169 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Reut_A2088 on replicon NC_007347
Organism: Ralstonia eutropha JMP134



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007347  Reut_A2088  TPR repeat-containing protein  100 
 
 		 259 aa  520  1e-147  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.883758  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2108  TPR repeat-containing protein  69.5 
 
 		 258 aa  365  1e-100  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.199706 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1213  putative type 4 fimbrial biogenesis protein  55.43 
 
 		 263 aa  281  7.000000000000001e-75  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.543413  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1149  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  50.38 
 
 		 265 aa  252  4.0000000000000004e-66  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.588418  normal  0.518826 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1057  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  51.54 
 
 		 265 aa  249  2e-65  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0988004  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1870  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  43.89 
 
 		 268 aa  227  2e-58  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2309  TPR repeat-containing protein  43.4 
 
 		 278 aa  226  3e-58  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.107221  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2185  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  43.75 
 
 		 285 aa  218  8.999999999999998e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1088  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  48.23 
 
 		 275 aa  216  2.9999999999999998e-55  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.756407  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1168  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  48.23 
 
 		 275 aa  216  2.9999999999999998e-55  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1422  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  48.03 
 
 		 280 aa  215  5e-55  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.162088  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2610  tetratricopeptide TPR_2  48.12 
 
 		 269 aa  211  7.999999999999999e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.104861  normal  0.938997 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0082  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  49.57 
 
 		 285 aa  207  1e-52  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2870  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  43.08 
 
 		 306 aa  197  2.0000000000000003e-49  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5021  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  45.13 
 
 		 295 aa  181  1e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.667321  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1998  uncharacterized protein involved in fimbrial biogenesis  42.61 
 
 		 267 aa  178  1e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.151418 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0592  TPR repeat-containing pilus assembly protein PilF  37.5 
 
 		 261 aa  145  6e-34  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.83159  normal  0.24417 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3392  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  35.71 
 
 		 266 aa  144  1e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2987  TPR repeat-containing protein  33.46 
 
 		 266 aa  144  2e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1622  tetratricopeptide TPR_2  31.36 
 
 		 247 aa  115  5e-25  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00247403 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2888  type IV pilus biogenesis protein PilF, putative  33.06 
 
 		 255 aa  110  3e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1250  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  30.94 
 
 		 252 aa  102  6e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.901782  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0901  tfp pilus assembly protein PilF  29.44 
 
 		 246 aa  102  7e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2192  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  30.47 
 
 		 276 aa  99.8  4e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2050  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  30.84 
 
 		 258 aa  97.4  2e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.024552  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1432  type IV pilus biogenesis protein PilF  29.1 
 
 		 252 aa  96.7  4e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1542  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  32 
 
 		 262 aa  95.9  6e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.364125  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01054  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  32.41 
 
 		 262 aa  95.5  7e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.5978  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06112  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  32.41 
 
 		 262 aa  95.5  7e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.21949  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1288  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.17 
 
 		 262 aa  95.1  9e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1303  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.94 
 
 		 266 aa  95.1  9e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.682058  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1658  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  32.72 
 
 		 261 aa  94  2e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.311816 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2367  fimbrial biogenesis and twitching motility protein, putative  29.39 
 
 		 262 aa  92.4  6e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000000700104  normal  0.549255 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2992  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.57 
 
 		 262 aa  92  7e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00509234  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3007  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.57 
 
 		 262 aa  92  7e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000355185  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3150  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.57 
 
 		 262 aa  92  7e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0633925  hitchhiker  0.00734203 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1114  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  26.91 
 
 		 261 aa  92  8e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.22274  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1779  type IV pilus assembly protein PilF  29.02 
 
 		 269 aa  90.1  3e-17  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.821646  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2654  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.24 
 
 		 262 aa  90.5  3e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1371  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.88 
 
 		 262 aa  90.5  3e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.503899  normal  0.0591536 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14850  type 4 fimbrial biogenesis protein PilF  28.11 
 
 		 252 aa  89  6e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1227  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.43 
 
 		 262 aa  89  7e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.023902  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1166  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  30.52 
 
 		 261 aa  89  7e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.327307 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1226  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  26.97 
 
 		 262 aa  88.6  9e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0380935  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1715  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.24 
 
 		 269 aa  87.8  1e-16  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.360118  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1430  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.35 
 
 		 262 aa  87.8  2e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.14258  normal  0.202712 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1297  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.43 
 
 		 262 aa  87  3e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.276388  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1246  TPR repeat-containing protein  28.7 
 
 		 252 aa  86.3  4e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.619631  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1309  type 4 fimbrial biogenesis protein PilF  27.71 
 
 		 252 aa  86.3  5e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.553345  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1254  tetratricopeptide TPR_2  27.88 
 
