More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_2314 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_2314  Periplasmic serine proteases (ClpP class)  100 
 
 		 306 aa  620  1e-177  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.281542  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1657  peptidase S49  43.89 
 
 		 301 aa  235  6e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.954617  normal  0.14225 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3360  peptidase S49  44.37 
 
 		 451 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.545404 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3627  serine peptidase  44.37 
 
 		 448 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.490835  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3784  serine peptidase  44.3 
 
 		 448 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3063  serine peptidase  36.48 
 
 		 293 aa  175  8e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.011289  hitchhiker  0.0000979996 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0104  peptidase S49  37.46 
 
 		 461 aa  170  3e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2225  S49 family peptidase  34.12 
 
 		 436 aa  161  1e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0230467  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1885  peptidase S49  34.78 
 
 		 292 aa  152  8e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000297327 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1546  peptidase S49  35.44 
 
 		 445 aa  152  8e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2460  peptidase S49  35.95 
 
 		 461 aa  149  4e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010507  Mrad2831_6530  peptidase S49  37.02 
 
 		 374 aa  144  2e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2812  gifsy-1 prophage head-tail preconnector gp5  31.37 
 
 		 498 aa  144  3e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.779132 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3206  peptidase S49  32.56 
 
 		 441 aa  141  9.999999999999999e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1786  minor capsid protein C  32.23 
 
 		 439 aa  141  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.05918 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1623  minor capsid protein C  32.23 
 
 		 439 aa  141  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0216288 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01981  hypothetical protein  29.84 
 
 		 450 aa  141  1.9999999999999998e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_10039  capsid component  31.96 
 
 		 439 aa  139  7e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00734  hypothetical protein  31.96 
 
 		 439 aa  139  7e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2091  S49 family peptidase  34.56 
 
 		 288 aa  138  1e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1189  head-tail preconnector protein GP5  30.55 
 
 		 501 aa  138  1e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2774  head-tail preconnector protein GP5  30.55 
 
 		 501 aa  138  1e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.821156  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2094  peptidase S49  31.44 
 
 		 439 aa  137  2e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00430491  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1457  head-tail preconnector protein GP5  30.23 
 
 		 501 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1326  serine peptidase  30.99 
 
 		 436 aa  136  4e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0433516 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2046  serine peptidase  31.69 
 
 		 433 aa  136  5e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.075058 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3650  serine peptidase  34.19 
 
 		 323 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0894  head-tail preconnector protein GP5  29.9 
 
 		 501 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2816  serine peptidase  32.39 
 
 		 433 aa  133  3e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1289  head-tail preconnector protein GP5  29.58 
 
 		 501 aa  134  3e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1261  serine peptidase  36.71 
 
 		 418 aa  133  3e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.361158 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2745  serine peptidase  30.69 
 
 		 410 aa  132  6e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00202939 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4143  peptidase S49  33.75 
 
 		 481 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.437804  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1819  periplasmic serine proteases  35.11 
 
 		 383 aa  129  6e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2661  prophage LambdaMc01, U7 family peptidase  33.89 
 
 		 408 aa  125  1e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.349461  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2574  serine peptidase  36.23 
 
 		 418 aa  124  1e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.195998 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3878  phage minor capsid protein C, putative  29.67 
 
 		 323 aa  123  4e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0107008 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2894  serine peptidase  34.07 
 
 		 392 aa  122  6e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.646228 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1618  serine peptidase  34.4 
 
 		 316 aa  121  9.999999999999999e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.439496  normal  0.582479 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0858  bacteriophage-like protein  31.34 
 
 		 416 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0571682 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0595  peptidase S49  38.36 
 
 		 420 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0680  peptidase S49  30.92 
 
 		 463 aa  102  9e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.415675  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0602  prophage LambdaW4, minor capsid protein C, putative  33.66 
 
 		 353 aa  101  2e-20  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0697  signal peptide peptidase A  33.49 
 
 		 340 aa  100  3e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1997  peptidase S49  33.66 
 
 		 302 aa  99.8  5e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.862209  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0423  signal peptide peptidase SppA, 36K type  31.1 
 
 		 339 aa  96.3  6e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0715  signal peptide peptidase SppA, 36K type  34.3 
 
 		 290 aa  89.4  6e-17  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1063  peptidase S49  30.47 
 
 		 408 aa  88.2  1e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.900753  normal  0.784221 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3198  signal peptide peptidase SppA, 36K type  33.71 
 
 		 313 aa  88.2  1e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.216895  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3671  signal peptide peptidase A  33.33 
 
 		 322 aa  87  3e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7143  peptidase S49  30.92 
 
 		 311 aa  85.9  8e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00588765 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0392  signal peptide peptidase SppA, 36K type  28.31 
 
 		 311 aa  85.1  0.000000000000001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.163931  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2241  signal peptide peptidase SppA, 36K type  29.82 
 
 		 339 aa  85.5  0.000000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0067  signal peptide peptidase SppA, 36K type  30.62 
 
 		 274 aa  85.1  0.000000000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1881  signal peptide peptidase SppA, 67K type  30.68 
 
 		 298 aa  83.6  0.000000000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000971573  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0154  signal peptide peptidase SppA  34.32 
 
