More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_3650 on replicon NC_007494
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007494  RSP_3650  periplasmic serine protease (ClpP class)  100 
 
 		 305 aa  581  1.0000000000000001e-165  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1647  peptidase  90.43 
 
 		 319 aa  478  1e-134  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.48395  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2584  peptidase S49  93.58 
 
 		 327 aa  444  1.0000000000000001e-124  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000432276 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1752  peptidase S49  39.07 
 
 		 314 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.341748 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1623  serine peptidase  36.56 
 
 		 315 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0324508  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0104  peptidase S49  36.63 
 
 		 461 aa  112  5e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3861  peptidase S49  38.2 
 
 		 300 aa  106  6e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.952251  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0282  peptidase S49  38.43 
 
 		 299 aa  100  2e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.348409  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0057  peptidase S49  34.62 
 
 		 321 aa  93.6  4e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0181813  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2894  serine peptidase  32.81 
 
 		 392 aa  90.1  4e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.646228 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1546  peptidase S49  37.44 
 
 		 445 aa  89  8e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2225  S49 family peptidase  32.63 
 
 		 436 aa  88.2  1e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0230467  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2574  serine peptidase  34.82 
 
 		 418 aa  87  4e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.195998 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1326  serine peptidase  35.27 
 
 		 436 aa  85.9  7e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0433516 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2046  serine peptidase  35.27 
 
 		 433 aa  85.5  0.000000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.075058 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1261  serine peptidase  35.27 
 
 		 418 aa  84.7  0.000000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.361158 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2745  serine peptidase  32.02 
 
 		 410 aa  84  0.000000000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00202939 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2816  serine peptidase  32.59 
 
 		 433 aa  84  0.000000000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1004  serine peptidase  33.18 
 
 		 402 aa  83.6  0.000000000000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0242585 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1618  serine peptidase  30.31 
 
 		 316 aa  80.5  0.00000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.439496  normal  0.582479 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3173  peptidase S49  34.18 
 
 		 781 aa  80.5  0.00000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.792634 
 
 
-
 
CP001509  ECD_10039  capsid component  31.28 
 
 		 439 aa  79.3  0.00000000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00734  hypothetical protein  31.28 
 
 		 439 aa  79.3  0.00000000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1623  minor capsid protein C  31.45 
 
 		 439 aa  79  0.0000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0216288 
 
 
-
 
NC_010507  Mrad2831_6530  peptidase S49  34.5 
 
 		 374 aa  79  0.0000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1786  minor capsid protein C  31.45 
 
 		 439 aa  79  0.0000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.05918 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2094  peptidase S49  31.28 
 
 		 439 aa  77.8  0.0000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00430491  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0894  head-tail preconnector protein GP5  30.4 
 
 		 501 aa  75.9  0.0000000000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3360  peptidase S49  38.07 
 
 		 451 aa  74.7  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.545404 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3784  serine peptidase  38.07 
 
 		 448 aa  74.7  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1997  peptidase S49  40 
 
 		 302 aa  74.7  0.000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.862209  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3878  phage minor capsid protein C, putative  29.41 
 
 		 323 aa  72.8  0.000000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0107008 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3627  serine peptidase  37.06 
 
 		 448 aa  71.6  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.490835  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1289  head-tail preconnector protein GP5  30.13 
 
 		 501 aa  71.6  0.00000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1457  head-tail preconnector protein GP5  30.4 
 
 		 501 aa  71.6  0.00000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2774  head-tail preconnector protein GP5  29.96 
 
 		 501 aa  70.9  0.00000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.821156  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1189  head-tail preconnector protein GP5  29.96 
 
 		 501 aa  70.9  0.00000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3206  peptidase S49  29.57 
 
 		 441 aa  70.1  0.00000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0026  peptidase S49  31.06 
 
 		 417 aa  70.1  0.00000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0292498  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01981  hypothetical protein  28.81 
 
 		 450 aa  69.7  0.00000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2812  gifsy-1 prophage head-tail preconnector gp5  30.64 
 
 		 498 aa  68.6  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.779132 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1819  periplasmic serine proteases  31.6 
 
 		 383 aa  68.6  0.0000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0032  signal peptide peptidase SppA, 36K type  30.34 
 
 		 371 aa  67.4  0.0000000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.557774  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1881  signal peptide peptidase SppA, 67K type  28.02 
 
 		 298 aa  66.6  0.0000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000971573  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3063  serine peptidase  30.32 
 
 		 293 aa  66.2  0.0000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.011289  hitchhiker  0.0000979996 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0858  bacteriophage-like protein  32.2 
 
 		 416 aa  66.2  0.0000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0571682 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0863  peptidase S49  32.04 
 
 		 552 aa  65.9  0.0000000009  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1657  peptidase S49  29.1 
 
 		 301 aa  65.5  0.000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.954617  normal  0.14225 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4143  peptidase S49  37.44 
 
 		 481 aa  64.3  0.000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.437804  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2462  peptidase S49, protease IV  30.77 
 
 		 609 aa  65.1  0.000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.67824  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1750  signal peptide peptidase A  30.11 
 
 		 301 aa  64.3  0.000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.137961 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1261  peptidase S49  30 
 
 		 522 aa  64.3  0.000000003  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.21154 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7143  peptidase S49  42.47 
 
 		 311 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00588765 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1744  Acid phosphatase  28.12 
 