 		 260 aa  85.1  0.000000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.146515  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3314  fimbrial biogenesis and twitching motility protein, putative  26.14 
 
 		 262 aa  84  0.000000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4603  Type IV pilus biogenesis protein PilF  30.63 
 
 		 252 aa  84  0.000000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1184  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  29.71 
 
 		 249 aa  82.8  0.000000000000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1603  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  34.5 
 
 		 255 aa  80.5  0.00000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0684116 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0420  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  29.29 
 
 		 249 aa  80.9  0.00000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00209508 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1291  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  29.29 
 
 		 249 aa  80.9  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3128  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.2 
 
 		 332 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3611  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  30.36 
 
 		 263 aa  80.9  0.00000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.253083 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1931  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  34.5 
 
 		 249 aa  80.5  0.00000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0417979  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02493  hypothetical protein  27.88 
 
 		 253 aa  79.7  0.00000000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4254  lysM domain-containing protein  25.68 
 
 		 524 aa  79  0.00000000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.305557  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0851  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  29.33 
 
 		 255 aa  75.9  0.0000000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1125  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.63 
 
 		 267 aa  75.5  0.0000000000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.377413  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0727  putative type 4 fimbrial biogenesis protein PilF  25.69 
 
 		 253 aa  74.7  0.000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0881  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  29.33 
 
 		 253 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.904873  normal  0.500681 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3502  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  29.69 
 
 		 253 aa  73.6  0.000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40310  type IV pilus biogenesis protein PilF  28.37 
 
 		 252 aa  73.2  0.000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0894  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  30.77 
 
 		 253 aa  71.2  0.00000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000416211 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1217  putative fimbrial biogenesis and twitching motility protein  27.23 
 
 		 237 aa  71.6  0.00000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.544829  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1256  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.46 
 
 		 261 aa  69.7  0.00000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.812098  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0680  type 4 fimbrial biogenesis protein  27.41 
 
 		 315 aa  67.4  0.0000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000581719  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003634  type IV pilus (Tfp) assembly protein PilF  26.63 
 
 		 241 aa  67.8  0.0000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1197  fimbrial biogenesis and twitching motility protein  27.11 
 
 		 179 aa  66.6  0.0000000004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.27638  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0733  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.53 
 
 		 256 aa  66.2  0.0000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0650  TPR repeat-containing protein  27.78 
 
 		 317 aa  65.1  0.000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3016  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.77 
 
 		 259 aa  64.3  0.000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1432  hypothetical protein  26.92 
 
 		 259 aa  63.5  0.000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1550  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  24.85 
 
 		 297 aa  63.2  0.000000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000389536  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1904  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  29.72 
 
 		 272 aa  61.6  0.00000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4327  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  30.77 
 
 		 253 aa  58.9  0.00000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.813272  hitchhiker  0.000000000191123 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1127  TPR domain-containing protein  32.89 
 
 		 725 aa  58.5  0.0000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2852  tetratricopeptide TPR_2  27.05 
 
 		 269 aa  57  0.0000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2739  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.8 
 
 		 248 aa  55.8  0.0000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1503  hypothetical protein  30 
 
 		 260 aa  53.5  0.000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0485  tetratricopeptide TPR_2  30.65 
 
 		 566 aa  53.1  0.000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3746  TPR repeat-containing protein  30.36 
 
 		 602 aa  52.8  0.000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.824926  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1142  TPR repeat-containing protein  28.65 
 
 		 331 aa  52.4  0.000007  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0243  TPR repeat-containing protein  29.82 
 
 		 208 aa  51.6  0.00001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.127552  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1770  TPR repeat-containing protein  25.83 
 
 		 393 aa  51.6  0.00001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.452955  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0083  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  26.54 
 
 		 2240 aa  50.8  0.00002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0391  TPR repeat-containing protein  28.36 
 
 		 606 aa  51.2  0.00002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000447314  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3086  TPR repeat-containing protein  23.81 
 
 		 254 aa  51.2  0.00002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1480  hypothetical protein  29.2 
 
 		 260 aa  50.4  0.00003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3719  TPR repeat-containing protein  28.65 
 
 		 405 aa  50.1  0.00003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0362  TPR repeat-containing protein  27.87 
 
 		 804 aa  50.1  0.00003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.587657  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3815  TPR repeat-containing protein  28.34 
 
 		 399 aa  50.4  0.00003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4728  TPR repeat-containing protein  27.37 
 
 		 718 aa  49.7  0.00004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.346608 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_20571  SAM-binding motif-containing protein  26.67 
 
 		 780 aa  49.7  0.00005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.183834 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1233  intermediate filament protein  30.93 
 
 		 573 aa  49.3  0.00007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.190296 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0190  TPR repeat-containing protein  27.98 
 
 		 601 aa  48.9  0.00007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>