228 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1197 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_1197  auxin efflux carrier  100 
 
 		 322 aa  634    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.793167  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1282  auxin efflux carrier  56.05 
 
 		 322 aa  320  1.9999999999999998e-86  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000676976 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3295  auxin efflux carrier  54.72 
 
 		 320 aa  318  1e-85  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0975873  decreased coverage  0.0000962447 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1219  Auxin Efflux Carrier  55.03 
 
 		 320 aa  316  3e-85  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0781123  normal  0.077527 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1105  transporter, putative  53.14 
 
 		 320 aa  315  6e-85  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.423026 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1171  auxin efflux carrier  52.83 
 
 		 320 aa  315  8e-85  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.864828  normal  0.026682 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1105  auxin efflux carrier  52.83 
 
 		 320 aa  315  9e-85  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.514443 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3152  auxin efflux carrier  54.72 
 
 		 320 aa  313  1.9999999999999998e-84  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00120095  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3150  auxin efflux carrier  53.77 
 
 		 320 aa  311  9e-84  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.858662  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3358  auxin efflux carrier  54.66 
 
 		 325 aa  310  2e-83  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0125073 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2770  auxin efflux carrier  54.09 
 
 		 320 aa  308  1.0000000000000001e-82  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.600213  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3461  transporter, putative  50.63 
 
 		 319 aa  302  5.000000000000001e-81  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1044  auxin efflux carrier  53.89 
 
 		 322 aa  296  4e-79  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1189  auxin efflux carrier  50.15 
 
 		 332 aa  295  6e-79  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000379435  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1027  transporter, putative  45.83 
 
 		 315 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1323  Auxin Efflux Carrier  35.74 
 
 		 337 aa  181  1e-44  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00589859 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1673  auxin efflux carrier  34.7 
 
 		 321 aa  164  2.0000000000000002e-39  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.719295  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0880  hypothetical protein  32.37 
 
 		 317 aa  147  3e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.0000000000839852  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7123  Auxin Efflux Carrier  30.55 
 
 		 314 aa  123  4e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0241  malonate transporter  29.9 
 
 		 314 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2042  auxin efflux carrier  30.63 
 
 		 313 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00987949  normal  0.16087 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2559  auxin efflux carrier  29.15 
 
 		 309 aa  109  6e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.324352 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1917  auxin efflux carrier  28.43 
 
 		 310 aa  107  2e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4098  auxin efflux carrier  29.06 
 
 		 319 aa  106  5e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.694441  normal  0.0141953 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4559  auxin efflux carrier  30 
 
 		 372 aa  106  5e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.418234  normal  0.987668 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2077  Auxin Efflux Carrier  29.97 
 
 		 327 aa  105  1e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.393578  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44490  Auxin efflux carrier family protein  29.5 
 
 		 311 aa  101  1e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2889  auxin efflux carrier  28.53 
 
 		 313 aa  101  1e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.592206  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3450  auxin efflux carrier  28.34 
 
 		 307 aa  100  2e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.476606 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0636  auxin efflux carrier  30.26 
 
 		 309 aa  101  2e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.233564  normal  0.128937 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2420  Auxin Efflux Carrier  27.73 
 
 		 317 aa  101  2e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.267139 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2027  putative malonate transporter  25.96 
 
 		 312 aa  99.4  7e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1724  auxin efflux carrier  30.6 
 
 		 311 aa  97.1  4e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0755332  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1405  putative transporter  29.43 
 
 		 311 aa  94.4  3e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.419284  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0051  auxin efflux carrier  26.92 
 
 		 313 aa  93.6  4e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1383  Auxin Efflux Carrier  28.57 
 
 		 290 aa  93.2  5e-18  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1641  Auxin Efflux Carrier  26.07 
 
 		 320 aa  93.2  5e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.206131  normal  0.299432 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1828  Auxin Efflux Carrier  25.79 
 
 		 320 aa  92.8  7e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.255201  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2945  Auxin Efflux Carrier  25.8 
 
 		 318 aa  91.7  2e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0559  auxin efflux carrier  29.5 
 
 		 316 aa  90.9  3e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1422  auxin efflux carrier  27.1 
 
 		 320 aa  90.9  3e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0882088  normal  0.0189888 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0152  Auxin Efflux Carrier  26.32 
 
 		 311 aa  90.1  4e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.357013  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3839  auxin efflux carrier  26.92 
 
 		 313 aa  89.7  6e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0129  malonate transporter, putative  30.75 
 
 		 330 aa  89.7  6e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0280835 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5865  Auxin Efflux Carrier  26.42 
 
 		 306 aa  88.6  1e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4042  auxin efflux carrier  30.03 
 
 		 311 aa  88.2  2e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.847384 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0851  AEC family transporter  27.02 
 
 		 309 aa  87.4  3e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0399976  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2510  auxin efflux carrier  27.02 
 
 		 309 aa  87.4  3e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.894975 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3124  auxin efflux carrier  27.16 
 
 		 309 aa  86.7  5e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.757065  hitchhiker  0.00154101 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4086  Auxin Efflux Carrier  24.55 
 
 		 315 aa  85.5  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3829  auxin efflux carrier  28.57 
 
