More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_A1217 on replicon NC_009457
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009457  VC0395_A1217  putative fimbrial biogenesis and twitching motility protein  100 
 
 
237 aa  486  1e-137  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.544829  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003634  type IV pilus (Tfp) assembly protein PilF  62.56 
 
 
241 aa  305  4.0000000000000004e-82  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02493  hypothetical protein  62.72 
 
 
253 aa  305  5.0000000000000004e-82  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0727  putative type 4 fimbrial biogenesis protein PilF  54.59 
 
 
253 aa  253  1.0000000000000001e-66  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1430  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  35.83 
 
 
262 aa  159  4e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.14258  normal  0.202712 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3150  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  35.78 
 
 
262 aa  155  5.0000000000000005e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0633925  hitchhiker  0.00734203 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2992  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  35.78 
 
 
262 aa  155  5.0000000000000005e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00509234  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3007  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  35.78 
 
 
262 aa  155  5.0000000000000005e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000355185  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1226  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  35.86 
 
 
262 aa  155  6e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0380935  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3314  fimbrial biogenesis and twitching motility protein, putative  36.29 
 
 
262 aa  155  7e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1227  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  35.84 
 
 
262 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.023902  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1303  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  35.83 
 
 
266 aa  152  4e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.682058  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1371  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  36.16 
 
 
262 aa  152  5e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.503899  normal  0.0591536 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1297  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  35.4 
 
 
262 aa  152  5e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.276388  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1288  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  35.84 
 
 
262 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1166  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  41.67 
 
 
261 aa  151  8.999999999999999e-36  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.327307 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2367  fimbrial biogenesis and twitching motility protein, putative  35.17 
 
 
262 aa  149  5e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000000700104  normal  0.549255 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2654  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  36.44 
 
 
262 aa  145  4.0000000000000006e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1114  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  34.04 
 
 
261 aa  141  8e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.22274  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1256  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  34.33 
 
 
261 aa  140  9.999999999999999e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.812098  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1254  tetratricopeptide TPR_2  34.19 
 
 
260 aa  139  3.9999999999999997e-32  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.146515  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3611  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  39.17 
 
 
263 aa  138  7.999999999999999e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.253083 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4254  lysM domain-containing protein  37.21 
 
 
524 aa  137  1e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.305557  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2739  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  35.17 
 
 
248 aa  136  2e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3128  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  33.62 
 
 
332 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1116  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  39.66 
 
 
251 aa  134  9.999999999999999e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.772956  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0420  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  38.81 
 
 
249 aa  132  6e-30  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00209508 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1291  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  38.81 
 
 
249 aa  132  6e-30  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1184  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  38.81 
 
 
249 aa  130  1.0000000000000001e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3016  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  38.18 
 
 
259 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1542  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  36.28 
 
 
262 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.364125  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1503  hypothetical protein  33.97 
 
 
260 aa  120  1.9999999999999998e-26  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1480  hypothetical protein  33.49 
 
 
260 aa  117  1.9999999999999998e-25  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3392  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  31.67 
 
 
266 aa  107  1e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1250  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  30.67 
 
 
252 aa  107  2e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.901782  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0901  tfp pilus assembly protein PilF  28.32 
 
 
246 aa  99.8  3e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40310  type IV pilus biogenesis protein PilF  33.15 
 
 
252 aa  99  6e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1309  type 4 fimbrial biogenesis protein PilF  34.12 
 
 
252 aa  97.1  2e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.553345  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0733  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  32.09 
 
 
256 aa  97.4  2e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14850  type 4 fimbrial biogenesis protein PilF  34.12 
 
 
252 aa  97.4  2e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1197  fimbrial biogenesis and twitching motility protein  31.98 
 
 
179 aa  96.3  4e-19  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.27638  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2050  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  30.32 
 
 
258 aa  91.7  9e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.024552  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1213  putative type 4 fimbrial biogenesis protein  28.63 
 
 
263 aa  90.9  1e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.543413  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1432  type IV pilus biogenesis protein PilF  29.95 
 
 
252 aa  90.9  2e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0881  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  32.96 
 
 
253 aa  90.5  2e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.904873  normal  0.500681 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2888  type IV pilus biogenesis protein PilF, putative  28.63 
 
 
255 aa  87.8  1e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3502  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  30.17 
 
 
253 aa  87.8  1e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1246  TPR repeat-containing protein  29.61 
 
 
252 aa  86.7  3e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.619631  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0851  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  32.4 
 
 
255 aa  85.9  6e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1057  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.62 
 
 
265 aa  84.7  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0988004  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4327  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  32.96 
 
 
253 aa  83.6  0.000000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.813272  hitchhiker  0.000000000191123 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1149  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.12 
 
