More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_2629 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007404  Tbd_2629  putative periplasmic protease  100 
 
 
333 aa  664    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.751964  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1088  putative periplasmic protease  59.94 
 
 
334 aa  410  1e-113  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0973  putative periplasmic protease  59.94 
 
 
334 aa  410  1e-113  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2119  putative periplasmic protease  47.16 
 
 
337 aa  314  1.9999999999999998e-84  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000182338  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1694  putative periplasmic protease  43.41 
 
 
343 aa  311  7.999999999999999e-84  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0077753  normal  0.738833 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1651  putative periplasmic protease  43.7 
 
 
342 aa  310  2e-83  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000359076  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1193  putative periplasmic protease  46.65 
 
 
349 aa  310  2.9999999999999997e-83  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1726  putative periplasmic protease  49.07 
 
 
338 aa  306  3e-82  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0461  putative periplasmic protease  49.07 
 
 
338 aa  306  3e-82  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2013  putative periplasmic protease  47.58 
 
 
348 aa  306  4.0000000000000004e-82  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0439516  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1926  putative periplasmic protease  47.4 
 
 
348 aa  303  2.0000000000000002e-81  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2166  putative periplasmic protease  48.92 
 
 
348 aa  301  1e-80  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0622193  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2314  putative periplasmic protease  47.73 
 
 
348 aa  300  2e-80  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.454993  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2471  putative periplasmic protease  43.71 
 
 
337 aa  300  3e-80  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000173214  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2570  putative periplasmic protease  42.86 
 
 
336 aa  298  9e-80  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1925  putative periplasmic protease  45.38 
 
 
348 aa  297  1e-79  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0571162  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2036  putative periplasmic protease  45.38 
 
 
348 aa  297  1e-79  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.210716  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2306  putative periplasmic protease  45.38 
 
 
348 aa  297  1e-79  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2903  putative periplasmic protease  40.18 
 
 
343 aa  297  2e-79  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000180746  normal  0.0386673 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2659  putative periplasmic protease  47.45 
 
 
348 aa  296  4e-79  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0477819  unclonable  0.0000000288065 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1913  putative periplasmic protease  47.65 
 
 
339 aa  295  6e-79  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.786378  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1530  putative periplasmic protease  46.26 
 
 
353 aa  295  7e-79  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.00000285162  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3922  putative periplasmic protease  47.65 
 
 
339 aa  295  9e-79  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.113918  normal  0.0490355 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2407  putative periplasmic protease  43.86 
 
 
343 aa  294  1e-78  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000170796  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3556  putative periplasmic protease  47.35 
 
 
339 aa  294  1e-78  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.132568  normal  0.518214 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2394  putative periplasmic protease  44.82 
 
 
338 aa  294  2e-78  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000000216852  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3114  putative periplasmic protease  46.86 
 
 
340 aa  292  5e-78  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0953569  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003018  SohB protein peptidase U7 family  42.73 
 
 
353 aa  290  2e-77  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000939  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1530  putative periplasmic protease  43.6 
 
 
338 aa  290  3e-77  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000234628  unclonable  0.0000000000765641 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02863  putative periplasmic protease  55.83 
 
 
353 aa  290  3e-77  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0578  putative periplasmic protease  56.67 
 
 
353 aa  289  4e-77  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000048636  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0841  putative periplasmic protease  44.65 
 
 
347 aa  289  5.0000000000000004e-77  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0227554  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3211  putative periplasmic protease  45.59 
 
 
339 aa  288  6e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.888582  normal  0.61318 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01896  putative periplasmic protease  43.29 
 
 
340 aa  288  9e-77  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000105224  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2692  putative periplasmic protease  44.21 
 
 
338 aa  286  2.9999999999999996e-76  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000260799  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1470  putative periplasmic protease  43.29 
 
 
338 aa  285  7e-76  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000101356  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1536  putative periplasmic protease  43.29 
 
 
338 aa  285  1.0000000000000001e-75  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000229962  unclonable  0.0000262337 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1381  putative periplasmic protease  46.53 
 
 
349 aa  284  2.0000000000000002e-75  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1904  putative periplasmic protease  46.53 
 
 
349 aa  284  2.0000000000000002e-75  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000180069 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2356  putative periplasmic protease  46.53 
 
 
349 aa  284  2.0000000000000002e-75  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.203735  hitchhiker  0.000000387336 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01248  predicted inner membrane peptidase  46.53 
 
 
349 aa  283  3.0000000000000004e-75  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.57179  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2377  Peptidase S49 domain protein  46.53 
 
 
349 aa  283  3.0000000000000004e-75  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00026529  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2181  putative periplasmic protease  42.81 
 
 
344 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0119902  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1859  putative periplasmic protease  46.53 
 
 
349 aa  283  3.0000000000000004e-75  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000000140347 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2790  putative periplasmic protease  44.21 
 
 
338 aa  282  5.000000000000001e-75  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000021118  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1161  putative periplasmic protease  41.76 
 
 
353 aa  282  7.000000000000001e-75  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.189873  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1471  putative periplasmic protease  46.22 
 
 
349 aa  282  7.000000000000001e-75  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.251936  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1674  putative periplasmic protease  45.27 
 