 		 311 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.294332  normal  0.579025 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4406  Auxin Efflux Carrier  24.55 
 
 		 315 aa  84.7  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0140  auxin efflux carrier  26.95 
 
 		 309 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2616  auxin efflux carrier  24.52 
 
 		 315 aa  83.2  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.159278  normal  0.699777 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0109  auxin efflux carrier  26.92 
 
 		 311 aa  82.8  0.000000000000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2844  auxin efflux carrier  24.33 
 
 		 317 aa  82  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2628  auxin efflux carrier  24.67 
 
 		 340 aa  81.3  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.926353  decreased coverage  0.0000380487 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1225  transporter, auxin efflux carrier (AEC) family protein  28.39 
 
 		 313 aa  80.9  0.00000000000002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000182146 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3677  Auxin Efflux Carrier  26.06 
 
 		 308 aa  81.3  0.00000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3424  auxin efflux carrier  24.67 
 
 		 314 aa  80.9  0.00000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3876  auxin efflux carrier  26.4 
 
 		 318 aa  80.9  0.00000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.573481  normal  0.565732 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3864  auxin efflux carrier  29.47 
 
 		 318 aa  80.9  0.00000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.256165 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4150  putative malonate transporter  27.3 
 
 		 317 aa  80.1  0.00000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.172625  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2483  Auxin Efflux Carrier  27.07 
 
 		 305 aa  79.7  0.00000000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.315761  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3137  Auxin Efflux Carrier  29.47 
 
 		 318 aa  79.7  0.00000000000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0378351  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4280  auxin efflux carrier  26.88 
 
 		 330 aa  79  0.0000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.182755 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0360  auxin efflux carrier  27.74 
 
 		 311 aa  77.8  0.0000000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.335711  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1613  permease  26.37 
 
 		 314 aa  77  0.0000000000004  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.734306  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0581  Auxin Efflux Carrier  28.57 
 
 		 307 aa  76.3  0.0000000000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1242  auxin efflux carrier  26.88 
 
 		 319 aa  75.9  0.0000000000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.115852  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1709  auxin efflux carrier  26.02 
 
 		 304 aa  75.1  0.000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.203073 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3888  auxin efflux carrier  26.12 
 
 		 307 aa  74.3  0.000000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3161  Auxin Efflux Carrier  24.48 
 
 		 309 aa  73.6  0.000000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.303003  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4722  hypothetical protein  27.8 
 
 		 307 aa  73.2  0.000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19050  predicted permease  27.63 
 
 		 326 aa  72.8  0.000000000007  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.975831  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0722  Auxin Efflux Carrier  28.12 
 
 		 337 aa  72.8  0.000000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0128  permease  21.07 
 
 		 315 aa  72  0.00000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.20856  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1893  auxin efflux carrier  29.43 
 
 		 302 aa  71.6  0.00000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.288901  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2164  auxin efflux carrier  27.81 
 
 		 321 aa  71.6  0.00000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.232164  normal  0.102668 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1629  auxin efflux carrier  21.38 
 
 		 315 aa  70.9  0.00000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2979  auxin efflux carrier  24.05 
 
 		 309 aa  70.5  0.00000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.402882 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3205  Auxin Efflux Carrier  24.05 
 
 		 309 aa  70.9  0.00000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3479  Auxin Efflux Carrier  27.6 
 
 		 309 aa  70.5  0.00000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0872  auxin efflux carrier  25.55 
 
 		 308 aa  70.1  0.00000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2254  auxin efflux carrier  27.1 
 
 		 308 aa  70.1  0.00000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.984724  normal  0.611855 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1866  Auxin Efflux Carrier  26.14 
 
 		 347 aa  69.3  0.00000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2607  auxin efflux carrier  26.58 
 
 		 319 aa  69.7  0.00000000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.10012  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49900  permease  28.57 
 
 		 377 aa  69.3  0.00000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.058462  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0308  Auxin Efflux Carrier  27.13 
 
 		 305 aa  69.3  0.00000000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000511331  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3639  auxin efflux carrier  27.92 
 
 		 316 aa  69.3  0.00000000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1322  auxin efflux carrier  21.32 
 
 		 324 aa  68.6  0.0000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0289  Auxin Efflux Carrier  25.95 
 
 		 305 aa  68.6  0.0000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5424  Auxin Efflux Carrier  27.78 
 
 		 309 aa  68.9  0.0000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.259167  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5119  auxin efflux carrier  25.97 
 
 		 362 aa  66.6  0.0000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.95145  normal  0.866321 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3872  Auxin Efflux Carrier  27.24 
 
 		 308 aa  66.2  0.0000000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.647471  hitchhiker  0.00461263 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4474  auxin efflux carrier  27.59 
 
 		 321 aa  65.5  0.000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.572232  normal  0.0637795 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2219  Auxin Efflux Carrier  26.05 
 
 		 312 aa  64.7  0.000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0295  auxin efflux carrier  27.39 
 
 		 315 aa  65.1  0.000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_30060  predicted permease  26.75 
 
 		 306 aa  65.1  0.000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0523  auxin efflux carrier  26.62 
 
 		 350 aa  64.3  0.000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0807881  hitchhiker  0.00301444 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>