 		 331 aa  82.8  0.000000000000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0149  signal peptide peptidase SppA  34.32 
 
 		 331 aa  82.8  0.000000000000007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.415563  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2415  periplasmic serine proteases (ClpP class)  29.58 
 
 		 297 aa  82.8  0.000000000000007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.025979  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1004  serine peptidase  32.19 
 
 		 402 aa  82  0.00000000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0242585 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3085  signal peptide peptidase SppA, 36K type  28.37 
 
 		 348 aa  81.3  0.00000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0166  signal peptide peptidase SppA, 36K type  34.32 
 
 		 323 aa  80.5  0.00000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3173  peptidase S49  34.47 
 
 		 781 aa  80.5  0.00000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.792634 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1702  signal peptide peptidase SppA, 36K type  34.09 
 
 		 327 aa  80.1  0.00000000000004  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  decreased coverage  0.000000021867  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2394  signal peptide peptidase SppA, 36K type  28.7 
 
 		 342 aa  77.8  0.0000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3180  signal peptide peptidase SppA, 36K type  28.97 
 
 		 313 aa  77.4  0.0000000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000448923  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0401  signal peptide peptidase SppA  32.37 
 
 		 288 aa  77.4  0.0000000000003  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1234  signal peptide peptidase SppA, 36K type  31.61 
 
 		 260 aa  77  0.0000000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1089  signal peptide peptidase SppA, 36K type  29.19 
 
 		 350 aa  76.6  0.0000000000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00447762  hitchhiker  0.000000000000025278 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2179  signal peptide peptidase SppA, 36K type  29.52 
 
 		 299 aa  76.6  0.0000000000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1421  signal peptide peptidase SppA, 36K type  27.27 
 
 		 326 aa  76.3  0.0000000000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000000360798  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1980  signal peptide peptidase SppA, 36K type  30.51 
 
 		 299 aa  76.3  0.0000000000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000000026819  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1750  signal peptide peptidase A  29.49 
 
 		 301 aa  76.3  0.0000000000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.137961 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1590  signal peptide peptidase SppA, 36K type  28.14 
 
 		 307 aa  75.9  0.0000000000007  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.152894  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1962  signal peptide peptidase SppA, 36K type  28.71 
 
 		 329 aa  75.9  0.0000000000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0118482  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2434  signal peptide peptidase SppA, 36K type  30 
 
 		 382 aa  75.1  0.000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.270678  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0307  signal peptide peptidase SppA, 36K type  28.71 
 
 		 324 aa  75.1  0.000000000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2346  signal peptide peptidase SppA, 36K type  30 
 
 		 382 aa  75.1  0.000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1521  signal peptide peptidase A  30 
 
 		 316 aa  75.1  0.000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.290741  n/a   
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0013  signal peptide peptidase SppA domain-containing protein  30.56 
 
 		 325 aa  74.7  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.81268  hitchhiker  0.0000208532 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2845  peptidase S49, SppA  27.14 
 
 		 325 aa  74.3  0.000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.25989  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2291  signal peptide peptidase SppA, 36K type  27.48 
 
 		 366 aa  75.1  0.000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.212937  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0556  signal peptide peptidase A  27.4 
 
 		 601 aa  74.3  0.000000000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1197  signal peptide peptidase SppA, 36K type  28.71 
 
 		 282 aa  73.9  0.000000000003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1622  signal peptide peptidase SppA, 36K type  32.2 
 
 		 326 aa  73.2  0.000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.37253  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0020  signal peptide peptidase SppA, 36K type  32.37 
 
 		 319 aa  72.8  0.000000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000184229 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0060  signal peptide peptidase SppA, 36K type  31.71 
 
 		 316 aa  72.8  0.000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00860  ClpP class periplasmic serine protease  26.19 
 
 		 300 aa  72.8  0.000000000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1759  signal peptide peptidase SppA, 36K type  30.21 
 
 		 350 aa  72.8  0.000000000007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.172005  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0618  signal peptide peptidase A  29.94 
 
 		 288 aa  72  0.00000000001  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3838  signal peptide peptidase SppA, 36K type  30.33 
 
 		 332 aa  71.6  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.247109  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0148  signal peptide peptidase SppA, 36K type  28.8 
 
 		 296 aa  71.2  0.00000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.0000244919  normal  0.445804 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2757  peptidase S49  33.73 
 
 		 287 aa  71.2  0.00000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1595  signal peptide peptidase SppA, 36K type  27.73 
 
 		 357 aa  71.6  0.00000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.39752  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2500  signal peptide peptidase SppA, 36K type  29.61 
 
 		 321 aa  70.9  0.00000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.638263  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1752  peptidase S49  30.48 
 
 		 314 aa  71.2  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.341748 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25600  putative peptidase  29.26 
 
 		 326 aa  71.6  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0571616  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1739  signal peptide peptidase SppA, 36K type  29.38 
 
 		 319 aa  71.2  0.00000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000870898  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2153  peptidase S49  34.32 
 
 		 285 aa  70.5  0.00000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.156713  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0670  signal peptide peptidase SppA, 36K type  25.58 
 
 		 597 aa  70.5  0.00000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2119  signal peptide peptidase SppA, 36K type  30.73 
 
 		 290 aa  70.9  0.00000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.562028  unclonable  0.00000986804 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>