 
265 aa  84  0.000000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.588418  normal  0.518826 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4603  Type IV pilus biogenesis protein PilF  30.6 
 
 
252 aa  83.6  0.000000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0894  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  32.4 
 
 
253 aa  83.2  0.000000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000416211 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1998  uncharacterized protein involved in fimbrial biogenesis  28.23 
 
 
267 aa  82  0.000000000000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.151418 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2192  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.73 
 
 
276 aa  82  0.000000000000008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1622  tetratricopeptide TPR_2  28.77 
 
 
247 aa  81.6  0.000000000000009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00247403 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5021  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  26.53 
 
 
295 aa  78.6  0.00000000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.667321  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2309  TPR repeat-containing protein  24.55 
 
 
278 aa  78.6  0.00000000000009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.107221  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02983  ATP-dependent protease La  38.71 
 
 
809 aa  78.6  0.00000000000009  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00208912  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1779  type IV pilus assembly protein PilF  29.59 
 
 
269 aa  76.6  0.0000000000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.821646  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1715  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  29.08 
 
 
269 aa  75.1  0.0000000000008  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.360118  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06112  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.55 
 
 
262 aa  74.7  0.000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.21949  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2185  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  24.89 
 
 
285 aa  74.7  0.000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01054  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.55 
 
 
262 aa  74.7  0.000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.5978  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2987  TPR repeat-containing protein  29.19 
 
 
266 aa  73.9  0.000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1422  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.98 
 
 
280 aa  73.6  0.000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.162088  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1088  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  24.55 
 
 
275 aa  72.4  0.000000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.756407  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1168  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  24.55 
 
 
275 aa  72.8  0.000000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0082  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.57 
 
 
285 aa  72.4  0.000000000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1658  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.17 
 
 
261 aa  71.6  0.00000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.311816 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0481  TPR repeat-containing protein  28.26 
 
 
3145 aa  71.2  0.00000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.948354 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2088  TPR repeat-containing protein  28.21 
 
 
259 aa  68.6  0.00000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.883758  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1550  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  29.3 
 
 
297 aa  68.2  0.0000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000389536  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1870  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  23.98 
 
 
268 aa  68.2  0.0000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2870  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.53 
 
 
306 aa  67.4  0.0000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2610  tetratricopeptide TPR_2  25.45 
 
 
269 aa  67  0.0000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.104861  normal  0.938997 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2108  TPR repeat-containing protein  26.11 
 
 
258 aa  66.2  0.0000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.199706 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1790  TPR repeat-containing protein  30.5 
 
 
241 aa  64.7  0.000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2852  tetratricopeptide TPR_2  25.81 
 
 
269 aa  64.7  0.000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0592  TPR repeat-containing pilus assembly protein PilF  29.14 
 
 
261 aa  62  0.000000009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.83159  normal  0.24417 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0083  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  29.09 
 
 
2240 aa  60.8  0.00000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1432  hypothetical protein  25.43 
 
 
259 aa  59.3  0.00000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1683  TPR repeat-containing protein  30.95 
 
 
942 aa  57.8  0.0000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.354598 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_23981  hypothetical protein  29.76 
 
 
587 aa  57  0.0000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.167552 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1603  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  31.37 
 
 
255 aa  57.8  0.0000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.0684116 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1931  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  31.37 
 
 
249 aa  57.4  0.0000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0417979  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0376  tetratricopeptide TPR_4  29.14 
 
 
929 aa  56.6  0.0000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1188  peptidase S41  37.36 
 
 
897 aa  56.6  0.0000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.130898  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3161  tetratricopeptide TPR_2  24.18 
 
 
444 aa  56.2  0.0000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1125  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  25.25 
 
 
267 aa  56.2  0.0000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.377413  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_24171  hypothetical protein  29.6 
 
 
733 aa  55.8  0.0000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0970  TPR domain-containing protein  29.84 
 
 
614 aa  55.5  0.0000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0540  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  29.19 
 
 
1056 aa  55.5  0.0000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0423513  normal  0.0609988 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0453  TPR domain-containing protein  29.84 
 
 
626 aa  55.5  0.0000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.311085  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2599  TPR domain-containing protein  29.84 
 
 
614 aa  55.5  0.0000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0734298  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3015  TPR domain-containing protein  29.84 
 
 
626 aa  55.5  0.0000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2906  TPR repeat-containing protein  29.84 
 
 
614 aa  55.5  0.0000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0475913  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2967  TPR repeat-containing protein  29.84 
 
 
614 aa  55.5  0.0000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0177  TPR repeat-containing protein  29.84 
 
 
614 aa  55.5  0.0000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>