More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tgr7_2050 on replicon NC_011901
Organism: Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011901  Tgr7_2050  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  100 
 
 
258 aa  528  1e-149  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.024552  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1250  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  45.3 
 
 
252 aa  200  1.9999999999999998e-50  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.901782  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0733  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  41.02 
 
 
256 aa  185  5e-46  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2888  type IV pilus biogenesis protein PilF, putative  41.18 
 
 
255 aa  168  9e-41  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0901  tfp pilus assembly protein PilF  39.42 
 
 
246 aa  166  2.9999999999999998e-40  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2192  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  35.47 
 
 
276 aa  144  1e-33  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1303  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  30.83 
 
 
266 aa  132  6.999999999999999e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.682058  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1622  tetratricopeptide TPR_2  32.48 
 
 
247 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00247403 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2992  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  32.68 
 
 
262 aa  122  6e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00509234  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3007  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  32.68 
 
 
262 aa  122  6e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000355185  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3150  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  32.68 
 
 
262 aa  122  6e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0633925  hitchhiker  0.00734203 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4254  lysM domain-containing protein  31.4 
 
 
524 aa  119  3e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.305557  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0727  putative type 4 fimbrial biogenesis protein PilF  28.86 
 
 
253 aa  119  3.9999999999999996e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1166  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  33.49 
 
 
261 aa  119  6e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.327307 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1114  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  32.4 
 
 
261 aa  119  6e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.22274  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0881  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  33.78 
 
 
253 aa  115  8.999999999999998e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.904873  normal  0.500681 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1288  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  29.27 
 
 
262 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1371  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  32.48 
 
 
262 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.503899  normal  0.0591536 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3611  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  31.95 
 
 
263 aa  114  2.0000000000000002e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.253083 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1430  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  29.48 
 
 
262 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.14258  normal  0.202712 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1226  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  30.68 
 
 
262 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0380935  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3314  fimbrial biogenesis and twitching motility protein, putative  31.47 
 
 
262 aa  113  3e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1870  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  31.02 
 
 
268 aa  112  7.000000000000001e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0851  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  37.06 
 
 
255 aa  111  9e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1256  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  33.33 
 
 
261 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.812098  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1542  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  31.38 
 
 
262 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.364125  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2309  TPR repeat-containing protein  29.53 
 
 
278 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.107221  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0592  TPR repeat-containing pilus assembly protein PilF  32.74 
 
 
261 aa  110  2.0000000000000002e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.83159  normal  0.24417 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1213  putative type 4 fimbrial biogenesis protein  33.46 
 
 
263 aa  110  3e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.543413  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2185  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  30.47 
 
 
285 aa  110  3e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1998  uncharacterized protein involved in fimbrial biogenesis  30.87 
 
 
267 aa  109  4.0000000000000004e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.151418 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1227  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  30.77 
 
 
262 aa  109  5e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.023902  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2654  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  31.56 
 
 
262 aa  109  5e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2367  fimbrial biogenesis and twitching motility protein, putative  29.08 
 
 
262 aa  108  6e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000000700104  normal  0.549255 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1432  type IV pilus biogenesis protein PilF  31.22 
 
 
252 aa  108  9.000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1149  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  31.27 
 
 
265 aa  108  1e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.588418  normal  0.518826 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1297  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  30.34 
 
 
262 aa  108  1e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.276388  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2610  tetratricopeptide TPR_2  29.12 
 
 
269 aa  107  2e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.104861  normal  0.938997 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2108  TPR repeat-containing protein  29.84 
 
 
258 aa  107  2e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.199706 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2987  TPR repeat-containing protein  32.61 
 
 
266 aa  107  3e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1422  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.84 
 
 
280 aa  106  3e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.162088  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01054  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  34.7 
 
 
262 aa  107  3e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.5978  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06112  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  34.7 
 
 
262 aa  107  3e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.21949  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4603  Type IV pilus biogenesis protein PilF  32.11 
 
 
252 aa  106  4e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0894  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  34.07 
 
 
253 aa  106  4e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000416211 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3128  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  30.17 
 
 
332 aa  106  4e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3392  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  30.24 
 
 
266 aa  106  4e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14850  type 4 fimbrial biogenesis protein PilF  29.36 
 
 
252 aa  105  7e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1246  TPR repeat-containing protein  30.88 
 
 
252 aa  103  2e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.619631  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1309  type 4 fimbrial biogenesis protein PilF  29.79 
 
 
252 aa  103  2e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.553345  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2739  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  30.54 
 
