262 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1282 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_1282  auxin efflux carrier  100 
 
 		 322 aa  634    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000676976 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3358  auxin efflux carrier  69.54 
 
 		 325 aa  435  1e-121  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0125073 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1219  Auxin Efflux Carrier  62.46 
 
 		 320 aa  379  1e-104  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0781123  normal  0.077527 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3150  auxin efflux carrier  61.83 
 
 		 320 aa  378  1e-104  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.858662  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3152  auxin efflux carrier  62.15 
 
 		 320 aa  379  1e-104  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00120095  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3295  auxin efflux carrier  61.51 
 
 		 320 aa  377  1e-103  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0975873  decreased coverage  0.0000962447 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1171  auxin efflux carrier  60.88 
 
 		 320 aa  368  1e-101  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.864828  normal  0.026682 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2770  auxin efflux carrier  61.2 
 
 		 320 aa  369  1e-101  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.600213  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1105  auxin efflux carrier  60.57 
 
 		 320 aa  367  1e-100  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.514443 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1105  transporter, putative  60.88 
 
 		 320 aa  367  1e-100  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.423026 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3461  transporter, putative  58.36 
 
 		 319 aa  353  2.9999999999999997e-96  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1044  auxin efflux carrier  58.51 
 
 		 322 aa  344  1e-93  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1189  auxin efflux carrier  54.41 
 
 		 332 aa  335  3.9999999999999995e-91  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000379435  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1197  auxin efflux carrier  56.05 
 
 		 322 aa  277  2e-73  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.793167  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1027  transporter, putative  45.07 
 
 		 315 aa  217  2e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1323  Auxin Efflux Carrier  32.4 
 
 		 337 aa  167  2e-40  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00589859 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1673  auxin efflux carrier  31.86 
 
 		 321 aa  165  8e-40  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.719295  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0880  hypothetical protein  31.67 
 
 		 317 aa  152  8e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.0000000000839852  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7123  Auxin Efflux Carrier  30.38 
 
 		 314 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0241  malonate transporter  29.41 
 
 		 314 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2420  Auxin Efflux Carrier  29.77 
 
 		 317 aa  127  4.0000000000000003e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.267139 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2889  auxin efflux carrier  29.03 
 
 		 313 aa  121  9.999999999999999e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.592206  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2077  Auxin Efflux Carrier  29.58 
 
 		 327 aa  122  9.999999999999999e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.393578  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4098  auxin efflux carrier  28.44 
 
 		 319 aa  119  6e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.694441  normal  0.0141953 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2042  auxin efflux carrier  28.12 
 
 		 313 aa  114  3e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00987949  normal  0.16087 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1724  auxin efflux carrier  30.72 
 
 		 311 aa  113  4.0000000000000004e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0755332  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2027  putative malonate transporter  28.16 
 
 		 312 aa  113  5e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0109  auxin efflux carrier  30.32 
 
 		 311 aa  108  9.000000000000001e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3876  auxin efflux carrier  29.52 
 
 		 318 aa  108  1e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.573481  normal  0.565732 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0152  Auxin Efflux Carrier  27.44 
 
 		 311 aa  108  1e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.357013  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1828  Auxin Efflux Carrier  27.16 
 
 		 320 aa  107  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.255201  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1917  auxin efflux carrier  26.75 
 
 		 310 aa  107  3e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0051  auxin efflux carrier  27.12 
 
 		 313 aa  104  2e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1405  putative transporter  27.95 
 
 		 311 aa  102  7e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.419284  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0851  AEC family transporter  27.74 
 
 		 309 aa  100  3e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0399976  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3450  auxin efflux carrier  27.18 
 
 		 307 aa  100  3e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.476606 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2510  auxin efflux carrier  27.74 
 
 		 309 aa  100  3e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.894975 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4559  auxin efflux carrier  26.9 
 
 		 372 aa  100  4e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.418234  normal  0.987668 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1422  auxin efflux carrier  26.32 
 
 		 320 aa  100  4e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0882088  normal  0.0189888 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1641  Auxin Efflux Carrier  26.67 
 
 		 320 aa  98.6  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.206131  normal  0.299432 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3124  auxin efflux carrier  26.8 
 
 		 309 aa  97.4  3e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.757065  hitchhiker  0.00154101 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0140  auxin efflux carrier  27.12 
 
 		 309 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0636  auxin efflux carrier  27.8 
 
 		 309 aa  94.4  2e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.233564  normal  0.128937 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0009  auxin efflux carrier  26.67 
 
 		 315 aa  93.2  5e-18  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000222862 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2945  Auxin Efflux Carrier  22.98 
 
 		 318 aa  92.8  7e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4042  auxin efflux carrier  26.62 
 
 		 311 aa  92.4  8e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.847384 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2559  auxin efflux carrier  27.48 
 
 		 309 aa  92.4  9e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.324352 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3829  auxin efflux carrier  26.54 
 
 		 311 aa  92  1e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.294332  normal  0.579025 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44490  Auxin efflux carrier family protein  27.22 
 
 		 311 aa  92.4  1e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5865  Auxin Efflux Carrier  25.66 
 
 		 306 aa  92  1e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2607  auxin efflux carrier  28.26 
 