 
330 aa  282  7.000000000000001e-75  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000678362  hitchhiker  0.00314277 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2713  putative periplasmic protease  44.21 
 
 
338 aa  281  8.000000000000001e-75  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000822492  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1848  putative periplasmic protease  46.83 
 
 
348 aa  281  9e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.805473  normal  0.10396 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1612  putative periplasmic protease  46.83 
 
 
348 aa  281  9e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000117623 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1430  putative periplasmic protease  46.83 
 
 
348 aa  281  9e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.28088  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1906  putative periplasmic protease  46.83 
 
 
348 aa  281  9e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000000137079 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1843  putative periplasmic protease  46.53 
 
 
348 aa  280  2e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000005383 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2933  putative periplasmic protease  43.6 
 
 
338 aa  280  2e-74  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1707  putative periplasmic protease  43.41 
 
 
347 aa  280  2e-74  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.122025 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2460  putative periplasmic protease  45.71 
 
 
340 aa  280  3e-74  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0165849  hitchhiker  0.0077968 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1496  putative periplasmic protease  45.92 
 
 
349 aa  277  2e-73  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27550  putative periplasmic protease  50.69 
 
 
342 aa  276  3e-73  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0102  putative periplasmic protease  49.07 
 
 
335 aa  276  5e-73  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1972  putative periplasmic protease  42.12 
 
 
349 aa  275  6e-73  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.114164  normal  0.766223 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1202  putative periplasmic protease  58.3 
 
 
324 aa  273  2.0000000000000002e-72  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.184937  normal  0.0260504 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1184  putative periplasmic protease  58.3 
 
 
326 aa  273  3e-72  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.084263  normal  0.0267663 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0886  putative periplasmic protease  45.28 
 
 
312 aa  272  7e-72  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2728  peptidase, U7 family  45.54 
 
 
340 aa  270  2e-71  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0917  putative periplasmic protease  44.97 
 
 
312 aa  270  2e-71  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1605  putative periplasmic protease  47.85 
 
 
334 aa  270  2e-71  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.741471  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2530  putative periplasmic protease  56.41 
 
 
339 aa  271  2e-71  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.581434  normal  0.322286 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0992  putative periplasmic protease  56 
 
 
332 aa  270  2e-71  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0462132  unclonable  0.000000000696502 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2198  putative periplasmic protease  57.45 
 
 
347 aa  269  4e-71  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000353353 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40840  putative periplasmic protease  51.67 
 
 
341 aa  268  7e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3463  putative periplasmic protease  50.93 
 
 
341 aa  267  2e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.145757  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1759  peptidase S49  44.19 
 
 
356 aa  265  1e-69  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.257491  normal  0.0518499 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2016  putative periplasmic protease  39.22 
 
 
365 aa  263  2e-69  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000438973  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0843  putative periplasmic protease  39.63 
 
 
325 aa  261  1e-68  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1897  Peptidase S49 domain protein  51.86 
 
 
347 aa  256  5e-67  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1938  putative periplasmic protease  46.01 
 
 
349 aa  243  1.9999999999999999e-63  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0332  putative periplasmic protease  54.55 
 
 
332 aa  243  1.9999999999999999e-63  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011691  PHATRDRAFT_4014  predicted protein  54.23 
 
 
216 aa  196  7e-49  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.545391  n/a   
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_5654  predicted protein  48.84 
 
 
234 aa  190  2e-47  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.221345  normal  0.32323 
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_5396  predicted protein  40.61 
 
 
165 aa  114  3e-24  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.751288  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3105  peptidase S49  40.14 
 
 
286 aa  92.8  7e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.246798 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0396  signal peptide peptidase SppA, 36K type  33.68 
 
 
325 aa  92  1e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.302309  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4371  peptidase S49  36.51 
 
 
287 aa  91.7  1e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0560  signal peptide peptidase SppA, 67K type  35.79 
 
 
596 aa  92  1e-17  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.789825 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0067  signal peptide peptidase SppA, 36K type  33.16 
 
 
325 aa  90.9  3e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2523  peptidase S49  35.27 
 
 
265 aa  90.5  3e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.829531  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3424  peptidase S49  41.04 
 
 
286 aa  90.1  4e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3297  peptidase S49  41.04 
 
 
286 aa  90.1  5e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.623968  normal  0.49449 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2179  signal peptide peptidase SppA, 36K type  34.9 
 
 
299 aa  89.7  6e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0102  S49 family peptidase  37.04 
 
 
326 aa  89.7  6e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0963  signal peptide peptidase SppA, 36K type  29.24 
 
 
547 aa  89.4  8e-17  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1560  protease  31.36 
 
 
313 aa  88.6  1e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.22727  normal  0.14187 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1434  peptidase S49  26.67 
 
 
552 aa  88.6  1e-16  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2153  peptidase S49  37.18 
 
 
285 aa  89  1e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.156713  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2757  peptidase S49  38.92 
 
 
287 aa  89  1e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0974  peptidase S49  29.22 
 
 
364 aa  87.8  2e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0652949 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2771  signal peptide peptidase SppA, 36K type  31.72 
 
 
584 aa  87.8  2e-16  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3082  peptidase S49  27.87 
 
 
360 aa  87.8  2e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3213  peptidase S49  35.71 
 
 
293 aa  87.4  3e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.00577792  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>