31.05 
 
 
256 aa  95.1  1e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1542  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  29.07 
 
 
262 aa  93.2  4e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.364125  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02493  hypothetical protein  30.64 
 
 
253 aa  92.8  5e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3128  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.94 
 
 
332 aa  92.8  5e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2992  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.52 
 
 
262 aa  90.9  2e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00509234  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3150  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.52 
 
 
262 aa  90.9  2e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0633925  hitchhiker  0.00734203 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3007  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.52 
 
 
262 aa  90.9  2e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000355185  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1371  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.52 
 
 
262 aa  90.9  2e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.503899  normal  0.0591536 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1114  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  26.61 
 
 
261 aa  90.5  3e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.22274  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06112  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  32.37 
 
 
262 aa  89  8e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.21949  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01054  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  32.37 
 
 
262 aa  89  8e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.5978  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1227  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.06 
 
 
262 aa  88.6  1e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.023902  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4603  Type IV pilus biogenesis protein PilF  31.39 
 
 
252 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2367  fimbrial biogenesis and twitching motility protein, putative  25.69 
 
 
262 aa  86.7  4e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000000700104  normal  0.549255 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1226  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  26.61 
 
 
262 aa  86.3  4e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0380935  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1297  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  26.61 
 
 
262 aa  86.7  4e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.276388  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1250  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.51 
 
 
252 aa  86.3  5e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.901782  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0727  putative type 4 fimbrial biogenesis protein PilF  27.35 
 
 
253 aa  85.5  8e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1184  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  29.74 
 
 
249 aa  85.1  0.000000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1125  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  31.51 
 
 
267 aa  84.7  0.000000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.377413  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0420  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  29.74 
 
 
249 aa  84.3  0.000000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00209508 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1291  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  29.74 
 
 
249 aa  84.3  0.000000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1256  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  29.46 
 
 
261 aa  84  0.000000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.812098  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3611  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  29.02 
 
 
263 aa  84  0.000000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.253083 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3314  fimbrial biogenesis and twitching motility protein, putative  25.69 
 
 
262 aa  82.4  0.000000000000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003634  type IV pilus (Tfp) assembly protein PilF  28.9 
 
 
241 aa  82.4  0.000000000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1217  putative fimbrial biogenesis and twitching motility protein  28.23 
 
 
237 aa  82  0.00000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.544829  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1603  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  34.87 
 
 
255 aa  81.3  0.00000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.0684116 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1715  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  31.48 
 
 
269 aa  81.3  0.00000000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.360118  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1931  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  34.87 
 
 
249 aa  81.6  0.00000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0417979  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2654  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  25.23 
 
 
262 aa  79.7  0.00000000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1254  tetratricopeptide TPR_2  25.23 
 
 
260 aa  79.7  0.00000000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.146515  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0894  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  31.34 
 
 
253 aa  79.3  0.00000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000416211 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4254  lysM domain-containing protein  25.35 
 
 
524 aa  79  0.00000000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.305557  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1779  type IV pilus assembly protein PilF  31.02 
 
 
269 aa  79  0.00000000000007  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.821646  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1432  type IV pilus biogenesis protein PilF  29.15 
 
 
252 aa  78.6  0.00000000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0881  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  29.95 
 
 
253 aa  77.4  0.0000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.904873  normal  0.500681 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3016  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  31.31 
 
 
259 aa  75.5  0.0000000000009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0851  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  29.95 
 
 
255 aa  74.7  0.000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1309  type 4 fimbrial biogenesis protein PilF  28.12 
 
 
252 aa  73.2  0.000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.553345  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14850  type 4 fimbrial biogenesis protein PilF  27.68 
 
 
252 aa  72.4  0.000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1246  TPR repeat-containing protein  27.98 
 
 
252 aa  72.4  0.000000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.619631  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40310  type IV pilus biogenesis protein PilF  27.24 
 
 
252 aa  72.4  0.000000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1166  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  25.12 
 
 
261 aa  71.2  0.00000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.327307 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1116  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  29.52 
 
 
251 aa  69.7  0.00000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.772956  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0157  TPR repeat-containing protein  30.72 
 
 
465 aa  67  0.0000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2523  hypothetical protein  31.29 
 
 
795 aa  65.9  0.0000000006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.184422  normal  0.460331 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4327  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  29.46 
 
 
253 aa  61.6  0.00000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.813272  hitchhiker  0.000000000191123 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1683  TPR repeat-containing protein  28.65 
 
 
362 aa  60.8  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2739  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.31 
 
 
248 aa  61.2  0.00000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1197  fimbrial biogenesis and twitching motility protein  28.24 
 
 
179 aa  61.2  0.00000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.27638  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1432  hypothetical protein  26.57 
 
 
259 aa  60.5  0.00000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02961  hypothetical protein  25.28 
 
 
594 aa  60.1  0.00000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2992  TPR repeat-containing protein  31.29 
 
 
824 aa  59.7  0.00000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000746825 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3746  TPR repeat-containing protein  31.05 
 
 
602 aa  59.3  0.00000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.824926  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1300  TPR repeat-containing protein  25.67 
 
 
878 aa  58.9  0.00000008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3502  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  26.11 
 
 
253 aa  58.5  0.0000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0471  TPR repeat-containing protein  26.28 
 
 
1297 aa  57.8  0.0000002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1361  TPR repeat-containing protein  32.88 
 
 
1276 aa  57.8  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1787  TPR repeat-containing protein  28.74 
 
 
543 aa  57.4  0.0000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.662156  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7855  TPR domain-containing protein  28.57 
 
 
648 aa  57.8  0.0000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.126864 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0680  type 4 fimbrial biogenesis protein  30.77 
 
 
315 aa  57.4  0.0000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000581719  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2367  protein kinase  30.46 
 
 
623 aa  57  0.0000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1474  TPR repeat-containing protein  33.33 
 
 
162 aa  56.6  0.0000004  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0444734  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7349  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  28.29 
 
 
988 aa  56.6  0.0000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0738846  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0083  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  30.06 
 
 
2240 aa  56.2  0.0000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1311  hypothetical protein  26.94 
 
 
331 aa  56.2  0.0000006  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4728  TPR repeat-containing protein  25.7 
 
 
718 aa  55.8  0.0000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.346608 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2464  TPR repeat-containing protein  32.61 
 
 
252 aa  55.5  0.0000009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.545805  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_20571  SAM-binding motif-containing protein  29.41 
 
 
780 aa  55.5  0.0000009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.183834 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02983  ATP-dependent protease La  25.48 
 
 
809 aa  55.5  0.0000009  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00208912  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2480  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  30.87 
 
 
1022 aa  55.5  0.0000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>