 
248 aa  103  3e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1057  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  31.27 
 
 
265 aa  103  4e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0988004  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40310  type IV pilus biogenesis protein PilF  31.22 
 
 
252 aa  102  5e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003634  type IV pilus (Tfp) assembly protein PilF  31.52 
 
 
241 aa  100  2e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1184  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.88 
 
 
249 aa  100  2e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1291  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.88 
 
 
249 aa  100  2e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0420  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.88 
 
 
249 aa  100  2e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00209508 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5021  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  26.54 
 
 
295 aa  100  2e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.667321  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1217  putative fimbrial biogenesis and twitching motility protein  29.47 
 
 
237 aa  100  2e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.544829  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02493  hypothetical protein  30.43 
 
 
253 aa  99.8  4e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1116  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  33.01 
 
 
251 aa  99.4  6e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.772956  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1197  fimbrial biogenesis and twitching motility protein  32.54 
 
 
179 aa  99  7e-20  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.27638  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2870  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  32.23 
 
 
306 aa  97.4  2e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4327  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  38.07 
 
 
253 aa  96.3  4e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.813272  hitchhiker  0.000000000191123 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3016  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  32.75 
 
 
259 aa  95.9  5e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1432  hypothetical protein  29.22 
 
 
259 aa  95.9  5e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1658  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  30.36 
 
 
261 aa  95.1  9e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.311816 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1254  tetratricopeptide TPR_2  28.81 
 
 
260 aa  94.7  1e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.146515  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2852  tetratricopeptide TPR_2  35.62 
 
 
269 aa  92  7e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1503  hypothetical protein  31.49 
 
 
260 aa  91.7  1e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1088  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  25.29 
 
 
275 aa  89.7  4e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.756407  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1168  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  25.29 
 
 
275 aa  89.4  5e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3502  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  26.84 
 
 
253 aa  89  6e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2088  TPR repeat-containing protein  28.38 
 
 
259 aa  88.6  8e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.883758  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1480  hypothetical protein  30.94 
 
 
260 aa  88.6  1e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0082  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  26.47 
 
 
285 aa  86.7  3e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1779  type IV pilus assembly protein PilF  34.44 
 
 
269 aa  86.7  3e-16  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.821646  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1715  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  34.44 
 
 
269 aa  87  3e-16  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.360118  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1790  TPR repeat-containing protein  28.57 
 
 
241 aa  84.3  0.000000000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1603  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  32.46 
 
 
255 aa  82.8  0.000000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.0684116 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1931  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  32.46 
 
 
249 aa  82.8  0.000000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0417979  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3086  TPR repeat-containing protein  28.57 
 
 
254 aa  80.9  0.00000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0680  type 4 fimbrial biogenesis protein  31.53 
 
 
315 aa  78.6  0.0000000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000581719  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0481  TPR repeat-containing protein  27.18 
 
 
3145 aa  75.1  0.000000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.948354 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0650  TPR repeat-containing protein  29.47 
 
 
317 aa  73.9  0.000000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1125  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  25.94 
 
 
267 aa  74.3  0.000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.377413  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2464  TPR repeat-containing protein  31.55 
 
 
252 aa  73.2  0.000000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.545805  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2020  TPR repeat-containing protein  29.82 
 
 
243 aa  71.6  0.00000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1301  TPR repeat-containing protein  32.69 
 
 
250 aa  69.7  0.00000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02983  ATP-dependent protease La  26.54 
 
 
809 aa  67.8  0.0000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00208912  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2681  TPR domain protein  25.58 
 
 
653 aa  68.2  0.0000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2307  TPR repeat-containing protein  25.58 
 
 
653 aa  68.2  0.0000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2559  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  32.05 
 
 
250 aa  65.9  0.0000000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.125271  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2655  TPR repeat-containing protein  31.41 
 
 
250 aa  64.3  0.000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2246  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  28.74 
 
 
252 aa  63.5  0.000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.353905 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2682  TPR repeat-containing protein  27.53 
 
 
247 aa  62.8  0.000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00119913  normal  0.584749 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1233  TPR repeat-containing protein  25.79 
 
 
909 aa  62.4  0.000000008  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.161918  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2417  TPR repeat-containing protein  28.12 
 
 
762 aa  61.6  0.00000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2937  TPR repeat-containing protein  24.27 
 
 
248 aa  61.2  0.00000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000196888  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1092  TPR repeat-containing protein  26.32 
 
 
612 aa  61.2  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>