240 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spro_3611 on replicon NC_009832
Organism: Serratia proteamaculans 568



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009832  Spro_3611  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  100 
 
 
263 aa  532  1e-150  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.253083 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1184  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  79.2 
 
 
249 aa  398  9.999999999999999e-111  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0420  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  79.2 
 
 
249 aa  399  9.999999999999999e-111  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00209508 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1291  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  79.2 
 
 
249 aa  399  9.999999999999999e-111  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1256  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  66 
 
 
261 aa  328  4e-89  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.812098  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3016  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  68.97 
 
 
259 aa  303  2.0000000000000002e-81  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2739  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  60.8 
 
 
248 aa  293  2e-78  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1116  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  61.57 
 
 
251 aa  285  5e-76  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.772956  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0727  putative type 4 fimbrial biogenesis protein PilF  37.14 
 
 
253 aa  154  1e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1217  putative fimbrial biogenesis and twitching motility protein  39.17 
 
 
237 aa  138  8.999999999999999e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.544829  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003634  type IV pilus (Tfp) assembly protein PilF  36.13 
 
 
241 aa  135  5e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1303  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  35.34 
 
 
266 aa  135  8e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.682058  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02493  hypothetical protein  34.03 
 
 
253 aa  134  9.999999999999999e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1226  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  33.86 
 
 
262 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0380935  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1430  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  34.6 
 
 
262 aa  132  5e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.14258  normal  0.202712 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1297  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  35.06 
 
 
262 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.276388  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3007  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  34 
 
 
262 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000355185  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3150  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  34 
 
 
262 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0633925  hitchhiker  0.00734203 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2992  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  34 
 
 
262 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00509234  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1114  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  32.05 
 
 
261 aa  129  6e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.22274  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1227  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  34.48 
 
 
262 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.023902  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1371  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  34.63 
 
 
262 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.503899  normal  0.0591536 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2367  fimbrial biogenesis and twitching motility protein, putative  33.59 
 
 
262 aa  125  8.000000000000001e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000000700104  normal  0.549255 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3314  fimbrial biogenesis and twitching motility protein, putative  33.2 
 
 
262 aa  124  1e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4254  lysM domain-containing protein  31.37 
 
 
524 aa  123  3e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.305557  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2654  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  32.68 
 
 
262 aa  123  3e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1288  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  31.5 
 
 
262 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3128  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  32.08 
 
 
332 aa  119  7e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1166  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  33.49 
 
 
261 aa  117  1.9999999999999998e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.327307 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1542  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  31.54 
 
 
262 aa  117  3e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.364125  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0901  tfp pilus assembly protein PilF  34.5 
 
 
246 aa  117  3e-25  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1254  tetratricopeptide TPR_2  31.02 
 
 
260 aa  115  6e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.146515  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1250  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  30.6 
 
 
252 aa  107  2e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.901782  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2050  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  30.04 
 
 
258 aa  103  2e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.024552  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0733  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  29.58 
 
 
256 aa  102  6e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2888  type IV pilus biogenesis protein PilF, putative  28.46 
 
 
255 aa  100  2e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0881  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  29.24 
 
 
253 aa  99.4  6e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.904873  normal  0.500681 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2185  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.96 
 
 
285 aa  97.8  2e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1432  type IV pilus biogenesis protein PilF  27.78 
 
 
252 aa  97.1  3e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0851  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.81 
 
 
255 aa  96.3  4e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1503  hypothetical protein  35.4 
 
 
260 aa  94  2e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1480  hypothetical protein  31.75 
 
 
260 aa  93.2  4e-18  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40310  type IV pilus biogenesis protein PilF  31.56 
 
 
252 aa  93.2  4e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0592  TPR repeat-containing pilus assembly protein PilF  32.35 
 
 
261 aa  92.4  6e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.83159  normal  0.24417 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2192  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  29.08 
 
 
276 aa  92.4  7e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06112  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  31.88 
 
 
262 aa  89.7  4e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.21949  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1246  TPR repeat-containing protein  28.64 
 
 
252 aa  89.7  4e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.619631  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1622  tetratricopeptide TPR_2  30.29 
 
 
247 aa  89.7  4e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00247403 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01054  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  31.88 
 
 
262 aa  89.7  4e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.5978  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0894  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  29.24 
 
 
253 aa  89.7  5e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000416211 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4603  Type IV pilus biogenesis protein PilF  30.38 
 
 
252 aa  89.7  5e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1715  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  33.97 
 
 
269 aa  87.8  1e-16  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.360118  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1197  fimbrial biogenesis and twitching motility protein  29.82 
 
 
179 aa  88.2  1e-16  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.27638  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1779  type IV pilus assembly protein PilF  34.13 
 