 		 566 aa  63.9  0.000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0430811 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2661  prophage LambdaMc01, U7 family peptidase  35.02 
 
 		 408 aa  63.5  0.000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.349461  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2497  signal peptide peptidase SppA, 36K type  33.33 
 
 		 295 aa  63.5  0.000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.609347  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1819  signal peptide peptidase SppA, 36K type  32.77 
 
 		 571 aa  63.5  0.000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0408737 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3671  signal peptide peptidase A  28.95 
 
 		 322 aa  63.5  0.000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2091  S49 family peptidase  27.31 
 
 		 288 aa  63.5  0.000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2314  Periplasmic serine proteases (ClpP class)  29.43 
 
 		 306 aa  63.5  0.000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.281542  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0060  signal peptide peptidase SppA, 36K type  30.3 
 
 		 316 aa  63.2  0.000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01643  signal peptide peptidase SppA, 67K type  30.73 
 
 		 621 aa  62.8  0.000000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.20854  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2551  signal peptide peptidase SppA, 36K type  25.68 
 
 		 295 aa  62.4  0.00000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.210829  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1234  signal peptide peptidase SppA, 36K type  29.63 
 
 		 260 aa  61.6  0.00000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0680  peptidase S49  25.89 
 
 		 463 aa  60.8  0.00000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.415675  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0044  signal peptide peptidase SppA, 36K type  30.81 
 
 		 316 aa  61.2  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.316268  normal  0.230689 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2460  peptidase S49  42.62 
 
 		 461 aa  60.5  0.00000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0725  signal peptide peptidase SppA, 36K type  25.95 
 
 		 335 aa  60.8  0.00000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2119  signal peptide peptidase SppA, 36K type  27.13 
 
 		 290 aa  60.5  0.00000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.562028  unclonable  0.00000986804 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3877  signal peptide peptidase SppA, 67K type  30.65 
 
 		 656 aa  60.5  0.00000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.725611  normal  0.0235537 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0697  signal peptide peptidase A  28.02 
 
 		 340 aa  60.1  0.00000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0020  signal peptide peptidase SppA, 36K type  30.69 
 
 		 319 aa  60.1  0.00000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000184229 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0148  signal peptide peptidase SppA, 36K type  31.49 
 
 		 314 aa  60.1  0.00000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2241  signal peptide peptidase SppA, 36K type  32.2 
 
 		 339 aa  59.7  0.00000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2179  signal peptide peptidase SppA, 36K type  28 
 
 		 299 aa  59.3  0.00000008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3962  signal peptide peptidase SppA, 67K type  26.88 
 
 		 605 aa  58.9  0.00000009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0602  prophage LambdaW4, minor capsid protein C, putative  29.19 
 
 		 353 aa  58.5  0.0000001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2285  signal peptide peptidase SppA, 36K type  27.13 
 
 		 298 aa  58.9  0.0000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.693274  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4597  signal peptide peptidase SppA  27.74 
 
 		 611 aa  58.9  0.0000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.129173  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2800  signal peptide peptidase SppA, 67K type  26.23 
 
 		 588 aa  58.9  0.0000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.17427 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0053  acid phosphatase  32.61 
 
 		 580 aa  57.8  0.0000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3074  signal peptide peptidase SppA, 67K type  29.07 
 
 		 590 aa  58.2  0.0000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00250927 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1718  signal peptide peptidase SppA, 67K type  27.68 
 
 		 585 aa  57  0.0000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2629  putative periplasmic protease  32.09 
 
 		 333 aa  57  0.0000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.751964  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2221  signal peptide peptidase SppA, 67K type  38.74 
 
 		 661 aa  57  0.0000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.431319 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0392  signal peptide peptidase SppA, 36K type  23.95 
 
 		 311 aa  57  0.0000004  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.163931  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0236  signal peptide peptidase SppA, 36K type  28.5 
 
 		 296 aa  56.6  0.0000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0147104  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0154  signal peptide peptidase SppA  39.02 
 
 		 331 aa  56.6  0.0000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2128  signal peptide peptidase SppA, 67K type  36.13 
 
 		 604 aa  56.2  0.0000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0149  signal peptide peptidase SppA  39.02 
 
 		 331 aa  56.6  0.0000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.415563  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0166  signal peptide peptidase SppA, 36K type  40.24 
 
 		 323 aa  56.2  0.0000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2621  peptidase S49  31.96 
 
 		 593 aa  56.2  0.0000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1694  putative periplasmic protease  27.83 
 
 		 343 aa  55.8  0.0000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0077753  normal  0.738833 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1213  signal peptide peptidase SppA, 36K type  28.25 
 
 		 291 aa  55.8  0.0000008  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1402  signal peptide peptidase SppA, 36K type  27.23 
 
 		 649 aa  55.8  0.0000008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0628867  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09290  signal peptide peptidase SppA, 36K type  28.57 
 
 		 376 aa  55.8  0.0000008  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.123416 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1223  signal peptide peptidase SppA, 67K type  27.27 
 
 		 590 aa  55.8  0.0000009  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  unclonable  0.000000375913  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1713  hypothetical protein  28.65 
 
 		 318 aa  55.5  0.000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1713  hypothetical protein  28.65 
 
 		 318 aa  55.5  0.000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1336  peptidase S49  26.79 
 
 		 247 aa  55.1  0.000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00354766 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>