 		 319 aa  90.5  3e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.10012  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1242  auxin efflux carrier  27.41 
 
 		 319 aa  90.5  3e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.115852  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1613  permease  28.35 
 
 		 314 aa  89.7  6e-17  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.734306  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1225  transporter, auxin efflux carrier (AEC) family protein  29.56 
 
 		 313 aa  88.6  1e-16  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000182146 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4150  putative malonate transporter  25.24 
 
 		 317 aa  87.4  3e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.172625  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2628  auxin efflux carrier  23.15 
 
 		 340 aa  86.3  6e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.926353  decreased coverage  0.0000380487 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0261  transporter, auxin efflux carrier (AEC) family protein  26.02 
 
 		 318 aa  85.9  8e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1629  auxin efflux carrier  23.53 
 
 		 315 aa  85.5  0.000000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0559  auxin efflux carrier  28.77 
 
 		 316 aa  84  0.000000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3957  auxin efflux carrier  25.71 
 
 		 318 aa  84.3  0.000000000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.049137  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2844  auxin efflux carrier  21.54 
 
 		 317 aa  84  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3650  auxin efflux carrier (AEC) family transporter  25.71 
 
 		 318 aa  84.3  0.000000000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.428256 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3839  auxin efflux carrier  23.75 
 
 		 313 aa  84  0.000000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0581  Auxin Efflux Carrier  29.02 
 
 		 307 aa  84.3  0.000000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2616  auxin efflux carrier  23.23 
 
 		 315 aa  83.6  0.000000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.159278  normal  0.699777 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3915  auxin efflux carrier  25.46 
 
 		 313 aa  84  0.000000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.117421  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3864  auxin efflux carrier  28.48 
 
 		 318 aa  83.6  0.000000000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.256165 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3137  Auxin Efflux Carrier  28.48 
 
 		 318 aa  82.8  0.000000000000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0378351  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0128  permease  22.44 
 
 		 315 aa  82.8  0.000000000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.20856  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3161  Auxin Efflux Carrier  22.83 
 
 		 309 aa  81.3  0.00000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.303003  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0129  malonate transporter, putative  27.9 
 
 		 330 aa  80.5  0.00000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0280835 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3205  Auxin Efflux Carrier  22.51 
 
 		 309 aa  78.2  0.0000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49900  permease  26.54 
 
 		 377 aa  78.2  0.0000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.058462  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2979  auxin efflux carrier  22.51 
 
 		 309 aa  78.6  0.0000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.402882 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3424  auxin efflux carrier  21.78 
 
 		 314 aa  78.2  0.0000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0722  Auxin Efflux Carrier  26.63 
 
 		 337 aa  77  0.0000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3888  auxin efflux carrier  23.86 
 
 		 307 aa  76.3  0.0000000000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1866  Auxin Efflux Carrier  25.36 
 
 		 347 aa  76.3  0.0000000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4040  Auxin Efflux Carrier  21 
 
 		 318 aa  75.1  0.000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2483  Auxin Efflux Carrier  23.15 
 
 		 305 aa  74.7  0.000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.315761  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3856  Auxin Efflux Carrier  22.29 
 
 		 318 aa  73.6  0.000000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0130  Auxin Efflux Carrier  25.93 
 
 		 318 aa  73.2  0.000000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_12560  predicted permease  24.77 
 
 		 308 aa  73.2  0.000000000006  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.270309  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4280  auxin efflux carrier  27.5 
 
 		 330 aa  72.8  0.000000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.182755 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2360  auxin efflux carrier  27.08 
 
 		 305 aa  72.4  0.000000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.630214  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5119  auxin efflux carrier  25.47 
 
 		 362 aa  72  0.00000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.95145  normal  0.866321 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3912  Auxin Efflux Carrier  22.84 
 
 		 302 aa  71.2  0.00000000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0122  Auxin Efflux Carrier  24.25 
 
 		 318 aa  71.6  0.00000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2105  Auxin Efflux Carrier  27.4 
 
 		 307 aa  71.2  0.00000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3774  auxin efflux carrier  26.56 
 
 		 319 aa  71.2  0.00000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0115571 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5096  auxin efflux carrier  23.58 
 
 		 325 aa  70.9  0.00000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.630343  normal  0.353233 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3677  Auxin Efflux Carrier  22.37 
 
 		 308 aa  70.9  0.00000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0289  Auxin Efflux Carrier  25.7 
 
 		 305 aa  70.9  0.00000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3561  auxin efflux carrier  26.71 
 
 		 315 aa  69.3  0.00000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1431  auxin efflux carrier  24.84 
 
 		 305 aa  68.6  0.0000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00125479  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19050  predicted permease  24.92 
 
 		 326 aa  67.8  0.0000000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.975831  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4474  auxin efflux carrier  27.56 
 
 		 321 aa  68.6  0.0000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.572232  normal  0.0637795 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1383  Auxin Efflux Carrier  24.57 
 
 		 290 aa  67.4  0.0000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3917  auxin efflux carrier  26.32 
 
 		 310 aa  67.4  0.0000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.250713  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6747  auxin efflux carrier  21.86 
 
 		 313 aa  67.8  0.0000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>