 
269 aa  87.4  2e-16  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.821646  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14850  type 4 fimbrial biogenesis protein PilF  29.51 
 
 
252 aa  86.7  3e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2309  TPR repeat-containing protein  26.91 
 
 
278 aa  85.1  0.000000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.107221  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3392  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.31 
 
 
266 aa  85.1  0.000000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2987  TPR repeat-containing protein  27.55 
 
 
266 aa  84.3  0.000000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1998  uncharacterized protein involved in fimbrial biogenesis  29.02 
 
 
267 aa  84  0.000000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.151418 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1309  type 4 fimbrial biogenesis protein PilF  28.69 
 
 
252 aa  83.6  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.553345  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1213  putative type 4 fimbrial biogenesis protein  29.05 
 
 
263 aa  83.6  0.000000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.543413  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1168  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.1 
 
 
275 aa  82.4  0.000000000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1088  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.1 
 
 
275 aa  82.4  0.000000000000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.756407  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2852  tetratricopeptide TPR_2  30.45 
 
 
269 aa  82.4  0.000000000000007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1149  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.76 
 
 
265 aa  81.6  0.00000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.588418  normal  0.518826 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1057  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.82 
 
 
265 aa  81.6  0.00000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0988004  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1422  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  30.04 
 
 
280 aa  81.6  0.00000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.162088  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1658  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  32.04 
 
 
261 aa  79.7  0.00000000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.311816 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4327  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.81 
 
 
253 aa  79.7  0.00000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.813272  hitchhiker  0.000000000191123 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3502  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.06 
 
 
253 aa  79  0.00000000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2088  TPR repeat-containing protein  30.36 
 
 
259 aa  77.8  0.0000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.883758  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2870  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  29.78 
 
 
306 aa  77.4  0.0000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1432  hypothetical protein  28.63 
 
 
259 aa  77.4  0.0000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02983  ATP-dependent protease La  30.86 
 
 
809 aa  76.6  0.0000000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00208912  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2108  TPR repeat-containing protein  27.2 
 
 
258 aa  75.9  0.0000000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.199706 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5021  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  25.37 
 
 
295 aa  75.5  0.0000000000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.667321  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1870  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  25.19 
 
 
268 aa  75.1  0.000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2610  tetratricopeptide TPR_2  26.77 
 
 
269 aa  72.8  0.000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.104861  normal  0.938997 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1790  TPR repeat-containing protein  27.92 
 
 
241 aa  70.5  0.00000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1125  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  26.14 
 
 
267 aa  63.2  0.000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.377413  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0481  TPR repeat-containing protein  29.63 
 
 
3145 aa  62.8  0.000000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.948354 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1931  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  29.36 
 
 
249 aa  61.2  0.00000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0417979  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1603  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  29.36 
 
 
255 aa  61.2  0.00000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.0684116 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0680  type 4 fimbrial biogenesis protein  27.17 
 
 
315 aa  59.7  0.00000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000581719  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0650  TPR repeat-containing protein  24.72 
 
 
317 aa  58.2  0.0000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1620  TPR repeat-containing protein  27.46 
 
 
900 aa  58.5  0.0000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3605  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  27.8 
 
 
248 aa  57.8  0.0000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1106  TPR repeat-containing protein  31.82 
 
 
605 aa  57  0.0000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000356395  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0471  TPR repeat-containing protein  29.46 
 
 
1297 aa  56.6  0.0000004  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0082  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.85 
 
 
285 aa  56.2  0.0000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1550  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  26.32 
 
 
297 aa  55.8  0.0000007  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000389536  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1904  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  32.1 
 
 
272 aa  55.1  0.000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3194  O-GlcNAc transferase, p110 subunit  29.28 
 
 
349 aa  54.7  0.000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.756541  hitchhiker  0.0088423 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1618  TPR repeat-containing protein  34.78 
 
 
586 aa  53.9  0.000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.73577 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0691  PEP-CTERM system TPR-repeat lipoprotein  31.1 
 
 
883 aa  54.7  0.000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.953113 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1170  cellulose synthase domain-containing protein  33.33 
 
 
1271 aa  54.3  0.000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.456707  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1536  TPR domain-containing protein  35.16 
 
 
174 aa  53.5  0.000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0122  glycosyl transferase, group 1  29.86 
 
 
3301 aa  52.4  0.000008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.326818 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2937  TPR repeat-containing protein  27.64 
 
 
248 aa  52.4  0.000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000196888  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3197  O-GlcNAc transferase, p110 subunit  35.05 
 
 
395 aa  52  0.000009  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.187148  normal  0.017581 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>